加权基因共表达网络分析筛选胰腺癌肿瘤免疫相关基因

分析胰腺癌免疫浸润,以期寻找胰腺癌免疫治疗的潜在靶点. 利用加权基因共同表达网络分析方法和CIBERSORT算法分析TCGA数据库中胰腺癌的基因表达数据,识别与B细胞免疫浸润水平相关的基因模块. 通过共表达网络和PPI交互网络分析,确定了9个枢纽基因CD79B、MYC、BANK1、TIMELESS、CD19、ATF3、ITGAL、IKZF3和RRAGB. 通过TIMER、Kaplan-Meier和差异表达基因等分析, 结果显示ITGAL在B细胞中高表达,在胰腺癌组织中显著上调,且该基因在胰腺癌中高表达与预后良好显著相关.     

基于生物信息学方法分析GABRD基因在结肠癌中的表达及预后情况

采用生物信息学方法探讨GABRD基因在结肠癌样本中的表达及预后情况。通过UCSC XENA下载33种肿瘤类型和正常组织的RNA序列数据和相关临床数据,使用R软件分析GABRD基因在结肠癌样本中的表达,并筛选共表达基因,对其进行富集分析;分析GABRD基因对结肠癌患者生存及预后的影响,并建立预后列线图;构建GABRD基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction, PPI)网络并筛选关键模块及枢纽基因,验证枢纽基因的生存及临床诊断价值。结果表明：GABRD基因在结肠癌样本中高表达并影响患者生存,筛选得到369个共表达基因,基因本体论(gene ontology, GO)功能富集发现其主要参与G蛋白偶联等生物学过程,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集显示其主要参与AMPK等信号通路;构建出由51个节点和523个连接组成的PPI网络,筛选枢纽基因5个,其中2个显著影响生存,5个具有临床诊断价值。综上,GABRD基因在结肠癌样本中高表达,影响结肠癌患者生存及预后,可能...     

具有预后价值的乳腺癌发病关键基因鉴别研究

目的:筛选与乳腺癌发病相关的关键基因,为研究乳腺癌的诊疗提供新的潜在分子靶标.方法:使用GEO2R在线工具比较乳腺癌与正常乳腺组织基因表达情况,进行差异显著性分析,利用基因功能注释工具DAVID对差异基因进行GO和KEGG富集分析.通过STRING数据库构建差异基因的蛋白互作网络,基于最大团中心性(maximal clique centrality,MCC)算法鉴别关键基因,利用Kaplan Meier生存分析验证关键基因对患者生存时间的影响.结果:乳腺癌基因表达差异分析共产生491个差异基因,其中有254个上调,237个下调.GO富集分析表明差异基因显著富集于肿瘤相关的生物学过程、细胞组分和分子功能,KEGG通路富集分析主要集中于PI3K-Akt信号通路、黏附斑和癌症通路.基于MCC算法共选取10个关键基因,其中的4个基因(ISG15,IFIT1,GBP1和IFI27)过表达与患者生存时间显著降低密切相关(P0.05).结论:共鉴别了4个与乳腺癌发病密切相关的关键基因,相关研究结果可为研究乳腺癌的诊疗提供新的潜在分子靶标.     

