农杆菌质粒DNA高效提取方法研究

以EHA105菌株为实验材料,通过优化质粒扩增条件、加大菌液使用量、改良提取纯化过程中所用试剂等,简化了操作流程,给出了一种高效提取农杆菌中质粒DNA的方法。结果表明,选择LB＋KANA为培养基、抗生素质量浓度为50 mg/L,细菌培养至OD600=0.634～0.714时,以5 mL/次用量取菌液裂解;以改进方法提取试剂,得率与常规方法相当。该方法在满足PCR检测条件的前提下既减少了酚、氯仿等有毒试剂的用量,又省时、经济、方便,为植物转基因工程中目的物DNA的检测提供了技术支持。     

试剂盒法提取蓖麻基因组DNA的条件优化

利用DNA提取试剂盒提取蓖麻叶片DNA,对其过程进行改良优化,从而获得一种快速、简便的提取蓖麻高质量基因组DNA的方法.在原试剂盒的操作基础上,对乙醇是否冰预冷、消化时间、洗脱液用量、材料用量等条件进行了优化,并对所提取的基因组DNA的浓度、纯度进行了检测.优化后的方法提取到了较高质量的蓖麻基因组DNA.     

菠菜基因组DNA提取方法与条件的研究

分别采用CTAB、SDS、高盐低pH三种方法从菠菜叶片中提取基因组DNA,通过A260/A280值、A260/A230值和琼脂糖凝胶电泳对所提取的DNA进行定量、定性分析和综合比较。研究提取缓冲液用量、水浴时间、蛋白质沉淀剂(氯仿-异戊醇)用量、DNA沉淀剂(异丙醇)用量等条件对DNA提取效率和纯度的影响。并对CTAB法的提取条件进行了正交试验,优选出菠菜基因组DNA提取的适宜条件。     

人类外周血中提取基因组DNA方法的探索

目的:传统的酚、氯抽提法的基础上进一步改进DNA提取方法，为分子遗传学研究打下基础.方法:人类基因组DNA提取传统方法和改进方法.结果:改进的方法可以得到大量的较完整的基因组DNA,并且纯度达到1.8～2.0.结论:本改良法提取的DNA总量明显较高,提取效率高,PCR扩增的效果好,是外周血基因组DNA提取首选考虑的方法.     

克隆植物珠芽蓼基因组DNA的提取及RAPD鉴定

高原植物体内所含有的酚类、多糖、色素等次生代谢物质严重影响提取其基因组DNA的得率和纯度,是导致后续分子操作失败的主要原因.运用一种新改进的CTAB法对变色硅胶保存的高原植物珠芽蓼(Polygonumviviparum)叶片进行基因组DNA的提取,采取常温下沉淀DNA,增加洗涤沉淀的体积分数为70%乙醇用量和洗涤时间等措施,有效地去除了酚类、多糖、色素等物质的干扰,减少了褐化现象的发生.样品检测所得DNA片段均在48 kb左右,电泳谱带呈线状,无拖尾现象;紫外分光光度计检测,A260nm/A280nm值在1.7~1.9之间.RAPD扩增结果表明,此方法提取的DNA无论在质量和纯度上都较理想.     

DNA序列二维图表示和有关分析

在DNA序列研究中,对长DNA序列进行有效表示,可以为DNA序列的分类、分析和比较等研究提供创新性的方法. Nandy,Leong和Mogenthaler,Randic等已经给出了DNA序列的二维或三维图表示. 这些图表示给出了DNA序列的可视化特征. 文中给出了一个改进的DNA序列的图表示:在2维指数坐标系内用4个特定的向量分别表示DNA序列中的4个碱基,从而使DNA序列可以用有向路表示. 给出了一个例子说明该方法的有效性,可以证明该种改进的DNA序列图表示方法具有较低的退化度甚至没有退化.     

芒果和刺梨果实基因组DNA提取方法的比较研究

刺梨和芒果是近几年贵州省经济发展的主要园艺产品,由于两者果实具有多糖、多酚含量高等特性,不利于产品优良品种的选育(获得高浓度和纯度的DNA是开展该产品分子实验的先决条件)。为此,本实验随机选择了‘台农’、‘金煌芒’2个芒果品种和‘贵农5号’、‘金刺梨’2个刺梨品种的果实为试验材料,分别通过TaKaRa试剂盒法,改进CTAB法和改进SDS法3种提取方法对其的DNA进行凝胶电泳检测和OD_(260/280)的比较分析。结果显示:改进CTAB提取出的DNA浓度较高,OD_(260/280)在1.83～1.91之间,纯度较高。改进SDS法其次,TaKaRa试剂盒法为最后。结论:改良CTAB是适合芒果和刺梨果实基因组DNA提取的最佳方法,该方法能有效去除果实DNA中的多糖和多酚,可获得高浓度和纯度的DNA。     

