罗非鱼无乳链球菌LAMP快速检测方法的建立

针对无乳链球菌高度保守的表面免疫相关蛋白基因,采用环介导等温扩增技术(LAMP),设计4条特异性引物,优化反应体系,建立罗非鱼无乳链球菌快速诊断方法.研究结果表明,LAMP方法检测灵敏度达到30 CFU·m L-1,且对2株罗非鱼源无乳链球菌均能扩增出特异性片段,而对14株非无乳链球菌均未扩增出相应片段.建立的LAMP检测方法具有高度的特异性和灵敏性,反应在1 h内完成,为罗非鱼无乳链球菌病的快速诊断提供了一种重要的技术手段.     

猪瘟强毒株与兔化弱毒疫苗株的LAMP鉴别检测

为了鉴别猪瘟病毒（CSFV）野毒感染和疫苗接种,系统比较分析CSFV标准强毒株、疫苗株、不同基因亚型的野毒株的全基因组序列差异,设计一套分别针对猪瘟强毒与弱毒NS5B基因的环介导等温扩增（LAMP）引物,建立特异性的猪瘟强毒株与疫苗株的LAMP检测方法.LAMP扩增产物用罗丹明B指示剂或者琼脂糖凝胶电泳进行检测.该方法特异性好,比RT-PCR灵敏度高出1 000倍,且重复性稳定性良好,为快速准确地鉴别CSFV野毒感染和疫苗接种提供了有效的方法.     

基于Omp25基因和环介导等温扩增技术检测布鲁氏菌方法的建立

目的建立灵敏、特异、快速的LAMP检测布鲁氏菌的方法。方法基于布鲁氏菌保守的Omp25序列设计了4套引物,根据文献合成了基于此序列的3套引物,利用7套引物建立了检测方法;应用浊度法和电泳法对4种布鲁氏菌进行检测,确定最佳引物;通过对4种布鲁氏菌和其它17种常见菌同时进行检测评价方法的特异性;通过对不同稀释浓度的4种布鲁氏菌的DNA进行LAMP检测以确定方法的灵敏度。结果本研究新设计的一套引物被确定为最佳引物;用建立的LAMP法对17种常见菌株进行扩增,结果均为阴性,本方法具有很高的特异性;LAMP法检测猪种S2、羊种M5、牛种104 M和布鲁氏菌犬种55226四种布鲁氏菌DNA的灵敏度分别为5×10-4、5×10-5、5×10-3ng/μL和5×10-4ng/μL;检测反应在30 min以内完成。结论本方法具有快速、灵敏、特异的特点,有望成为快速检测布鲁氏菌的有效手段。     

鸭、马、鹿源性成分实时等温扩增检测方法的建立

建立了一种快速检测鸭、马、鹿动物源性成分的实时荧光环介导等温扩增法。针对鸭、马、鹿物种COXIII,atpase6,COXⅠ特异性基因分别设计LAMP引物,反应加入荧光染料SYTO-9,在63℃条件下反应40min,通过实时检测荧光强度判断反应结果,结果显示鸭、鹿源性成分的检测灵敏度为1pg,马源性成分的检测灵敏度为100fg。对模拟掺杂肉制品检测时,掺杂鸭肉、马肉、鹿肉的检出限为0.01%。本文所建立的LAMP法特异性强、灵敏度高,能有效的对肉制品掺杂的鸭、马、鹿源性成分进行检测,可作为肉类鉴别的一种快速检测方法。     

环介导等温扩增技术检测乳粉中肺炎克雷伯菌

以荚膜脂多糖(capsular polysaccharide,CPS)合成调控子resA为靶基因片段,设计了肺炎克雷伯菌特异性引物,建立了环介导恒温扩增技术(Loop-Mediated lsothermal Amplification,LAMP)检测方法.结果表明,3对LAMP引物对肺炎克雷伯菌不仅有菌种专一性,而且,具有相当高的灵敏度(2 CFU/100 g).因此,该方法有利于更快更准确的鉴定食品中肺炎克雷伯氏菌.     

