基于复合物结构和网络拓扑特性的关键蛋白质识别算法

关键蛋白质的识别有助于从分子水平上理解生命的活动过程,然而仅从拓扑特性角度来识别的关键蛋白质不够精准,因此为了提高识别准确率,结合复合物信息提出了确定蛋白质关键性的指标模型EIC,该模型是基于蛋白质复合物内的局部中心性特性以及网络的全局信息特性来考虑.使用DIP和MIPS两种蛋白质相互作用(PPI)网络作为实验数据集,...     

大强度运动对骨骼肌蛋白质组的影响

<正>蛋白质组是1994年由澳大利亚学者Warc Wilkins和Keith Williams提出,指基因组表达的所有相应的蛋白质或机体全部蛋白质的存在及其活动方式,它从整体的蛋白质水平更加深入和贴近生命本质的层次上去探讨和发现生命活动的规律和重要生理、病理现象的本质[1],主要研究方法包括样品的制备、蛋白质的分离、鉴定以及蛋白质芯片和生物信息学,其中凝胶电泳、质谱技术、蛋白质芯片等是核心技术[2]。骨骼肌是机体运动的动力来源,不同的运动会引起骨骼肌超微结构和功能相应的变化,骨骼肌蛋白质组的变化受运动强度、运动持续时间、运动频率的影响,其中运动强度是最重要的一个因素。在从基因或单个蛋白     

蛋白质与蛋白质相互作用预测模型综述

蛋白质作为生命活动的物质基础,通过彼此之间的相互作用来参与生物信号传递、能量和物质代谢及细胞周期调控等,因此,预测蛋白质与蛋白质相互作用(PPIs)有助于从系统角度理解生命过程,同时为细胞机制的研究奠定重要基础。目前,高通量测序技术的进步使研究人员获取了海量的蛋白质相互作用数据。面对大量具有潜在可用性的PPIs数据,国内外研究人员提出了多种PPIs预测模型。文章综述了现有的基于计算的PPIs预测方法,并进行分类,讨论了其各自优缺点。最后对PPIs预测方法进行总结和展望,提出了未来可以深入研究的方向。     

细胞动力学研究进展与展望

细胞是生命活动的最小单元,其功能可塑性及动力学特征是维系生命个体健康及物种繁衍的重要保证.在分子水平,细胞可塑性与动力学特征受遗传学及表观遗传学的调控.随着基因组计划的顺利完成及我们对细胞增殖重要蛋白质作用网络生物化学特征研究的成功实施,表示细胞重要生命活动过程中功能分子的动力学特征及其调控机制显得日益重要.组建中国科学技术大学细胞动力学实验室旨在纳米尺度揭示细胞重要生命活动全过程的详尽全息分子调控机制.在过去的几年中,已取得了动点蛋白质网络研究的阶段性进展,动点蛋白复合物组分剖析、功能评估、蛋白质作用动力学及可塑性研究等方面均取得了具有特色的成绩.目前,拟在纳米尺度评估动点组装的时空动力学调控机制.相信在未来的日子里,细胞动力学实验室的创新性成果能够综合集成,并为人口与健康领域的重大命题提供相关的解答方案与技术平台.     

动物排氨的方式

蛋白质是生命活动过程中最重要的物质基础之一.在生命活动过程中它不断地新陈代谢,而组成蛋白质的氨基酸在体内主要用于合成组织蛋白质和其他含氮物质,以满足机体的生长、更新和修补的需要,其余的氨基酸则在大多数情况下分解成胺和其他物质.     

试论生命的定义

 从微观生物大分子和宏观整体相结合的观点出发，给出了生命的一个定义，这就是：生命是个内禀（外兼信息交流）调控的蛋白质核酸等自组织有机整体。     

应用改进的共鸣识别模型预测蛋白质相互作用

蛋白质是所有生命活动的载体,它们之间的相互作用在生命活动中起着至关重要的作用.该文介绍了原有的用于预测蛋白质相互作用的共鸣识别模型,并对该模型运用小波变换进行改进,提出了改进后的共鸣识别模型.该模型的最大特点在于直接通过蛋白质的一级结构预测蛋白质之间的相互作用,改进后的模型较原模型更加适合于蛋白质相互作用的预测.运用改进的共鸣识别模型进行了数值试验,取得了较好的预测效果.     

