苍术酮潜在靶点预测及正向分子对接验证

目的基于网络药理学技术预测苍术酮潜在靶标及可能药理作用。方法利用PharmMapper服务器的反向药效团匹配,将苍术酮与2241个人类蛋白靶标进行匹配,根据Normalized Fit Score的打分由高到低排序,重点分析前10个靶蛋白,再采用Systemsdock Web Site平台对具有疾病治疗价值的主要靶蛋白进行正向分子对接验证。结果发现苍术酮与二肽基肽酶Ⅳ、维甲酸β受体以及细胞维甲酸结合蛋白2结合较好,Dock score打分分别为7.105、6.948、6.842。结论反向药效团匹配和正向分子对接预测到的苍术酮主要潜在靶点有二肽基肽酶Ⅳ、维甲酸β受体、细胞维甲酸结合蛋白2,具有抗糖尿病、抗癌等药理作用。     

分子对接技术筛选沉香中抗新型冠状病毒活性成分

从沉香中筛选潜在的抗新型冠状病毒活性成分,指导以沉香小分子作为SARS-CoV-2潜在阻断剂和抑制剂药物的研发.根据沉香已知的化学成分,采用分子对接的方法,以血管紧张素转化酶-2(ACE2)、SARS-CoV-2的3CL水解酶(3CLpro)为靶标,通过结合打分值以及与靶蛋白受体的相互作用模式,获得沉香中具有潜在抗SA...     

基于木脂素的新型抗HBV药物的设计与虚拟筛选

为研发具有潜在生物活性、靶点专一的新型抗HBV感染药物,以木脂素类似物为先导化合物,设计了一系列化合物。通过MOE软件导入搜索化合物构象,转换成3D结构,构建化合物数据库。通过MOE软件进行虚拟筛选,以人白细胞抗原蛋白HLA-A*1101(PDB ID:2HN7)为药物靶标,应用分子孔洞技术获取受体活性位点。对接结合能越低表明对接结果越好。经分子对接筛选出13个结合能较低、与受体蛋白作用较好的化合物,为研发抗HBV感染药物提供新的候选化合物。     

补骨脂乙素治疗溃疡性结肠炎的分子作用机制

利用网络药理学方法联合GEO基因芯片及分子对接探索补骨脂乙素治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的潜在作用机制.通过PubChem等数据库预测补骨脂乙素靶点;在GeneCards、DisGeNET等数据库检索UC作用靶点合并GEO芯片提取的差异基因去重后得到UC靶点,对药物与疾病交集基因进行富集分析;构建交集基因蛋白互作网络筛选出核心靶点,分子对接初步验证药物与核心靶点的结合活性.结果:筛选出交集基因107个;富集分析显示基因功能多与炎症相关;筛选得到核心靶点AKT1、MMP9、EGFR、IGF1、SRC;分子对接模拟验证显示药物与核心靶点之间有较好的结合活性.提示补骨脂乙素可能通过作用于核心靶点调节炎症相关信号通路进而发挥抗UC的作用,可为后续深入研究提供数据支持.     

基于网络药理学挖掘连翘治疗胆汁淤积的机制

本文首先利用中药系统药理学数据库分析平台TCMSP构建连翘成分-疾病靶点网络及靶蛋白互作网络,采用R语言包进行生物功能（GO）和通路（KEGG）富集分析,再根据网络药理学结果,结合文献资料,采用SYBYL 2.1.1进行分子对接,分析连翘活性成分与胆汁酸调节通路关键靶点的相互作用。网络药理学筛选得到活性成分17个,核心靶点8个,主要涉及胆汁酸代谢转运、核受体反馈调控、胆红素转化、炎症氧化损伤的细胞应答等,分子对接显示这些连翘活性成分与核受体有较好结合,木脂素类可能是连翘抗胆汁淤积的主要活性成分群。连翘显示出通过多成分、多靶点、多途径方式作用于胆汁淤积关键靶标的潜力,通过核受体调控胆汁酸代谢、抗炎抗氧化损伤等可能是其抗胆汁淤积的主要机制,这为连翘治疗肝胆疾病的研究和开发提供了依据和参考。     

基于分子对接探究熊果酸衍生物H21对引起炎症的关键蛋白的作用

利用分子对接方法,探究 H21 对分泌炎症因子的关键蛋白的影响. 从引起炎症的经典通路中选取关键靶蛋白,通过Glide分子对接,将 H21 和原配体、靶蛋白对接. 通过二者对接得到分值,筛选与 H21 结合较好的靶蛋白及关键氨基酸,并分析其二者的相互作用. 结果显示: H21 与Toll-like通路中关键蛋白IRAK1蛋白结合较好,Glide-gscore为-9.873, 优于原配体, H21 与IRAK1结合的关键氨基酸为Ile218;理论数据表明:抗炎药物 H21 可能作用于IRAK1蛋白,通过影响IRAK1蛋白的表达,从而发挥抗炎作用,为揭示 H21 的抗炎机制和作用靶点提供了理论依据.     

