nm23-H1基因对乳腺癌细胞MCF-7S增殖及移动特性的影响

目的：探讨nm23—H1基因转染乳腺癌细胞后对其增殖和转移能力的影响。方法：用人nm23—H1基因与真核表达质粒pcDNA3．1(—)构建成重组表达质粒pcDNA3．1—NMHl，转染人乳腺癌细胞MCF—7S，经G418筛选4周后，筛选出稳定表达nm23—H1的细胞株，绘制其生长曲线，检测其增殖、移动能力，用SPSS统计软件处理实验数据，分析nm23—H1基因对乳腺癌细胞的作用。结果：与对照组相比，转染nm23—H1基因的MCF—7S细胞的对数生长期延长，细胞增殖速度减慢，移动距离缩短，克隆形成率降低。结论：nm23—H1基因在乳腺癌细胞的体外实验中有抑制癌细胞生长、增殖、转移能力的作用。     

用基因互作网络识别胰腺导管腺癌基因生物标记

胰腺导管腺癌(PDAC)是全球高致死率癌症中的一种.PDAC基因生物标记的识别可以通过构建基因互作网络完成.利用蛋白质互作网络来分析与研究基因表达芯片数据,构建出PDAC基因互作网络并对其划分基因模块,进而筛选出在模块中的PDAC差异性表达基因.通过筛选在癌症样本和正常组织样本中共表达的基因对,并利用STRING蛋白质互作网络评估基因功能相关性,构建出具有PDAC特异性的基因互作网络.利用iNP算法进行网络模块化分,在每一个模块中,模块内基因都具有强的共表达特性和模块功能相关性.通过筛选,获得了34个基因模块,其中20个在癌症样本中表达明显上调,14个在癌症样本中表达明显下调.从这些模块中又筛选出在PDAC样本中表达上调的10个基因生物标记,如DMBT1、DSC3等和表达下调的10个基因生物标记,如DLG5、NRCAM等.     

PinX1基因真核表达载体的构建及其对乳腺癌MCF-7细胞增殖的抑制作用

探讨了PinX1 基因在乳腺癌MCF-7 细胞生长和细胞周期中的作用, 初步探讨了该基因用于乳腺癌临床治疗的可行性. 采用RT-PCR 技术从293-T 细胞中扩增PinX1 基因, 将其克隆入真核表达载体pEGFP-C1 中, 再将重组质粒转染MCF-7 细胞. 通过real-time PCR 检测PinX1 基因的mRNA 表达, 用MTT 法检测转染前后细胞生长曲线的变化, 用流式细胞仪检测转染目的基因后细胞生长周期的改变. 检测结果表明, PinX1 基因已经在转染后MCF-7 细胞的细胞核内稳定表达, 乳腺癌细胞生长明显减缓(P <0.05), 增殖变慢(P <0.05), 细胞生长阻滞于G0/G1 期, 说明PinX1 基因可抑制乳腺癌MCF-7 细胞的生长和增殖.     

通过权重共表达网络分析胰腺癌转移的特异基因网络

胰腺癌是一种高度恶性的消化道肿瘤,临床表现不具有特征性,在早期难诊断易转移,发展迅速;胰腺癌转移率高,且转移后难以治愈进而导致死亡率升高。因此相比胰腺癌未转移来说,研究确定预测胰腺癌转移、转移后的新治疗方法及治疗的潜在靶标尤为迫切并具有重要意义。而且近两年兴起的基于基因之间相关关系的共表达网络分析法,为多种复杂疾病的研究提供了新的线索和思路。我们应用TCGA数据库中的大量胰腺癌转录组数据,筛选胰腺癌转移差异表达基因,使用共表达网络分析法(WGCNA)筛选胰腺癌转移后,基因间出现一个52个差异表达基因构建的新共表达网络模块,且挖掘到其中ASIC4,GLDC,MMD2,CTNNA2,FOXC4-AS1,SNHG19和BCAN等11个枢纽基因。我们推测认为它们为胰腺癌转移提供了新的潜在诊断、治疗靶标。同时KEGG富集分析发现,该新基因网络模块内基因富集于炎症介质对色氨酸通道的调节,卵母细胞减数分裂,乙醛酸和二元羧酸盐代谢和甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢等4条代谢通路。     

