一种新型的基因编码与基因算法

研究和发展模仿生物体行为和功能的计算理论和方法是现代信号与信息处理领域非常迷人的方向之一,神经计算和基因计算正是在这一方向上的杰作。科学家们至今对生物进化复杂性和脑功能复杂性的理解还很不全面和深入,但是人们模仿其机制的计算在许多工程应用问题中已取得良好的效果。本文论述了生物体的基因编码和译码的基本原理,据此提出了基因计算的新框架和途径。     

四川黑山羊品种(群体)的RAPD标记研究

从5组24个随机引物中筛选出16个重复性好的多态引物,对四川9个黑山羊品种(群体)共计572只个体,进行随机扩增多态DNA(RAPD)标记研究.结果表明,16个引物扩增出125条带,其中102条带呈现多态,多态率为81.61%.不同引物扩增出的DNA片段在各品种(群体)中的分布频率不同.9个黑山羊品种(群体)间相似系数为0.7533～0.9642,遗传距离指数为0.0358～0.2467.引物OPQ-06(序列为GAGCGCCTTG)未在乐至黑山羊中扩增出900bpDNA片段,而在其他8个黑山羊品种(群体)中出现率均为1,可作为区分乐至黑山羊和其他8个黑山羊品种(群体)的分子遗传标记.引物OPK-03(序列为CCAGCTTAGG)未在江安黑山羊扩增出550bpDNA片段,在其他8个黑山羊品种(群体)中出现率均为1,可用于区分江安黑山羊和其他8个黑山羊品种(群体)的分子遗传标记.     

藏系绵羊遗传标记的研究进展

对藏系绵羊形态遗传标记、细胞遗传标记、生化遗传标记和分子遗传标记等研究现状进行了系统的论述，并对当前存在的问题和发展趋势进行了探讨。     

牦牛遗传标记的研究

本研究结果表明，四川、西藏的牦牛在染色体和血液蛋白2种遗传标记上具有较为丰富的遗传多样性；而在所研究的DNA分子标记中多样性相对较贫之．这些遗传标记的这些差异是耗牛能够适应复杂多样的高原气候环境条件的物质基础，也为研究牦牛的起源、演化和分类，以及开展标记辅助选择提供了理论依据．同时，说明牦牛虽然是家养动物中地理分布范围极其有限的家畜，但由于其产区的自然生态环境和社会生态环境条件的不同，在长期人工选择和自然选择的作用下，遗传结构巳发生了较大的变异，形成了不同的生态类型或地方品种．     

Genetic Diversity of Three Aristichthys nobilis Populations and One Inbreeding Stock

Genetic diversity of three Aristichthys nobilis populations and one inbreeding stock was studied using random amplified polymorphic DNA(RAPD)method. Materials of natural populations were collected from two counties of Guangxi Province, Hengxian (NH) and Shanglin (NS) and one city of Hubei Province, Wuhan city.(NW). Shanglin and Hengxian's river system respectively belongs to Qianjiang and Yujiang River, two tributaries confluencing to Xunjiang River, main tributary of Xijiang River, which is the biggest tributary of the Zhujiang River system, and Wuhan's water system belongs to the Yangtse River system. The inbreeding stock (RS) was the more than 10 generation descendant by brother-sister mating system whose parents were collected from Shanglin. The results showed that the genetic variety of individuals of RS was very low (0.105 4), whereas that of natural populations was relatively high,which from high to low was 0.158 1 (NW), 0.132 0 (NH) and 0.110 5 (NS). As an index for genetic distance pair-wise populations, the genetic variety between populations was studied, which characterized the genetic distance between populations. The genetic distance of NW and NH, NW and NS, NW and RS were respectively high, whereas that of NH and NS, NS and RS, NH and RS was low. Chi-test(χ2) and the analysis of the genetic variety pair-wise populations was taken as efficient approach for studying population difference.     

