肠道病毒71型SHZH03株VP2和VP4基因的进化分析

目的:对SHZH03株、SHZH98株、亚洲流行株(中国台湾98年、日本99年及新加坡2000和2001年流行株等)以及一部分欧洲流行株等的VP2和VP4基因进行了遗传进化分析.方法:在对肠道病毒71型中国(深圳)分离株SHZH03进行全基因组序列测定的基础上,利用DNA-STAR软件对VP2和VP4基因进行遗传进化分析.结果:SHZH03和SHZH98与亚洲流行株中的中国台湾98流行株、日本99流行株的遗传距离较近,而与新加坡2000和2001年流行株的遗传距离较远;SHZH03株与一些欧洲流行株有较大的差异.结论:中国深圳地区流行的肠道病毒71型有可能来源于中国台湾1998年EV71大规模流行时的毒株.     

肠道病毒71型SHZH03株VP1基因在毕赤酵母中的表达

利用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法扩增得到肠道病毒71型(EV71SHZH03)外壳蛋白VP1基因,经序列测定证实后,构建重组表达质粒VP1/pPIC9K,转化Pichia pastoris 酵母宿主菌Gs115,以Myc-Tag多克隆抗体作为一抗,利用双层滤膜法筛选酵母转化子.甲醇诱导表达.SDS-PAGE分析显示:表达产物的分子量约为30000,与天然VP1大小一致,ELISA实验表明,表达上清液可与EV71患者急性感染期血清呈阳性反应,表明重组蛋白VP1具有免疫原性.     

抗EV71多克隆抗体偶联的靶向磁性纳米颗粒对病毒的特异性富集

 手足口病是幼儿和儿童常见的一种传染病,严重时会引起患者死亡。EV71病毒（人肠道病毒71型）是引起手足口病的一种主要病毒。为寻求一条快速诊断EV71病毒感染的新方法,将兔抗EV71多克隆抗体,通过戊二醛交联法偶联在氨基硅烷修饰的磁性纳米颗粒表面,获得抗EV71多克隆抗体偶联的靶向磁性纳米颗粒用于EV71病毒的检测。通过酶联免疫、免疫荧光方法证实了抗体耦合在磁性纳米颗粒表面,并通过BCA法测得其耦合的效率为94.1%。采用抗体偶联的磁性纳米颗粒对EV71病毒液中的病毒抗原进行吸附,通过ELISA法检测上清液中病毒含量的变化,并对磁性纳米颗粒表面吸附的病毒进行免疫荧光和核酸PCR检测,证明了抗体偶联的磁性纳米颗粒可以与病毒抗原特异性结合。由于该纳米颗粒同时具有抗体的靶向性和磁性颗粒的磁响应性,对病毒抗原有较好的特异性吸附能力,可以用于低浓度大样本的EV71病毒抗原的富集检测。利用抗体偶联的靶向磁性纳米颗粒,同时具有可在病毒感染的细胞周围特异性富集和磁颗粒可在交变磁场下感应升温的双重功能,将其作为磁感应热疗的靶向介质,有望研制出病毒感染性疾病磁感应热疗的靶向介质,为靶向热疗病毒感染性疾病提供新的尝试。     

Polymorphism of human cytomegalovirus （HCMV） UL144 gene in low passage clinical isolates

To explore the impact of gene polymorphism of human cytomegalovirus （HCMV） on virus virulence, the full-length UL144 gene and partial sequence of glycoprotein B （UL55） gene were sequenced and analyzed for 23 clinical strains of HCMV isolated from urine samples of pediatric patients with congenital or postnatal HCMV infection. Among the 23 isolates, 13 （57 %） were UL144 genotype 1A, 3（13 %） were UL144 genotypes 2 and 7（30 %） were UL144 genotype 3; geographic differences in geno- type distribution were found for both UL144 and gB gene. No UL144 genotypes 1B and 1C were found in this study while these two genotypes were common in HCMV strains isolated in the US. Our results also demonstrated that for all clinical strains of gB genotypes I, III and UL144 genotypes 1A, 2, and 3 found in this study, mother-to-fetus vertical transmission was possible.     

