利用比较基因组学定位马铃薯抗晚疫病主效基因R10

晚疫病是马铃薯第一大病害。马铃薯抗晚疫病基因R10抗谱广、应用价值大,常用于马铃薯抗病杂交育种。R10位点位于马铃薯11号染色体的短臂末端,与已克隆的抗晚疫病基因R3a同属于抗晚疫病主效位点的单倍型。对包含195个基因型的R10基因的分离群体进行了晚疫病菌株接种和遗传分析,确定R10为抗晚疫病菌株89148-9的主效单基因。应用比较基因组学和BSA分析,开发了6个与R10连锁的分子标记,并将R10定位在1001T和C2_At5g59960两个遗传距离为2.6cM分子标记之间。R10位于已克隆的抗晚疫病基因R3a的近端粒区。本研究所获得的遗传图谱为通过图位克隆和比较基因组学克隆R10基因打下基础。     

苜蓿SSR引物在蚕豆上的通用性及SSR引物在F_2群体中的偏分离分析

为了探究苜蓿SSR引物在蚕豆上的通用性及SSR引物在F2群体中的偏分离分析,本研究用216对苜蓿SSR引物研究在青海地区蚕豆的4个地方品的通用性,并且以云122与TF-42构建的F2群体为引物偏分离分析材料,共检测786对SSR引物。结果表明:苜蓿引物在蚕豆中的通用性比率为76.39%,多态性比率为6.02%;在亲本中具有多态性的引物为97对,26对引物在群体中具有多态性,在P0.05显著水平上,共有19个分子标记表现偏分离,占总标记数目的比例为76%,其中有12个标记偏向父本TF-42,共占偏分离标记总数的比例为63.2%;3个标记偏向母本云122,共占偏分离标记总数的比例为15.8%;4个标记偏向杂合体,共占偏分离标记总数的比例为21%。蚕豆中引物偏分离比例较高,一定程度上有利于在链锁群中检测出偏分离热点区域。     

利用分子标记分析22种水稻10个抗稻瘟病基因的基因型

为了明确已克隆的部分稻瘟病抗性基因在上海市主栽水稻品种以及新培育的水稻品系中的分布,选取22份水稻为材料,利用分子标记检测技术,对10个已被克隆的抗稻瘟病基因进行基因型鉴定及分析.结果表明,22种水稻均含Pi36、Pi37、Pi-d2、Pib抗性基因,而Pi-kh、Pi9、Pi2、Pi-ta、Pikm抗性基因在22种水稻中分布各有不同,所有被测水稻中均不携带Pi25抗性基因.     

马尾松树高生长性状SSR标记关联验证

分子标记辅助选择育种是获得控制目标性状基因的重要方法。本研究以马尾松二代全同胞家系为材料，选择4个课题组前期获得的与马尾松生长性状关联的SSR标记：PCZ002、PCZ023、PCZ142和PCZ187,每个标记选择4个杂交家系，分别有150、172、157、163份单株材料，结合树高生长性状数据对马尾松二代全同胞群体进行关联分析。结果表明，标记PCZ142扩增出的PCZ142-AA和PCZ142-AB基因型与树高存在正相关性，且树高均显著高于PCZ142-BB基因型材料，而PCZ142-BB基因型与树高存在显著负相关(P<0.05);标记PCZ187扩增出的PCZ187-BB基因型与树高存在极显著正相关性(P<0.01),且树高显著高于PCZ187-AA和PCZ187-AB基因型材料；标记PCZ002和PCZ023的各基因型与树高无显著相关性。综上，标记PCZ142-BB和PCZ187-BB与马尾松树高生长性状存在显著相关性，PCZ142-BB为显著负相关，PCZ187-BB为极显著正相关，这2种基因型材料可成为马尾松树高生长性状重要的基因资源。本研究结果为定位控制群体中...     