生境片断化对植物的遗传影响

生境片断化指大片连续的生境被分割成空间隔离的小生境的现象。通常认为，生境片断化使植物残遗种群由于经历随机遗传漂变和高水平的近交以及基因流的下降，而发生遗传侵蚀，遗传多样性下降，遗传结构改变，变得更加分化。但近期的研究证明，并不是所有的片断化事件都导致植物种群遗传变异丧失，且种群问的基因流甚至有可能增加了。片断化对植物种群的遗传作用还受到诸如世代长短的种间差异、片断化前的丰富度、有性和无性繁殖系统的多样性、种子库以及和传粉媒介及种子传播者的相互作用等的影响。     

基因工程中常用的酶及其功能分析

酶是活细胞所产生的一种具有特殊催化功能的蛋白质,在生物工程中应用非常广泛,如食品、医药、废水处理等方面.基因工程中常用的酶主要包括核酸酶、连接酶、聚合酶和修饰酶,分别发挥着不同的功能.     

单亲遗传算法及其应用研究

针对传统遗传算法（ＴＧＡ）在求解组合优化问题方面存在的不足,提出一种单亲遗传算法（ＰＧＡ）。ＰＧＡ不使用ＴＧＡ常用的交叉算子,而是通过基因换位算子隐含交叉算子的功能来实现进化操作,简化了遗传操作过程,并且不要求初始群体具有广泛多样性,不存在“早熟收敛”问题,仿真结果表明这种算法是有效的。     

山羊分子遗传标记研究进展

综述了分子遗传标记的原理、特点及在山羊遗传育种中的应用,并对其发展前景作了展望。     

分组量子遗传算法及其应用

量子遗传算法是一种高效的并行算法，但它易陷入局部极值。提出一种分组量子遗传算法，通过分层、分组等方法，保证了染色体的多样性。典型函数测试结果表明，分组量子遗传算法具有全局最优性，其性能优于其它几种遗传算法和QGA。     

基于SSR标记的福建省闽楠代表性群体遗传多样性分析

【目的】闽楠(Phoebe bournei)是珍贵的用材树种,被列为国家Ⅱ级重点保护野生植物。以福建省内保存较好的3个代表性闽楠自然群体为对象,研究其群体间及群体内的遗传变异水平及遗传结构特征,探究其成因,为闽楠天然群体的保护和利用提供依据。【方法】利用自行开发的18个多态性SSR标记,对3个群体共计88个样本进行检测,利用Popgene 32软件,分析群体的有效等位基因数(N_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)、基因分化系数(F_st))等,利用Structure软件研究群体的遗传结构。【结果】3个闽楠群体的平均期望杂合度为0.629,表明遗传多样性较丰富;3个群体的平均观测杂合度明显低于期望杂合度,群体内近交程度较高[近交系数(F)=0.280)],尤其是罗卜岩群体H_o/H_e差异大(0.399/0.608)、近交程度高(F=0.378);分子变异分析显示,闽楠的变异主要来源于群体内,群体间存在中等程度的分化(F_st=0.197)。聚类分析结果表明,3个群体闽楠样本可明显区分为两类,两类间存在明显的遗传分化,福建罗卜岩和福建顺昌群体为第Ⅰ类,且两者地理位置较近;福建政和与其距离较远,为第Ⅱ类。【结论】福建闽楠3个代表性群体具有较高的遗传多样性,但具有小群体特征,群体内近交程度较高,而地理隔离和人为活动使闽楠具有一定程度的遗传分化;应采取措施使群体内充分异交,以维持闽楠群体较高的遗传多样性。     

遗传算法的改进及其在方程组求解中应用

选择、交叉和变异是遗传算法的几个主要操作算子，它们构成了遗传操作。对遗传操作提出了改进方案、即对于交换操作：如果两个子代的适应度均比父代大就交换，如果子代的适应度一个比父代大而另一个比父代小则保留大的子代而还原小的子代为父代．如果子代的适应度均比父代小则取消此次的交换。变异操作中对每个父代的多个位置逐个变异．如果子代的适应度比父代大则变异，否则不变异。通过解线性方程组和非线性方程组证明丁该方法能够使得遗传始终向着理想的方向，避免了算法陷入死循环，并且收敛速度非常快。     

基于遗传算法的神经网络分类器优化设计

依据神经网络分类器的设计原理，设计了一种有效的遗传算法，实验结果表明：算法优化后的神经网络分类器不但学习速度快，还能保证分类精度．     

基于数据处理分组法(GMDH)的遗传选择算法与数据挖掘克隆技术

数据处理分组法(GMDH)的多层算法(MIA)是通过利用遗传算法的选择程序来实现的,该算法包含了为获取更少误差而生成的最优神经元的克隆操作.选择程序根据适应度以及网络输入的某种概率从已有的神经元中为新神经元寻找父代.克隆实质是对最优神经元的克隆体参数进行稍微调整.从机器学习库选出实验结果表明,通过克隆操作进行基因改造后的GMDH网络表现得比其它方法优越.     

