基于HRM方法检测乳腺癌组织TOX3,PPP2R1A,PTEN基因突变

该研究通过高分辨率溶解曲线(HRM)分析法对36例乳腺癌组织TOX3基因的7号外显子、PPP2R1A基因的6号外显子、PTEN基因的5号外显子进行突变位点检测,利用DNA测序分析法进一步验证。结果显示TOX3基因的7号外显子与PPP2R1A基因的6号外显子中无突变,但在PTEN基因5号外显子第1408位核苷酸序列由A突变为T,导致其编码氨基酸由N突变为Y,所检测的36例乳腺癌组织中有11例检测到突变,HRM结果与DNA测序结果分析一致。     

MTHFR基因C677T点突变的PCR-TGGE检测技术的建立

目的 :建立检测MTHFRC6 77T点突变的PCR -TGGE技术 .方法 :以中国人群外周血基因组DNA为模板 ,用聚合酶链反应扩增该基因外显子 4 ,用温度梯度凝胶电泳 (TGGE)分析检测PCR产物 ,对电泳结果异常者进行DNA测序 .结果 :垂直型TGGE与平行型TGGE均发现该外显子存在杂合性突变 ,经DNA测序证实为C6 77T点突变 .结论 :该技术具有快速、分辨能力高和重复性好的特点 ,是一种有效的检测核酸序列变异和点突变的技术 .     

PAX9基因大片段外显子-5与一蒙古族先天缺失牙家系患者相关性研究

目的：探讨转录调控因子成对盒基因PAX9（Paired box 9）大片段外显子-5与一蒙古族先天缺失牙家系患者发病的相关性.方法：分别使用普通PCR和降落PCR技术扩增PAX9大片段外显子-5,对比扩增结果,并将扩增得到的产物进行测序.结果：降落PCR技术能够扩增出与预期大小完全一致的目的片段,且扩增的特异性较普通PCR高.测序结果表明该外显子-5与GenBank中登录的正常人序列相同,未发现突变位点.结论：此患者先天缺失牙并非由外显子-5突变造成.降落PCR技术能有效地降低或避免非特异性扩增,快速得到目的片段.     

母系遗传耳聋家系核心成员MTO1基因的突变筛查

根据MTO1基因序列及有关文献,采用Oligo6软件设计并合成了8对引物,扩增了淮阴母系遗传非综合征耳聋大家系10例母系成员(5例听力正常,5例具有严重耳聋症状)的MTO1基因12个外显子及其与内含子交界区的DNA片段.测序结果发现5例具有严重耳聋症状患者的MTO1基因与5例听力正常个体的MTO1基因相应序列完全一致,且与MTO1标准序列相比,无任何序列变化.推测MTO1基因可能不对该家系线粒体DNA A1555G突变具有核修饰效应.     

中国人结直肠癌患者碱基切割修复基因胚系突变及与腺瘤样息肉基因体细胞突变的关系研究

取42例经过病理确认的结直肠癌患者癌组织及癌旁正常组织,抽提基因组DNA,应用单链构象多态性分析(SSCP)、变性高效液相色谱(DHPLC)分析,结合DNA直接测序,在全基因分析humanmutY homologue(MYH)基因胚系突变的同时,探讨其对结直肠癌细胞adenomatous polyposis coli(APC)基因体细胞突变的影响.结果42例患者中检出6例(14.29%)携带MYH基因的胚系突变,其中3例(7.14%)为MYH基因第2外显子单体型突变c.53C>T/c.74G>A(p.Pro18Leu/p.Gly25 Asp),3例(7.14%)为第12外显子的单碱基替换导致的错义突变c.972G>C(p.Gln324His).初步分析显示,这两种突变在正常对照组的检出较低,仅为3/213(1.41%)和0/59(0%).另一方面4/6例携带MYH基因胚系突变患者的癌组织样本中检出5个APC基因体细胞突变.本文结果提示,散发性结直肠癌患者中频繁检出MYH基因的胚系突变,其存在可能导致细胞DNA氧化损伤修复功能减弱,并使机体细胞APC基因发生突变的风险增高,从而可能参与部分结直肠癌的发生.     

