一种新的SLC25A13基因大片段缺失变异的识别：1例希特林缺陷病患者临床和遗传学分析

目的:探讨1例希特林缺陷导致的新生儿肝内胆汁淤积症(NICCD)患儿的临床和分子遗传学特征。方法:整理分析患儿临床资料，提取患儿及其父母外周血DNA标本，采用高通量测序检测致病突变，通过Sanger测序验证阳性发现，并根据ACMG指南和标准，分析新变异的致病性。结果:患儿为1.5月龄女婴，因发现皮肤黄染1月余入院。体检发现皮肤巩膜黄染，肝右肋下1 cm,质软。生化检查示血清总胆汁酸、直接胆红素、γ-谷氨酰转肽酶、甲胎蛋白等水平升高，伴低蛋白血症、凝血功能障碍和贫血。诊断为胆汁淤积症。遗传学分析发现患儿为SLC25A13基因c.852＿855del与c.1314-4144＿c.1452+3373del7658bp的复合杂合子；前者为母源性致病性变异，后者导致整个外显子14缺失，为父源性新变异，根据ACMG标准判定为致病性变异，病因诊断NICCD。经更换无乳糖并强化中链甘油胆汁的配方奶粉喂养，患儿病情迅速好转。结论:通过分析1例NICCD患儿的临床和分子遗传学特征，识别一个长达7658bp的SLC25A13基因缺失变异，扩展了SLC25A13突变谱，为NICCD确诊和遗传咨询提供了新的分子...     

SLC6A4基因表达及多态性对吐鲁番斗鸡攻击行为的影响

为探讨SLC6A4基因对吐鲁番斗鸡攻击行为的调控作用,寻找吐鲁番斗鸡攻击行为的分子标记,本研究分析吐鲁番斗鸡、新罗曼蛋鸡及其杂交F1代、F2代脑组织初生到6月龄各月龄的SLC6A4基因表达水平,筛查亲代、F1代和F2代的SLC6A4基因SNP,结合攻击行为表型分析验证SLC6A4基因多态性与吐鲁番斗鸡攻击行为的关联性。结果显示:初生到6月龄的吐鲁番斗鸡和新罗曼蛋鸡脑组织的SLC6A4基因表达呈波浪形,与攻击行为呈显著的正相关;在SLC6A4基因第一外显子上发现了2个错义突变位点(T6213768G、C6213750G),而且BB基因型的攻击性显著高于其他基因型,因此,SLC6A4基因可作为吐鲁番斗鸡攻击行为选择的候选基因,建议把第一外显子的BB基因型确定为吐鲁番斗鸡攻击行为分子标记的参考基因型。     

一类核糖体蛋白基因碱基出现频率分析

选取69个含内含子的核糖体蛋白基因,抽取其中每个基因转录起始位点附近长度为100个碱基的序列,分析69个基因序列样本碱基A,T,G,C出现的频率,发现碱基出现频率最大的为A,其次是T。含内含子的核糖体蛋白基因中富含碱基A,T的序列可能有利于基因的转录。     

一类核糖体蛋白基因转录起始位点与碱基情况分析

选取69个含内含子的核糖体蛋白基因,抽取其中每个基因转录起始位点附近长度为100个碱基的序列,发现转录起始位点出现碱基A的有64个基因,出现碱基T的有3个基因,出现碱基C的有2个基因,每个基因序列样本转录起始位点是碱基A的数学期望为0.928。分析69个基因序列样本碱基A,T,G,C出现的频率,发现碱基出现频率最大的为A,其次是T,碱基出现频率最小的是C,每个基因序列样本出现频率最大的碱基是A的数学期望为0.855,出现频率最小的碱基是C的数学期望为0.667。含内含子的核糖体蛋白基因中富含碱基A,T的序列有利于基因的转录。     