网络 从生物学到理论

后基因组时代的生命科学研究已经不单单只是研究单个基因、蛋白质或细胞的功能，而是更加注重从整体上研究生物体内各个成分问的相互关系和作用机制。因此，如何构建基因、蛋白质及神经细胞间相互作用网络并阐明网络内各成分的动态关系是目前系统生物学研究的一个热点。     

一种预测膜蛋白结构的新方法

随着人类基因组计划的完成,生命科学已进入后基因组时代,人们越来越注重从整体水平上对生物功能的研究.生物功能的主要体现者是蛋白质,蛋白质的功能与其空间结构有着密切的关系.所以,掌握蛋白质的结构信息对于研究蛋白质的功能及作用机制具有重要意义.     

蛋白质组学的研究进展

蛋白质组学是近几年出现的生物学者研究的热点和新领域.人类基因组"工作框架图"的完成,标志着后基 因组时代的来临,在后基因组时代,研究的中心将从揭示生命的所有遗传信息转移到在整体水平上对功能的研究,主 要以蛋白质组为中心阐述了一些与其相关的概念、研究内容、技术及其应用方面的研究进展;在这其中,蛋白质组学 的相关概念包括结构基因组学和功能蛋白质组学;而研究技术主要有2-DE技术、生物质谱技术、蛋白质芯片技术以及 生物信息学技术等.     

孕哺期摄入氧化乳蛋白对子代小鼠机体氧化还原状态的影响

为研究雌性小鼠孕哺期摄入不同脂肪含量牛乳中氧化蛋白质对其子代小鼠氧化还原状态的影响,对全脂乳、低脂乳进行氧化修饰,测定羰基、巯基含量。雌、雄鼠合笼成功后,雌鼠孕哺期饲喂含氧化乳蛋白的日粮,子代小鼠3周龄后断乳,测定子代小鼠机体氧化损伤指标。结果表明:与未经加热氧化的牛乳相比,经氧化修饰,全脂组和低脂组的羰基含量上升、巯基含量下降;全脂组与低脂组相比,全脂组羰基含量比低脂组高、巯基含量比低脂组低。与饲喂未添加氧化乳蛋白日粮的雌性小鼠相比,饲喂添加氧化乳蛋白日粮的全脂组与低脂组的雌性小鼠所生育及乳喂的子代小鼠体内过氧化氢酶(CAT)、超氧化物歧化酶(SOD)的活性都有不同程度下降,脂质过氧化物丙二醛和4-羟基壬烯酸含量上升;全脂组抗氧化酶活力(CAT、SOD)比低脂组低、脂质过氧化物丙二醛和4-羟基壬烯酸含量比低脂组高。研究表明,给孕哺期小鼠饲喂全脂和低脂氧化乳蛋白日粮,均影响其子代小鼠机体氧化还原状态。且牛乳中脂肪含量越高,蛋白质氧化程度越高,子代小鼠抗氧化防御能力越低。     

杨树叶片蛋白质组分析

从杨树叶片的双向电泳蛋白图谱上随机选取12个蛋白点,经电喷雾串联质谱(Electrospray ionization tandem mass spectrometry ,ESIMSMS)分析。结果显示,这12个蛋白点代表了5种不同的蛋白,其中包括：核酮糖二磷酸缩化酶/加氧酶(RuBisCO)、富甘氨酸RNA结合蛋白(Glycine rich RNA binding protein)、微管蛋白(alpha tubulin)、叶绿体磷酸甘油酸激酶(chloroplast phosphoglycerate kinase)以及光敏色素(phytochrome B2)蛋白等。     

Engineering Deinococcus radiodurans into biosensor to monitor radioactivity and genotoxicity in environment

Based on a genetically modified radioresistant bacteria Deinococcus radiodurans, we constructed a real time whole cell biosensor to monitor radioactivity and genotoxicity in highly radioactive environ-ment. The enhanced green fluorescence protein (eGFP) was fused to the promoter of the crucial DNA damage-inducible recA gene from D. radiodurans, and the consequent DNA fragment (PrecA-egfp) car-ried by plasmid was introduced into D. radiodurans R1 strain to obtain the biosensor strain DRG300. This engineered strain can express eGFP protein and generate fluorescence in induction of the recA gene promoter. Based on the correlation between fluorescence intensity and protein expression level in live D. radiodurans cells, we discovered that the fluorescence induction of strain DRG300 responds in a remarkable dose-dependent manner when treated with DNA damage sources such as gamma radiation and mitomycin C. It is encouraging to find the widely detective range and high sensitivity of this re-constructed strain comparing with other whole cell biosensors in former reports. These results suggest that the strain DRG300 is a potential whole cell biosensor to construct a detective system to monitor the biological hazards of radioactive and toxic pollutants in environment in real time.     