实验动物金黄色葡萄球菌LAMP法快速检测

目的建立一种灵敏、高效,可用于实验动物金黄色葡萄球菌检测的环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)。方法针对金黄色葡萄球菌nuc基因(V01281.1)参考设计4条LAMP扩增引物,并选取常见实验动物致病菌进行引物特异性检测;通过优化LAMP反应体系中Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度及LAMP反应时间,确立LAMP反应最佳条件;本文采用LAMP法和PCR法对不同浓度梯度的金黄色葡萄球菌以及用不同浓度金黄色葡萄球菌人工感染的粪样进行检测,比较两种方法的检测灵敏度。结果通过条件优化,本实验建立的LAMP法检测实验动物金黄色葡萄球菌的最佳反应温度为60℃,反应时间为50 min,优化后的LAMP反应体系为dNTP浓度2.0 mmol/L、Mg~(2+)浓度8.0 mmol/L、引物对FIP/BIP浓度1.6μmol/L、引物对F3/B3浓度0.2μmol/L,且与其它常见实验动物致病菌无交叉反应;对金葡菌纯培养物进行检测,LAMP法检测灵敏度为9CFU/反应管(9×10~3CFU/mL),PCR法检测灵敏度为9×10~1CFU/反应管(9×10~4CFU/mL),对人工接种金黄色葡萄球菌的SD大鼠粪样进行检测,LAMP法检测灵敏度为4.49×10~4CFU/0.1 g粪样,PCR法检测灵敏度为4.49×10~5CFU/0.1 g粪样。结论本实验建立的实验动物金黄色葡萄球菌LAMP检测方法,与PCR法,免疫学法和传统检测方法比较,具有特异性强、灵敏度高、操作简单等特点,可应用于实验动物金黄色葡萄球菌的快速检测。     

乳粉中常见致病菌的多重荧光PCR检测

利用多重荧光PCR技术快速检测乳粉中的沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、志贺氏菌.以沙门氏菌的invA基因、志贺氏菌的ipaH基因、金黄色葡萄球菌的nuc基因为靶基因,选择特异性引物,以参照菌种为对象,验证引物的特异性,建立多重荧光PCR检测方法,人工添加沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、志贺氏菌,确定方法的检出限.结果表明该方法特异性强、灵敏度高,乳粉中检测的灵敏度为1CFU/mL,可在8h内完成对乳品中沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、志贺氏菌的检测.     

建立实时荧光PCR快速鉴定鸡制品中鸡伤寒沙门氏菌的方法

建立基于Taqman探针实时荧光PCR检测鸡伤寒沙门氏菌(Salmonella gallinarum)的方法.根据GenBank公布的鸡伤寒沙门氏菌基因序列,设计引物和Taqman探针,采用实时荧光PCR进行特异性、灵敏性及模拟样品的检测实验.结果表明:特异性引物和探针可从34株鸡伤寒沙门氏菌菌株、26株其他血清型沙门氏菌和7株非沙门氏菌菌株中检测出全部的34株鸡伤寒沙门氏菌.以鸡伤寒沙门氏菌梯度稀释菌液DNA为模板进行实时荧光PCR实验,菌株模板浓度与Ct值呈良好线性关系,线性系数(R2)为0.999,扩增效率为88.2%,最低检测浓度为5cfu/mL.对已接种鸡伤寒沙门氏菌的模拟样品同时进行实时荧光PCR检测和传统方法鉴定,两者结果一致.该方法特异性好、灵敏度高,是快速鉴定鸡伤寒沙门氏菌的有效方法.     