多种群遗传算法在图像恢复中的应用研究

针对目前图像恢复方法中所存在的较多约束和计算求解复杂等问题,提出了一种基于多种群遗传算法的图像恢复方法,并与基于标准遗传算法的图像恢复进行了比较,仿真结果表明,该算法可使图像恢复结果和效率得以较大的改善和提高,具有推广应用价值。     

一种新的伪并行遗传算法

利用混沌序列的伪随机性,将混沌引入伪并行遗传算法,提出了伪并行混沌遗传算法。对3个检测函数的仿真实验表明该算法能较好地克服早熟现象及收敛速度慢的问题,优于伪并行遗传算法、显著优于标准遗传算法。     

一种改进的混合遗传传算法

从约束最优化问题的混合遗传算法出发,针对混合遗传算法不足,提出有利方向概念,并用之对变异算子加以改进,同时用模拟退火思想对罚因子加以改进,用改进后的算法进行仿真试验,试验结果表明改进后的算法有效 .     

High genetic diversity in population of <Emphasis Type="Italic">Lepturichthys fimbriata</Emphasis> from the Yangtze River revealed by microsatellite DNA analysis

Lepturichthys fimbriata (Günther) is one of the benthic and rock-attached fish species that is typically found in torrential flows of the upper reaches of the Yangtze River in China. Several dams in the Yangtze River (the Ertan Dam, the Three Gorges Dam, the Gezhouba Dam, the Xiluodu Dam and the Xiangjiaba Dam (the latter two dams are under construction)) may have significant effects on the habitat and spawning behaviors of L. fimbriata, and could ultimately threaten the survival of this fish. We studied the population genetic diversity of L. fimbriata samples collected at three sites within the Yangtze River and one of its tributaries, the Yalong River. Genetic diversity patterns were determined by analyzing genetic data from 14 polymorphic microsatellite loci isolated in Jinshaia sinensis (Sauvage et Dabry). A high genetic diversity among these L. fimbriata local populations was indicat- ed by the number of microsatellite alleles (A) and the expected heterozygosity. No reductions of genetic diversity in any L. fimbriata population were observed. However, significant population differentiations were observed among three local populations by pairwise comparisons (P<0.001). We deduced that L. fimbriata local populations were not small ones. In addition, the habitat behaviors of rock-attachment and possible residence of L. fimbriata could account for the genetic differences found in local populations.     

小麦异交群体的遗传趋异分析

用太谷核不育小麦构建小麦异交群体DNSI,对株高,穗粒数,千粒重,小穗密度分别进行单性状集团岐化选择,经过四代,各选择处理已表现出一定趋势,从平均数看,选择性状表现几乎与预期进展一致,向上选择的平均数总大于向下选择,统计分析结果表明,各代选择进展大小不同,其它性状也发生了程度不同的显著变化,分析性状的变异系数发现,随选择的进行遗传变异没有发生明显的降低,某些处理甚至表现出升高的趋势,说明选择没有引起群体遗传结构的破坏,另外,方差分析表明,群体间差异达显著水平,说明群体发生了一定的遗传趋异,主成分遗传距离和聚类分析进一步表明,群体间关系随世代发生着不规律的变化。     

用于测试用例生成的遗传算法改进

在软件测试技术中,高效的测试用例生成是简化测试工作、提高测试效率的必要手段。传统遗传算法是一种多点搜索和采用交叉操作的技术,有效应用于测试用例生成。遗传算法虽然具有良好的全局搜索能力,但对于局部空间的搜索问题不是很有效。针对此问题,对传统遗传算法在适应度函数、遗传算子方面进行改进,提高该算法在局部空间的搜索能力,提出一种基于改进遗传算法的测试用例生成方法。实验结果表明,所提出的方法在测试用例生成的效率和效果方面优于基于传统遗传算法的测试用例方法。