靶向SARS-CoV-2的纳米抗体研究进展

席卷全球的新型冠状病毒病(corona virus disease 2019,COVID-19)是由严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)引起的,SARS-CoV-2是继严重急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus, SARS-CoV)和中东呼吸综合征冠状病毒(middle east respiratory syndrome coronavirus, MERS-CoV)后人类发现的第三种引起全球大流行的冠状病毒.刺突蛋白(spike protein, S)的受体结合域(receptor binding domain, RBD)可以与细胞表面的血管紧张素转换酶2(angiotensin converting enzyme2,ACE2)结合,进而入侵细胞内部,启动病毒的复制.为了预防和治疗新冠病毒肺炎,研究人员研发了多种疫苗、小分子药物及抗体药物.纳米抗体(nanobodies, Nbs)是可识别抗原的最小结...     

新型冠状病毒膜蛋白的生物信息学分析

为了研究新型冠状病毒膜蛋白(SARS-CoV-2 M蛋白)结构及性质.基于生物信息学分析M蛋白质基因结构、二级结构和三级结构、翻译后的修饰和进化历程.结果表明,M蛋白为疏水性蛋白,其基因编码区长度为669bp,编码222个氨基酸;M蛋白启动子区内不存在甲基化位点,存在17潜在的转录因子结合位点;其二级结构以无规则卷曲和...     

基于位点特异性打分矩阵的卷积神经网络预测SARS-CoV-2核衣壳蛋白的蛋白质二级结构

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)有4种关键的结构蛋白,而核衣壳蛋白就是其中的1种.本实验从公开数据库NCBI上选取的SARS-CoV-2核衣壳蛋白质序列数据,分析SARS-CoV-2核衣壳蛋白与SARS-CoV核衣壳蛋白的序列相似性,对SARS-CoV-2核衣壳蛋白的理化性质和疏水性进行分析;在此基础上提出基于位点...     

新型冠状病毒对多种生理系统的影响

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)自发现以来,迅速在国内外蔓延,对人类健康和社会经济造成了巨大损失.其病原体严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2)不仅会引起典型的呼吸系统症状,还会对多种肺外脏器造成严重损伤,包括心血管系统、神经系统、消化系统、内分泌系统等,导致疾病的迅速进展,增加病死率.目前尚无该疾病的特异性治疗药物,仅以支持和对症治疗为主,但疫苗的研发已取得了阶段性的进展.     

新型冠状病毒疫苗潜在不良反应的研究进展

新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染引起的新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease-2019,COVID-19,简称新冠肺炎)在全球流行暴发,严重威胁人类生命健康,给全球造成了巨大的医疗、经济和社会破坏。在目前缺乏特异性治疗方法的情况下,预防性疫苗是全球新冠肺炎防控最有效的手段,国内外已有17个(其中我国5个)新型冠状病毒疫苗(简称新冠疫苗)获批附条件上市或紧急使用。为了应对大规模疫苗接种潜在的不良反应挑战,本文对全球已投入使用的新冠疫苗的安全性进行总结,分析其潜在的不良反应,提出加强应对新冠疫苗接种不良事件及医疗应急保障的思考。     

基于分子对接技术从虾夷扇贝中筛选抗SARS-CoV-2活性肽研究

为从食品原料中筛选具有抗2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)能力的生物活性肽段,选用虾夷扇贝肌球蛋白为目标序列,利用计算机对虾夷扇贝肌球蛋白进行模拟酶解,对酶解所得的肽段进行毒性和生物活性预测。选取活性评分超过0.5且无毒性的肽段,以SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白和COVID-19 Mpro水解酶为靶标进行分子对接,鉴定其病毒抗性。结果表明:肽段CSNAIPEL可以与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白上的GLN42和GLU329两个关键氨基酸结合,LibDock Score为136.03;肽段LPIY不仅能与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白上的ASP38和TYR491氨基酸结合,还能够与COVID-19 Mpro上的THR24、THR25和THR26氨基酸结合,LibDock Score 分别为142.85和168.04;肽段QRPR与COVID-19 Mpro 水解酶晶体上的THR24、THR25和THR26氨基酸结合,LibDock Score为154.93。研究表明,肽段CSNAIPEL、LPIY和QRPR三者表现出较好的抗SARS-CoV-2能力。本研究旨在为抗新型冠状病毒功能食品的研发提供新的思路。     