加权基因共表达网络分析筛选胰腺癌肿瘤免疫相关基因

分析胰腺癌免疫浸润,以期寻找胰腺癌免疫治疗的潜在靶点. 利用加权基因共同表达网络分析方法和CIBERSORT算法分析TCGA数据库中胰腺癌的基因表达数据,识别与B细胞免疫浸润水平相关的基因模块. 通过共表达网络和PPI交互网络分析,确定了9个枢纽基因CD79B、MYC、BANK1、TIMELESS、CD19、ATF3、ITGAL、IKZF3和RRAGB. 通过TIMER、Kaplan-Meier和差异表达基因等分析, 结果显示ITGAL在B细胞中高表达,在胰腺癌组织中显著上调,且该基因在胰腺癌中高表达与预后良好显著相关.     

基于互信息的差异共表达致病基因挖掘方法

为了挖掘基因表达数据中的差异共表达致病基因模块,提出了基于互信息和最大团相结合的方法.互信息用于度量基因表达谱之间的相互关系,计算任意2条基因表达谱在2种不同样本中的互信息值,得到2个互信息矩阵M1和M2,选定2个阈值T1和T2(T1T2)将矩阵M1和M2二值化,并通过M1和M2中元素的逻辑"与"运算得到图的邻接矩阵,从邻接矩阵挖掘出的最大团则为差异共表达致病基因模块.将该方法应用于Colon数据,选定T1=2.2,T2=1.0,得到6个相互重叠的最大团,实验结果表明,该方法能有效挖掘出差异共表达致病基因模块.     

3个甘蔗品种（系）响应低温胁迫的转录组分析

权重基因共表达网络分析( weighted gene co-expression network analysis， WGCNA) 可通过聚类鉴定共表达的基因模块来研究生物学数据与相应性状之间的关系。为了挖掘甘蔗响应低温的特异基因，揭示甘蔗响应低温的分子调控机理，本研究以3个耐寒能力不同的甘蔗品种作为试验材料，利用转录组测序技术分析不同抗性甘蔗品种在低温胁迫（4℃）下基因表达。研究结果表明，WGCNA鉴定出13个基因共表达模块，通过相关性分析筛选到blue和yellow模块作为甘蔗抗寒机理研究的目标模块。基于blue和yellow模块中筛选关键基因，以及筛选抗寒品种中特异表达基因，最终筛选出13个基因可能与甘蔗抗寒能力密切相关，为后续选育耐寒性强的优良甘蔗新品种提供理论依据和技术支撑。     

ARID1A对结肠癌细胞迁移的调控作用

为研究ARID1A对结肠癌细胞迁移的影响,并进一步分析ARID1A调控细胞迁移的机制,本文通过在结肠癌细胞系HCT116中过表达和干扰ARID1A基因,观察细胞迁移率的变化,通过比较HCT116与正常组织中的基因表达数据,筛选出ARID1A共表达基因,进行GO和KEGG分析.结果显示,过表达ARID1A后,细胞迁移率降低,而干扰ARID1A则与之相反.在1212个相关系数大于0.9的ARID1A共表达基因中,仅有4个基因参与细胞增殖,29个基因参与细胞迁移,涉及趋化因子信号通路、细胞因子受体相互作用等多个信号通路.以上结果说明ARID1A抑制细胞迁移,并可能通过多个信号通路调控细胞迁移.     

AW915115参与大鼠再生肝星形细胞的Notch信号转导

为了解新基因AW915115在Notch信号通路中的作用及与大鼠肝再生的相关性,用Percoll密度梯度离心结合免疫磁珠分选方法分离大鼠再生肝的8种细胞,用Rat Genome 230 2.0芯片等检测上述细胞的Notch信号通路基因在大鼠肝再生中的表达变化,用BLAST、Microsoft Excel等软件分别分析新基因与已知基因的序列同源性和共表达关系,用生物信息学和系统生物学等方法分析上述基因参与的生理活动.结果表明,AW915115与活化Notch受体的N-乙酰葡糖基转移酶基因lfng同源,并且在2 h和12 h再生肝星形细胞中表达下调.根据上述基因的同源性和共表达关系推测,新基因AW915115参与大鼠再生肝星形细胞的Notch信号转导.     