用计算机对人类TSPYl基因P53结合位点的鉴定

根据p53下游基因在其调节区域（启动子或内含子）含有与P53蛋白特异性结合的一致性序列5’-RRRCWWGYYYN（0-13）RRRCWWGYYY-3’，R—G或A，W—T或A，Y—C或T，N—A，C，T，G。用计算机对人类基因组中P53结合位点进行了研究，发现Y染色体上的TSPY1基因内含子中含有这样的一致性序列5’-GGGCTAGTTTtgGAGCTAGCCT-3’，意味着TSPY1基因有可能是一个p53下游基因。     

FSHβ和LHβ基因表达调控区多态性与女性真性性早熟相关分析

选取与性发育调控相关的重要基因黄体生成素β亚基(LHβ)和卵泡刺激素β亚基(FSHβ)基因,通过对27例病例样本中5'转录调控区测序,观察到4个新单核苷酸多态性位点(LHβ-1424 C/G,LHβ-238 G/A,FSHβ-261 G/T,FSHβ-132 T/A).在283例中国女性真性性早熟病例和284例正常女性(对照组)中,对LHβ和FSHβ基因的4个单核苷酸多态性位点分型.相关性分析结果显示:LHβ和FSHβ的5'上游转录调控区中的多态性位点与中国女性真性性早熟无显著相关性.     

真核生物上游刺激因子家族的分子进化

氨基酸序列和基因结构的系统发育分析表明,上游刺激因子家族usf1和usf2基因的产生是基因复制的结果,同时,usf1和usf2的内含子位置以及插入相位分析揭示在不同进化地位的物种中,可独立地发生内含子的插入或删除,因此,看似同源的内含子不一定是同源的,这说明在以内含子为基础进行同源性分析时应谨慎.与低等动物相比,脊椎动物中的usf基因序列高度相似,对比usf1和usf2的各个选择性剪接变体发现,二者的剪接模式都很保守,而新的变体是由点突变或内含子中额外序列的插入造成的.另外,以前的研究均认为所有usf中均有亮氨酸拉链,然而本研究发现,该结构域是新近插入到该蛋白家族中的.     

用计算机对人类TSPY1基因P53结合位点的鉴定

根据p53下游基因在其调节区域（启动子或内含子）含有与P53蛋白特异性结合的一致性序列5’ –RRRCWWGYYYN（013) RRRCWWGYYY3’,R=G或A,W=T或A,Y=C或T,N=A,C,T,G。用计算机对人类基因组中P53结合位点进行了研究,发现Y染色体上的TSPY1基因内含子中含有这样的一致性序列5’GGGCTAGTTTtgGAGCTAGCCT3’,意味着TSPY1基因有可能是一个p53下游基因。     

用CRISPR/CAS9系统构建原位表达dPit:GFP的果蝇品系

SLC20A2基因是Ⅲ型纳磷转运蛋白2(PiT2)的编码基因,PiT2可将无机磷从细胞外运送至细胞内.SLC20A2基因突变导致PiT2不能正常地将无机磷运送到细胞内,血液中的无机磷含量升高,磷和钙离子结合形成沉淀,堵塞血管.SLC20A2基因在果蝇中的同源基因是CG42575(dpit).本实验使用CRISPR/CAS9系统,构建原位表达dPiT:GFP的果蝇品系,将绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,GFP)编码序列插入dpit基因末端,使果蝇表达dPiT:GFP融合蛋白.该融合蛋白可以被dPiT及GFP的抗体同时识别,通过荧光直接观察dPiT:GFP的位置,从而准确定位dpit,进而为dpit基因的功能研究提供基础.     

动态RNAm~6A甲基化修饰及其调控mRNA剪接机制（英文）

RNA 6-甲基腺嘌呤(m6A)动态修饰酶的研究及RNA m6A免疫沉淀及高通量测序技术(Me RIP-seq/m6A-seq)的快速发展,为揭示m6A在调控RNA加工、个体发育、分化、代谢及生殖等生物学功能提供了新契机.催化m6A修饰形成的甲基转移酶复合物至少包括了催化亚基METTL3和METTL14及调控亚基WTAP;加双氧酶家族蛋白FTO和ALKBH5作为m6A去甲基化酶催化m6A去甲基化;而m6A结合蛋白主要分布于细胞质的YTH结构域家族YTHDF1-3和细胞核的YTHDC1-2.扰动上述调控m6A动态的修饰酶活性可导致上千基因的表达变化,并影响m RNA稳定性及剪接加工等.本文综述了近期m6A甲基转移酶、去甲基化酶和结合蛋白的重要研究进展,并讨论了m6A调控RNA加工代谢尤其是pre-m RNA剪接的潜在作用机制.     