基于深度学习的SARS-CoV-2 RBD-ACE2结合亲和力预测方法

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的快速变异导致不断出现新的毒株.已有研究表明SARS-CoV-2的S蛋白受体结合域(Receptor Binding Domain,RBD)与宿主ACE2的结合亲和力与病毒的侵染能力相关.随着新型冠状病毒在全球的持续暴发，出现了大量RBD多点突变的新毒株.通过生物试验方式获得突变毒株RBDACE2结合亲和力费时费力，远远落后于突变株的积累，不能满足对该病毒实时监控的需求.为了快速预测具有多点突变毒株的结合亲和力，设计了一种深度神经网络模型.该模型结合卷积神经网络、循环神经网络与注意力机制，从RBD序列上学习关键特征并预测RBD-ACE2的结合亲和力,在真实数据集上对模型进行训练和评估.实验结果表明新模型可以有效地预测关切变异株的RBD-ACE2结合亲和力，也有助于对SARSCoV-2突变株的传播能力进行监控.     

新型冠状病毒主蛋白酶天然产物抑制剂的筛选

为寻找新型冠状病毒主蛋白酶天然产物抑制剂,本文以SARS-CoV-2主蛋白酶为研究对象,通过计算机辅助药物筛选方法初步筛选出16个潜在抑制剂并进行体外酶活测试.其中,野黄岑素对SARS-CoV-2主蛋白酶的IC50为（10.79 ± 2.116 ） μmol/L,没食子儿茶素没食子酸酯抑制SARS-CoV-2主蛋白酶的IC50为（2.104 ± 0.346） μmol/L.最后,将两种天然产物与主蛋白酶进行分子动力学模拟发现没食子儿茶素没食子酸酯和野黄岑素与新型冠状病毒主蛋白酶结合时的复合物RMSD都在0.22 ?附近,说明两个天然产物与新型冠状病毒主蛋白酶结合较为稳定,可以作为新型冠状病毒主蛋白酶的抑制剂或先导化合物.     

SARS-CoV-2和新型冠状病毒肺炎:发病机制与药物开发研究进展

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)是一种新发现的传染性人类冠状病毒,可导致新型冠状病毒肺炎(COVID-19).阐述了SARS-CoV-2的病原性特征,及其导致的新型冠状病毒肺炎的临床症状、致病机理与免疫反应特点;概述了当前针对COVID-19的治疗方案和潜在新疗法,及针对SARS-CoV-2的疫苗开发进展,以期加深人们对SARS-CoV-2和COVID-19的了解,帮助人们制定策略遏制COVID-19大流行.     

泛素样蛋白ISG15抗冠状病毒感染作用的研究进展（英文）

干扰素刺激基因15(ISG15,interferon-stimulated gene 15)是一种泛素样蛋白，在调节机体天然免疫和抗病毒感染过程中发挥重要作用。ISG15在针对流感病毒、乙型肝炎病毒、HIV病毒、埃博拉病毒、SARS病毒、中东呼吸综合征冠状病毒、巨细胞病毒等病毒的抗病毒研究已有文献报道。除此以外，最新的研究表明ISG15分子会在新型冠状病毒的木瓜蛋白酶样蛋白酶的作用下失活，从而抑制其抗病毒功能。因此抑制新型冠状病毒木瓜蛋白酶样蛋白酶，除能直接阻断病毒的生命周期、抑制病毒在体内的复制以外，同时也会提升ISG15分子水平，继而间接提升机体免疫能力，降低感染风险。该文介绍ISG15抗新冠病毒的过程，重点介绍ISG15抗冠状病毒作用的特异性，此外，总结新冠病毒通过木瓜蛋白酶样蛋白酶阻断ISG15介导的天然免疫实现免疫逃避的机制，并罗列了潜在的木瓜蛋白酶样蛋白酶的抑制剂。本文从ISG15抗病毒天然免疫的分子机制角度，总结抗SARS-CoV-2药物的最新进展，并对相关药物的研发前景进行展望。     

