137 Cs-γ 辐照对实验红鲫 AFLP 多态性的影响

摘要:目的 观察137 Cs-γ 辐照对实验红鲫 AFLP 的变化,探讨不同剂量137 Cs-γ 辐照对实验红鲫 DNA 多态性的影响。 方法 根据前期实验结果,将实验红鲫 C1HD 系随机分为 5 组,10 尾 / 组,即空白对照组、1 / 16 LD50 、1 / 8 LD50 、1 / 4 LD50 、1 / 2 LD504 个辐照组,设置 1. 94 Gy、3. 88 Gy、7. 76 Gy、15. 53 Gy4 个辐照剂量组和一个空白对照组,用生物辐照仪对实验红鲫进行一次性辐照。 提取辐照前和辐照后的实验红鲫血液 DNA,经 AFLP-PCR 扩增,并进行多态性信息含量( PIC) 、基因杂合度( H) 、香农信息指数( I) 分析。 结果 实验红鲫在137 Cs-γ 辐照处理前的 PIC、H 和 I分别为 45. 20% 、0. 19 和 0. 28,经137 Cs-γ 辐 照 处 理 后 分 别 为 72. 27% 、0. 28 和 0. 41,且 遗 传 学 指 数 升 高。 结 论经137 Cs-γ 辐照处理后,实验红鲫的 AFLP 多态性信息含量增加,基因杂合度升高。 AFLP 标记实验红鲫 C1HD 系可用于监测核辐射污染。     

应用微卫星标记对海南和广西恒河猴遗传多样性的研究

目的研究微卫星DNA多态性在海南和广西恒河猴遗传多样性中的应用。方法利用11个微卫星位点,对来自这两个地区的恒河猴进行了遗传检测,并通过POPGEN32软件计算各个微卫星座位的等位基因频率、有效等位基因数目(Ne)、多态信息含量(PIC)和遗传杂合度(H)。结果所选择的11个微卫星位点均存在高度的遗传多态性,H为0.6848~0.8785;PIC为0.5826~0.8345;Ne为3.0000~7.1553。以11个微卫星标记为测度,广西恒河猴的Ne、PIC和H的平均值均高于海南猴,分别为4.2583、0.7090、0.7706(广西恒河猴)和4.2054、0.7025、0.7656(海南恒河猴)。结论这种差别可能与地域来源有关。这些研究为微卫星标记分析恒河猴遗传多样性提供理论基础。     

雌核发育棕点石斑鱼EST-SSR的开发验证

通过人工雌核发育棕点石斑鱼(Epinephelus fuscogutatus)的转录组序列,共获得了24 359个微卫星位点,棕点石斑鱼转录组的微卫星重复基序具有不同的分布特征,其中以单碱基(34.05%)、二碱基(37.58%)和三碱基(22.75%)为主要的EST-SSR基序重复类型.根据微卫星引物设计原则,随机筛选了93个EST-SSR位点来进行引物合成和多态性检测,最终开发了48个具有多态性的微卫星标记,并在不同棕点石斑鱼群体中进行了初步的验证.结果显示:每个位点等位基因数(Na)为2～22,平均等位基因数为9;观测杂合度(H_0)为0.111～1.000,期望杂合度(He)为0.636～0.940;多态信息含量(PIC)为0.538～0.922个,表明48个EST-SSR位点均表现出高多态性(PIC 0.5).结果表明:基于雌核发育棕点石斑鱼转录组数据,开发微卫星标记是可行的.本研究所开发的具有多态性的微卫星标记可应用于棕点石斑鱼及其近缘种的遗传多样性分析和分子标记辅助育种研究.     