我国近15年婴儿胆汁淤积症研究现状分析及未来预测

收集三大数据库中收录的国内期刊上近15年婴儿胆汁淤积症文献,采用可视化软件分析以获取该领域的研究现状,以为相关人员提供借鉴。研究发现2010年发文数量稳步上升,近2年处于高峰。发文较多的期刊主要为儿科领域的专业性期刊,参与发文作者较多,但专注于该病研究者偏少。除外关键词"胆汁淤积"、"婴儿"后,出现频次较高的关键词有"胆道闭锁"、"Citrin缺陷"、"巨细胞病毒"、"肝内胆汁淤积"、"基因"、"突变"、"SLC25A13"、"肝移植"、"更昔洛韦"、"早产儿"等。研究主题为病因、诊疗及鉴别诊断三大块。病因及诊疗为目前热门研究且具有广阔的发展空间,基因学在该领域的应用也有望成为未来发展方向。     

新疆肉用绵羊抑制素βA基因多态性与产羔数关联分析

肉用绵羊的产羔数量低是制约新疆绵羊产业发展的一个重要因素.因此,对绵羊产羔数的分子标记研究也就具有了非常重要的现实指导意义.本研究选择了新疆本地品种哈萨克肉用羊、引进品种萨福克肉用羊和德中杂交肉用羊为实验对象,以抑制素βA基因为产羔数性状的候选基因设计了5对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态技术(PCR-SSCP)检测该基因多态性,并分析其与产羔数的关联.结果表明:3种绵羊外显子5'调控区引物0-2扩增区域存在多态性位点,有3种基因型,分别定义为:AA、AB和BB.测序发现,基因型AA在外显子1的一43 bp和-44 bp处存在C→A和G→A的连续碱基突变,-38 bp处存在C→A的单个碱基突变,一25 bp处存在C→G的单个碱基突变.显著性分析显示,哈萨克羊基因型AA比基因型AB和BB产羔数分别多0.20个(P＜0.05)和0.26个(P＜0.05),德中杂交基因型AA比基因型AB和BB产羔数多0.25个(P＜0.05)和0.34个(P＜0.05),而萨福克羊3种基因型产羔数差异无统计学意义(P＞0.05).结论:绵羊抑制素βA是影响新疆哈萨克羊和德中杂交肉用羊产羔数的重要基因,可作为标记辅助选择的候选基因.     

利用DNA shuffling构建部分解除对氟苯丙氨酸反馈抑制的aroG

3-脱氧-D-阿拉伯庚酮糖-7-磷酸合成酶(DAHPs)是芳香族氨基酸生物合成途径中关键的限速酶,在大肠杆菌中有3种同工酶,分别由aroG(Phe)、aroH(Trp)和aroF(Tyr)基因编码,这3种酶分别受苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸反馈抑制.为得到解除苯丙氨酸反馈抑制的突变AroG,以Escherichia coli野生型aroG、aroH和aroF基因为亲本,通过DNAshuffling技术对aroG基因进行改组,将获得的改组aroG与载体pET30a连接得到改组文库,转化到E.coliBL21(DE3)中,在含有Phe类似物对氟苯丙氨酸(p-FP)的培养基上筛选转化子,获得2个能耐受10 mg/mLp-FP的克隆.这2个克隆的测序结果显示,其中一个发生了3个点突变:C129T,A531G,A1032G;另一个发生了3个点突变T77A,G883A,A1032G和4个碱基的插入突变即922位插入A,943位插入CG,971位插入A.2个改组AroG的最适pH和最适温度与野生型AroG相比无明显变化.     