肠道病毒71型外壳蛋白VP3在Pichia.pastoris酵母中的表达

利用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)的方法克隆肠道病毒71型SHZH98株外壳蛋白VP3基因,连接T载体,经序列测定后,构建酵母分泌型表达质粒pPIC9K/VP3,经序列测定证实-factor信号肽和VP3的序列和阅读框正确后,用SacI酶切使之线性化,电转化法将目的基因整合到宿主菌GS115基因组上;经转化子表型筛选和PCR分析鉴定后,甲醇诱导,筛选到5株高效表达VP3蛋白的工程菌株.ELISA实验表明:重组蛋白VP3具有较好的免疫原性.     

206例重症手足口病的临床分析

目的探讨小儿重症手足口病的临床特征和预后,为客观评估病情提供依据。方法对我医院2015年1月2017年12月共收治206例重症手足口病患儿的临床资料进行回顾分析。结果本组206病例中,1～3岁138例(67%),EV71感染129例(62.6%)。1～2部位有皮疹114例(55.3%),3个部位及3个以上部位92例(44.7%)。持续高热大于3天136例(66%),精神萎靡、烦躁、易惊、惊跳、抖动、呕吐、面色苍白等症状,3个或3个以上症状128(62.1%);白细胞总数大于15×109/L 85例(41.3%)小于4×109/L21例(10.2%);血糖大于8.3 mmol/L60例(29.1%),CK-MB大于48 mmol/L56例(27.2%),痊愈194例(94.2%),神经系统后遗症10例(4.9%),肺出血死亡2例(0.9%)。结论重症手足口病中EV71型多见,以1～3岁儿童好发,皮疹典型或不典型,早期有持续高热、精神萎靡、烦躁、易惊、惊跳、抖动、呕吐、面色苍白等症状,部分白细胞、血糖、CK-Mb等明显异常,该病预后较好,少数病情危重死亡。     

大理吸毒人群HBV感染的调查及基因型研究

目的：调查大理吸毒人群乙型肝炎病毒（HBV）的基因型和亚型。方法：采集大理市某戒毒所吸毒人群血清共192份，采用酶联吸附免疫法（ELISA）测定HBV血清标志物（HBVM），再采用基因型特异性引物PCR和聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR—RFLP）方法测定HBV感染血清基因型和亚型。结果：192份血清中，HBsAg阳性率8．85％（17／192）。17份HBsAg阳性标本中基因型分别为：B型3例，均为Ba型；C型1例，为Cs型；B＋C混合型3例（Ba＋Cs）；未扩增10例。结论：大理吸毒人群HBV感染率较高；HBV感染的基因型为B型、C型和B＋C型，基因亚型为Ba和Cs。     

两株小鼠诺如病毒的分离与鉴定

摘要: 目的了解江苏地区常用实验小鼠诺如病毒( murine norovirus,MNV) 的感染情况及进化特征。方法在江苏地区抽取三个实验动物中心的实验小鼠,采集直肠及内容物样本,应用ＲT-PCＲ 方法检测MNV OＲF2 特异性基因( 547bp,MNV nt5104-5650) 。阳性样本经ＲAW264. 7 细胞分离病毒,对MNV 分离株的VP1 基因进行扩增,将其连接在pEASY-Blunt 载体上,转化至大肠杆菌Trans1-T1 感受态细胞,通过Kanamycin 抗性筛选,挑取菌落进行PCＲ鉴定,鉴定为阳性的克隆送检测定其VP1 基因序列,构建系统发生进化树。结果共检测小鼠直肠内容物30 份,检出MNV 阳性样本4 份,包括ICＲ 小鼠( 2 /8) 、BALB/c 小鼠( 1 /12) 和C57BL/6J 小鼠( 1 /10) ,感染率为13. 3%;ＲAW264. 7 细胞接毒盲传三代,两只ICＲ 小鼠样品接种的细胞产生明显细胞病变( CPE) ,表现为细胞圆缩聚集,大部分脱落死亡,而C57BL/6J 和BALB/c 小鼠样本接种ＲAW264. 7 细胞无CPE; 应用VP1 特异引物经ＲT-PCＲ 检测,表现CPE 的细胞样本出现特异条带,测序结果显示分离到的2 株MNVVP1 核酸序列均为1626bp,与引物设计参考毒株S7-P2( GenBank 登录号: AB435514) VP1 基因大小相同,进化树图表显示检测到的2 株MNV 属同一独立小分支与参考株BJ10-2062、CＲ4 最为相近。结论此次抽检的实验小鼠MNV 感染率为13. 3% ( 4 /30) ,考虑可能在同一设施内传播。常用实验小鼠携带病毒的生物学意义有待进一步研究。     

