基于共表达网络对氧化低密度脂蛋白受体1在头颈肿瘤发生发展及预后判断的生物信息学分析

mRNA基因芯片表达谱为头颈肿瘤(head and neck cancer,HNC)的分子生物学诊断及研究HNC的生物过程提供了诸多重要生物学信息。通过生物信息学技术研究HNC基因表达谱,从而发掘头颈癌新的分子标志物。对4个GSE数据集和癌症基因组图谱(cancer genome atlas,TCGA)头颈癌数据库进行了综合分析,鉴定出HNC和相邻正常组织(adjacent normal tissue,ANT)样本中3 639个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),然后应用加权基因共表达网络分析相关差异表达基因DEGs和HNC临床特征之间的关系。鉴定出15个共表达基因模块。其中蓝绿色基因模块所对应HNC患者的风险比(hazard ratio,HR)最高。通过对该模块的进一步研究,发现氧化低密度脂蛋白1(oxidized low density lipoprotein receptor 1,OLR1)的表达量与HNC患者的总体生存率呈显著负相关性。OLR1在mRNA水平的表达水平可作为判断HNC患者生存预后的潜在分子标志物。     

基于共表达网络对OLR1在头颈肿瘤发生发展及预后判断的生物信息学分析

mRNA基因芯片表达谱为头颈癌（HNC）的分子生物学诊断及研究HNC的生物过程提供了诸多重要生物学信息。目的：通过生物信息学技术研究HNC基因表达谱,从而发掘头颈癌新的分子标志物。方法：我们对4个GSE数据集和TCGA头颈癌数据库进行了综合分析,鉴定出HNC和相邻正常组织样本中3639个差异表达基因（DEGs）,然后应用加权基因共表达网络分析相关差异表达基因DEGs和HNC临床特征之间的关系。结果：鉴定出15个共表达基因模块。其中蓝绿色基因模块所对应HNC患者的风险比最高（HR =6.16, P<0.00001）。通过对该模块的进一步研究,我们发现氧化低密度脂蛋白1（OLR1）的表达量与HNC患者的总体生存率呈显著负相关性。结论：OLR1在mRNA水平的表达水平可作为判断HNC患者生存预后的潜在分子标志物。