男性不育症的基因分析

收集到一个包括 1 0 0余人的雄性激素不敏感综合症的患病家系 对其中 2个核心家系包括2 2个成员的雄性激素受体基因的全部外显子进行了突变检测 通过测序 ,检测出该基因第 7外显子中的一个错义突变 经ＲＦＬＰ对这些家系成员的基因型分型 ,显示该位点突变与该疾病存在严格的一致性分离 可以初步认为 ,该位点的突变是引起本家系疾病表型的主要原因 但此突变并不影响其中一些患者的育性 ,导致了可育与不育 2种截然不同表型的产生男性不育症的基因分析$遗传工程国家重点实验室     

阿尔茨海默病PS-1基因突变的研究

采用聚合酶链反应及基因测序技术探讨阿尔茨海默病（Alzheimer病，AD）早老素-1（Presenilin-1，PS-1）基因第3、4、5、8外显子的突变特点，对13例散发性Alzheimer病（sporadic Alzheimer＇s disease，SAD）患者、12例血管性痴呆（vascular demendia，VD）患者及31名正常老年人的PS-1基因第3、4、5、8外显子片段进行扩增与序列分析．编号为SAD5的患者PS-1基因第3外显子扩增片段上存在1个缺失突变位点，编号为SAD3的患者PS-1基因第8外显子扩增片段的近3’端处发现2个插入突变位点．12例VD患者与31名正常老年人的PS-1基因第3、4、5、8外显子均未发现突变．实验结果表明，SAD患者PS-1基因中存在第3、第8外显子的突变．     

新疆维吾尔族宫颈癌组织中C/EBPα第一外显子突变与HPV16感染的关系

为探讨新疆维吾尔族宫颈癌组织中C/EBPα第一外显子突变与HPV16感染的关系。收集46例新疆维吾尔族宫颈癌标本,采用基因测序方法检测C/EBPα第一外显子的突变,利用PCR扩增方法分析HPV16病毒的感染,进行统计学分析。结果发现C/EBPα第一外显子突变的患者HPV16病毒感染率高。且C/EBPα第一外显子突变的患者与未突变的患者的HPV16病毒的感染率存在显著性差异。McNemanr检验P0.05双侧。由此可知,新疆维吾尔族宫颈癌组织中C/EBPα基因第一外显子突变与HPV16病毒的感染相关。C/EBPα第一外显子突变可能是导致宫颈癌的一个重要因素。     

眼皮肤白化病Ⅰ型基因突变研究在产前诊断中的应用及一种致病性TYR基因新突变

目的:对1名生育过眼皮肤白化病(OCA)先证者母亲再次怀孕的家庭进行酪氨酸酶(TYR)基因突变研究和产前基因诊断.方法:应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增TYR基因各外显子、外显子内含子交界区及启动子区,分别以异源双链分析法(HA)、变性高效液相层析(DHPLC)和DNA序列测定技术分析先证者及其父母的基因突变,明确突变的致病性后,检测胎儿TYR基因相应位点与基因型.结果:先证者的基因型为c.232_233insGGG/c.841G＞T,其父母基因型分别为c.232_233insGGG和c.841G ＞T突变杂合子.E281X具有致病性.胎儿未获得父亲的c.232_233insGGG突变和母亲的c.841G ＞T突变.HA和DHPLC法所获得结果与测序结果完全一致.结论:确定了先证者基因型,并检测出一种新的致病性突变c.841G ＞T.胎儿未获得致病性基因突变,具有正常的基因型.     