基于生物信息学和机器学习探究溃疡性结肠炎能量代谢关键基因及其潜在机制

目的：鉴定溃疡性结肠炎中与能量代谢相关的关键基因,为溃疡性结肠炎的诊断和治疗提供新的方向。方法：从GSE87466数据集中提取能量代谢相关基因的表达量并进行差异分析后对其进行富集分析,通过LASSO算法(the least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)和SVM-RFE算法(Support vector machine recursive feature elimination algorithm ,SVM-RFE)识别UC能量代谢关键基因,对关键基因进行富集分析、免疫浸润分析、关键基因靶向药物预测和构建ceRNA网络,最后用GSE75214作为验证集对关键基因的表达进行验证。结果：共筛选出32个与能量代谢相关基因,通过LASSO和SVM算法鉴定出5个关键基因(SLC16A1、ACSF2、NR1H4、CHST11和CBR3)。单基因富集结果显示关键基因通过糖酵解/葡萄糖新生、丁酸代谢、丙酮酸代谢等途径参与UC的发生发展。验证集GSE75214对关键基因进行验证发现表达均具有差异。结论：本研究通过机器学习的方法鉴定了SLC16A1、ACSF2、NR1H4、CHST11和CBR3作为UC能量代谢关键基因,其生物学功能主要跟糖酵解/葡萄糖新生、丁酸代谢、丙酮酸代谢等途径有关,为从能量代谢角度治疗溃疡性结肠炎患者的治疗提供了新的思路和方向。     

CCNB2在肾透明细胞癌中的表达意义与功能网络关系分析

分析细胞周期蛋白B2（CCNB2）在肾透明细胞癌中的表达及与临床预后的关系,建立CCNB2共表达网络并探讨其潜在的作用机制。采用GEPIA和UALCAN数据库分析CCNB2在肾透明细胞癌临床样本中的表达情况,获得CCNB2与肾透明细胞癌的病理分期及预后的关系,同时检测肾透明细胞癌及癌旁临床组织中目的mRNA的表达;通过cBioportal和String数据库分析CCNB2在肾透明细胞癌的功能作用,建立CCNB2共表达网络;DVIAD和KEGG数据库在线分析共表达网络功能及富集的信号通路。结果表明： CCNB2在肾透明细胞癌组织中高表达,并且与肾透明细胞癌的病理分期及预后呈现正相关性。从cBioportal数据库获得肾透明细胞癌患者数据,挖掘得到CCNB2表达关系密切的83个基因,建立CCNB2功能网络。进一步采用DVIAD和KEGG数据库在线分析发现富集的基因主要参与细胞周期、卵母细胞减数分裂和卵细胞成熟通路等信号通路,共表达基因功能显示为微管结合、微管运动活性和微管蛋白结合等。因此,CCNB2在肾透明细胞癌组织中显著高表达,并与患者预后、临床病理分期呈正相关,这些预示着CCNB2不仅能够作为肾透明细胞癌诊断、病理分期和预后的重要分子标志物,还是肾透明细胞癌潜在的治疗靶标。     

用基因互作网络识别胰腺导管腺癌基因生物标记

胰腺导管腺癌(PDAC)是全球高致死率癌症中的一种.PDAC基因生物标记的识别可以通过构建基因互作网络完成.利用蛋白质互作网络来分析与研究基因表达芯片数据,构建出PDAC基因互作网络并对其划分基因模块,进而筛选出在模块中的PDAC差异性表达基因.通过筛选在癌症样本和正常组织样本中共表达的基因对,并利用STRING蛋白质互作网络评估基因功能相关性,构建出具有PDAC特异性的基因互作网络.利用iNP算法进行网络模块化分,在每一个模块中,模块内基因都具有强的共表达特性和模块功能相关性.通过筛选,获得了34个基因模块,其中20个在癌症样本中表达明显上调,14个在癌症样本中表达明显下调.从这些模块中又筛选出在PDAC样本中表达上调的10个基因生物标记,如DMBT1、DSC3等和表达下调的10个基因生物标记,如DLG5、NRCAM等.     

基于共表达网络对OLR1在头颈肿瘤发生发展及预后判断的生物信息学分析

mRNA基因芯片表达谱为头颈癌（HNC）的分子生物学诊断及研究HNC的生物过程提供了诸多重要生物学信息。目的：通过生物信息学技术研究HNC基因表达谱,从而发掘头颈癌新的分子标志物。方法：我们对4个GSE数据集和TCGA头颈癌数据库进行了综合分析,鉴定出HNC和相邻正常组织样本中3639个差异表达基因（DEGs）,然后应用加权基因共表达网络分析相关差异表达基因DEGs和HNC临床特征之间的关系。结果：鉴定出15个共表达基因模块。其中蓝绿色基因模块所对应HNC患者的风险比最高（HR =6.16, P<0.00001）。通过对该模块的进一步研究,我们发现氧化低密度脂蛋白1（OLR1）的表达量与HNC患者的总体生存率呈显著负相关性。结论：OLR1在mRNA水平的表达水平可作为判断HNC患者生存预后的潜在分子标志物。     