树突细胞免疫应答结核分枝杆菌基因调控网络的构建与分析

目的 探讨结核分枝杆菌感染树突细胞(dendritic cells,DCs)后宿主DCs基因表达谱的变化,并构建免疫应答基因调控网络,筛选出特征基因模块.方法 通过NCBI GEO datasets数据库,收集结核分枝杆菌感染DCs的芯片表达谱数据,运用R语言分析筛选出差异表达的基因,并对差异表达特征进行统计学分析;基于筛选出的差异基因,整合转录调控元件(TRED)数据库,构建结核分枝杆菌感染DCs中的免疫应答基因调控网络,并筛选出显著功能模块,通过注释及可视化整合分析工具(DAVID)整合KEGG数据库对网络基因进行功能分析(GO analysis)、信号通路分析(Pathway analysis)及疾病相关性分析;对网络基因进一步行蛋白相互作用(PPI)网络分析,并挖掘出关键子网络,筛选高节点度基因;结合基因调控网络中显著功能模块与PPI关键子网络,筛选出结核分枝杆菌感染DCs中的特征基因,并进行ROC曲线分析.结果 构建了DCs免疫应答结核分枝杆菌过程中异常表达的基因调控网络,并提取了包括CREB1、IL6、CEBPA和CCND14个差异表达基因在内的显著功能模块,网络中差异基因与保护性免疫过程或信号通路相关性较大,且在结核通路中有显著功能模块基因CREB1与IL6的分布.PPI网络分析基因调控其节点度Degree最显著的基因为IL6,且在显著功能与通路(inflammatory response与TNF signaling pathway)上均有IL6的分布信息.通过ROC曲线分析CREB1和IL6与DCs免疫应答结核分枝杆菌临床病理特征相关性,其ROC曲线下面积(AUC)分别为0.9114和0.9636.结论 筛选出CREB1与IL6不仅有预测调控关系,且DCs免疫应答结核分枝杆菌的特征基因集特异性强、灵敏度高,可作为表征DCs免疫应答结核分枝杆菌过程的候选标志物,可能成为先天免疫应答向适应性免疫应答的过渡信号.     

Hiwi基因在耐药MCF-7/ADM乳腺癌细胞株中的表达

目的探讨Hiwi基因在耐阿霉素人乳腺癌MCF-7/ADM细胞和非耐药MCF-7细胞的表达.方法应用实时定量PCR与Western blot技术进行Hiwi基因在耐阿霉素人乳腺癌MCF-7/ADM细胞和非耐药MCF-7细胞株表达水平检测.结果 Hiwi基因在耐阿霉素人乳腺癌MCF-7/ADM细胞中的表达明显高于正常乳腺细胞(P0.01)及非耐药MCF-7细胞(P0.05).结论 Hiwi基因在耐阿霉素人乳腺癌MCF-7/ADM细胞株的高表达为耐药乳腺癌细胞的靶向治疗指出新的研究方向,对乳腺癌治疗预后评估具有临床指导性.     

乳腺癌相关转移基因的研究进展

目的综述肿瘤转移基因在乳腺癌中的研究进展。方法采用文献回顾的方法,对目前国内外肿瘤转移基因在乳腺癌中的研究状况加以分析与综述。结果肿瘤转移基因与乳腺癌的发生、转移及预后相关。结论对肿瘤转移基因的深入研究有助于进一步深化对乳腺癌生物学行为的认识,为肿瘤转移的分子诊断和基因治疗提供新的思路。     

灯盏乙素对乳腺癌细胞中lncRNAs表达的影响

检测灯盏乙素对乳腺癌MDA-MB-231细胞中的长链非编码RNA(LncRNAs)的相对表达量的影响,进一步探索灯盏乙素对肿瘤的作用机制.采用实时荧光定量PCR的方法,检测对照组与不同剂量组的灯盏乙素处理后的乳腺肿瘤细胞中lncRNAs MALAT1、NEAT1和p53基因mRNA的相对表达量,并观察细胞存活率.结果发现,灯盏乙素在低剂量(1、10、25μmol/L)时促进细胞增殖,而在高剂量50μmol/L以上时抑制细胞增殖.灯盏乙素在低剂量时使得乳腺癌MDA-MB-231细胞中MALAT1,NEAT1和p53基因的表达水平下降,而在100μmol/L的高剂量时MALAT1,NEAT1和p53基因的表达水平上升.灯盏乙素影响乳腺癌MDA-MB-231细胞中LncRNAs MALAT1和NEAT1基因以及p53基因的表达,并且存在剂量反应关系,低剂量与高剂量呈现出相反的表达量变化.     