眼皮肤白化病患者的TYR基因突变类型初步研究

目的:对临床诊断为眼皮肤白化病(OCA)患者的TYR基因进行突变筛查,以了解我国大陆OCA患者TYR基因突变类型。方法:应用PCR技术扩增患者及其父母的TYR基因外显子、外显子-内含子交界区及启动子区,以DNA序列测定技术进行突变筛查与鉴定。结果:在8名患者的16个TYR等位基因内,查明9种突变;其中错义突变4种(R77Q、E294K、R299H和W 400L),无义突变2种(R116X和R278X),插入突变2种(929 insC和232 insGGG),剪切位点突变1种(IVS1-3 C>G)。结论:W 400L、R299H分别占本研究所检出全部OCA1突变等位基因的31.3%(5/16)和18.8%(3/16),可能为中国大陆人群中较常见的TYR基因突变类型。     

五指山猪生长激素基因全序列克隆及序列分析

通过筛选一对引物，PCR扩增五指山小型猪GH基因全序列，并进行克隆测序分析、序列分析及氨基酸分析．结果表明，有98个位点不同，同源性为95．026％，外显子有2个碱基发生了突变，其中外显子2有1个位点的碱基突变导致了氨基酸异义取代。     

新生儿CHARGE综合征3例临床特征及CHD7基因突变位点分析并文献复习

目的 报道3例诊断为CHARGE综合征的患儿,对其临床特点及基因突变位点进行分析,并总结文献报道的中国新生儿CHARGE综合征患儿的基因突变特点及临床表现特点。方法 经临床诊断CHARGE综合征后,留取先证者及其父母的外周血标本并提取DNA,选择全外显子捕获芯片进行突变筛查,然后对疑似致病突变序列进行PCR扩增后对致病性突变位点进行Sanger测序验证。结果 根据CHARGE综合征的诊断标准,3例患儿均存在2项主要标准及2项次要标准符合,满足临床诊断CHARGE综合征诊断标准。基因分析结果 示3例患儿均存在CHD7基因突变,其中2例表现为CHD7基因杂合突变,1例表现为CHD7基因的杂合缺失,且其中2例突变位点均暂未见文献报道。结论 对于临床诊断CHARGE综合征的患儿,开展基因检测有利于分析该病的可能遗传致病机制。     

耳聋基因GJB2的突变分析及其与临床相关性的研究

为了研究苏州地区耳聋人群中GJB2基因突变的频率、突变类型及这些突变与耳聋发生的相关性,收集苏州地区散发性耳聋患者样本106例,家系32个(父母和患儿),听力正常对照组样本100例,PCR-直接测序法分析GJB2基因的突变,PCR-RFLP方法对明确有235delC突变的家系作进一步分析.结果显示:106例散发性耳聋患者中发现了11种变异,235delC是最主要的突变,其中18例为235delC纯合性缺失.235delC纯合突变导致常染色体隐性遗传性耳聋,患者多为双耳重深度耳聋(双耳大于90 dB),发病年龄早;235delc和其他位于不同染色体上的突变形成双重杂合性突变时,也可以导致耳聋.PCR-RFLP方法可在明确235delC突变的患者家系中进行基因诊断.     

非小细胞肺癌细胞系中关键致癌相关基因突变检测

目的:测定研究用非小细胞肺癌细胞系中主要致癌相关癌基因的突变情况,并分析其在肺癌研究中的意义。方法:选用6株非小细胞肺癌细胞系,采用PCR法扩增相应癌基因关键外显子序列,扩增产物直接进行碱基测序。利用NCBI网站数据库进行碱基定位及突变分析,推断基因突变导致的蛋白质氨基酸序列改变。同时检测供试细胞系对顺铂的药物敏感性,结合测序结果分析相应突变对肺癌细胞系实验研究的意义。结果:所有供试细胞系的EGFR、ERBB2、BRAF基因的受检外显子区域均无碱基突变,H460细胞系的KRAS基因存在单碱基置换,推测可导致Q61H氨基酸改变,PC9、HCC827、NCI-H1975、NCI-H1299细胞系存在KRAS第2外显子区的移码突变,推测可导致氨基酸编码阅读框的严重改变,导致蛋白质翻译提前终止。结论:供试的NSCLC细胞系在RTK/Ras/Raf信号转导途径拥有的癌基因突变,以及它们对顺铂的敏感性均与NSCLC患者体内癌细胞的情况有较大差异,我们认为在针对该途径的靶向治疗中,上述细胞系不具备典型性,不能较好的模拟NSCLC患者癌细胞的反应。     