肾透明细胞癌关键枢纽基因的筛选及生物信息学分析

目的:旨在通过生物信息学方法筛选与肾透明细胞癌(ccRCC)发生、发展相关的关键枢纽基因.方法:从公共基因数据库下载ccRCC基因芯片数据集(GSE66270)并筛选ccRCC组织与正常癌旁组织样本间的差异表达基因.R软件的clusterProfiler程序包用于差异表达基因的基因本体(GO)功能注释、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.使用STRING数据库、Cytoscape软件构建蛋白互作网络(PPI)并筛选关键枢纽基因.通过GEPIA数据库对关键枢纽基因进行验证和预后分析.结果:共筛选出280个差异表达基因.GO分析结果显示差异表达基因在离子的稳态、跨膜转运和离子跨膜转运蛋白活性中显著富集.KEGG富集分析结果显示,差异表达基因主要参与PPAR信号通路、补体和凝血级联反应以及胆固醇代谢等相关肿瘤信号通路.从差异表达基因中筛选出7个关键枢纽基因,包括3个上调基因C3、CXCR4、CXCL9和4个下调基因EGF、ALB、KNG1、CASR.生存分析结果显示,关键枢纽基因C3和CASR与ccRCC患者的预后不良相关.结论:通过生物信息学方法筛选了与ccRCC发生、发展相关的差异表达基因,筛选出的关键枢纽基因可为后续找到用于ccRCC临床诊断与治疗的靶点提供了理论依据.     

基于共表达网络对氧化低密度脂蛋白受体1在头颈肿瘤发生发展及预后判断的生物信息学分析

mRNA基因芯片表达谱为头颈肿瘤(head and neck cancer,HNC)的分子生物学诊断及研究HNC的生物过程提供了诸多重要生物学信息。通过生物信息学技术研究HNC基因表达谱,从而发掘头颈癌新的分子标志物。对4个GSE数据集和癌症基因组图谱(cancer genome atlas,TCGA)头颈癌数据库进行了综合分析,鉴定出HNC和相邻正常组织(adjacent normal tissue,ANT)样本中3 639个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),然后应用加权基因共表达网络分析相关差异表达基因DEGs和HNC临床特征之间的关系。鉴定出15个共表达基因模块。其中蓝绿色基因模块所对应HNC患者的风险比(hazard ratio,HR)最高。通过对该模块的进一步研究,发现氧化低密度脂蛋白1(oxidized low density lipoprotein receptor 1,OLR1)的表达量与HNC患者的总体生存率呈显著负相关性。OLR1在mRNA水平的表达水平可作为判断HNC患者生存预后的潜在分子标志物。     

拓扑结构对网络承载能力的影响

 通过建立3 种典型的复杂网络模型及对应的输运模型,数值计算并仿真试验拓扑结构指标和网络承载能力的变化.结果显示:3 种网络承载能力的数值计算结果和仿真试验结果基本吻合;核心节点的存在使得无标度网络的节点最大介数值所占比重高于其他网络,导致网络的承载能力最小;随机网络的节点最大介数值所占比重低于其他网络,导致承载能力最大;随着平均度的增大,各类型网络承载能力增加明显,但各种拓扑结构指标对承载能力提升的贡献不同.     