人类乳腺癌的分子遗传学研究进展

乳腺癌发病机制非常复杂，其中涉及多种基因异常，包括易感基因、癌基因、抑癌基因等，对乳腺癌发生发展中这些基因异常的认识，是乳腺癌防治的关键。我们对近年来乳腺癌发病过程中分子遗传学的研究进展及乳腺癌相关基因的研究现状进行综述。     

Construction and anti-tumor effects of recombinant fowlpox virus expressing Newcastle disease virus hemagglutinin-neuramidinase gene

Hemagglutinin-neuramidinase (HN), a Newcastle disease virus-derived protein, not only mediates receptor recognition but also possesses neuraminidase (NA) activity, the ability to cleave a component of those receptors, N-acetylneuraminic acid (NAcneu, sialic acid). It is known that this protein in mammalian species, including human beings, has interesting anti-neoplastic as well as immune stimulating properties. To explore the use of the HN gene in cancer gene therapy, we constructed a recombi-nant fowlpox virus expressing the HN protein (vFV-HN) and compared the anti-tumor activity of the recombinant virus with that of wild-type fowlpox virus (FPV) in vivo and in vitro. Here we found that although B16 cells were somewhat resistant to the basal cytotoxic effect of wild-type fowlpox virus, infection with vFV-HN caused a pronounced cytotoxic effect and, the survival of tumor-bearing mice immunized with vFV-HN was significantly increased compared with the survival of mice immunized with the FPV alone. Furthermore, the immunization of mice with vFV-HN elicited a B16 tumor-specific cytotoxic T lymphocyte (CTL) response and clonal expansion of both CD4 and CD8 T cell populations in vivo. In addition, T cells from lymph nodes of mice vaccinated with vFV-HN secreted high levels of the Th1 cytokine IL-2 and IFN-γ, indicating that the regression of tumor cells is related to a Th1-type dominant immune response. These results demonstrate that vaccination with vFV-HN may be a potential strategy for cancer gene therapy.     

新基因BP1抗体制备及其在乳腺癌表达的初步观察

为了探讨新同源盒基因BP 1在乳腺癌的表达,运用生物信息学方法设计19肽,合成并偶联到大分子载体KLH上制成人工免疫原,制备兔抗BP 1多克隆抗体IgG.蛋白印迹方法检测BP 1在乳腺癌细胞系M CF 7、M DA-M B-231细胞均有表达:免疫组织化学结果显示,BP 1蛋白在乳腺癌的表达率显著高于癌旁组织,在雌激素受体阴性肿瘤的表达率高于雌激素受体阳性组。BP 1基因的异常表达参与了乳腺癌的发生,是一种新的乳腺癌分子标志物.     

Effects of enhancing p21 waf1 on proliferation and expression of G1cyclins andCDKs in human breast cancer cells

The cyclin-dependent kinase inhibitor p21( waf1/cip1/sdil) is an important negative regulator in control of cell cycle. Its functions of inhibiting cancer cell growth and its effects on expression of G1 phase cyclins and related CDKs are a worthy topic for study. The plasmid expressing p2l with high level was transformed to human breast cancer cells, and the expression of p2l in cells was enhanced, then the cell growth rate, anchorage-independent growth and tu-morigenecity were tested, at the same time the expression levels of cyclinD1, CDK4, cyclinE and CDK2 were analyzed by Northern blot. The results showed that since the expression of p21 was enhanced in the cell, the rate of cell growth and anchorage-independent growth was inhibited, tumorigenecity was suppressed, the level of expression of cyclinE and CDK2 decreased while that of cyclinDl and CDK4 was not affected. It is suggested that the enhanced expression of p21 markedly inhibits the proliferation and lessens the tumorigenecity of breast cancer cells, and that p2l expression is not related to that of cyclinDl and CDK4, but affects the expression of cyclinE and CDK2 .     

肺癌的基因治疗

肺癌的发生、发展和演变与细胞原癌基因的激活和抑癌基因的失活有着 密切的关系，并已证实肺癌是一种多基因分子异常病。它的基因治疗是针对肺癌发生的分子生物学特点，通过基因转移技术，将新的外源目的基因引入肿瘤细胞或其他体细胞以纠正或补偿缺陷的基因，从而达到治疗疾病的目的。