ITS2序列鉴定青葙子及其混伪品

为探讨基于ITS2序列鉴定青葙子及其混伪品的新方法,对青葙子及其混伪品共4个物种7份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时从GenBank下载青葙子及其常见混伪品共10个物种21个样本的序列信息.分析各物种间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列构建其系统发育树.结果表明青葙子及其混伪品的ITS2二级结...     

基于ITS2条形码对铁皮石斛及其混伪品分子鉴定的初步研究

通过分析铁皮石斛及其常见混伪品的ITS2序列差异，建立铁皮石斛药材真伪的快速鉴别方法．运用CodonCode Aligner V3．0软件对测序峰图进行校对拼接，基于隐马尔可夫模型的注释方法获得ITS2序列，采用MEGA5．0软件进行序列比对，种内种间距离计算及UPGMA聚类树构建，应用Koetschan等建立的ITS2数据库及网站预测ITS2二级结构．结果表明，铁皮石斛及其混淆品ITS2之间存在明显差异，所有铁皮石斛样品在UPGMA树上单独聚为一类．ITS2序列可以作为DNA条形码用于铁皮石斛与其混伪品的快速分子鉴别．     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

獐牙菜亚族植物DNA条形码研究

为准确鉴定獐牙菜亚族植物(包含常用藏药"蒂达"(藏茵陈))的基原植物,实现对贮藏药材的标准化鉴别.本研究利用核基因ITS片段和叶绿体rbcL、mat K和trnH-psbA片段对獐牙菜亚族25种50个个体进行DNA条形码研究,结合4个候选条形码及其组合的种内、种间距离分布及物种鉴别率评价其在獐牙菜亚族植物中的应用效果.结果表明:核基因ITS片段不仅在单片段中鉴别率最高(80%),包含ITS片段的候选条形码组合的物种鉴别率均为100%,考虑mat K+ITS组合对种子植物的物种鉴别效果更好,推荐双条形码组合mat K+ITS为獐牙菜亚族植物的标准条形码.     

茶藨子属ITS2序列二级结构的预测和比较分析

目的:利用内转录间隔区2(ITS2)序列对茶藨子属30个物种进行分类鉴定.方法:利用Clustal W软件多序列比对分析从Genbank上下载的ITS2序列,通过MEGA7.0软件计算遗传距离(K2P),基于K2P模型构建邻接(NJ)聚类树,并用RNA Structure5.4软件分析各物种ITS2二级结构的差异.结果:从构建的聚类树可知,茶藨子属30个物种均聚为1大枝11个小分枝,说明茶藨子属是一个单系类群;根据ITS2的二级结构分析,该属所有物种都均具有相似的结构,说明了该属的特异性较强,同时也说明了ITS2序列分析适用于茶藨子属植物的分类鉴定,并在近缘物种间的系统学研究、物种的鉴定方面具有较大的应用潜力.     

黄芪Astragali Radix与其伪品饮片的分子鉴别

黄芪是一种常用的中药材,具有增强机体免疫力、抗病毒、抗衰老、强心等重要的药用价值.然而,随着黄芪的需求不断提升,市面上逐渐涌现出一批黄芪的伪品.许多中药材一般以干燥根部的切片入药,传统形态鉴别法及理化鉴别法无法准确有效地进行区分,而黄芪正品与伪品的分子鉴别手段鲜见报道.本研究以正品膜荚黄芪、蒙古黄芪及伪品多序岩黄芪、紫苜蓿、锦鸡儿、大野豌豆、背扁黄芪和梭果黄芪为材料,利用DNA条形码技术,选取ITS、rbcL、psbA-trnH 3种通用DNA条形码来探究其在黄芪正品与伪品鉴别中的应用.实验结果表明:单一DNA条形码的鉴别效率较低,无法将所有的正品与伪品区分,组合DNA条形码明显具有更高的分辨率,聚类树支持率更高,结果更可靠.因此,建议将rbcL+psbA-trnH,rbcL+ITS+psbA-trnH或ITS+psbAtrnH组合作为准确有效的黄芪正品与伪品的鉴别标准.     

