六种鱼巴亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析

测定了鱼巴亚科云南光唇鱼(Acrossocheilus yunnanensis)、宽头四须鱼巴(Barbodes laticeps)、抚仙金线鱼巴(Sinocyclocheilus tingi)和滇池金线鱼巴(Sinocyclocheilus grahami)4种鱼类线粒体细胞色素b基因DNA序列402bp,结合已知的云南倒刺鱼巴(Spinibarb denticulatus yunnanensis)和细尾长臀鱼巴(Mystacoleucus lepturus)的同源序列,组成1个6种代表鱼巴亚科5属鱼类的数据集.选用已知的云南鲴(Xenocypris yunnanensis)作为外群,采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建了分子系统树.结果显示:倒刺鱼巴属(Spinibarbus)和光唇鱼属(Acrossocheilus)有较近的亲缘关系,四须鱼巴属(Barbodes)和长臀鱼巴属(Mystacoleucus)有较近的亲缘关系,而金线鱼巴属(Sinocyclocheilus)和它们的关系不能确定.上述结果与它们的地理分布基本吻合.       

细胞色素b基因序列变异与东亚鲿科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列.所得序列与GenBank中分布于日本、韩国和俄罗斯的（鱼尝）科2属9种鱼类同一基因序列排序,并选用鲇形目鲇科的大口鲇、钝头（鱼危）科的鳗尾（鱼央）和伦氏（鱼央）以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群.分析了细胞色素b基因序列,计算了Kimura双因子遗传距离和（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率,用最大简约法和邻接法构建了（鱼尝）科鱼类分子系统树,得出如下结论:(1)线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中,存在3bp的缺失;(2)系统发育分析显示（鱼尝）科构成一单系类群;（鱼艹）属为较为特化的属,拟（鱼尝）属为一明显的类群,而黄颡鱼属与（鱼危）属关系较为混乱;(3)东亚（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%～0.30%.本文是中国鲇形目（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道.     

中国南方沿海13种石斑鱼类的分子系统进化关系分析

石斑鱼类(Groupers)是世界性海洋经济鱼类,也是中国南方沿海省份重要的海水增养殖对象,其种类繁多,由于缺乏明显的种间外部形态区别特征,石斑鱼的分类一直是鱼类系统分类学的一个难题,存在着较多的争议和混淆。为了从分子水平揭示石斑鱼类的系统进化关系,应用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)及两个核糖体RNA基因(16S和12S)序列联合构建系统进化树对中国近海石斑鱼亚科3属13种进行种类鉴定及亲缘关系分析,探讨了石斑鱼类的分子系统进化。结果表明:①线粒体基因序列在石斑鱼类种间存在较大的变异,种内变异极小,是进行石斑鱼类种类鉴定较为适宜的分子标记;②所研究的3属13种石斑鱼类中,石斑鱼属与九棘鲈属的亲缘关系较近,与鳃棘鲈属的较远;③赤点石斑鱼和青石斑鱼、蜂巢石斑鱼与鲑点石斑鱼、斜带石斑鱼与棕斑石斑鱼两两间具有较近的亲缘关系。     

马鹿mtDNA Cyt b基因的生物信息学分析

基于NCBI数据库获取马鹿（Cervus elaphus）Cyt b基因序列，应用生物信息学方法对马鹿Cyt b基因编码的蛋白质进行理化性质、结构和相关功能的预测分析，了解马鹿mtDNA Cyt b基因的结构、功能和表达特性.结果表明：马鹿Cyt b编码的蛋白质为疏水性蛋白质，推测相互作用的蛋白质包括LOC100524873,UQCRC1,UQCRQ,ND1,MT-ND2,COX1,COX2,COX3,ND4H和CYC，功能与电子运输、耦合质子运输以及泛醌-细胞色素c还原酶活性有关；二级结构主要为无规则卷曲，有2个潜在的N-糖基化位点和34个磷酸化位点，9个跨膜螺旋结构域，定位于内质网和细胞质膜；马鹿与梅花鹿（Cervus nippon）的亲缘关系较近.这对于马鹿种质鉴定分子标记的筛选及其与梅花鹿的渐渗杂交具有理论意义.     

基于Cyt b基因序列变异探讨鲱形目系统发育关系

鲱形目内科间分类关系一直以来存在较多争议,为探讨鲱形目系统发育关系,对黄鲫、凤鲚的线粒体Cyt b基因全序列进行扩增、克隆及测序,得到1 141 bp序列。结合Genbank中已发布的鲱形目鱼类Cyt b基因全长序列利用生物信息学软件进行比较分析后,共检测到553个变异位点,总变异为48.5%,其中含504个简约信息位点,未见序列插入或缺失。碱基的替换多在密码子第三位,序列中转换多于颠换,Ts/Tv为2.448,基因突变未达到饱和。基于K2P模型计算的遗传距离表明,宝刀鱼科同鲱科及鳀科的科间遗传距离(0.042~0.072)小于鲱科内属间遗传距离(0.065~0.106)。在以南美肺鱼为外群构建的NJ分子系统树中,齿头鲱科最先分化,是鲱形目中原始类群;鳓属、多齿鳓属独立聚为一支,且具较高的自举检验值,支持将其归入锯腹鳓科;宝刀鱼科并入到鲱科一支中去,与鲱科亲缘关系更近。     

黄河鮈Cytb基因克隆及其在鮈属中的系统发育

采用聚合酶链式反应克隆黄河鮈线粒体细胞色素b基因 (Cyt b),首次报道了该基因的全长序列(1140bp,FJ904648) ,并与鮈属中其他6个物种的Cyt b 基因进行同源性比较,分析了碱基组成和变异情况,以马口鱼属的马口鱼和鯝属的云南鯝作为外群构建了ML和NJ系统发育树.遗传距离和分子系统学分析表明,黄河鮈与犬首鮈具有较低的遗传距离(6.30%),在系统发育树上两者聚在一起,提示黄河鮈与犬首鮈存在较近的亲缘关系.     