单核细胞增生李斯特菌三种检测方法的比较

目的:通过比较国标法、real-time PCR法和LAMP方法,得到适合基层实验室快速检测单核细胞增生李斯特菌的方法。方法:分别用国标法、real-time PCR法和环介导的等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)法检测李斯特菌,并进行方法比较。结果:三种方法对单增李斯特菌的检测结果一致.国标法整个检测过程需5~7 d;real-time PCR法实验条件要求高,成本高,检测需1.5~2.5 d;LAMP法实验条件低,成本低,检测时限与real-time PCR相同。结论:LAMP法检测单增李斯特菌灵敏度高、特异性强、快速高效和低成本,适合基层实验室应急检测和现场监测使用。     

副猪嗜血杆菌环介导等温扩增快速检测方法的建立

为了建立一种简便、快速、灵敏、特异的副猪嗜血杆菌(Hps)检测方法,以Hps的16S rRNA保守区域片段为靶序列,选择6个特异性区域,设计4条特异性引物F3、B3、FIP和BIP。经优化反应体系、检测灵敏性和特异性,建立Hps的环介导等温扩增(LAMP)快速检测方法。研究结果表明:该方法的最优反应体系是引物c(F3)∶c(FIP)或c(B3)∶c(BIP)为1∶4、Mg~(2+)浓度为2 mmol/L、d NTPs浓度为6 mmol/L,最低检出量为0.241pg/μL DNA。该方法灵敏度是PCR法的100倍,且能够特异性检测出Hps,不能检测出猪链球菌、沙门氏菌、大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、胸膜肺炎放线杆菌和金黄色葡萄球菌。     

LAMP法鉴定家鸡性别的初步研究

为建立一种利用环介导等温扩增（LAMP）技术高效快速鉴定家鸡及早期胚胎性别的反应体系,本研究以W染色体上假基因序列EE 0.6序列为模板,设计LAMP引物,对反应温度、反应时间、Mg2＋浓度、dNTP浓度等条件进行优化.结果表明,在25μL反应体系中,Mg2＋终浓度为6 mmol/L,dNTP终浓度为1.5 mmol/L,63℃反应60 min时为最佳反应体系.在该反应体系下,LAMP成功地鉴定出家鸡性别的雌雄,准确率达到100%.此方法将成为一种快速有效地鉴定家鸡早期胚胎性别的新方法,且可以在生产实践中广泛推广应用.     

环介导等温扩增技术的研究进展

环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification method,LAMP)是一门新兴的基因扩增技术,作为一种分子生物学检测技术,具有高特异性、高敏感性、简单、便捷及成本低的特点,已广泛用于临床疾病的诊断、流行性细菌或病毒的定性定量检测、动物胚胎性别鉴定及基因芯片开发等领域...     

Molecular diagnostics in a teacup: Non-Instrumented Nucleic Acid Amplification (NINA) for rapid, low cost detection of Salmonella enterica

We report on the use of a novel non-instrumented platform to enable a Loop Mediated isothermal Amplification(LAMP) based assay for Salmonella enterica.Heat energy is provided by addition of a small amount(<150 g) of boiling water,and the reaction temperature is regulated by storing latent energy at the melting temperature of a lipid-based engineered phase change material.Endpoint classification of the reaction is achieved without opening the reaction tube by observing the fluorescence of sequence-specific FRET-based assimilating probes with a simple handheld fluorometer.At or above 22℃ ambient temperature the non-instrumented devices could maintain reactions above a threshold temperature of 61℃ for over 90 min-significantly longer than the 60 min reaction time.Using the simple format,detection limits were less than 20 genome copies for reactions run at ambient temperatures ranging from 8 to 36℃.When used with a pre-enrichment step and non-instrumented DNA extraction device,trace contaminations of Salmonella in milk close to 1 CFU/mL could be reliably detected.These findings illustrate that the non-instrumented amplification approach is a simple,viable,low-cost alternative for field-based food and agricultural diagnostics or clinical applications in developing countries.     