江蓠属和龙须菜属5种海藻ITS序列分子系统学分析

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITS序列长度在893～1 508 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITS系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8S序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITS序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。     

金针菇rDNA-ITS序列分析

为研究金针菇rDNA-ITS序列特征,提取了不同来源金针菇子实体的基因组DNA,对其rDNA的内转录间隔区进行PCR扩增和序列测定,并提交NCBI获得登录号;将不同产地的金针菇ITS序列与本研究获得的金针菇ITS序列进行对比分析,利用ITS序列分析技术研究其遗传多样性,并构建了NJ系统发育树。结果表明,所有供试材料的ITS全长在710～719　bp范围内,G+C含量在49.3　%～49.9　%,所有序列共有34个变异位点,16个信息位点,ITS区遗传距离变化范围为0～0.016,即不同产地的金针菇ITS序列在进化过程中存在差异。此结果可为真菌分类鉴定等研究提供重要的资料和依据。     

5种蟹类线粒体Cyt b基因序列分析及其系统发育

为研究浙江沿海蟹类系统发育情况,对5种常见蟹类(n=28)的线粒体细胞色素b基因进行扩增,获得650 bp序列片段,其中8个红星梭子蟹样品中检测出4个单倍型,锐齿蟳、锈斑蟳和日本蟳样品中分别检测出2个单倍型,绵蟹中检测出1个单倍型;碱基T、C、A、G和A+T的平均含量分别为37.3%、19.8%、26.5%、15.8%和63.8%,A+T平均含量(63.8%)明显高于G+C(36.2%),符合后生动物线粒体基因碱基偏倚特性;5种蟹类种内遗传距离处于0.000~0.050,种间遗传距离为0.194~0.366,锐齿蟳与绵蟹种间遗传距离最高(0.366),锈斑蟳与日本蟳遗传距离最低(0.194)。通过邻接法构建分子系统树发现蟳属物种首先聚类,然后与同属于梭子蟹科的梭子蟹属物种聚类,最后与绵蟹科绵蟹物种聚类,与相应蟹类形态学分类结果一致。     

西藏地区红景天属植物ITS,rbcL, trnS-G序列多态性分析群

以西藏红景天为研究材料,利用DNA条形码(核糖体内转录间隔区ITS以及两对叶绿体DNA序列rbcL和trnS-G),对所收集的44个样品进行克隆与测序,并结合NCBI中已报道的22种红景天ITS,rbcL,trnS-G序列进行分析.利用Mega5.0软件基于DNA条形码序列分析上述样本的遗传距离结果显示,ITS和trnS-G序列在红景天属植物种间的差异明显,rbcL序列的差异较小.所构建的N-J进化树结果显示ITS对红景天物种的识别能力优于rbcL和trnS-G,但任何单一的DNA条形码均无法成功辨识全部的红景天属植物.其中ITS序列可以清晰的分辨出大花红景天与圣地红景天,并且不同地理居群间的样本差异较小,rbcL+trnS-G组合DNA条形码可以清晰分辨出长鞭红景天.本研究对西藏红景天属植物进行了遗传多样性分析,为其开发与利用提供指导.     

6种接骨木DNA条形码分析

由于接骨木属植物种间变异小,性状不稳定等原因,其分类一直难以确定.以6种接骨木属植物的总DNA为模板,利用PCR技术扩增8个DNA条形码片段,并进行序列分析.结果表明:接骨木属叶绿体基因来源的条形码rbc L,rpo C1,Mat K,Rpo B,ycf 5序列完全一致,为高度保守序列;psb A-trn H序列虽然进化较快,但其测序结果准确性差,不适于接骨木品种鉴别.6种接骨木核基因来源的ITS条形码进化上也较为保守,根据该条形码可将接骨木区分为2类.核基因来源的ITS2条形码的扩增效率高,种间区分效果好,是较合适的接骨木属植物分子标记之一.应用ITS2条形码可将6种接骨木区分为4类:接骨木;宽叶接骨木;毛接骨木;东北接骨木、钩齿接骨木和朝鲜接骨木.     

西藏地区红景天属植物ITS,rbcL,trnS-G序列多态性分析

以西藏红景天为研究材料,利用DNA条形码(核糖体内转录间隔区ITS以及两对叶绿体DNA序列rbcL和trnS-G),对所收集的44个样品进行克隆与测序,并结合NCBI中已报道的22种红景天ITS,rbcL,trnS-G序列进行分析.利用Mega5.0软件基于DNA条形码序列分析上述样本的遗传距离结果显示,ITS和trnS-G序列在红景天属植物种间的差异明显,rbcL序列的差异较小.所构建的N-J进化树结果显示ITS对红景天物种的识别能力优于rbcL和trnS-G,但任何单一的DNA条形码均无法成功辨识全部的红景天属植物.其中ITS序列可以清晰的分辨出大花红景天与圣地红景天,并且不同地理居群间的样本差异较小,rbcL+trnS-G组合DNA条形码可以清晰分辨出长鞭红景天.本研究对西藏红景天属植物进行了遗传多样性分析,为其开发与利用提供指导.     