六种鱼巴亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析

 测定了鱼巴亚科云南光唇鱼(Acrossocheilus yunnanensis)、宽头四须鱼巴(Barbodes laticeps)、抚仙金线鱼巴(Sinocyclocheilus tingi)和滇池金线鱼巴(Sinocyclocheilus grahami)4种鱼类线粒体细胞色素b基因DNA序列402bp,结合已知的云南倒刺鱼巴(Spinibarb denticulatus yunnanensis)和细尾长臀鱼巴(Mystacoleucus lepturus)的同源序列,组成1个6种代表鱼巴亚科5属鱼类的数据集.选用已知的云南鲴(Xenocypris yunnanensis)作为外群,采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建了分子系统树.结果显示:倒刺鱼巴属(Spinibarbus)和光唇鱼属(Acrossocheilus)有较近的亲缘关系,四须鱼巴属(Barbodes)和长臀鱼巴属(Mystacoleucus)有较近的亲缘关系,而金线鱼巴属(Sinocyclocheilus)和它们的关系不能确定.上述结果与它们的地理分布基本吻合.     

细胞色素b基因序列变异与东亚 科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国 科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列，所得序列与GenBank中分布于日本，韩国和俄罗斯的 科2属9种鱼类同一基因序列排序，并选用鲇形目鲇科的大口鲇，钝头Wei科的鳗尾 以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群，分析了细胞色素b基因序列，计算了Kimura双因子遗传距离和 科鱼类线粒体DNA的进化速率，用最是约法和邻接法构建了 科鱼类分子系统树，得出如下结论：（1）线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中，存在3bp的缺失。（2）系统发育分析示 科构成一单系类群； 属为较为特化的属，拟 属为一明显的类群，而黄颡鱼属与Wei属关系较为混乱；（3）东亚 科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%-0.30%,本文是中国鲇形目 科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道。     

柽柳沙鼠Cytochrome b基因的克隆和进化分析

目的对柽柳沙鼠线粒体Cyt b基因全序列进行测定,并对其进行鉴定及进化分析。方法根据已知柽柳沙鼠基因序列设计引物,采用PCR产物测序法,对目的片段进行测序鉴定。结合已公布啮齿类动物Cyt b基因序列,分析其碱基组成、遗传距离、并基于极大似然法和最大简约法构建系统进化树。结果获得柽柳沙鼠线粒体Cyt b基因全序列,其与长爪沙鼠和子午沙鼠均具有较高的同源性;进化分析结果显示,柽柳沙鼠与沙鼠属和仓鼠科动物遗传距离较近。柽柳沙鼠Cyt b基因碱基组成与沙鼠属和家鼠属动物相似,具有哺乳动物mt DNA基因特点。结论本研究为以柽柳沙鼠Cyt b基因序列为参考,初步计算了柽柳沙鼠与沙鼠属、家鼠属、仓鼠科及其它啮齿动物的进化关系,本研究为柽柳沙鼠及沙鼠属动物进化、线粒体的结构和功能研究奠定基础。     

加州鲈诺卡菌病病原的分离与鉴定

 加州鲈是我国南方的重要经济鱼类养殖品种,但近年病害问题十分突出。诺卡菌已成为危害加州鲈健康养殖的重要病原,目前对该病原菌的分离鉴定及种属类型的研究尚未见报道。国内首次从患病加州鲈体内分离得到诺卡菌,并最终确定了其病原种类是鰤鱼诺卡菌Nocardia seriolea。从患病加州鲈内分离到菌株NH090627,镜检发现该菌为革兰氏阳性的分支状杆菌。生理生化鉴定结果表明分离菌株与诺卡菌属Nocardia细菌的基本特征相符。回归感染试验证实菌株NH090627即为引起此次加州鲈结节病的病原菌。对该菌株的16S rDNA进行了扩增和序列分析发现,该菌株与诺卡菌属细菌的亲缘关系较近,且与鰤鱼诺氏菌N. seriolea JCM 3360的16S rDNA 序列同源性最高,达到99.9%。综合上述试验结果,我们将加州鲈结节病的病原菌鉴定为鰤鱼诺卡菌。为了指导该病的防控,还对该病原菌做了一系列药敏试验,结果显示,该菌株对氯霉素、链霉素、卡那霉素、四环素等抗生素敏感,但对磺胺类和氨苄青霉素有耐药性。     

外源基因在蓝太阳鱼胚胎发育过程中的表达

通过基因重组,将石斑鱼生长激素基因编码序列克隆到鲤鱼β-actin基因启动子下游,构建成全鱼基因重组子.采用显微注射法将报告基因GFP基因导入蓝太阳鱼受精卵中,研究了外源基因在鱼类胚胎发育中的整合与表达的时序.结果表明GFP在原肠末期开始表达,一直到鱼苗期并未出现表达量的衰减,并表现为嵌合性表达.在受体胚胎早期,外源基因的表达与基因构型和注射的剂量有关,环形质粒的表达要略高于线形质粒,较高浓度的外源基因的表达效率要高.同时将GFP基因与全鱼基因重组子进行了共转移,结果表明两种独立的基因在受体中的整合或表达没有必然的联系.