紫薯花青素的成分鉴定及其抗白血病潜在靶点的筛选验证

为探讨紫薯花青素(Purple Sweet Potato Anthocyanin,PSPA)在急性淋巴细胞白血病(Acute Lymphoblastic Leukemia，ALL)防治中的靶点，本文提取、纯化并鉴定了紫薯花青素，基于分子对接技术预测了紫薯花青素的潜在靶点。结果显示：从川紫4号紫薯中鉴定出25种花青素，分别是矢车菊素、芍药色素、天竺葵色素及其衍生物，各种成分的相对含量为0.1%-23.0%。其中，矢车菊素3-阿魏酸-对羟基苯甲酰槐糖苷-5-葡萄糖苷(Cyanidin 3-feruloyl-p-hydroxybenzoyl sophoroside-5-glucoside)相对含量最高，达到22.63%。基于矢车菊素抗氧化活性较其他两种花青素更强、二乙酰化的花青素更稳定的特点，该化合物被选择作为后续分子对接的配体，分别与程序性细胞死亡(Programmed Cell Death,PCD)，如凋亡、焦亡、坏死性凋亡、铁死亡及铜死亡相关的关键蛋白进行分子对接分析。结果表明，紫薯花青素可以结合到抗凋亡蛋白(Bcl-2)、E3泛素连接酶(Parkin)蛋白、胱氨酸转运蛋白(SLC7A11)、铁氧还蛋白1(FDX1)以及c-Myc蛋白上，从而影响蛋白分子的结构和活性。转录组和Western blot结果进一步验证紫薯花青素可以抑制Bcl-2、Parkin、SLC7A11、FDX1以及c-Myc蛋白的表达，最终诱导细胞发生一定程度的程序性死亡。本研究通过分子对接分析初步获得了紫薯花青素的潜在靶点，为后续生理生化实验提供了理论依据，也为白血病的临床治疗拓展了新的思路。     

黄连中抗肿瘤生物碱的计算机虚拟筛选研究

运用计算机辅助药物设计寻找黄连抗肿瘤生物碱成分.以"黄连"为关键词,在TCMSP数据库中搜索生物碱类化学成分,从Pubchem数据库下载相应化合物结构;再从蛋白质数据库中下载与抗肿瘤作用明确的17个靶点蛋白,采用Sybyl软件中蛋白质预处理工具确定活性区域,应用Surflex-dock模块对小分子与靶蛋白进行分子对接,通过Total Score打分函数筛选出活性成分,采用Discovery Studio软件分析结合最好的蛋白复合体的相互作用力.筛选出具有较好结合活性的化合物9个,其中非洲防己碱、巴马亭、N-反式-阿魏酰酪胺具有多靶标活性;蛋白复合体的分析结果显示氢键、疏水作用力在对接中发挥着重要作用.     

葛花解酲方作用于CCL2、BIRC5调控自噬治疗肝细胞癌的研究

为探讨葛花解酲方(GHJCF)通过调控自噬干预肝细胞癌进展的作用机制，根据GEO数据库中GSE45267和GSE87630肝癌数据集，将自噬相关的222个基因与GHJCF靶点和数据集的差异表达基因用韦恩图取交集得出关键基因，进行靶点预测并建立蛋白质-蛋白质相互作用网络图；随后利用生物信息学的方法进行临床因素相关分析和生存预后分析。最后使用分子对接进而筛选出GHJCF通过调控自噬干预肝细胞癌进展的作用机制，获得4个GHJCF介导自噬干预肝细胞癌的靶点。与对照组(癌旁组织)相比，肝癌组中CCL2、NFE2L2、FAS和BIRC5表达均具有显著差异；THPA数据库病理切片验证NFE2L2、CCL2、BIRC5等蛋白在正常组中低表达，在癌症组织中高表达；CCL2和BIRC5与性别、癌症分期、淋巴结转移具有显著相关性；5年生存预后分析显示两者都有预后价值；最后分子对接显示BIRC5蛋白能与GHJCF中的染料木素、槲皮素、葛根素和木犀草素成分结合且对接分数较高，CCL2能与槲皮素成分结合且对接分数较高。通过以上生物信息学分析，结合临床数据相关性，GHJCF可能通过染料木素、槲皮素、葛根素和木犀草素...     