基于高通量测序的鹿角杯形珊瑚微卫星标记的开发

为了更深入开展珊瑚遗传结构及其多样性研究,本研究采用高通量测序对鹿角杯形珊瑚进行微卫星标记的开发。首先用人工白化的方法获得污染较低的鹿角杯形珊瑚,然后使用该样品DNA,基于高通量测序平台对鹿角杯形珊瑚简化基因组进行了测序,最终设计得到鹿角杯形珊瑚微卫星引物2 786对。利用海南三亚鹿角杯形珊瑚对其中6对多态性较高的微卫星标记进行了评价。每个微卫星位点的有效等位基因数(Ne)为2.198～5.000;观测杂合度(Ho)为0.531～0.875;期望杂合度(He)为0.512～0.816;Shannon多样性指数为0.856～1.829;多态信息含量(PIC)为0.441～0.777,其中有4对微卫星标记呈现为高度多态性(PIC 0.5),2对微卫星标记为中度多态性。经过Bonferroni校正后,只有微卫星标记LB11偏离哈迪—温伯格平衡;连锁不平衡检验结果表明,位点之间不存在连锁不平衡现象。     

大绒鼠(Eothenomy miletus)微卫星多态性引物的筛选

大绒鼠是横断山区的固有种。利用大绒鼠40个个体设计出12对微卫星引物,其有效等位基因(Na)2～5个,观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)及多态信息含量(PIC)分别为0.111to 0.465,0.457to 0.707,0.407 3to 0.674 1.筛选出的12对引物中Emj 2～43和Emj 2～54属于高度多态性座位,其余10对均为中度多态性座位,这些微卫星引物的筛选可用于今后更进一步的种群研究。     

新疆3个地方品种绵羊微卫星遗传分析

利用10个微卫星标记对新疆北疆地区3个品种绵羊品种遗传多样性进行了检测。统计了各品种的等位基因组成、平均有效等位基因数(E)和平均基因纯合率(Ph),利用等位基因频率计算出各品种的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和品种间的遗传距离。结果表明：10个微卫星位点在3个绵羊品种中的多态信息含量除BM1824、MAF65、OarAE101、OarFCB48为低、中度多态外,其余6个微卫星均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于绵羊品种之间遗传多样性和系统发生关系的分析;各品种绵羊总的平均PIC、h和E均低于、Rh高于国外其他品种的绵羊,其基因多态性和遗传多样性相对贫乏;各品种的分子系统发生关系与其来源、育成史、分化及地理分布基本一致。     

辽宁汉族人群6个短串联重复序列基因座的遗传多态性

利用多重PCR和4色荧光(5-FAM,JOE,NED和ROX)自动化检测技术调查辽宁地区汉族人群CSF1PO,THO1,D16S539,2S1338,D19S433和TPOX等6个STR基因座多态性分布并计算该6个基因座的基因频率(Pi)、个体识别率(DP)、无偏倚期望杂合度(H)、多态性信息含量(PIC)和非父排除率(PE)．结果显示,6个STR基因座的基因型分布符合Hardy—Weinberg定律．6个STR基因座累积个体识别率(CDP)为0．99999948,累积非父排除率(CPE)为0．98927．6个STR基因座适合作为中国人群的遗传标记,用于人类学、遗传疾病基因连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等研究领域．     

鳜干扰素刺激基因Viperin微卫星标记筛选及遗传变异分析

研究采用生物信息学技术在鳜干扰素刺激基因Viperin(Virus inhibitory protein, endoplasmic reticulum-associated, interferon-inducible)序列中发现了2个微卫星序列,通过设计2对微卫星引物,对翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)、斑鳜(Siniperca scherzeri)和大眼鳜(Siniperca kneri)基因组进行PCR扩增分析其多态性.结果表明:Viperin基因微卫星多态性在3物种高低顺序依次为斑鳜,翘嘴鳜和大眼鳜,多态信息含量(PIC)在0.2394-0.8043之间,平均多态信息含量为0.5247,属于高度多态性位点.因此,本研究的2对引物可作为鳜3物种遗传分析的微卫星标记.     

