肺鳞状细胞癌和肺腺癌差异表达基因

癌组织与癌旁正常组织中的差异表达基因与非小细胞肺癌的发生发展密切相关。本文基于肺腺癌和肺鳞状细胞癌的RNA-Seq数据,首先利用R包DESeq2初步筛选得到2种亚型癌组织与正常组织的差异表达基因;然后运用方差分析鉴别了这些基因表达水平的组内差异和组间差异,构建了5个差异与非差异表达基因集合。参考COSMIC、CCGD和DISEASES数据库已有癌基因信息,统计分析了各数据集中癌基因的分布。参考COSMIC、TSGene 2.0数据库中原癌和抑癌基因信息,利用韦恩图求交集法获得2种癌症亚型的潜在原癌和抑癌基因。结果发现在肺鳞状细胞癌中,癌基因在5个集合中所占比例分别为:47.2%,38.7%,61.6%,55.6%,38.2%;在肺腺癌中,其所占比率分别为:43.9%,32.3%,64.6%,52.1%,40.5%。研究表明方差分析进一步筛选的上下调、组间差异集合中含有较多癌基因,获得肺鳞状细胞癌潜在原癌基因72个,抑癌基因244个;肺腺癌潜在原癌基因43个,抑癌基因159个。     

子宫颈癌抑癌基因P16第一外显子CpG岛异常甲基化

利用限制性核酸内切酶-PCR方法分析33例肿瘤组织和15例正常组织抑癌基因p16第一外显子SacⅡ和SmaⅠ酶切位点甲基化,应用SPSS软件进行统计分析。结果显示,18例子宫颈癌在抑癌基因p16第一外显子SacⅡ位点甲基化,8例子宫颈癌在SmaⅠ位点甲基化。正常组织仅有两例在抑癌基因p16第一外显子SacⅡ位点甲基化,正常组织在SmaⅠ位点没有甲基化。另外,抑癌基因p16第一外显子SacⅡ和SmaⅠ酶切位点甲基化易发生在肿瘤的早期。抑癌基因p16第一外显子SacⅡ和SmaⅠ酶切位点甲基化与子宫颈癌相关。     

癌症与DNA甲基化异常

DNA甲基化是哺乳动物基因组最常见的修饰方式,它存在于生物体正常的生理过程,DNA异常甲基化和疾病的发生发展有关.该文综述了癌症中存在着的DNA的异常甲基化现象,即抑癌基因的高度甲基化,低表达,及癌基因的低甲基化,高表达,检测这些基因的甲基化状态可以为癌症的早期诊断及治疗提供参考依据.     

结、直肠癌患者抑癌基因的甲基化检测

目的：评价特异性甲基化PCR（MSP）分析法检测抑癌基因高甲基化对结、直肠癌的诊疗价值。方法：应用MSP法检测36例结、直肠癌患者血清、术中癌旁组织及癌组织中的抑癌基因hMIM1、p15、p16甲基化的发生率。另选择36例健康体检者血清样品作正常对照。结果：36例结、直肠癌患者术前血清及术中癌组织的hMIM1、p15、p16甲基化发生率为59％-97％,癌旁组织略低;术后1周血清中hMIM1、p15、p16与术前比较明显下降（P〈0．01）,而正常对照组抑癌基因甲基化发生率均为0。结论：MSP法的建立,直接检测结、直肠癌患者的抑癌基因的高甲基化状态,有助于临床判断和动态观察治疗的效果。     

DNA甲基化在肿瘤形成中的作用（综述）

DNA甲基化改变是肿瘤细胞中常见的现象,DNA甲基化与肿瘤的发生有密切关系。从以下几方面对此做一综述。（1）简介哺乳动物细胞的DNA甲基化;（2）DNA甲基化与肿瘤基因突变;（3）肿瘤DNA甲基化的基因外作用,其中包括：原癌基因的低甲基化和抑癌基因的高甲基化。     