Si-1基因中一个多态位点的初步分析

 通过PCR-RFLP技术分析了Si-1基因的外显子在肿瘤样本与正常人群外周血液样本的突变情况,初步确定了Si-1基因的第15号外显子的第56位发生点突变,突变类型为C—T的置换突变,其编码的P(脯氨酸)变化为S(丝氨酸).在正常人群外周血液样本中的突变频率为14%,而在肿瘤中的突变频率为24.7%,尤其在肠癌中的突变频率高达51.5%.上述结果表明Si-1基因的外显子的突变与肿瘤间有一定关系.     

马鹿生长激素基因的克隆与5′侧翼序列分析

根据报道的哺乳动物GH基因序列设计引物，首次利用PCR方法扩增和克隆了马鹿GH基因，该基因大小约为1．8kb，对该基因上游340bp核苷酸测序及分析表明，测序区域包括5′侧翼序列，第一外显子和部分第一内含子，第一外显子所编码的所有氨基酸与猪的相比完全相同，初步认为GH基因在马鹿基因组中为单基因，该测序区域与已报道动物GH基因相比是高度保守的。     

外显子组测序技术述评

外显子组测序主要包括3个步骤:目标序列的富集、DNA测序、生物信息学分析。笔者介绍了外显子组测序技术及其在遗传研究中的应用,分析了该技术的优势和不足,并对其应用前景进行了展望。与转录组和全基因组测序技术相比,外显子组测序在编码基因获取方面具有高效、准确、低成本的特点; 与全基因组关联分析技术(Genome-wide association analysis, GWAS)相比,能有效检测基因组中编码基因的稀有变异,但还不能检测到基因组水平上较大的结构性变异以及内含子区域的信息。目前,外显子组测序技术在人类单基因控制的遗传疾病和多基因控制的复杂疾病的分子机理研究中,能准确找到孟德尔遗传疾病致病基因; 在动植物上能成功检测到目标编码区的核苷酸变化。随着模式木本植物全基因组测序的完成,利用该技术可以加快对木本植物性别、林木抗逆性及生长等重要性状基因的定位,应用前景广阔。     

人SLC25A13基因内含子突变IVS6-11A>G导致转录子剪接异常

目的:通过minigene剪接实验分析SLC25A13基因内含子突变IVS6-11A G是否导致转录子剪接异常,并确定其剪接方式,进而明确其在Citrin缺陷病的致病性.方法:构建携带突变的目的片段外显子捕获载体,转染293T细胞后逆转录PCR扩增转录产物,测序并分析.结果:IVS6-11A G突变导致SLC25A13基因内含子6的3'端10个碱基保留于转录子中,致蛋白翻译提前终止,Citrin蛋白功能丧失.结论:SLC25A13基因IVS6-11A G突变为剪接突变,其剪接方式为可变3'剪接,该突变为Citrin缺陷病致病突变.     

导致人视网膜色素变性的RPGR基因突变

用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ和ＤＮＡ测序的方法在两个ＸＬＲＰ家系ＲＰＧＲ基因的１２号和９号外显子内各发现一个未报道的突变。这两个突变引起了严重的视网膜色素变性。     

牛补体C6基因SNPs与奶牛乳腺炎的关联性

以469头中国荷斯坦奶牛为样本,利用DNA测序及多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)技术等方法检测牛C6基因中单核苷酸多态性(SNP)位点。经序列比对发现4个单核苷酸多态性位点(SNPs):第2外显子上g.+2235GA(G突变为A),第8外显子上g.+32881CA(C突变为A)和g.+32925CT(C突变为T),第17外显子上g.+69060TC(T突变为C)。经SAS软件统计分析发现:g.+32881CA突变的群体,CA基因型的个体体细胞评分显著高于CC基因型的个体(p0.05),且其产奶量显著低于CC个体(p0.05);发生g.+69060TC突变的个体,CC基因型的个体产奶量极显著高于TT基因型个体(p0.01),同时其乳蛋白率显著高于TT基因型个体(p0.05)。