口虾蛄转录组微卫星标记开发

采用高通量测序技术获得的口虾蛄转录组测序数据,筛选具有多态性的SSR标记。结果共获得87 355条Unigene,67 657个微卫星位点,其中双碱基重复和三碱基重复的SSR较多,分别有30 235个和17 590个,占总数的44.69%和26%。获得230种重复类型,其中双碱基中的AC/GT重复和三碱基中的AGG/CCT重复是重复次数较多的重复类型。从中挑选碱基重复次数较多的微卫星引物共50对进行合成。用北海24个口虾蛄样品进行验证,获得条带清晰和多态性好的引物6对。6个微卫星位点在口虾蛄北海群体的遗传多样性分析中均表现出较高的多态性。平均有效等位基因数(k)为5.17,观测杂合度(Ho)为0.437 2,平均期望杂合度(He)为0.672 4,多态信息含量为(PIC)为0.602 3,这说明开发的6对SSR标记均适合群体遗传多样性研究。为口虾蛄进一步遗传多样性的研究奠定了基础。     

宁夏回族和汉族人群15个STR基因座的遗传多态性

对宁夏回族和汉族人群15个STR基因座的遗传多态性进行调查,应用Identifiler Plus试剂盒检测598名宁夏回族、598名宁夏汉族无关个体15个STR基因座的DNA分型,使用Modified-Powerstates统计软件计算等位基因分布频率等法医遗传学数据。实验发现:宁夏回族和汉族人群的15个STR基因座基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律(P0.05),宁夏回族群体15个基因座的杂合度(H)在0.659~0.858之间,匹配概率(Pm)在0.037~0.147之间,个体识别概率(DP)在0.798~0.963之间,多态信息含量(PIC)在0.570~0.850之间,非父排除概率(PE)值在0.368~0.710之间;宁夏汉族群体15个基因座的杂合度(H)在0.587~0.878之间,匹配概率(Pm)在0.035~0.211之间,个体识别概率(DP)在0.789~0.965之间,多态信息含量(PIC)在0.550~0.850之间,非父排除概率(PE)值在0.342~0.751之间。结果表明,宁夏回族人群和汉族人群15个STR基因座具有较高的遗传多态性分布特征,可为宁夏人口亲权鉴定、个体识别及群体遗传学研究提供基础。     

实验红鲫对137Cs 辐射的氧化应激响应

摘要: 目的探讨实验红鲫对137 Cs 辐射的氧化应激响应和氧化应激生物标记物。方法实验红鲫分别以0 Gy、1. 94 Gy、3. 88 Gy、7. 76 Gy、15. 53 Gy137Cs 辐照,分别于24 h,48 h,72 h,96 h 取出肝脏、性腺,按试剂盒方法检测SOD、GSH-PX 活性,于7 d 和14 d 取出肝脏、肾脏、心脏、脑,按Western blot 方法检测HSP70 含量。结果1. 94 Gy至15. 53 Gy137Cs 辐照能引起实验红鲫氧化应激,SOD、GSH-PX 活性和HSP70 含量发生改变。1. 94 Gy137Cs 辐照诱导实验红鲫肝脏SOD 活性升高, 3. 88 Gy、7. 76 Gy、15. 53 Gy137Cs 辐照诱导实验红鲫肝脏SOD 活性下降,且随辐射剂量升高,其SOD 活性逐渐降低。1. 94 Gy 以上137Cs 辐照诱导实验红鲫性腺SOD 活性下降,并随辐射剂量升高和时间的延长而下降,且下降幅度较大。各辐照处理组实验红鲫肝脏和性腺的GSH-PX 活性变化不大,表现出随辐射剂量升高则活性降低的变化趋势。137Cs 辐照处理后7 d 和14 d,各辐照处理组实验红鲫肝脏、肾脏、心脏和脑的HSP70 表达量均比对照组的高,且随着137Cs 辐照剂量的增加和时间的延长而升高,均存在着一定的“剂量－ 时间－效应”关系。结论实验红鲫性腺对137Cs 辐射的氧化应激响应较敏感,性腺SOD 和肝脏或肾脏的HSP70 可作为氧化应激标志物。     

中国美利奴羊(新疆军垦型)超细品系微卫星多态性的研究

选择分布在绵羊第6号染色体上的4个微卫星基因座OarDB6、BM1824、BM6438、BM6506,利用PAGE凝胶电泳检测微卫星在中国美利奴羊（新疆军垦型）超细品系中的等位基因数,计算等位基因频率（Pi）、遗传杂合度（H）和多态信息含量（PIC）,分析了中国美利奴羊（新疆军垦型） 微卫星DNA的多态性.4个微卫星位点OarDB6、BM1824、BM6438、BM6506在中国细毛羊品种超细品系中PIC平均值为0.6074,该4个微卫星位点可以用于中国细毛羊遗传多样性的评估.遗传杂合度平均值为0.86145,表明该品系绵羊遗传多态性丰富,群体遗传变异较大,并且4个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究.     