灰尖巴蜗牛的遗传多样性研究

以线粒体COI基因为分子遗传标记,通过分子生物学方法分析曲靖地区灰尖巴蜗牛5个种群的COI基因DNA序列,从分子水平探讨该物种群体和种群遗传多样性.研究结果表明,该物种群体COI基因序列有变异位点47个,包括简约信息位点43个(转换与颠换)和单突变位点4个;核苷酸A、C、T、G所占比例分别为32.50%、29.43%、27.54%和10.53%,并确定了14种单倍型.在5个种群中,单倍型多样性(H)最高的是P1和P3,最低的是P4;核苷酸多样性(Pi)最高的是P2,最低的是P4;核苷酸成对差异比较明显的是P1.上述结果表明曲靖灰尖巴蜗牛整个群体的COI遗传多样性偏低,这为针对该物种综合防治措施的制定提供了重要参考依据.     

VNTR技术用于大理地区结核分枝杆菌基因分型的研究

目的:应用数目可变串联重复序列(VNTR)分子分型技术,对大理地区60株肺结核临床分离株进行分型研究,探讨大理地区菌株DNA多态性及基因型特征。方法:采用VNTR分子分型技术对60株结核分枝杆菌3个VNTR位点进行检测,应用Quantity one软件和BioNumerics 6.6软件进行聚类分析。结果:60株结核分枝杆菌可以分为4个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群),28个基因型。Ⅰ群占15.0%,含有5个基因型,Ⅱ群占31.7%,含有8个基因型,Ⅲ群占40.0%,含有11个基因型,Ⅳ群占13.3%,含有4个基因型。结论:大理地区的结核分枝杆菌存在基因多态性,其主要流行群为Ⅲ群。     

苦荞重组自交系群体F_5代SSR遗传图谱的构建

以"小米荞×晋荞2号"杂交组合,通过单粒传获得的245个F_5代重组自交系(命名为SJ-RILs)群体为作图材料,构建SSR遗传连锁图谱。结果显示:350对SSR引物在亲本间有多态性的为59对,多态率为16.9%;多态性引物在SJ-RILs群体共扩增出80个等位变异位点;来自小米荞和晋荞2号等位基因分别占群体总基因型的51.5%和48.5%;采用作图Jionmap4.0软件构建的遗传连锁图总长度为1 106.74cm,含11个连锁群,80个分子标记,其中偏分离标记27个,相邻标记的平均间距为13.83cm。结论:该图谱可为苦荞遗传图谱构建、重要性状QTL的定位和基因组学研究隆奠定基础。     

SSR分子标记的研究进展

介绍SSR分子标记的开发方法,综述了SSR标记在通用性、遗传多样性与种质鉴定、遗传连锁图谱构建、基因定位与克隆、数量性状基因位点(QTLs)分析、DNA指纹图谱构建等研究中的应用及最新进展,对提高SSR分子标记电泳检测效率提出一些建议.同时展望了SSR分子标记的应用前景.     

超高产杂交粳稻的遗传特征的初步分析

2012年江苏省杂交晚粳区试11份材料的平均亩产为683.24kg,仅甬优杂交组合E240(Z06)在6个试点的平均亩产达到796.1kg的超高产水平,较对照甬优8号增产15.13%.为探索该杂交组合的超高产遗传结构,利用在籼粳有多态性的分布于12条染色体的36对InDel标记检测,发现该组合的籼型基因频率为0.47,属于中间型,其他组合的籼型基因频率都低于0.4,属于粳型或偏粳型.分子标记检测杂交组合Z06在第5和第12染色体的基因型为纯合籼型和杂合型,与其他组合明显不同.广亲和基因的功能标记检测仅发现Z03、Z05和Z06这3个杂交粳稻携带广亲和基因S5n,其中Z05为纯合基因型,Z03和Z06为杂合基因型.该研究表明杂交粳稻超高产组合应该接近一半籼型一半粳型,第5和12染色体片段为籼型基因型,并携带广亲和基因.     