癌基因与抑癌基因

癌基因和抑癌基因都存在于正常的细胞中,癌基因可以通过病毒感染,非病毒因子诱发等多种途径被激活,然后诱导触发一系列与细胞生长分化有关的基因表达,从而至病,抑癌基因的丢失,突变,失活,也会导致细胞的癌变。     

乳腺癌中hsa-miR-17-92基因簇及其旁系同源体的共调控作用

hsa-miR-17-92基因簇高度保守,可以作为抑癌基因抑制乳腺癌细胞的增殖.包括2个旁系同源体:miR-106a-363和miR-106b-25基因簇,其序列高度相似,可能通过调控共同靶基因而具有相似的功能.探讨3个基因簇转录的15条microRNA的序列特征,以及共调控靶基因在人类乳腺正常和癌细胞系中的表达;并进一步就显著差异表达基因进行GO和Pathway(KEGG)分析.结果表明,超过75%(178/236)的共调控靶基因表达具有显著差异性,这些基因可能与生物体的细胞代谢、转录后调控、生物合成等多种生物学过程有关,参与细胞周期,癌症等信号通路.分析发现乳腺特异基因PTPN4在乳腺癌中的低表达影响蛋白磷酸化水平和细胞周期,SMAD4、CCND1和E2F1作为与细胞周期相关基因在细胞的G1期起重要作用,它们的低表达阻止细胞从G1期进入S期,从而抑制癌细胞的生长,起到抑癌作用.特别是,一方面基因簇调控CCND1和E2F1使其低表达,另一方面它们作为转录因子结合到基因簇的启动子区诱导基因簇表达,从而形成负反馈调控循环调控下游基因表达.     

牡蛎低分子活性肽BPO-L对人肺腺癌A549细胞周期和相关癌基因、抑癌基因表达的调控作用

采用酸抽提、凝胶柱层析等方法,从僧帽牡蛎体内分离提取到牡蛎低分子活性多肽组分BPO-L,以HMBA处理组为平行对照,流式细胞仪检测细胞周期变化及以免疫细胞化学方法检测相关癌基因、抑癌基因表达变化.研究BPO-L对人肺腺癌A549细胞分化的生物学效应,探索其对肺癌细胞的作用机理.实验结果显示,BPO-L能有效抑制A549细胞增殖活动,促使细胞阻滞于G0/G1期.在此过程中,A549细胞c-myc,MTp53等癌基因蛋白表达减弱,p21WAF1/CIP1和Rb等抑癌基因蛋白表达活性的增强.本研究证实BPO-L对肺癌细胞具有显著的诱导分化作用.其诱导癌细胞分化机理与其调节和干预c-myc、MTp53等癌基因与p21WAF1/CIP1和Rb等抑癌基因的表达有关.     

邻苯二甲酸二丁酯（DBP）诱导肿瘤细胞凋亡机制的初步研究

邻苯二甲酸二丁酯（DBP）在体外对肺巨细胞癌细胞（PG）和人早幼粒白血病细胞（HL-60）的增殖有明显的抑制作用;经DBP处理过的PG细胞,DNA断裂,在琼脂糖凝胶电泳上呈现出特异的断裂带;流式细胞术分析表明,DBP能提高PG细胞的凋亡率,并且随作用时间的延长而增大;斑点杂交的结构显示,被DBP处理过的HL-60细胞中某些原癌基因、抑癌基因和肿瘤抑制基因的mRNA表达水平都有所下降,这提示DBP对HL-60细胞增殖抑制作用的机制之一可能是通过抑制这些癌基因和突变的抑癌基因的表达来实现的。     

基因功能区域的DNA甲基化分析

基于人类9种细胞系和15种组织的单碱基精度的甲基化数据,计算了基因范围六个功能区域(转录起始区域、第一外显子、中间外显子、最后外显子、内含子和转录终止区域)的甲基化水平,分析了各功能区域甲基化的分布.采用离散增量和欧式距离两类参数分别计算了细胞系和组织间的基因的甲基化差异,并对具有较高差异水平的前20个基因在六类细胞系的表达进行了分析.     

