| 用基因互作网络识别胰腺导管腺癌基因生物标记 |
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| 引用本文： | 王新格,田卫东.用基因互作网络识别胰腺导管腺癌基因生物标记[J].复旦学报(自然科学版),2016(5):642-648. |
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| 作者姓名： | 王新格 田卫东 |
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| 作者单位： | 复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系,上海,200438 |
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| 摘 要： | 胰腺导管腺癌(PDAC)是全球高致死率癌症中的一种.PDAC基因生物标记的识别可以通过构建基因互作网络完成.利用蛋白质互作网络来分析与研究基因表达芯片数据,构建出PDAC基因互作网络并对其划分基因模块,进而筛选出在模块中的PDAC差异性表达基因.通过筛选在癌症样本和正常组织样本中共表达的基因对,并利用STRING蛋白质互作网络评估基因功能相关性,构建出具有PDAC特异性的基因互作网络.利用iNP算法进行网络模块化分,在每一个模块中,模块内基因都具有强的共表达特性和模块功能相关性.通过筛选,获得了34个基因模块,其中20个在癌症样本中表达明显上调,14个在癌症样本中表达明显下调.从这些模块中又筛选出在PDAC样本中表达上调的10个基因生物标记,如DMBT1、DSC3等和表达下调的10个基因生物标记,如DLG5、NRCAM等.
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| 关 键 词： | 胰腺导管腺癌 基因生物标记 基因互作网络 功能富集分析 |
Identification of Gene Biomarkers for Distinguishing Pancreatic Ductal Adenocarcinoma from Normal Tissue Using a Network-based Approach |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | pancreatic ductal adenocarcinoma gene biomarker gene coexpression network function enrichment analysis |
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