白木香群体的表型多样性分析

采集广东、广西、海南和云南4个省9个居群的174个白木香样品,分别测量其10项形态性状,并进行方差、相关和聚类分析.文中还以欧式平均距离10为阈值,采用UPGMA法将白木香聚成了4组.方差分析表明,各性状在白木香居群间和居群内均存在广泛的变异性,居群间F值在6.520~13.867之间,而居群内F值在24.033~94.081之间.居群内平均方差分量为52.62%,说明居群内的变异是白木香表型变异的主要部分.白木香居群间的平均表型分化系数为33.38%,说明居群内的多样性程度大于居群间.多重比较还表明,白木香各居群间的变异系数和相对极差均无显著性差异.另外,各地理因子中,海拔对性状的影响较大,其次是年均气温和年降雨量.     

水合鸢尾异黄酮磺化物[K（H2O）]（C17H13O6SO3）的合成及晶体结构

目的 合成一种新的水溶性水合鸢尾异黄酮磺化衍生物[K(H2O)](C17H13O6SO3),并确定其分子结构.方法 在60 ℃条件下用浓H2SO4磺化30 min,得到尼泊尔鸢尾异黄酮磺化物,并用体积比为 1/1 的乙醇-水溶液培养单晶,采用X-射线四圆衍射、IR和元素分析等方法表征其结构.结果 和结论将尼泊尔鸢尾异黄酮在60 ℃用浓硫酸磺化,高选择性地在底物B环的3′位引入一个磺酸基,合成了水溶性尼泊尔鸢尾异黄酮衍生物,产率为82%.该合成方法简单,反应条件温和,选择性高,产物容易分离,且产率较高,是合成标题化合物一种理想的方法.X-射线晶体结构表明该化合物属于单斜晶系,空间群P21m,晶胞参数a=0.835(4) nm,b=0.728(3) nm,c=3.000(14) nm,β = 96.09(7)°,V=1.814(15) nm3,Dc=1.650 g·cm-3,Z=4.在化合物的晶体结构中, 相邻的钾离子之间被O6,O7和O8桥链形成聚八面钾离子链.此外,化合物中还存在多个氢键,这使化合物自组装成一个三维网格结构的超分子.     

三丫苦的化学成分研究(Ⅱ)

采用硅胶柱色谱法从三丫苦的乙酸乙酯萃取物中分离得到4种化合物,经波谱分析鉴定为:(1)香草木宁,(2)(trans)-3,4,5-三羟基-6-乙酰基-7-甲氧基-2,2-二甲基色烷,(3)茵芋碱,(4)(trans)-3,4-二羟基-5-甲氧基-6-乙酰基-7-甲氧基-2,2-二甲基色烷,它们均为首次从该植物的根部分离...     

龙血竭主要黄酮类成分及其DPPH自由基清除活性研究

采用硅胶、Sephadex LH-20和反相RP C-18等柱色谱分离技术,从广西龙血竭甲醇提取物中分离了8个主要的黄酮类化合物,经综合波谱分析分别鉴定为:5,4'-二羟基-7-甲氧基-6-甲基黄烷(1),7,4'-二羟基高异黄烷(2),7,4'-二羟基-8-甲氧基高异黄烷(3),7,4'-二羟基高异黄酮(4),4'-羟基-2,4-二甲氧基二氢查尔酮(5),4,4'-二羟基-2-甲氧基二氢查尔酮(6),2,4,4'-三羟基-6-甲氧基二氢查尔酮(7),4,4'-二羟基-2,6-二甲氧基二氢查尔酮(8).还测定了化合物1~8的DPPH自由基清除活性,化合物1表现出较强活性.     