高校校园网的网络安全

讨论目前我国高校校园网的安全策略．分类列举常用的安全措施,并简要说明笔者的安全构想。     

网格在高校校园网中的应用探讨

校园网络应用系统中由于系统异构等因素,导致不同应用系统间的数据、资源无法共享,形成了信息“孤岛”;同时,各种计算资源分配不合理、利用率不高等现象也普遍存在,网格技术的出现对解决这些问题提供了新的方案。探讨了在校园网环境下,利用OGSA网格体系结构和G lobus工具包建立网格平台,整合校园网资源,建设数字化校园信息基础架构,并给出了设计思想。     

虚拟专用网(VPN)在网络安全中的作用

VPN技术就是在数据传送过程中加上了加密和认证的网络安全技术 .通过这种技术 ,可以利用公共网络构建自己的专用网络 .     

RSSI-神经网络在无线传感网络定位中的应用

在传统RSSI(接收信号强度)定位方法中,由于RSSI值对于不同的环境适应能力比较差,测量距离往往存在误差,这就直接影响了无线传感网络定位的精度。针对这种不足,提出了一种RSSI-神经网络定位方法,即前期建立起未知节点的RS-SI值与坐标的映射关系,后期用神经网络进行定位。从而减小了不同环境对RSSI的影响,使该算法具有一定的鲁棒性。通过实验证明,该算法较传统的RSSI定位方法,在定位精度上有一定的提高。     

An Emulating Environment for Network Management of Space Network

0Introduction Thespacenetworkiscomposedofconstellationsofsatel lites,whichisthebackboneofthespaceoperationsys tem.Allkindsofaerospacecraftscanaccessthespacenet work.Themanagementofthespacenetworkisdifferentfrom thatoftheterrestrialInternetwhichistheintegrationofthenetworkmanagementsystem,thesatellitetrackingandcon trollingsystem,andthemissionschedulingsystem.TheSNM(SpaceNetworkManagement)involvesmonitoringthenet workstatus,monitoringtheworkingparametersofinstructsonboard,andschedulingtheres…     

基于Content-Addressable Network的对等网络研究

CAN(Content-Addressable Network)是基于分布式哈希表(Distributed Hash Table,DHT)的结构化对等网络.CAN系统通过分布式哈希表(DHT)在d维虚拟空间中搜索、共享资源,具有良好的可扩展性,容错性和完全自适应性.本文从网络架构,系统性能等方面综合介绍了CAN系统并对2种基于子空间策略CAN资源搜索算法进行了介绍和分析.     

无线传感网络覆盖中网络拓扑结构设计方法

无线传感网络覆盖可以合理分配网络的空间资源,更好地完成环境感知、信息获取等任务,当前无线传感网络覆盖方法不能对传感网络进行全面覆盖。提出一种新的用于无线传感网络覆盖的网络拓扑结构设计方法,将层次型拓扑结构作为无线传感网络拓扑基本结构,对其进行详细分析后,提出能量高效的拓扑控制算法:以同一概率周期性随机选择簇头,令无线传感网络的总体能量消耗均衡分配至各传感器节点中,实现簇中成员节点数据的均衡分布,完成无线传感网络拓扑结构的设计。实验结果表明,设计的网络拓扑结构可以合理调节传感节点的距离,可以覆盖整个无线传感网络,减少重复覆盖,具有很好的覆盖优化效果。     

基于网络复杂度的生命线网络抗灾能力评价

为从生命线网络整体结构考察其抗灾性能,提出了网络复杂度的评价思想。通过网络结构分析,确定子结构数量和影响范围,进而明确网络的复杂情况,并从减灾管理角度考虑了关键点对网络复杂度的弱化作用,得到了网络复杂度评价模型,以此作为简化网络组成,指导网络优化管理的依据。但网络复杂度的合理取值范围有待进一步研究。     

分布式网络管理中网元Agent的设计

在传统的分布式网络管理中大都采用集中式管理.黑龙江联通GSM网络管理中,设备厂家频繁割接造成的旧版本的NeAgent(网元Agent)无法满足现实要求,将智能Agent的思想引入分布式网络管理中,设计实现了3期NeAgent,该版本的NeAgent充分考虑了以往版本中的不足,把直连网元与非直连网元进行了统一,以提供更强大的连接方式和更完善的管理功能.