利用微卫星座位研究蓝孔雀的遗传结构

利用7对鸡的微卫星引物对蓝孔雀基因组进行种间扩增,其中4对引物能扩增出特异性条带。4个微卫星座位在蓝孔雀群体内均具有遗传多样性,基因杂合度分别为0．8775、0．7325、0．5000、0．7288,多态信息含量分别为0．8751、0．7239、0．3750、0．7123,有效等位基因数为8．1633、3．7383、2．0000、3．6866。4个微卫星座位在蓝孔雀群体中属于多态性座位,可以作为蓝孔雀群体遗传多样性的标记辅助选择位点。     

新疆7个绵羊品种MHC区段微卫星遗传多样性的分析

为分析新疆北疆地区主要绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系,利用SSR Hunter软件寻找5个微卫星标记,采用PCR扩增,1%琼脂糖凝胶电泳,对新疆7个品种绵羊群体遗传多样性进行了检测分析,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数和平均基因纯合率,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和群体间的遗传距离。结果显示新疆7个绵羊群体共发现28个等位基因,实验证明在5个微卫星位点的平均多态信息含量为0.5569~0.7335,平均杂合度为0.6208~0.7437,有效等位基因数为2.7118~4.4203,均属于高度多态性位点。聚类分析和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。这5个位点作为与生产性能相关的遗传标记较为理想。     

玫瑰冠鸡资源群的微卫星多态性分析

利用8个微卫星DNA标记分析了玫瑰冠鸡(50只)及其杂交鸡(40只)的群体遗传变异。计算了各群体在各位点上的等位基因频率,并据此计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和有效等位基因数。结果表明:2个鸡群在8个微卫星座位上的基因频率存在明显的差异。所选的8个微卫星座位均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡群体遗传多样性的分析。     

我国药用价值地方鸡种的遗传多样性研究

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了9个药用价值地方鸡品种:郧阳白羽乌鸡、乌蒙乌骨鸡、盐津乌骨鸡、腾冲雪鸡、余干乌骨鸡、兴文乌骨鸡、石棉草科鸡、沐川乌骨鸡、泸宁鸡的遗传多样性。利用等位基因频率计算各群体平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离(Ds)。结果表明:30个微卫星位点中有24个微卫星位点在9个鸡群体中PIC均为高度多态,可作为有效遗传标记用于各鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。在9个品种中,杂合度最低的是郧阳白羽乌鸡,为0.640;杂合度最高的是腾冲雪鸡,为0.690。因此药用价值地方品种鸡的H都偏高,据分析可能是这些药用价值地方品种鸡都产于交通闭塞的山区,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性;对Ds的计算表明:体格较大的泸宁鸡与萁它品种距离较远;用UPGMA法进行聚类分析,结果9个鸡品种被聚为3类:郧阳白羽乌鸡、沐川乌骨鸡、盐津乌骨鸡和腾冲雪鸡聚为一类;余干乌骨鸡、兴文乌骨鸡、乌蒙乌骨鸡和石棉草科鸡聚为一类;泸宁鸡独自聚为一类。这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。     

上海地区汉族人单胺氧化酶基因微卫星DNA多态性研究

应用扩增片段长度多态性技术,分析单胺氧化酶基因的ＭＡＯＡ（ＣＡ）。力ＭＡＯＢＩ（ＧＴ）ｎ２个基因座的微卫星ＤＮＡ多态性。在２４６名（男性１２２人,女性１２４人）无血缘关系上海地区汉族人中检出ＭＡＯＡ（ＣＡ）ｎ基因座８－种等位基因（１１０－１２４ｂｐ）和１９种基因型。