我国2020年下半年SARS-CoV-2病毒株的基因突变分析

基于2020年6月1日—12月1日GISAID网站(http:∥platform.gisaid.org)公布的来自中国(不含台湾地区)的全部21条病毒基因组序列,以2019年12月公布的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)参考株NC_045512和MN996528进行各基因组错义突变位点分析,计算突变频率,寻找各突变最早出现的时间和地点,GISAID网站内搜索相似病毒株.结果显示:我国2020年下半年公布的北京市、浙江省、辽宁省大连市、云南省、山东省青岛市五地全部21个病毒株中共有18处错义突变,集中分布于Spike(S)、ORF1ab和Nucleocapsid(N)基因.S蛋白的D614G突变和NSP12(RdRp)蛋白的P323L突变具有最高的突变频率;除北京市的病毒株中发现的一个新突变位点外,其他位点突变均主要出现于欧洲或北美洲.根据突变位点分类,病毒株均属于欧洲的G支系,其中云南省的病毒株属于GH支系,与来自于泰国等亚洲的病毒株相似;山东省青岛市、辽宁省大连市、浙江省、北京市的病毒株属于GR支系,与来自欧洲的病毒株相似.综上,2020年下半年我国SARS-CoV-2病毒株主要为外源输入病毒株,在新型冠状病毒肺炎(COVID-19)防控策略上要在各运输环节严防外源输入;病毒新突变在严格的防控措施下未发生扩散,进一步说明我国采取的防控措施非常有效.     

中国大陆H9N2亚型禽流感病毒HA基因遗传分析及抗原相关性研究

为研究我国大陆H9N2亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因的分子进化及抗原相关性, 本研究对来自15个省、市、自治区的34株H9N2亚型禽流感病毒的HA基因进行了测序及系统发育分析, 并采用交叉血凝抑制试验及交叉攻毒保护试验对不同遗传分支下毒株间抗原相关性进行了分析. 结果表明, 所有34个毒株HA基因均符合低致病性禽流感病毒的特征, 但毒株间变异程度增加. 系统发育分析表明, 我国大陆H9N2亚型禽流感病毒主要分为三个系列, 各系列内毒株没有明显的地区及时间特征. 抗原相关性研究表明, 不同遗传系列下的毒株其抗原相关性明显低于同一系列内部毒株间的抗原相关性, 说明我国H9N2亚型禽流感病毒抗原性差异较大. 此外, 本研究同时筛选得到了用于制备多价苗的代表毒株.     

应用定点突变技术进行流感病毒NS1蛋白功能的研究

目的流感病毒NS1基因敲除毒株(delNS1毒株)的获得可以使我们建立更有效的生物学关系,主要表现在流感病毒繁殖周期和致病的过程中,流感病毒NS1蛋白和双链RNA活性蛋白激酶(PKR)之间的生物学关系.资料表明,缺少功能性的PKR可以使delNS1毒株在其他非允许宿主中繁殖,这表明流感病毒NS1蛋白的主要功能是对抗或阻止PKR调解抗病毒效应.因此,本实验为了证明流感病毒NS1蛋白对其复制和毒力的影响.方法应用定点突变技术进行流感病毒NS1基因的第38位和第41位氨基酸残基位点的定点突变;然后进行细胞转染包装成新的缺陷病毒;再对其进行转染后产量的测定,如TCID50和PFU.结果包装成的缺陷病毒与包装成的非缺陷病毒相比,缺陷病毒的TCID50和PFU明显下降.结论本实验证明了流感病毒NS1蛋白在流感病毒复制过程中,使其产量和毒力下降.     

猪生殖-呼吸道综合征病毒CH-1a株结构蛋白基因的克隆与序列分析

应用RT-PCR方法克隆了我国首次分离的PRRS病毒CH-1a株的6种结构蛋白基因(ORF2～7),并进行了核苷酸序列测定．利用序列分析软件分析了各基因编码产物的分子量、等电点、疏水性、抗原性和糖基化位点等,并与欧美毒株进行了比较,绘制了其系统发育进化树．结果显示cH-1a株与流行于北美洲的PRRS病毒株遗传关系很近,而与欧洲的病毒株遗传关系较远,表明流行于我国的PRRS病毒可能来自北美洲。     