基于网络药理学与分子对接的新冠肺炎三焦疫毒寒湿症用药机理研究

针对新冠肺炎（COVID-19）中三焦疫毒寒湿症的一个临床用药药队,运用网络药理学和分子对接方法分析其药物作用机制。结果显示,筛选到中药活性成分 77 种,作用靶标 4760 个;使用DAVID（the database for annotation,visualization and intergated discovery)数据库对核心靶点进行GO（gene ontology)和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,主要涉及蛋白结合、ATP结合等生物过程和PI3K-Akt、FOXO等信号通路;Maestro对接结果表明COVID-19涉及靶点与药物有效入血分子成分的对接分数均小于-5。研究显示药队中的多种活性成分可通过与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的相关靶标结合发挥直接抗病毒作用,并通过多种途径与通路发挥对COVID-19的系统调节作用。     

新型冠状病毒感染实验动物的风险评估

摘要:目的 2019 年 12 月暴发的新型冠状病毒( SARS-CoV-2) 迅速传播,严重影响了社会生活正常运行。 由于新型冠状病毒受体血管紧张素转化酶( ACE2)在人及动物中的保守性,有必要对常见家畜及实验动物的易感性进行评估。 方法 基于 ACE2 的氨基酸序列,分析其在人、实验动物及家畜等动物中进化关系;根据冠状病毒受体结合结构域( Receptor binding domain,RBD)与 ACE2 的结合位点,比较其在物种间的变化,推测不同物种对新型冠状病毒的易感性。 结果 新型冠状病毒与 ACE2 的结合位点在不同物种间较为保守,且 ACE2 受体与新型冠状病毒RBD 的结合位点在人、猴和仓鼠的完全一致。 结论 基于位点比较和 SARS-CoV-2 感染动物特性分析,猴和仓鼠可能对新型冠状病毒较为易感,可以优先选择它们作为 SARS-CoV-2 感染动物模型。     

剑叶龙血树树叶化学成分及其改善HepG-2细胞胰岛素抵抗的作用

采用硅胶、Sephadex LH-20和反相RP C18等柱色谱技术,从云南剑叶龙血树(Dracaena cochinchinensis)树叶甲醇和石油醚提取物中分离了7个化合物,包括3个黄酮类化合物,1个三萜和3个甾体化合物,经综合波谱分析分别鉴定为:4',7-二羟基-3'-甲氧基-8-甲基黄烷(1),7-羟基-4'-甲氧基高异黄烷(2),2',4,4'-三羟基查尔酮(3),(22E)-3β-acetoxystigmasta-5,22-diene(4),lanost-9-en-3β-ol(5),β-谷甾醇(6),胡萝卜苷(7).测定了化合物1~3改善Hep G-2细胞对胰岛素抵抗的作用,化合物1~3能显著增加细胞的葡萄糖消耗量.     

CGC-MS法测定白木香挥发油的化学成分

采用水蒸气蒸馏法从白木香中提取挥发油,并用毛细管气相色谱-质谱(CGC-MS)联用仪对白木香挥发油的化学成分进行研究,经毛细管气相色谱分离出40个峰,共确认了其中的31种成分,占总油量的91%.其主要成分是5-甲氧基-2-甲基-2-苯基-四氢呋喃(11.98%)、邻苯二甲酸二丁酯(11.05%)、n-棕榈酸(9.90%)等.     

河北雾灵山地衣的研究Ⅱ(松萝科Usneaceae、石蕊科Cladoniaceae)

本研究对采自河北省雾灵山的松萝科Usneaceae、石蕊科Cladoniaceae地衣标本的形态、结构及化学成分进行了分析鉴定,研究结果表明：其中的鹿蕊属、扁枝衣属属于河北省地衣的新记录属,鹿蕊、扁枝衣、枪石蕊、穿杯石蕊、莲座石蕊属于河北省的新记录种．本工作为雾灵山地衣的区系研究奠定了基础．