咪唑类ALK5抑制剂的3D-QSAR及分子对接研究

TGF-β信号的异常与肿瘤、肾脏和肝脏纤维化等疾病密切相关,其传导通路中的TypeⅠ受体(ALK5)是针对相关疾病的重要作用靶标蛋白.以候选药物EW7197作为模板分子,构建比较分子场分析(CoMFA)模型和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)模型,对61个咪唑类ALK5抑制剂的结构与其活性的相互关系进行分析,得到2个最佳模型的交叉验证系数q~2分别为0.716、0.704,相关系数r~2分别为0.905、0.976;综合2个模型的势能图发现,氢键受体场和疏水场对抑制剂的活性影响最大.应用分子对接探讨了蛋白靶标和抑制剂之间的结合模式以及重要的相互作用.综合3D-QSAR分析和分子对接结果,希望为设计新型高效、低毒的ALK5抑制剂提供科学依据.     

基于网络药理学和分子对接探讨黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探索黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的分子机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台对黄连温胆汤药物活性成分及药物作用靶点基因进行筛选。通过Genecards数据库、DisGENET数据库查找幽门螺杆菌相关性胃炎疾病相关靶点,利用维恩在线绘图工具获得疾病与药物的共同靶点基因。利用Cytoscape 3.8.2软件以及STRING数据库分别构建药物-化合物-靶点相互作用网络及蛋白质-蛋白质相互作用网络图。运用DAVID数据库进行基因本体功能和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。选取度值排名前3的靶点蛋白和活性成分使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接。共筛选得到槲皮素、川皮苷、柚皮素等127种黄连温胆汤药物活性成分,并获得Akt1、JUN、TNF-α、STAT3等101个潜在靶点蛋白,涉及P53信号通路、NOD样受体信号通路、TNF信号通路等90条信号通路。分子对接结果显示关键靶点STAT3、TP53、Akt1与活性成分槲皮素、川皮苷、柚皮素的亲和力较好,其中以Akt1与柚皮素的结合能力最强。通过分析黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作...     

肉桂醛交联壳聚糖微球的制备及对川陈皮素的控释研究

川陈皮素(Nobiletin)是存在于柑橘皮中的一类多甲氧基黄酮(Polymethoxyflavones,PMFs),具有抗炎、抗肿瘤、改善肥胖和胰岛素抗性作用.但川陈皮素的低水溶性和高结晶性导致其生物可利用率低.该文利用壳聚糖与乳化技术制备肉桂醛/壳聚糖微球,并用于包载川陈皮素.结果表明,肉桂醛/壳聚糖微球的形成及其结构与原料复配比、贮藏时间、贮藏温度(室温、50℃)有关.肉桂醛含量较高时,有利于微球的形成,且外貌更规整.空白壳聚糖微球在酸性条件下易于溶蚀瓦解.肉桂醛/壳聚糖微球通过碱性条件室温静置处理或50℃加热静置处理,其质地更为坚硬,且结构更致密,在酸性条件的稳定性提升.体外释放实验表明,肉桂醛的含量较高时,川陈皮素释放速率较慢;经室温处理或热处理后的微球能更好地控制川陈皮素的释放.体外模拟消化实验表明,乳液中川陈皮素生物可给性为60.8%, 室温处理的肉桂醛/壳聚糖微球中川陈皮素生物可给性为48.3%, 热处理的肉桂醛/壳聚糖微球中生物可给性为33.3%. 所得结果显示,包载川陈皮素的肉桂醛/壳聚糖微球能有效控制川陈皮素在胃肠道中的释放.     

