基于ITS2条形码鉴定酸橙类中药材

对正品枳及其5种常见混伪品进行ITS2分析,为制药和临床上鉴别枳实和枳壳类中药材提供一种方法,也为农业上鉴定橘类种子种苗提供一种可靠方法。提取枳及其混伪品DNA,对ITS2序列扩增和双向测序,从GenBank下载其他部分序列。用DNAstar 7.10进行序列长度统计,并计算G+C含量。用MEGA 5.0计算种内种间(K2P)遗传距离,并进行NJ树聚类分析和二级结构分析,最后通过条形码网站鉴定各物种序列。结果发现:枳及其混伪品ITS2序列长度范围为231～279bp,G+C含量范围为69.26%～72.93%;种内最大K2P遗传距离比种间最小遗传距离小;聚类树单系性良好,但二级结构区分不明显,条形码网站鉴定可得到正确物种。ITS2条形码可有效鉴别枳及其混伪品。     

基于ITS2条形码对铁皮石斛及其混伪品分子鉴定的初步研究

通过分析铁皮石斛及其常见混伪品的ITS2序列差异，建立铁皮石斛药材真伪的快速鉴别方法．运用CodonCode Aligner V3．0软件对测序峰图进行校对拼接，基于隐马尔可夫模型的注释方法获得ITS2序列，采用MEGA5．0软件进行序列比对，种内种间距离计算及UPGMA聚类树构建，应用Koetschan等建立的ITS2数据库及网站预测ITS2二级结构．结果表明，铁皮石斛及其混淆品ITS2之间存在明显差异，所有铁皮石斛样品在UPGMA树上单独聚为一类．ITS2序列可以作为DNA条形码用于铁皮石斛与其混伪品的快速分子鉴别．     

应用ITS序列分析葱属植物发育关系

用克隆测序法检测葱属14个种的ITS序列,共获得17条不同的ITS序列.结果表明:大葱和洋葱正反交杂种一代测定出分别来自大葱和洋葱两个不同的ITS序列;楼葱也具有两个不同的ITS序列.从ITS序列分析、简约信息位点、GC含量及位点数差异看出,ITS序列比5.8SrDNA序列变异程度高,且ITS1序列比ITS2序列变异丰富.种间遗传距离表明:洋葱、分蘖洋葱和胡葱亲缘关系最近,大葱、鸡腿葱和阿尔泰葱之间也非常近.MP和NJ系统树显示:14种葱属物种分为两大支,薤、韭菜、韭葱和大蒜被分在一支;其余的为另一支.由此推测出:楼葱起源于两葱属物种的种间杂种;胡葱与洋葱源于共同祖先;大葱是由阿尔泰葱进化而来.     

茶藨子属ITS2序列二级结构的预测和比较分析

目的:利用内转录间隔区2(ITS2)序列对茶藨子属30个物种进行分类鉴定.方法:利用Clustal W软件多序列比对分析从Genbank上下载的ITS2序列,通过MEGA7.0软件计算遗传距离(K2P),基于K2P模型构建邻接(NJ)聚类树,并用RNA Structure5.4软件分析各物种ITS2二级结构的差异.结果:从构建的聚类树可知,茶藨子属30个物种均聚为1大枝11个小分枝,说明茶藨子属是一个单系类群;根据ITS2的二级结构分析,该属所有物种都均具有相似的结构,说明了该属的特异性较强,同时也说明了ITS2序列分析适用于茶藨子属植物的分类鉴定,并在近缘物种间的系统学研究、物种的鉴定方面具有较大的应用潜力.     

物种特异性PCR在中药材白花蛇舌草鉴定中的应用

提供中药材白花蛇舌草物种特异性鉴定引物以及建立简便、高效的特异性鉴定方法和研制鉴定试剂盒．为此收集目前市场上出现的所有白花蛇舌草正伪品样品共9种，并测定所有样品的核糖体基因ITS区核苷酸序列，在此基础上设计一对物种特异性引物B174和B53，特异性地鉴定白花蛇舌草．表明用这对引物扩增白花蛇舌草，获得207bp的特异性产物，而其它伪混品样品没有阳性产物．可以认为用白花蛇舌草特异性鉴定引物B174和B53的所配制的鉴定试剂盒具有很好的应用前景．     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

ITS序列在天门冬属物种DNA条形码构建中的应用研究

在对天门冬属4个种ITS(internal transcribed spacer)序列克隆测序的基础上,并对4个种进行序列比较分析.结果表明:(1)4个物种的亲缘关系很近,它们间的ITS序列的变异小,GC含量高,在60％左右.(2)4个物种在系统树上聚为一类,文竹与其他3种天门冬的亲缘关系相对较远,处于系统树的一支,其...     