HBV基因型分析及B/C型共感染的血清病毒种群分析

 为了解HBV大三阳青年妇女的HBV基因型及体内病毒种群特征,从19~35岁青年妇女HBV感染者血清样本中筛选出24例HBV血清学标志物检测结果为大三阳的样本进行HBV基因分型检测,14例为B型,9例为C型,1例为B/C基因型共感染。对14例大S蛋白基因通过特异性扩增、序列克隆和测序确认的分型结果与分型检测一致。发现的1例B/C共感染样本来自阿德福韦酯抗病毒治疗35周患者,大S蛋白基因序列分析显示10条序列中4条为B型,准种分散值为2.8;其6条为C型,准种分散值为0.6。α决定簇分析该患者体内病毒种群包含3种血清型。病毒种群分析结果提示本地区青年妇女HBV感染的基因型主要为B型和C型,B/C基因型共感染患者体内HBV病毒种群呈复杂的多基因型分布,不同基因型内部以准种形式存在。     

基于SNP标记的广东省松材线虫种群分化研究

【目的】运用SNP标记研究中国广东省松材线虫虫株SNP位点多样性,从分子角度探讨广东省不同地区松材线虫种群的亲缘关系,为松材线虫病的疫源追溯提供基础。【方法】收集来自于广东省各地区松材线虫虫株共30株,提取DNA并进行基因组重测序;利用生物信息学软件分析广东省松材线虫的SNPs位点信息及基因型类型,依据以上信息进行种群聚类分析。【结果】对30株松材线虫虫株SNPs数据进行统计分析,发现GD01、GD09、GD12、GD20、GD22、GD24、GD25这7株虫株的SNP数量、纯合子数量都明显少于其余23株虫株;对基因型类型进行统计分析发现,以上7株虫株出现频率较高的基因型为A->G、C->G、G->C、T->C;其余23株虫株则是A->G、C->T、G->A、T->C这4种基因型出现的频率较高。而通过主成分和聚类分析可将这30株虫株分为3类。【结论】广东省松材线虫种群遗传多样性较高,聚类分析表明其具有不同的传播来源。     

HBK - SPF 鸭 MHC I 区域微卫星标记分析

摘要: 禽主要组织相容性复合体是一组紧密连锁高度多态的基因群,与免疫反应或敏感性密切相关,鸭 MHC I 区域全长 36. 8 kb,由 TAP1、TAP2 和 5 个 MHC I 拷贝基因( UAA-UEA) 组成。HBK-SPF 鸭是中国农业科学院哈尔滨兽医研究所培育的无特定病原体种鸭,分为 B 和 Q 2 个品系,已封闭繁育了 7 个世代。本文在鸭 MHC I 区域筛选了 4个微卫星位点,通过单链构象多态性分析和聚合酶链式反应直接测序,发现 A 位点具有多态性,为( GT) n 的重复结构,第 6 代 HBK-B 和 HBK-Q 的31 个个体和第 7 代 的140 个个体进行聚合酶链式反应,结果直接测序,在重复结构之前的 108bp 中,发现了 4 种纯合单倍型和 6 种杂合单倍型; B 位点未得到目的产物; C 位点位于 MHC I 拷贝基因UDA 和 UEA 之间,扩增结果与 UAA 和 UBA 之间序列高度同源,无法判断基因型; D 位点表现为单态,为( ATA) 15的固定重复结构。本研究为进一步研究鸭 MHC I 基因结构和建立家系提供了依据。     

玫瑰冠鸡IGF-1基因多态性与早期生长速度关系研究

以玫瑰冠类群鸡(玫瑰冠鸡)为材料,采用PCR-RFLP法检测了IGF-1基因5’调控区DNA序列多态性,并运用线性模型统计方法分析了多态性与初生重和12周龄体重的关系。结果显示:玫瑰冠鸡IGF-1基因5’调控区自然存在两种不同DNA序列,经PstI酶切后出现3种基因型("-/-"、"-/ "、" / "),基因型分布符合哈代-温伯格定律。各基因型个体的初生重、12周龄体重的最小二乘均存在"-/-">" /-">" / "的趋势,且"-/-"型个体的12周龄体重显著高于" / "型个体(P<0.05)。     