权威指导专家有话说

正新型冠状病毒的源头是否是野生动物?钟南山:1.它是一个新型的冠状病毒,引起的症状跟SARS有些相似。2.它的源头是什么动物,目前还不清楚。从流行病学调查的各方面来说,它的源头来自野生动物的可能性比较大。陈焕春:穿山甲可能是此次病毒潜在的中间宿主,新型冠状病毒也可能存在多个中间宿主。穿山甲毒株与目前感染人毒株序列相似度高达99%。这个相似性还在观察,它可能是某个基因片段,或整个     

NDV核心抗原重组杆状病毒转移载体的构建

F和HN蛋白是新城疫病毒(NDV)中两种具有抗原性的表面糖蛋白．对NDV中国强毒株F48E8的F和HN基因进行了全长核苷酸序列分析．F基因的长度为1662bp，编码553个氨基酸，糖基化位点与已知的其他株系的位点相同；HN基因全长1904bp，编码571个氨基酸，其中第5个糖基化位点(第500～502个氨基酸)由NPT突变成NPV．为了便于在杆状病毒中表达，将F和HN基因的核心抗原区通过PCR扩增，并成功地克隆进杆状病毒转移栽体中，为利用杆状病毒表达系统生产抗新城疫病毒的基因工程疫苗打下基础．     

PRRSV福建流行毒株结构蛋白基因之克隆分析

对福建省流行的PRRS病毒FJ-1的结构蛋白基因进行了克隆、测序.FJ-1结构蛋白基因序列长3 188个核苷酸,包含7个开放阅读框(ORF).将FJ-1结构蛋白基因与国内外已发表的18个报道全长结构蛋白基因的PRRSV毒株进行核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较,发现:其与17个美洲型毒株核苷酸同源性达到89.7%～92.4%,推定各个ORF编码氨基酸的同源性在85.6%～98.6%之间;而与欧洲型毒株Lelystad核苷酸同源性为54.9%,推定各个ORF编码氨基酸同源性为53.2%～78.2%.遗传进化树分析表明FJ-1与美洲型毒株进化距离近,而与欧洲型毒株进化距离远.从分子水平上证明了福建省流行的PRRS病毒属于美洲型毒株.     

中国恒河猴MHC I型部分等位基因的分析

摘要：目的对中国恒河猴主要组织相容性复合体(MHC)l型部分基因进行携带情况调查与分析。方法采用序 列特异性引物(PCR—SSP)分型方法对华南灵长类动物研究中心繁殖的30只谱系清晰的中国恒河猴(Macaca mulatta)的32个MHC I型分子位点进行检测。结果采用的32对引物中,中国恒河猴可检出携带23个MHC—I等 位基因,但基因携带频率存在很大的差异,由3．57％至82．14％不等。结合遗传谱系分析,判断A1·21和b．2睾05 之间以及B·04和B·30之间可能就是连锁的。结论中国恒河猴携带能控制病毒复制的MHC I型基因位点的 频率较高,其基因携带频率与已发表的印度恒河猴携带频率存在明显差异。本研究为促进中国恒河猴在AIDS研 究中的应用,以及为建立携带特定MHC I基因实验猴小种群提供了依据。     

恒河猴类麻疹综合症的病原检测

对暴发类麻疹综合症的恒河猴病料组织进行了电镜观察,发现有副粘病毒粒子,然后分别合成了麻疹病毒及犬瘟热病毒的特异性引物,对病料进行RT-PCR扩增,从发病死亡的恒河猴脏器中扩增到犬瘟热病毒核蛋白基因287bp的特异片断,而麻疹病毒的检测为阴性.扩增到的犬瘟热病毒核酸片段经序列测定并与GenBank中的犬瘟热病毒毒株进行了比较,发现死亡恒河猴脏器中扩增到的片段序列与犬瘟热病毒疫苗株Onderstepoort、标准野毒株A75-17基因序列的同源性较高,研究结果表明引起恒河猴发病的病原体为麻疹病毒属的犬瘟热病毒.     

人巨细胞病毒临床低传代病毒株UL97 基因的克隆与分析

分离人巨细胞病毒（HCMV）临床低传代GZ02病毒株,并根据GenBank提供的实验室标准病毒株HCMV AD169磷酸转移酶基因UL97 DNA序列及有关文献设计引物,从HCMV GZ02病毒株基因组DNA中通过PCR扩增UL97基因,并克隆至pGEM3Z质粒载体．重组质粒经测序鉴定,发现HCM VGZ02病毒株UL97基因序列保守区域与HCMV AD169 UL97长度完全一致,但发生G205A、G761A、T823C、T1173C、T1282C、T1334C、T2106C等7个位点的碱基突变,涉及到编码氨基酸E69K,S275P,C428R和F445S位点发生改变。