开口箭种质资源及其混伪品的SSR指纹图谱研究

利用SSR分子标记技术研究开口箭种质资源的DNA鉴定方法,构建其指纹图谱,为开口箭及其混伪品鉴定提供参考依据。应用7对多态性丰富的SSR引物对10份开口箭种质资源和5份混伪品进行了PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。结果表明,开口箭种质资源及其混伪品的遗传多样性丰富,7对SSR引物共检测出21个多态性位点,平均每对引物的多态性位点数为3.0;基于SSR分子标记的DNA指纹图谱可将开口箭种质及其混伪品完全区分开。该研究建立的SSR指纹图谱可用于开口箭种质资源标准化分析及市场化检测。     

赤峰市大兴安岭南部地区大型担子菌资源调查

对赤峰大兴安岭南部地区的克什克腾旗、林西县和巴林右旗的大型担子菌资源进行调查.运用形态分类和分子系统发育分析相结合的方法,共鉴定出大型担子菌1纲、9目、24科、55属、93种及以下分类单元(包括90个种、1个亚种、1个变种和1个变型),其中15个种为国内首次报道.全部已鉴定物种包括食用菌24种,药用菌18种.本文列出了本次调查的大型担子菌名录,同时提供了每个物种的凭证标本及其ITS序列GenBank编号.     

灯盏花ITS2基因克隆及RNA二级结构预测

利用PCR方法扩增灯盏花ITS2基因并克隆,获得ITS2基因序列.用生物软件对ITS2序列进行分析并构建系统进化树和RNA二级结构,得到灯盏花的ITS2核苷酸序列为205 bp,基于ITS序列飞蓬属11种共分为5支,分支与地理分布情况基本一致.ITS2 RNA二级结构在飞蓬属种间表现基本一致,而TS2区结构表现出属间差异.利用r DNA ITS区序列一结构和二级结构相结合达到鉴定药用植物灯盏花分类的目的.     

高良姜与混淆品rDNA ITS序列的分析与鉴别

用PCR直接测序法测定和分析不同产地野生和种植品种的高良姜(Alpinia officinarum Hance),以及山姜（A. japonica（Thunb.） Miq.）、华山姜（A. chinensis (Retz.) Rosc.）和大高良姜(A. galanga (L.) Willd )等三种混淆品的rDNA ITS区序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据。经测序、比对和排序得到812bp序列,包括18S3’端部分序列,ITS1、5.8S、ITS2全部序列和26S5’端部分序列。序列分析结果显示,高良姜种内序列高度一致,同源性达100%,测序结果中发现杂合位点,而广西样品杂合位点的两个碱基各占的比例与其它地方样品的不同,显示了高良姜种内rDNA ITS序列的细微差异。高良姜和混淆品的812bp序列中共有61个变异位点,60个是信息位点,同源性达96.32%,其中ITS1和ITS2中的11个位点在高良姜和混淆品中差别明显,可以鉴别高良姜和混淆品,因此rDNA ITS序列是高良姜真伪辨别的有效标记。基于DNA序列的高良姜和混淆品的系统分类结果与形态学的分类结果不完全一致,有待进一步的研究探讨。     

青葙种子蛋白质氨基酸的分析研究

对青葙种子的蛋白质与氨基酸进行了研究，测得其粗蛋白的含量为20.8%，含有18种氨基酸，其中有营养必需的8种氨基酸，并根据模式蛋白质，应用模糊识别分析法与化学分析法对青葙种子蛋白质营养价值进行了评价。     

分子标记技术在白木香遗传变异研究中的应用

采用简单重复序列区间扩增(ISSR)技术和核糖体RNA基因(rDNA)转录间隔区(ITS)序列分析技术, 对不同地区白木香的遗传变异、亲缘关系及分子鉴定进行研究. 共筛选出7条ISSR引物, 扩增得到80条带, 其中多态性条带的比率是58.8％. 白木香9个居群之间的遗传距离是0.0733～0.4213, 居群间遗传差异不大; 筛选出的引物IS-8可以进行白木香种内和种间的鉴别. ITS序列在白木香种内的变异很小, 只有6个变异位点, 种内遗传距离为0.0％～1.1％. 根据白木香ITS的序列特征可准确鉴别白木香与近缘种. 两种分子标记方法得到的UPGMA聚类图不一致, 但大致趋势相同, 说明ISSR标记与ITS序列分析均可用于白木香遗传变异及亲缘关系的研究, 但ITS序列分析技术在种内遗传变异研究的分辨力不及ISSR高.     