拟南芥bHLH家族转录因子DYT1在花药发育过程中调控胼胝质降解(英文)

胼胝质的合成和降解是雄配子体减数分裂过程中的一个重要特征,对后期花粉成熟有重要作用.在此研究中,分离到了一个雄性不育突变体msl57,该突变体的绒毡层分化及胼胝质降解过程出现异常,导致花粉败育.图位克隆和遗传分析表明:MSl57基因与bHLI-I家族转录因子DYTI(At4g21330)是同一基因.因此,将ms157突变体改名为dyt1-2.反式激活作用实验揭示了DYTI的激活功能域位于基因的250 ～504bp之间.通过酵母双杂交实验发现DYT1蛋白在体内可以形成同源二聚体来执行其功能.RT-PCR及定量PCR分析表明胼胝质酶相关基因A6的表达在突变体背景下严重下调.因此,DVF1通过调控胼胝质的降解来影响花药发育过程.     

四膜虫锌指结构蛋白Zfp1影响离子胁迫下金属硫蛋白基因的表达

金属硫蛋白对细胞的环境应激起到重要的调节作用,在重金属离子胁迫下上调表达。然而其具体的表达调节机制并不清楚。本研究从嗜热四膜虫克隆了锌指蛋白基因ZFP1(TTHERM-01002770),ZFP1基因无内含子,全长2 160bp,编码719aa。构建了ZFP1敲除载体pN-ZFP1,通过同源重组的方法敲除ZFP1基因获得ZFP1敲除的突变细胞。ΔZFP1对Cu2+和Cd2+的EC50值分别为53.0μmol/L和25.3μmol/L,低于野生型细胞83.1μmol/L和32.8μmol/L.Cu2+胁迫下,ΔZFP1突变细胞中MTT2、MTT3、MTT4和MTT5的转录水平降低,MTT1转录水平上调;Cd2+诱导下,MTT4转录水平降低,MTT1、MTT2、MTT3和MTT5的转录水平上调,敲除ZFP1基因影响了细胞对Cu2+和Cd2+的耐受性,ZFP1的缺失导致Cu2+和Cd2+诱导下金属硫蛋白基因转录水平变化。结果表明Zfp1参与了金属离子胁迫下嗜热四膜虫金属硫蛋白基因的表达水平。     

21例葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症基因突变型分析

G6PD是磷酸戊糖旁路代谢的限速酶 ,也是重要的看家酶 .G6PD缺乏症是人类常见的遗传性疾病 .作者应用突变特异性扩增系统 (ARMS) ,对 2 1例G6PD缺乏症患儿进行基因检测 .结果在2 1例患儿中检出G1388A突变 7例 ,G1376T突变 4例 ,A95G突变 3例 ,未定型 7例 .成都常见的G6PD基因突变型为中国人中常见突变型 ,分析四川人群G6PD基因突变型 ,估计基因突变频率 ,可为四川省G6PD缺乏症的临床防治提供理论依据 .     

亚洲棉全基因组中NAC类转录因子基因的鉴定与分析

为了开发棉花NAC基因资源,本文利用生物信息学方法在亚洲棉基因组中预测了138个NAC基因,根据其在染色体上的位置关系命名为Ga NAC001-Ga NAC138,所有Ga NAC基因分布于亚洲棉13条染色体上。根据Ga NAC蛋白的序列相似性及系统进化分析,将亚洲棉Ga NAC蛋白分为11个亚家族,每个亚家族的Ga NAC蛋白数目为4-25个。基因结构分析发现,大部分(63.7%)Ga NAC基因含有2个内含子。比较亚洲棉与陆地棉、雷蒙德氏棉NAC蛋白的同源性,发现亚洲棉与雷蒙德氏棉NAC蛋白的匹配程度高于陆地棉,平均序列一致性分别为93.9%和81.2%,一些NAC基因(58/138)在棉属的进化过程中高度保守,一些(37/138)则变异程度较大,可能是生物体为了适应环境的变化产生了新的功能。本研究结果为亚洲棉及陆地棉NAC转录因子基因的后续深入研究提供了重要参考。     