SSR标记分离技术的研究概况

SSR标记是植物中目前运用的最广泛的分子标记之一，广泛地运用于植物种质鉴定、分子标记连锁图的构建和群体遗传学等诸多领域．由于SSR为共显性标记，可以区分纯合、杂合基因型，因而得到更广泛的应用．目前出现了有筛选文库、筛选富集文库、与其他现有技术结合、STMP技术等SSR标记方法．在这些技术中，目前运用最广泛而且比较成熟的方法是筛选富集文库的方法，STMP技术是目前效率最高的分离单个微卫星位点的方法，可以开发SSR标记．本文对这些技术的原理作了论述．     

花粉愈伤组织群体偏态分离的SSR标记鉴定

利用水稻花粉育性基因S-b的SSR分子标记RMl3，鉴定籼粳稻杂种Fl的花粉愈伤组织的基因型，以确定每块愈伤组织在S-b座位的遗传来源，结果表明该座位的等位基因S^i或S^j在愈伤组织群体中分离比不符合1：1的规律，出现偏态分离现象．选择不同培养基及增加预冷处理不会改变偏态分离的方向，但预冷处理会增大偏分离的趋势．为进一步解释DH群体构建中的某些基因的偏态分离现象提供了依据，同时讨论了将SSR标记引入组织培养体系的可行性．     

利用DNA微卫星标记定位水稻的抗稻瘟病基因

利用回交育种中产生的回交群体结合前人的研究结果构建了Pil基因区域的局部分子标记连锁图，通过BC1F2家系的接种结果判断其基因型，将Pil定位在RFLP标记RZ536与SSR标记RM144之间，图距分别为9．7、6．8cm，从而建立了一套完整的以PCR为基础的分子标记辅助选择体系。     

新疆石河子地区牛病毒性腹泻病毒的分子流行病学调查

根据GenBank中公布的牛病毒性腹泻病毒（BVDV）5’UTR保守区基因序列,设计3对引物,应用逆转录一聚合酶链反应（RT-PCR）检测方法对采白石河子地区3个场的64份牛全血样品进行核酸检测及测序。结果表明：BVDV阳性率为39．06％（25／64）,其中有22对母子对应样品,母牛阳性率为40．91％,犊牛为45．45％,提示新疆石河子地区BVDV垂直感染较严重。9头牛表现临床症状,阳性率为22％,其余为临床健康牛,阳性率为41．81％,数据显示新疆石河子地区奶牛BVDV隐性感染严重。测序得到2条不同的序列,经5’UTR区域核酸序列同源性比较和系统发生分析表明2株病毒与VEDEVAC（匈牙利弱毒疫苗株）亲缘关系最近,同源性达96．2％-100％,用DNASTAR软件进行基因与系统发生进化关系分析属于BVDV-1b基因亚型,未检测到BVDV-2型病毒。提示新疆石河子地区BVDV流行株为BVDV—1b亚型,且经生物型鉴定,所测阳性样品为非致细胞病变型。本研究可为今后的流行病学研究和疫苗应用等防制措施提供依据。     

Genetic and physical mapping of AvrPi7, a novel avirulence gene of Magnaporthe oryzae using physical position-ready markers

Rice blast, caused by the fungal pathogen Magnaporthe oryzae, is one of the most devastating crop diseases worldwide. The avirulence gene corresponding to rice blast resistance gene Pi7 in field isolate CHL346 was inherited as a single gene, designated AvrPi7, in a segregating population consisting of 189 ascospore progenies derived from a cross between field isolates CHL346 and CHL42. In order to determine the chromosomal location of the AvrPi7 locus, a total of 121 simple sequence repeat (SSR) markers were developed based on the whole-genome sequence of reference isolate 70-15 of M. oryzae. Linkage analysis of the locus with these SSR markers showed that eight SSR markers on chromosome 1 were linked to the locus, among which the closest flanking markers MS1-9 and MS1-15 were 3.2 and 16.4 cM from the locus, respectively. For fine mapping, additional PCR-based makers including eight SSR markers and three candidate avirulence gene (CAG) markers were developed in the region flanking both markers. The AvrPi7 locus was genetically delimited within a 1.6-cM region flanked by markers MS1-21 and MS1-22, and co-segregated with the marker CAG2. To construct a physical map of the AvrPi7 locus, molecular markers linked to the Avr gene were mapped on the supercontigs of the ref-erence isolate 70-15 through bioinformation analysis (BIA). Consequently, the AvrPi7 locus was delim-ited to a 75-kb interval flanked by markers MS1-21 and MS1-22 based on the reference sequence. Merodiploids observed in this study are also discussed.     