多种沙门氏菌分离培养基效果比较及在实验动物和垫料检测中的应用

摘要: 目的改进实验动物沙门氏菌分离培养方法,建立垫料中沙门氏菌检测方法。方法参考国内外沙门氏菌检测方法,用不同分离培养基对沙门氏菌、大肠杆菌和变形杆菌进行培养。选用最佳筛选效果培养基对动物肠道和垫料样品进行检测。结果BPW 预增菌、MKTTn 选择性增菌转种XLT4 培养基分离沙门氏菌的效果优于其他培养基,在1015 份动物样品中检测出3 份沙门氏菌阳性,能够检测出垫料中1CFU/g 的沙门氏菌。结论改进的沙门氏菌分离培养方法检出率高于现有国标方法,结果准确,可用于实验动物沙门氏菌及垫料的检测。     

广西北部湾局部海域海洋沉积物细菌多样性及生物活性评估

为有效探究海洋新型天然微生物资源,本研究以广西北部湾局部海域海洋沉积物样品为研究对象,采用高通量测序技术和纯培养分离方法分析海洋沉积物样品中细菌群落组成及多样性,利用双层琼脂扩散法检测纯培养菌株的抗菌活性,通过PCR扩增法筛选基因组中含有7种功能基因的阳性菌株。高通量测序结果显示：海洋沉积物中检测到1407个操作分类单元（Operational Taxonomic Units,OTUs）;在门水平上,变形菌门（Proteobacteria）的物种丰度最高,其次是厚壁菌门（Firmicutes）和酸杆菌门（Acidobacteria）。纯培养分离纯化鉴定出278株菌,分布在3门5纲16目24科31属,其中YIM 150853为1个潜在新分离单元。生物活性评估实验表明,76.34%的纯培养菌株至少对1种指示菌有抑制作用,其中链霉菌YIM 150601、YIM 150634抑菌谱广、抑菌活性强,放线菌的功能基因检出率高于非放线菌。广西北部湾局部海域海洋沉积物中蕴藏着丰富的细菌资源,纯培养菌株具有抗菌及合成生物活性产物的潜力,是开发新型天然产物的新菌源。     

禽源沙门氏菌快速检测方法研究进展

沙门氏菌病是一种重要的人畜共患病,一直威胁着畜禽健康和食品安全.当前正值我国大力推进沙门氏菌、淋巴白血病的种禽净化政策,但传统检测方法存在检测时间长、血清型和致病力无法区分的技术瓶颈,严重制约了沙门氏菌净化效率和净化进程,也限制了食品安全检测的准确性.针对沙门氏菌临床快速检测存在的技术壁垒,本文对细菌分离、血清学诊断、...     

鼠痘病毒TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 快速检测方法的建立与应用研究

摘要: 目的建立快速、敏感、特异检测鼠痘病毒的TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 方法。方法针对鼠痘病毒血凝素HA 基因设计特异性引物和探针,构建含有HA 基因的标准质粒进行定量分析,建立TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 检测方法,评价其敏感性、特异性和稳定性。对临床标本中的鼠痘病毒进行检测。结果研究结果显示,建立的鼠痘病毒TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 检测方法特异性为100%,与其他正痘病毒属病毒、非正痘病毒属病毒、细菌、真菌、寄生虫和细胞均无交叉反应。该技术灵敏度高,能精确定量检测鼠痘病毒DAN 线性范围达10 个数量级( 100—109 拷贝) ,最低检测限度为4 拷贝。该方法重复性非常好,组内变异系数和组间变异系数均小于3%。测试中相关系数、斜率和效率测量线性没有显著变化,表明该方法准确度高、精密度好。将其成功应用于临床标本中鼠痘病毒载量的定量检测,用普通PCＲ 和测序进行确证。整个检测过程可在2 h 内完成,可以用作快速诊断方法。结论本研究新建立的鼠痘病毒TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 方法,具有快速简便、特异性强、灵敏度高的特性,适用于动物源性产品中鼠痘病毒检测、食品和药品安全检查、环境监测、流行病毒调查,为临床标本中鼠痘病毒的快速定量检测提供了一种特异有效的评价工具,值得推广应用。