大鼠生长及衰老过程中学习记忆能力与皮层神经丝蛋白表达关系

在脑的生长与衰老过程中 ,学习记忆能力也随之变化。这种变化的物质基础研究是当前神经科学研究热点之一 ,其结果对促进儿童智能发育和延缓老年智力衰退的研究有重要价值。本项研究对不同年龄大鼠的空间学习记忆能力和大鼠脑皮层主要骨架蛋白———神经丝蛋白的表达程度进行了定量分析探索其关系。选择的动物为SD雄性大鼠 ,分为 2 2日龄、1月龄、5月龄、10月龄和 2 4月龄组 ;学习记忆能力测定采用通道式水迷宫。采用免疫组化染色和定量图象分析的方法对大鼠脑顶额区神经丝蛋白进行定量测定。结果表明 ,幼鼠 (2 2日龄、1月龄 )及老年鼠 (2 4…     

氨基酸和蛋白质的组合特征与秀丽隐杆线虫蛋白质的结晶倾向的相关分析

通过逻辑回归和神经网络模型,分别研究3种单个氨基酸和整个蛋白质的组合特征与秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)蛋白质的结晶倾向的相关性,并以535种单个氨基酸特征为基准,进行蛋白质结晶倾向的相关比较。结果显示,组合特征与秀丽隐杆线虫蛋白质的结晶倾向具有相关性,可用于预测蛋白质的结晶倾向。     

计算变异学创立背景及其用途

为了克服生物信息学和计算生物学中字母或数字不受序列长度、氨基酸组成和位置、相邻氨基酸影响的缺陷,根据自然界普遍存在的随机性原理,创立计算变异学。计算变异学用氨基酸对可预测性、氨基酸分布概率和变异概率3种方法量化整个蛋白质及每个氨基酸,用活的、动态的测量指标量化分析蛋白质。计算变异学方法可以应用于研究蛋白质进化、遗传病定量诊断,分析蛋白质结构与功能、药物设计和病毒变异预测等领域。     

甘薯天蛾幼虫和蛹的饲料营养评价

甘薯天蛾个体大,容易饲养产量高,取食甘薯叶片,寄主广。营养价值高:幼虫和蛹的必需氨基酸含量都在50％以上,必需氨基酸指数比鱼粉和其他昆虫高一倍以上;某些不饱和脂肪酸含量特高;同时具有丰富的矿物质,有很好的开发前途。     

野生大豆DNA导入小麦及RAPD分子验证

利用花粉管通道法将野生大豆总DNA导入小麦，以期获得变异系小麦．对小麦球蛋白的SDS—PAGE，印迹表明，冬小麦T2l6#产生了新的蛋白亚基，其分子量为78kD，而有的变异品系一些蛋白亚基消失了；凯氏定氮法和氨基酸分析表明小麦后代T216#的总蛋白含量增加，其氨基酸组成，尤其是赖氨酸含量明显提高．RAPD分析结果表明，新品系基因组出现多态性，并具有供体特异性DNA带，这些变异现象表明该小麦品系为转基因后代．本实验为选育高蛋白、优质的新小麦品种提供了途径．     

人干细胞生长因子的克隆与表达

干细胞生长因子能够刺激激造血干细胞生长，并与多种细胞因子有协同作用。研究中，运用ＰＣＲ手段，从中国人胎肝ｍＲＮＡ中扩增得到编码人ＳＣＦ全部胞外部分的ｃＤＮＡ。经测序鉴定后，将其克隆人表达载体ｐＲＳＥＴ－Ｃ，并在大肠杆菌ＤＥ３菌株进行表达。     

Engineering <Emphasis Type="Italic">Deinococcus radiodurans</Emphasis> into biosensor to monitor radioactivity and genotoxicity in environment

Based on a genetically modified radioresistant bacteria Deinococcus radiodurans, we constructed a real time whole cell biosensor to monitor radioactivity and genotoxicity in highly radioactive environment. The enhanced green fluorescence protein （eGFP） was fused to the promoter of the crucial DNA damage-inducible recA gene from D. radiodurans, and the consequent DNA fragment （PrecA-egfp） carried by plasmid was introduced into D. radiodurans R1 strain to obtain the biosensor strain DRG300. This engineered strain can express eGFP protein and generate fluorescence in induction of the recA gene promoter. Based on the correlation between fluorescence intensity and protein expression level in live D. radiodurans cells, we discovered that the fluorescence induction of strain DRG300 responds in a remarkable dose-dependent manner when treated with DNA damage sources such as gamma radiation and mitomycin C. It is encouraging to find the widely detective range and high sensitivity of this reconstructed strain comparing with other whole cell biosensors in former reports. These results suggest that the strain DRG300 is a potential whole cell biosensor to construct a detective system to monitor the biological hazards of radioactive and toxic pollutants in environment in real time.