利用SSR 标记正确判断小麦杂交种中的杂株

 正确判断杂交种中混有的杂株, 是准确鉴定小麦杂交种种子纯度的前提。在分析180 份杂交组合的基础上, 以“京麦1100”为例, 提出了利用SSR 标记正确判断小麦杂交种中杂株的方法:1)筛选双亲间有多态性的引物不少于5 对;2)利用该引物检测亲本及杂交种的基因型, 并按照杂交种基因型记录原则记录每个个体的基因型;3)正确判断真实杂交种基因型:不论亲本是否存在非纯合位点现象, 只要某个体同时具备父母本的基因型, 均视为真实杂交种的基因型;4)判断杂株:当某个体在多个SSR 位点上与真实杂交种基因型不同时, 判断为杂株。     

致病疫霉菌株交配型的检测及其检测方法的比较

致病疫霉(Phytophthora infestans)是马铃薯晚疫病的病原体,可导致马铃薯大面积减产。致病疫霉的有性生殖可以产生卵孢子,由于其抗逆性较强,利于致病疫霉渡过不利的生存环境,给马铃薯晚疫病的有效防治带来巨大的困难。致病疫霉的有性生殖属于异宗配合,即A1、A2交配型同时培养时才会产生卵孢子。因此,快速而有效地检测致病疫霉菌株的交配型将为致病疫霉有性生殖分子机理的研究及致病疫霉的防治奠定基础。通过直接配对法、纸盘法和分子标记法三种方法,对5株来源不同的致病疫霉菌株进行了交配型检测。三种方法的检测结果均表明,菌株HQK8-3、2PO-D、USA1的交配型与ATCC标准菌株64093的交配型一致,为A1交配型,而菌株2PO82001、P7723的交配型与ATCC标准菌株32835的交配型一致,为A2交配型。说明三种方法均可有效鉴定致病疫霉交配型,但三种方法各有优缺点,应根据实验条件,采取合适的方法进行菌株交配型测定。     

基于松材线虫全基因组序列的SSR标记开发

为了研究松材线虫在我国的群体遗传关系及传播路径,获得更为稳定的松材线虫分子标记,使用MISA软件对松材线虫全基因组10 432条DNA片段进行搜索,共获得95个gSSR位点。其中,二核苷酸重复出现频率最高,占全部SSR位点的66.3%。依据所有gSSR位点共设计出36对引物,以1份松材线虫DNA pooling(包含我国46个不同地理来源的松材线虫虫株DNA)为模板进行PCR,产物由QIAxcel全自动凝胶电泳分析系统检测,获得17对可能具有多态性的gSSR引物。进一步对这17对引物的PCR产物进行单克隆试验并测序,BioEdit软件拼接比对结果表明,其中9对确实具有多态性。     

优质肉鸡ADSL及GART基因PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术对大恒鸡S01品系共计300只鸡的ADSL及GART基因进行多态性分析,结果显示：ADSL基因第9个外显子存在一个SNP位点,测序结果显示其纯合子CC与TT相比有一个C10191T的单碱基突变;GART基因在5’侧翼序列存一个SNP位点,其纯合子AA与BB相比有一个C153T单碱基突变,采用独立性x2分析发现,ADSL及GART基因都达到Hardy-Weinberg平衡.     

PCR amplification of the Irish potato famine pathogen from historic specimens

Late blight, caused by the oomycete plant pathogen Phytophthora infestans, is a devastating disease of potato and was responsible for epidemics that led to the Irish potato famine in 1845 (refs 1,2,3,4,5). Before the 1980s, worldwide populations of P. infestans were dominated by a single clonal lineage, the US-1 genotype or Ib mitochondrial DNA (mtDNA) haplotype, and sexual reproduction was not documented outside Mexico, the centre of diversity of the pathogen. Here we describe the amplification and sequencing of 100-base-pair fragments of DNA from the internal transcribed spacer region 2 from 28 historic herbarium samples including Irish and British samples collected between 1845 and 1847, confirming the identity of the pathogen. We amplified a variable region of mtDNA that is present in modern Ib haplotypes of P. infestans, but absent in the other known modern haplotypes (Ia, IIa and IIb). Lesions in samples tested were not caused by the Ib haplotype of P. infestans, and so theories that assume that the Ib haplotype is the ancestral strain need to be re-evaluated. Our data emphasize the importance of using historic specimens when making inferences about historic populations.