基因组探针非试剂盒标记系统中DNase I用量优化

用10 U的DNA Polym eraseⅠ,一个跨度达百万倍的DNaseⅠ量,在15℃分别标记了1μg甘蓝型油菜中油821的基因组DNA,发现DNaseⅠ用量为0.1 U时,10 m in后就可获得较好的探针标记效果.DNase I用量为0.01 U时,标记2 h就显示较深的颜色.随着DNaseⅠ用量的降低,标记时间需要相应地延长.其用量超过1 U时,无法获得较好的探针标记效果.综合考虑DNaseⅠ用量及标记时间,DNase I用量为0.01 U、标记时间为3~7 h获得的标记效果最佳.     

用改进的CTAB法提取香菇基因组DNA

通过用改进的CTAB法提取27个香菇菌株的基因组DNA,并分别用紫外、琼脂糖凝胶电泳和PCR技术检测提取DNA样品的质量和产量,证明该方法可以用于香菇基因组DNA的提取,为香菇基因组DNA的提取建立了一种简单可靠的新方法.     

濒危植物翅果油树DNA的提取方法及纯度检测

为从翅果油树(Elaeagnus mollis Diels)叶中提取高质量的基因组DNA,用PVP和TNE洗液预处理样品并筛选出合适的清洗次数,比较了SDS法、CTAB法和改进CTAB法3种DNA提取方法.结果表明:TNE和PVP预处理三次并且采用改进的CTAB法更适合于翅果油树基因组DNA提取.该方法提取的DNA经紫外分光光度法检测,其A260/A280为1.82,优于CTAB法(1.59)、SDS法(1.00).琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增结果也得出同样的结论.     

Genome shuffling leads to rapid phenotypic improvement in bacteria

For millennia, selective breeding, on the basis of biparental mating, has led to the successful improvement of plants and animals to meet societal needs. At a molecular level, DNA shuffling mimics, yet accelerates, evolutionary processes, and allows the breeding and improvement of individual genes and subgenomic DNA fragments. We describe here whole-genome shuffling; a process that combines the advantage of multi-parental crossing allowed by DNA shuffling with the recombination of entire genomes normally associated with conventional breeding. We show that recursive genomic recombination within a population of bacteria can efficiently generate combinatorial libraries of new strains. When applied to a population of phenotypically selected bacteria, many of these new strains show marked improvements in the selected phenotype. We demonstrate the use of this approach through the rapid improvement of tylosin production from Streptomyces fradiae. This approach has the potential to facilitate cell and metabolic engineering and provide a non-recombinant alternative to the rapid production of improved organisms.     

脱氧核糖核酸（DNA）提取与成分鉴定实验的改进

目的针对医学院校生物化学课所开设的脱氧核糖核酸DNA的提取与成分鉴定原实验方法中,学生实验结果不太理想而进行实验改进。方法采用不同氯化钠浓度比差别法来抽提DNA蛋白;用SDS处理后再用氯仿-异戊醇抽提除去蛋白质,加入乙醇脱水析出DNA。用化学显色法作DNA成分鉴定。结果实验经过改进后效果理想,实验结果观察现象明显,学生实验成功率提高,实验成本降低。     

RecA介导的特异性DNA片段捕获

外显子捕获联合高通量测序技术在检测新的致病基因,特别是罕见的基因变异时,表现出很高的检测效率.但在具体使用过程中,探针易出现非特异性杂交,设计探针时需考虑Tm值均一性、所需初始样品量较大等问题.RecA是原核生物同源重组的中心分子,参与DNA损伤的重组修复.通过在体外模拟RecA蛋白在原核生物体内重组寻找同源序列的途径,用以捕获目标DNA分子,以期提高外显子捕获过程中的探针杂交效率和特异性.根据RecA在体内同源重组中的作用模式,先将基因组染色质片段化,再纯化DNA,设计生物素标记的特异性探针,在RecA蛋白的介导下以捕获基因组中的目的同源片段.结果显示:设计的和目标片段互补的探针高效而特异地捕获了目标DNA片段,ATP和水能够破坏RecA介导形成的三链复合体的稳定性,可以作为很好的杂交后洗脱试剂,而且水直接作为洗脱试剂可以提高洗脱目的 DNA片段的效率和纯度.     