藏药金腰属ITS二级结构的特点及其系统发育研究

分析了21种金腰的ITS序列特征,并进行了ITS二级结构的预测和比对,利用真核生物共有的保守结构域和基序对序列对二级结构进行了验证,分析了ITS2补偿性碱基配对变化(compensatory base pair changes, CBCs).结果显示,除中华金腰(Chrysosplenium sinicum)和山溪金腰(Chrysosplenium nepalense)以外,两亚属内种间遗传距离比两亚属之间的遗传距离小,对叶亚属中的中华金腰和山溪金腰之间的遗传距离最小,为0.013,但它们与其它金腰的遗传距离都大于0.1;金腰属中ITS2序列的二级结构比ITS1序列更加保守,互叶亚属中的ITS序列二级结构比对叶亚属的更保守;C.sinicum和C.nepalense及其它对生叶亚属内都存在CBCs,而互生叶亚属内没有,C.sinicum和C.nepalense与互叶亚属杂交的可能性比和对叶亚属更大,推断C.sinicum和C.nepalense在进化上可能处于更靠近金腰属基部起源的位置,在它们之后才分化产生了互生亚属和对叶亚属;对叶亚属内种间杂交的可能性远比互叶亚属内少,对叶亚属更趋向于各自独立进化,而互叶亚属可能更容易发生种间杂交产生新的变种.研究表明,ITS序列特征能对金腰属物种的杂交起源和进化提供新的思路和证据,对该属植物的进化研究具有重要的意义.     

DNA条形码技术的概况及其在大型海藻中的应用

随着DNA条形码技术的不断发展,资源丰富的条形码序列信息可供研究者进行各个物种的研究工作,藻类分类学家也做了各种各样的尝试,开发有效的DNA条形码序列进行相关藻种的鉴定,目前的条形码如RBCL、ITS均在石莼属等物种鉴定工作中取得了一定的效果。     

涉案偶蹄目动物DNA条形码构建

【目的】利用线粒体DNA条形码标记鉴定涉案偶蹄目动物,为解决偶蹄目动物残体、制品的鉴定难题提供技术参考。【方法】对16个偶蹄目动物物种共67份样本,采用试剂盒提取DNA,扩增、测定物种的线粒体DNA的COI基因、Cyt b基因片段;在GenBank上Blast搜索进行同源性分析;利用MEGA 7.0软件分别比较这两个基因片段种内和种间遗传距离,构建系统发育树。【结果】在同源性分析中,西伯利亚狍(Capreolus pygargus)的Cyt b基因片段与GenBank中西伯利亚狍、欧洲狍(Capreolus capreolus)基因序列的同源性均为99.64%~99.82%,该片段不能区分西伯利亚狍与欧洲狍这两个近缘种。其余测序结果与数据库中参考序列一致且相似度较高。对于COI片段,种内遗传距离为0~1.4%,种间遗传距离为1.8%~18.8%。对于Cyt b基因片段种内遗传距离为0~0.5%,种间遗传距离为4.0%~15.8%。两个片段的种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在较为明显的条形码间隔。COI和Cyt b基因片段的系统发育树中,同物种的不同个体均能形成具有较高支持度的单分支;不同物种之间界限清晰,每个物种的所有个体均能够形成具有较高支持度的单分支。【结论】基于COI和Cyt b基因片段构建的DNA条形码均可用于对涉案偶蹄目动物的物种鉴定。在物种鉴定中,可采用两个片段联合使用的方式,尤其是对于近缘种的鉴定,以降低错误风险。     

分子标记技术在白木香遗传变异研究中的应用

采用简单重复序列区间扩增(ISSR)技术和核糖体RNA基因(rDNA)转录间隔区(ITS)序列分析技术, 对不同地区白木香的遗传变异、亲缘关系及分子鉴定进行研究. 共筛选出7条ISSR引物, 扩增得到80条带, 其中多态性条带的比率是58.8％. 白木香9个居群之间的遗传距离是0.0733～0.4213, 居群间遗传差异不大; 筛选出的引物IS-8可以进行白木香种内和种间的鉴别. ITS序列在白木香种内的变异很小, 只有6个变异位点, 种内遗传距离为0.0％～1.1％. 根据白木香ITS的序列特征可准确鉴别白木香与近缘种. 两种分子标记方法得到的UPGMA聚类图不一致, 但大致趋势相同, 说明ISSR标记与ITS序列分析均可用于白木香遗传变异及亲缘关系的研究, 但ITS序列分析技术在种内遗传变异研究的分辨力不及ISSR高.     