人类K562细胞系中组蛋白修饰的调控分析

利用10种组蛋白修饰和1种组蛋白变体的ChIP-seq数据,统计了K562细胞系和GM12878细胞系中11种组蛋白修饰在癌基因启动子区域的分布.比较了两个细胞系中致癌基因和抑癌基因启动子区域的组蛋白修饰分布密度,并计算了11种组蛋白修饰与基因表达的相关性,分别在致癌基因和抑癌基因中构建了组蛋白修饰和基因表达的多元线性回归方程,从而发现K562细胞系中癌症发生过程中组蛋白修饰的调控特征.最后对K562细胞系中超级增强子调控的致癌基因和抑癌基因进行GO功能分析,研究这些基因的生物学功能,进一步找出K562细胞系中癌症发生的5个关键基因GATA1、GATA2、H3F3B、LYL1和SH_2B3.     

亚硒酸钠对人胃腺癌细胞中c-Ha-ras和-cerbB2癌基因及其蛋白的影响

应用细胞原位杂交和免疫胶体金技术，观察亚硒酸钠处理人胃腺癌细胞前后，ｃ－Ｈａ－ｒａｓ和－ｃｅｒｂＢ２癌基因转录水平及其产物Ｐ２１和Ｐ１８５癌蛋白表达的变化，结果表明，两种癌基因在ＭＧｃｘ８０－３细胞中活跃表达，亚硒酸钠能抑制ｃ－Ｈａ－ｒａｓ和－ｃｅｒｂＢ２癌基因的转录水平及Ｐ２１和Ｐ１８５癌蛋白的表达，这对于诱导胃癌细胞向正常细胞方向逆转具有重要意义。     

T细胞蛋白p80调控c-Myc表达的机理

为了解p80在正常T细胞以及T细胞癌变过程中的作用,在缺失p80的T淋巴瘤细胞中重新表达p80,其结果显示:原癌基因c-Myc的表达受到显著抑制,且细胞周期在G1期出现了停滞.定量PCR的结果表明:p80对c-Myc表达的抑制是转录水平的抑制.双荧光素酶报告基因试验表明:p80对c-Myc的抑制作用定位于c-Myc启动子上相对于转录起始位点的-1042bp～-630bp区域.运用TFSEARCH软件对这一区域的分析发现存在多个c-Myb结合位点.在稳定表达p80的T淋巴癌细胞中敲低c-Myb,表明p80对c-Myc的转录抑制是通过c-Myb来实现的.免疫共沉淀实验表明p80和c-Myb在细胞中存在相互作用.进一步的研究显示p80对c-Myc的转录抑制依赖于组蛋白去乙酰化酶的活性.研究结果表明p80有可能通过与c-Myb的相互作用将组蛋白去乙酰化酶募集至c-Myc启动子区域,并通过组蛋白的去乙酰化抑制c-Myc的表达.     

亚硒酸钠对人胃腺癌细胞中c—Ha—ras和c—erbB2癌基因及其蛋 …

应用细胞原位杂交和免疫胶体金技术，观察亚硒酸钠处理人胃腺癌细胞前后，ｃ－Ｈａ－ｒａｓ和ｃ－ｅｒｂＢ２癌基因转录水平及其产物Ｐ２１和Ｐ１８５癌蛋白表达的变化。结果表明，两种癌基因在ＭＧｃ８０－３细胞中活跃表达，亚硒酸钠能抑制ｃ－Ｈａ－ｒａｓ和ｃ－ｅｒｂＢ２癌基因的转录水平及Ｐ２１和Ｐ１８５癌蛋白的表达，这对于诱导胃癌细胞向下沉细胞方向逆具有重要意义。     