HCV不同基因型对慢性丙型肝炎抗病毒治疗疗效的影响

目的探讨干扰素联合利巴韦林治疗慢性丙型肝炎患者临床疗效的相关影响因素.方法对110例慢性丙型肝炎患者进行PEG-IFNα-2a 180μg/周联合RBV 800~1200 mg/d的标准治疗,并完成治疗后24周随访,同时分析HCV基因型、HCV-RNA定量对持续病毒学应答(SVR)的影响.应用罗氏试剂检测丙肝病毒定量,应用反转录-套式聚合酶链反应(PT-PCR)法检测HCV基因型.结果在110例进行标准联合治疗、并完成治疗后24周随访的慢性丙型肝炎患者中,68例患者获得SVR.其中,HCV基因1b型感染者SVR率为51.4%(37/72),HCV基因N-1b型感染者SVR率为81.5%(31/38);基线HCV-RNA水平1.0×10~5IU/m L的患者SVR率为71.2%(42/59),基线HCV-RNA水平≥1.0×10~5IU/m L的患者SVR率为50.9%(26/51).结论非1b基因型SVR率高于1b基因型;基线低病毒RNA水平(血清HCV-RNA水平1.0×10~5IU/m L)SVR率高于基线高病毒RNA水平(血清HCV-RNA水平≥1.0×10~5IU/m L).     

不同基因型小麦成熟胚盾片组织培养效果研究

不同基因型及其外植体的愈伤组织诱导和植株分化研究是建立高效植株再生和遗传转化系统的基本条件。文章首次以去胚的成熟胚盾片为外植体材料,对10个小麦基因型进行了离体操作。结果显示:愈伤组织诱导率平均可达96.5%,10个基因型的愈伤组织都能分化出绿苗,分化频率最高可达10.5%,没有白苗化现象;根的分化与绿点、绿苗的分化之间具有显著的相关性;鄂恩1号的植株再生能力显著优于其它基因型,其植株再生系统已具备了遗传转化的基本要求。     

解脲支原体基因分型研究进展

对解脲支原体(Ureaplasma urealyticum,UU)的培养、基因分型、不同人群基因型与致病性的关系及UU药敏作了综述.根据UU特定片段的基因序列可设计引物对脲原体进行基因分型.解脲支原体主要分为2个种,14个基因型.UU在健康人群中主要以细小脲支原体(U.parvum,Up)为主,且以1、3、6型为主;在泌尿生殖道感染患者及性工作者中Up的分离率明显降低,解脲脲支原体(U.urealyticum,Uu)分离率升高,该现象表明Uu的出现可能与疾病相关,故UU分型对发病机制的研究有重要作用.     

河北省和黑龙江省马铃薯晚疫病菌SSR基因型分析

用SSR分子标记,对致病疫霉群体结构进行分析,完善了中国研究晚疫病菌的分子标记体系。利用两个SSR引物Pi4B和Pi4G对来自河北和黑龙江两个省份的58个马铃薯晚疫病菌株基因组DNA进行SSR基因型鉴定,分析其遗传多样性。河北省的菌株共鉴定出4个SSR基因型:D-03,F-01,G-02和F-06。其中,F-06是首次报道的新的SSR基因型。黑龙江的菌株共鉴定出2个SSR基因型。在两省的菌株中,基因型F-01所占比例都最大,且占绝对优势。不同交配型可存在于同一SSR基因型中,同一SSR基因型的菌株对甲霜灵的敏感性存在差异。聚类结果还显示占被测菌株群体最大比例的F-01基因型与国外的对照菌株的亲缘关系较远。     