基于rDNA ITS序列的何首乌PCR-RFLP分子鉴别

为建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术,对何首乌及其常见混淆品的rDNA ITS（核糖体DNA内转录间隔区）序列进行了扩增和测序,运用CLUSTAL X、MEGA软件对该区进行序列分析.结果表明：何首乌与毛脉蓼（F. multiflora var.cilliinervis）、翼蓼（Pteroxygonum giraldii）及耳叶牛皮消（Cynanchum auriculatum）在ITS1区的差异率分别为6.9%、18.1%、42.0%,在ITS2 区的差异率分别为10.0%、19.4%、43.9%,而何首乌种内各居群间ITS1 和ITS2 区的差异分别为0%～2.13% 和0%～1.03%．进一步利用premer premier 5 找出了一个位于ITS2间区的何首乌特征性NsbI酶切位点,将何首乌rDNA ITS 序列PCR扩增产物用NsbI酶切后可得到得一个含约531 bp和109bp的二片段PCR－RFLP图谱, 而其混淆品rDNA ITS 序列PCR扩增产物不能被NsbI酶切,图谱呈单一条带.建立的PCR－RFLP方法简单易行,可用于何首乌原植物的鉴别．     

吴茱萸超微饮片ITS序列指纹图谱的研究

为探求吴茱萸超微饮片的品种鉴别方法,以来自不同产地的5个吴茱萸样品、7个疏毛吴茱萸和3个石虎样品制成的超微饮片为实验材料,用分子克隆方法获得并测定其ITS序列。标记它们的ITS1,5.8s,ITS2的全长序列,构建了吴茱萸的ITS序列指纹图谱,得出吴茱萸超微饮片3个不同植物来源种内相似度在98%以上;吴茱萸和其变种疏毛吴茱萸及石虎之间的ITS序列有显著的差异,可达27%,而疏毛吴茱萸和石虎的序列差异较小,但是在两组序列的对比中,发现有8个特异位点,显示了这两个亲缘关系比较相近的药材的区别。以ITS序列测定与分析可作为吴茱萸超微饮片的品种鉴定和质量控制的方法。     

不同产地独活及其混伪品的质量差异性分析

多点采样,对不同来源的独活及其混伪品进行质量差异性分析.测定不同产地独活及其混伪品总灰分、酸不溶性灰分、蛇床子素和二氢欧山芹醇当归酸酯质量分数,并结合HPLC指纹图谱对不同产地独活及其混伪品开展质量评价.结果表明,不同产地独活除陕西样品的蛇床子素略低于《中华人民共和国药典》(以下简称《药典》)标准外,其余样品均符合《药典》质量要求,而独活混伪品的蛇床子素质量分数均远低于正品独活质量分数.不同产地的独活HPLC指纹图谱有25个共有峰,各独活样品的指纹图谱与对照图谱的相似度在0.9以上,所建立的指纹图谱可用于独活的质量评价.因此,多指标的测定结果结合HPLC指纹图谱,可有效对不同产地的独活质量进行差异性分析和评价;混伪品蛇床子素的质量分数远低于正品独活,蛇床子素的质量分数高低可作为正品独活区别于混伪品的一个重要特征指标.     

鹿鞭及其伪品随机扩增DNA多态性鉴定方法研究

目的建立鹿鞭及其伪品随机扩增DNA多态性(RAPD)鉴定方法,为鹿鞭的鉴别提供可靠依据.方法采用柱层析法从鹿鞭及其伪品中提取线粒体DNA并进行随机DNA多态性扩增.结果正品鹿鞭(梅花鹿鞭和马鹿鞭)与其常见伪品(牛鞭)线粒体DNA随机扩增产物的电泳图谱有明显区别,条带数量和位置均不同,说明本方法可以有效区分正品鹿鞭与其常见伪品.结论 RAPD技术可为鹿鞭及其伪品的鉴别提供一种简单、有效、可信度高的方法.     

产黄酮马齿苋内生真菌的筛选及代谢产物抑菌效果初步研究

从马齿苋植株中分离内生真菌,提取其代谢产物,以黄酮类化合物显色反应和紫外光谱特征对内生真菌代谢产物进行初步鉴定,筛选得到产黄酮内生真菌AG-10,使用ITS1、ITS4通用引物,扩增菌株AG-10的18S rDNA序列,结合菌落和分生孢子形态特征,对菌株AG-10进行分类鉴定,并采用滤纸片法研究AG-10的代谢产物抑菌效果;菌株AG-10鉴定结果为镰刀菌(Fusarium sp.),其代谢产物可抑制金黄色葡萄球菌和大肠杆菌,最小抑菌质量浓度分别为1.0 mg/mL和2.0 mg/mL。研究结果证实了马齿苋中存在有可能产黄酮类化合物的内生真菌,为利用微生物产黄酮类化合物提供参考。