宫颈癌中CALCA基因甲基化与HPV16-E7致癌蛋白表达的依存关系

 选择HPV16 阳性宫颈癌细胞和RNAi 技术,研究CALCA 基因甲基化与HPV16-E7 致癌蛋白表达的依存关系。构建慢病毒siRNA 重组表达载体,建立稳定表达HPV16-E7-siRNA 的RNAi 细胞模型。以SiHa 细胞和RNAi 细胞模型的基因组DNA 为对象,选择CALCA 基因启动子区富含CpG 岛屿的目标片段,使用亚硫酸氢盐测序法（bisulfite sequencing PCR,BSP）筛查分析,研究RNAi 抑制HPV16-E 7 表达后,CALCA 基因甲基化状态的可逆性程度。选出CALCA 基因启动子区富含CpG 位点的目标片段,其大小为365 bp,含有19 个CpG 岛屿,发现其中13 个CpG 位点的胞嘧啶在SiHa 细胞基因组DNA 中发生了甲基化（13/19）,而在表达HPV16-E7-siRNA 的RNAi 细胞模型中,所有CpG 位点的甲基化已发生逆转（0/19 位点）。本研究从细胞水平证明了宫颈癌细胞内的CALCA 基因启动子高甲基化对HPV16-E7 致癌蛋白表达有依赖性,为进一步研究E7 蛋白的作用及致癌机制奠定了重要的物质基础。     

乳腺癌Jab1蛋白调控Nov基因的表达受甲基化水平影响

为探讨癌基因Jab1在乳腺癌发生发展中的功能,首先在乳腺癌细胞MDA231中建立了慢病毒介导的Jab1基因的表达干扰系统,并通过人基因表达谱芯片分析结果以及实时定量PCR实验筛选出受Jab1调控的下游基因;此外,通过实时定量PCR以及Western blot实验证实Jab1干扰表达能降低Nov基因在转录和翻译水平表达,而且Nov启动子区域存在4个高甲基化CpG位点.进一步使用甲基转移酶抑制剂处理Jab1干扰表达细胞,发现与未使用抑制剂处理细胞相比,Nov基因的mRNA和蛋白质表达水平发生明显上调,说明Jab1基因调控Nov表达受甲基化水平的影响,提示Jab1可能是通过表观遗传学水平调控Nov基因的表达.     

人消化道肿瘤的表观遗传学研究

肿瘤的发生机制中有遗传学说和表观遗传学说．后者研究的主要内容包括DNA甲基化修饰和组蛋白的各种修饰．消化道肿瘤的发生发展存在表观遗传修饰的异常,如癌基因的低甲基化和抑癌基因的高甲基化,也同时存在着组蛋白乙酰化等修饰的紊乱．通过干预表观遗传修饰防治消化道肿瘤具有广阔的应用前景．     

中国明对虾卵黄蛋白原基因启动子克隆与分析

为了探明中国明对虾卵黄蛋白原基因启动子表达调控机制,利用DNA步移法克隆了中国明对虾卵黄蛋白原基因启动子及其上游调控序列,总长1 100bp.分析表明,在基因转录起始位点上游-30～-24bp处有1个TATA box,未发现有CAAT box和GC box.同时,在上游调控区还存在有多个可能影响启动子转录活性的顺式作用元件,如NF-κB,YY1和SP1等转录因子结合位点.这些结果为深入研究中国明对虾卵黄蛋白积累及卵子发生过程奠定了基础.     

与人类癌症相关的基因

原癌基因(proto-oncogene)正常时主要编码一些刺激细胞增殖的蛋白质。原癌基因突变为癌基因可使刺激性蛋白过度活化,导致细胞过度增殖。肿瘤抑制基因则编码抑制细胞生长的蛋白质。肿瘤抑制基因突变可致其编码的蛋白失活,细胞增殖失控。 一、癌基因 (一)生长因子或生长因子受体基因