浙江沿海潮间带多毛类环节动物DNA条形码数据库初建

多毛纲环节动物是形态学分类鉴定极为困难的一类海洋生物。本研究旨在构建浙江沿海常见多毛类的DNA条形码数据库。2015年1-10月期间,针对多毛类环节动物在浙江沿海潮间带进行了多次定性采样,并对样本进行了形态学鉴定以及线粒体COⅠDNA序列分析。从形态学上共鉴定了8个多毛类物种,隶属于4个科,即双齿围沙蚕Perinereis aibuhitensis、威氏围沙蚕P.wilsoni、独齿围沙蚕P.cultrifera、杂色伪沙蚕Pseudonereis variegata、双管阔沙蚕Platynereis bicanaliculata、短毛海鳞虫Halosydna brevisetosa、岩虫Marphysa sanguinea、四索沙蚕Lumbrineris tetraura。共得到长度为680~930 bp的13条DNA序列,其中2条属于P.wilsoni、2条属于M.sanguinea的片段,这两个物种的序列还未在BOLD中收录;1条H.brevisetosa的COⅠ基因序列与Gen Bank上的同名序列差异较大。计算得到样本的种内平均遗传距离为2.8%,科内种间平均遗传距离为23.9%,科内种间距离远远大于种内距离;从而印证了COⅠ可作为多毛类动物分类的条形码。此外,本研究还设计了一对多毛类动物COⅠ片段的特异性引物,而且适用于扩增A+T含量较高的多毛类物种。     

乌头属植物ITS条形码的序列及结构特征研究

毛茛科乌头属(Aconitum L.)植物是一类药用植物,主要分布在青藏高原等地区,其分子系统的分类对该药材道地性研究十分必要,然而目前分子学的分类鉴定依然有限.通过对9种乌头属植物进行ITS序列分析及二级结构预测,并结合公共数据库的数据,建立了一种对乌头属植物种间鉴定的分子学方法,为后续青藏高原地区道地药材研究奠定基础.形态学鉴定显示,其中6种为高乌头,1种为赣皖乌头,1种为空茎乌头,1种为"遵义"乌头(后用ZY代替).ITS序列分析与聚类揭示这几种乌头属植物之间的亲缘关系:ZY与其他几种差异较大,ITS1遗传距离均大于0.1,ITS2遗传距离小于ITS1的遗传距离,GC含量高达60.9%.ITS一级结构聚类显示ZY为乌头亚属植物,其余8种皆为牛扁亚属,二级结构上XJ与QCHS的具有较大的主环,与其他种表现出明显的差异.ITS2上具有54.5%的CBCs位点,表明在这几种乌头属植物间存在着种间杂交.     

应用ITS序列分析葱属植物发育关系

用克隆测序法检测葱属14个种的ITS序列,共获得17条不同的ITS序列.结果表明:大葱和洋葱正反交杂种一代测定出分别来自大葱和洋葱两个不同的ITS序列;楼葱也具有两个不同的ITS序列.从ITS序列分析、简约信息位点、GC含量及位点数差异看出,ITS序列比5.8SrDNA序列变异程度高,且ITS1序列比ITS2序列变异丰富.种间遗传距离表明:洋葱、分蘖洋葱和胡葱亲缘关系最近,大葱、鸡腿葱和阿尔泰葱之间也非常近.MP和NJ系统树显示:14种葱属物种分为两大支,薤、韭菜、韭葱和大蒜被分在一支;其余的为另一支.由此推测出:楼葱起源于两葱属物种的种间杂种;胡葱与洋葱源于共同祖先;大葱是由阿尔泰葱进化而来.     

DNA条形码技术在陕西汉中地区管蓟马物种鉴定中的应用

为了探究DNA条形码技术在蓟马类昆虫物种鉴定方面的可行性,以采自陕西汉中地区的管蓟马种类为研究材料,借助DNA条形码技术,对该地区多种植物上的管蓟马进行分类研究,通过对蓟马标本的无损伤提取、扩增、测定序列,共成功获得18条序列,其中以蓟马科Thripidae的2属2种为外群,管蓟马科Phlaeothripidae管蓟马亚科Phlaeothripinae的3属5种作为内群,构建了系统发育树。结果鉴定出5属7种,其中简管蓟马属包括3种,滑管蓟马属1种,器管蓟马属1种以及蓟马科蓟马属1种和带蓟马属1种。DNA条形码数据可辅助形态学进一步确定物种,区分形态上难以区分的物种。