基于SNP分子标记的华东地区松材线虫种群遗传分化研究

【目的】华东地区的苏浙皖鲁是中国松材线虫病发生最早的4个省区,华东地区也是松材线虫最适生长区,研究该区域松材线虫种群的遗传分化情况,可为建立我国松材线虫病的疫源追溯体系提供重要的基础信息。【方法】收集华东地区安徽(AH)、福建(FJ)、江苏(JS)、江西(JX)、山东(SD)和浙江(ZJ)6个省份的60个县级行政区松材线虫病疫木样本,经过分离纯化获得虫株,提取虫株DNA并进行高通量全基因组重测序,运用生物信息学软件分析各区域松材线虫虫株的SNP位点数量和种类,依此遗传标记采用聚类分析方法比较各区域不同虫株间的遗传分化情况,后采用Treemix分析群体间的基因渗入路线。【结果】共分离收集到华东地区松材线虫虫株67个,对所有虫株进行全基因组测序。经序列比对分析,67个虫株中共有SNP基因型12种,其中A→G、C→G、C→T、G→A、G→C、T→C这6种基因型出现的频率明显高于其他6种基因型。从67个虫株中共获得6 531 684个SNP位点,不同虫株间的SNP位点数量存在差异。不同地理区域松材线虫的SNP总数、纯合子数量、缺失SNP数量以及特有SNP数量在省际均未表现显著差异,与入侵时间也无特别显著的相关性。主成分分析结果表明,67个虫株可以分为3个类群,各类群与地理来源存在着一定的相关性。大多数虫株属于类群1,它包括了所有的浙江虫株和江西虫株,以及其他4个省份的大多数虫株;类群2涉及江苏、安徽、山东和福建的14个虫株;类群3仅涉及安徽、福建和山东的7个虫株。通过Treemix检测得到2条基因迁移路线,分别为类群2的江苏(2-JS)向类群1的安徽(1-AH)迁移、类群3的山东(3-SD)向类群2的安徽(2-AH)迁移。【结论】华东地区松材线虫虫株存在较为丰富的SNP位点,不同虫株间SNP特征存在较大差异,SNP多样性变化与入侵时间没有呈现明显规律性。总体上华东地区松材线虫虫株可以分为3个类群,不同类群与地理区域间呈现一定的相关性,在1-AH和2-AH所在区域可能存在被其他区域的其他类群虫株再次入侵的情况。     

HBV基因型与干扰素及核苷类似物抗病毒治疗疗效的关系

目的:介绍乙型肝炎病毒(HBV)基因型与抗病毒治疗疗效关系的最新进展.方法:综合分析近年国内外有关HBV基因型与抗病毒治疗疗效关系的文献资料.结果:感染HBV基因型A的慢性乙型肝炎患者对干扰素治疗的应答率高于基因型D,基因型B高于基因型C;HBV基因型与核苷类似物治疗疗效的关系目前尚存争议;基因型E、F、G、H是否影响抗病毒疗效报道较少.结论:HBV基因型与抗病毒治疗疗效存在一定的相关性;HBV基因型的研究将有助于临床抗病毒治疗方案的优化.     

武汉地区丙型肝炎病毒包膜蛋白E1的生物信息学研究

使用生物信息学的方法,分析武汉地区不同基因型、亚型的丙肝病毒的包膜E1蛋白,预测其二级结构、核苷酸变异性、糖基化位点、亲水性、跨膜区、信号肽、蛋白修饰位点、B细胞抗原.结果显示各HCV的包膜E1蛋白二级结构差距不大;序列始末段有数个氨基酸残基的差距,序列上存在高变异位点,基因型2a的型内一致性最高;序列大量糖基化,有多个糖基化基化位点;序列分布着亲水性区域,基因型1b的分值很高;基因型1b、6a、3b、3a多数亚型有1个跨膜区,基因型2a多数亚型有两个跨膜区;基因型1b、6a、3b、3a无信号肽,基因型2a都有信号肽;蛋白序列上存在多个不同修饰位点和B细胞抗原,各基因型、亚型之间有明显差距,具有较大异质性.该研究为揭示病毒感染机制和研制地区性疫苗提供一定的科学依据.     

中国两性生殖卤虫种群PO同工酶基因的表达特征

采用聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳法对中国两性生殖卤虫 14个品系和伊朗的 1个两性生殖品系的过氧化物酶 ( PO)同工酶基因的表达特征进行了研究 .实验结果表明 :( 1)中国卤虫种群 Artemia sinica各品系和伊朗的 A.urmiana各自有其独特的 PO同工酶基因型 ;( 2 )在两性生殖卤虫各品系 PO同工酶基因表达过程中多数品系 PO-1、PO-3座位均未发现 aa基因型 ;PO-2座位测定不到 aa基因型 ;( 3 )存在品系内和品系间的多态现象 .