水杉木材DNA提取及条形码分子鉴定

通过对水杉不同年限及不同部位的木材DNA提取及片段扩增实验,结果显示改良后的CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法、SDS (sodium dodecyl sulfate)法及高盐低pH法均可以用于水杉木材DNA的提取,经过纯化后的木材DNA可以进行片段扩增.在提取木材DNA过程中,边材比心材更适合,所提取的DNA数量和质...     

A DNA sequence alignment algorithm using quality information and a fuzzy inference method

DNA sequence alignment algorithms in computational molecular biology have been improved by diverse methods. In this paper, we propose a DNA sequence alignment that uses quality information and a fuzzy inference method developed based on the characteristics of DNA fragments and a fuzzy logic system in order to improve conventional DNA sequence alignment methods that uses DNA sequence quality information. In conventional algorithms, DNA sequence alignment scores are calculated by the global sequence alignment algo- rithm proposed by Needleman-Wunsch, which is established by using quality information of each DNA fragment. However, there may be errors in the process of calculating DNA sequence alignment scores when the quality of DNA fragment tips is low, because only the overall DNA sequence quality information are used. In our proposed method, an exact DNA sequence alignment can be achieved in spite of the low quality of DNA fragment tips by improvement of conventional algorithms using quality information. Mapping score param- eters used to calculate DNA sequence alignment scores are dynamically adjusted by the fuzzy logic system utilizing lengths of DNA fragments and frequencies of low quality DNA bases in the fragments. From the experiments by applying real genome data of National Center for Biotechnology Information, we could see that the proposed method is more efficient than conventional algorithms.     

A DNA sequence alignment algorithm using quality information and a fuzzy inference method

DNA sequence alignment algorithms in computational molecular biology have been improved by diverse methods. In this paper, we propose a DNA sequence alignment that uses quality information and a fuzzy inference method developed based on characteristics of DNA fragments and a fuzzy logic system in order to improve conventional DNA sequence alignment methods that uses DNA sequence quality information. In conventional algorithms, DNA sequence alignment scores are calculated by the global sequence alignment algorithm proposed by Needleman-Wunsch, which is established by using quality information of each DNA fragment. However, there may be errors in the process of calculating DNA sequence alignment scores when the quality of DNA fragment tips is low, because only overall DNA sequence quality information are used. In our proposed method, an exact DNA sequence alignment can be achieved in spite of low quality of DNA fragment tips by improvement of conventional algorithms using quality information. Mapping score parameters used to calculate DNA sequence alignment scores are dynamically adjusted by the fuzzy logic system utilizing lengths of DNA fragments and frequencies of low quality DNA bases in the fragments. From the experiments by applying real genome data of National Center for Biotechnology Information, we could see that the proposed method is more efficient than conventional algorithms.     

Taq酶体外合成DNA时模板错位机制的探讨

利用Taq DNA聚合酶体外合成DNA过程中,当反应体系中缺少与模板链互补配对的dNTP底物时,产物合成并不会在底物缺失位点处终止,聚合反应继续进行.为研究此复制缺陷现象,设计一系列模板用于DNA体外酶促合成.除了已知的碱基错配机制,笔者发现存在另一种"模板错位"机制,即模板中与底物非Watson-Crick互补配对的碱基位点首先进行收缩滑动,形成模板bulge结构后再继续进行酶促合成反应.这项研究有助于提高DNA样品合成保真度以及继续深入探索体外DNA合成的详细机制.     

一种适合本科教学实验的探针标记方法

分子杂交技术是分子生物学和基因工程研究、教学中常用的实验技术。常规方法存在成本高、效率低、安全性低等不足,需要发展高效、快速、低成本、安全、简捷的适合本科生教学的分子杂交方法。文章结合教学和科研实践,提出利用普通的Taq酶进行PCR探针标记的改进方法,结果发现该方法简便、效率高和成本低,非常适合本科生基因工程实验教学。     

DNA分子标记在不结球白菜遗传育种中的应用进展

概述了分子标记的分类和特点,以及在不结球白菜遗传多样性分析、遗传图谱构建、数量性状座位(quantitative trait locus,QTLs)定位和分子标记辅助育种等领域中的最新研究进展.总结了目前分子标记在不结球白菜遗传改良和辅助育种中存在的若干问题,并对该研究领域提出了一些展望和建议.     

油菜单株总DNA的快速制备

通过改进匀浆过程确定了适合同时提取多个１００ｍｇ左右植物材料总ＤＮＡ的实验程序,制备的总ＤＮＡ经测定紫外吸收曲线,限制酶作用和ＲＡＰＤ扩增,证明完全符合分子生物学实验的基本要求。