深黄被孢霉△6-脂肪酸脱氢酶基因敲除及鉴定

以产油丝状真菌深黄被孢霉M6-22(Mortierella isabellina 6-22)为出发菌株,利用亚硝基胍诱变技术筛选到一株对潮霉素药物敏感的菌株Mortierella isabellina 6-22-4,同时构建了含有潮霉素抗性基因表达单元和深黄被孢霉△6-脂肪酸脱氢酶基因5'与3'端部分同源序列的重组质粒PD4MI6,用于对深黄被孢霉△6-脂肪酸脱氢酶基鼠的敲除.通过PEG/CaCl2介导的原生质体转化法,将质粒PD4MI6转化入深黄被孢霉M6-22-4菌株.转化子经潮毒素抗性选择平板筛选、分子检测获得了一个△6-脂肪酸脱氢酶基因缺失的突变株Mut6.气相色谱分析结果显示,该突变株γ-亚麻酸特征峰消失,相应地亚油酸产量显著增加.培养结果表明该突变株的菌落形态、颜色及生长状况与出发菌株M6-22或M6-22-4相比均有显著改变.     

SLC11A1基因多态性与新疆喀什地区维吾尔族人群肺结核易感性的相关性研究

为研究探讨新疆喀什地区的维吾尔族肺结核患者及健康对照人群SLC11A1基因多态性与肺结核易感性的相关性。选取维吾尔族总样本人数644人,其中肺结核患者251人,健康对照者393人,提取个体DNA样本,并采用测序的分型方法(SBT),对SLC11A1基因的3个单核苷酸多态位点(rs17235409 GA;rs17235416 TGTG/TGTG--/--;rs3731865 CG)进行检测,统计分析检测的结果,研究SLC11A1基因的多态性与维吾尔族人群肺结核易感性的相关性;比较SNPs在维吾尔族样本人群与已报道的汉族样本人群及哈萨克族样本人群之间基因频率的差异。结果显示:(1)维吾尔族样本病例组中SLC11A1基因rs17235409 GG、GA、AA基因型频率分别为84.9%、13.9%、AA 1.2%;健康对照组中分别为87.3%,12.2%,0.5%,logistic回归检测,各基因型P0.05,无明显统计学差异。病例组中SLC11A1基因rs17235416 TGTG/TGTG、TGTG/-、--/--基因型频率分别为85.5%,13.1%,1.6%;健康对照组中分别为87.0%,12.5%,0.5%,logistic回归检测,各基因型P0.05无明显统计学差异。病例组中SLC11A1基因rs3731865 CC、CG、GG基因型频率分别是2%、21.9%、76.1%;健康对照组中分别是2.3%、24.9%、72.8%,logistic回归检测,各基因型P0.05无明显统计学差异。(2)SLC11A1基因rs17235409在本实验维族样本人群与已报道的汉族样本人群中GG、GA、AA基因型频率分别是86.6%、12.9%、0.8%和77.7%、20.4%、1.9%,X2=9.363,P0.05差异有统计学意义。SLC11A1基因rs17235416在本实验维族样本人群已报道的哈萨克族样本人群中TGTG/TGTG、TGTG/-、--/--基因型频率分别为86.3%、12.7%、0.9%和71.9%、24.5%、3.5%,X2=35.833,P0.05差异有统计学意义。由此可知:(1)本实验维吾尔族人群SLC11A1基因多态性与肺结核易感性不存在相关性。(2)SLC11A1基因多态位点rs17235409rs17235416基因型频率分布在维吾尔族与汉族之间及维吾尔族与哈萨克族之间存在明显差异。     

基于HRM方法检测乳腺癌组织TOX3,PPP2R1A,PTEN基因突变

该研究通过高分辨率溶解曲线(HRM)分析法对36例乳腺癌组织TOX3基因的7号外显子、PPP2R1A基因的6号外显子、PTEN基因的5号外显子进行突变位点检测,利用DNA测序分析法进一步验证。结果显示TOX3基因的7号外显子与PPP2R1A基因的6号外显子中无突变,但在PTEN基因5号外显子第1408位核苷酸序列由A突变为T,导致其编码氨基酸由N突变为Y,所检测的36例乳腺癌组织中有11例检测到突变,HRM结果与DNA测序结果分析一致。