基于网络药理学的蒲黄对血瘀证的作用靶点与代谢通路研究

本研究利用网络药理学探讨蒲黄（Pollen typhae）治疗血瘀证的作用靶点与代谢通路。研究首先通过PharmGKB、TTD和CTD数据库筛选出与血瘀证相关的靶点;接着利用String平台构建蛋白质相互作用（PPI）网络,并挖掘PPI网络中潜在的蛋白质功能模块,通过Metascape平台分析蒲黄活性成分作用靶点所参与的生物过程及通路;然后采用Cytoscape3.7.2软件构建成分-靶点网络、疾病-靶点网络、成分-靶点-通路网络;最后通过AutoDock Vina软件将蒲黄活性成分、阳性药阿司匹林（Aspirin）与核心靶点进行分子对接验证,并比较各自之间的对接强度。结果表明,槲皮素、山奈酚、异鼠李素、异鼠李素-3-O-新橙皮苷等在参与的成分-靶点网络、疾病-靶点网络、成分-靶点-通路网络中联系密切,其与人体相互作用强,可能是治疗血瘀证的活性成分;核心作用靶点有血管内皮生长因子（VEGFA）、蛋白激酶（AKT1）、雌激素受体（ESR1）、肿瘤坏死因子（TNF）、转录因子（JUN）、有丝分裂原激活蛋白激酶14（MAPK14）等。蒲黄治疗血瘀证的生物学通路主要涉及VEGF信号通路（VEGF signaling pathway）,IL-17信号通路（IL-17 signaling pathway）,NF-κB信号通路（NF-kappa B signaling pathway）等,其治疗方面主要涉及血管内皮生长因子、血管功能和血液循环等。分子对接验证显示,活性成分和作用靶点的结合能小于-5的占85.88％,即大部分靶点与槲皮素、山奈酚、异鼠李素、异鼠李素-3-O-新橙皮苷的结合活性较好;而Aspirin与靶点的结合强度较蒲黄活性成分异鼠李素-3-O-新橙皮苷、（2R）-5,7-二羟基-2-（4-羟基苯基）苯并吡喃-4-酮、儿茶素和表儿茶素的差。通过网络药理学初步揭示蒲黄多成分、多靶点、多通路的作用特点,预测了蒲黄治疗血瘀证的可能作用靶点和代谢通路;且从分子对接结果来看,蒲黄活性成分异鼠李素-3-O-新橙皮苷、（2R）-5,7-二羟基-2-（4-羟基苯基）苯并吡喃-4-酮、儿茶素和表儿茶素等与核心靶点的对接效果均优于阳性药Aspirin。     

Effects of substituent position on the interactions between PBDEs/PCBs and DOM

Dissolved organic matters (DOM) have important influence on the environmental behavior and fate of organic pollutants, therefore rationalization of interaction mechanisms between pollutants and DOM has become a hot topic in the field of environmental studies. In this paper, polybrominated diphenyl ethers (PBDEs) and polychlorinated biphenyls (PCBs), widely detected pollutants, were chosen as target compounds. The effects of substituent position on the interaction between PBDEs/PCBs and DOM were explored. Equilibrium dialysis technique combined with quantum chemistry and molecular docking calculations were employed to reveal the interaction mechanism from the view of charge distribution and molecular conformation. It is shown that non-ortho-substituted isomers have larger volumes and stronger hydrophobicity than those of ortho-substituted, therefore non-ortho-substituted isomers bind more favorably with DOM by hydrophobic partition. By calculating the atomic charge distribution of target chemicals and Leonardite humic acid (LHA) molecular model, π-πinteractions between the aromatic rings of target chemicals with LHA are proposed and further proved in molecular docking calculations. There were 10, 8, 6 docking conformations demonstrating π-πinteraction with LHA for CB-77, BDE-77 and BDE-47, respectively, but none was found for CB-47. By comparing the change of dihedral angle of the aromatic rings and energy barrier, non-ortho-substituted PBDEs/PCBs have larger dihedral angle adjustment space and flexibility, which results in stronger interaction and binding capability with DOM than ortho-substituted isomers. This paper shed some lights on the effect of substituent position on the environmental behaviors of PBDEs and PCBs.     

基于TCMSP抗肿瘤中药小分子EGFR-TKI的研究

目的研究分析中药小分子表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKI)的抗肿瘤情况。方法挖掘中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中药小分子表皮生长因子受体抑制剂,利用反向分子对接服务器(DRAR-CPI)进行靶点验证。结果木犀草素、槲皮素、金雀异黄酮、表没食子儿茶素没食子酸酯、漆黄素5种中药小分子与表皮生长因子受体(EGFR)结合良好。结论中药小分子EGFR-TKI能从多个靶点、多种途径抑制肿瘤细胞的生长和扩散,利用中药小分子开发新一代多靶点EGFR-TKI具有广阔的前景。     

基于网络药理和分子对接预测复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的作用靶点

利用网络药理和分子对接技术,探讨复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的活性成分和潜在分子机制.采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库获取方中七味药的化学成分及其相关靶点.在GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank数据库中搜集糖尿病足溃疡相关靶点,提炼出二者的交集靶点.运用Cytoscape 3.9.1软件和String数据库绘制“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络,并筛选出核心成分和关键靶点.借助Metascape数据库对靶点进行GO和KEGG分析,运用Autodock软件以及Pymol软件进行分子对接验证和展示.结果发现,复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的关键活性成分为槲皮素、绿原酸、芹菜素、山柰酚、木犀草素.从靶蛋白的角度,排名前5位的是PTGS2、HSP90AB1、PTGS1、AR、DPP4;GO富集分析提示主要包括炎症反应、细胞因子和蛋白酶受体结合等生物过程. KEGG通路主要涉及AGE-RAGE、MAPK信号通路和PI3KAkt等信号通路.分子对接结果表明复方紫银软膏中主要活性成分与关键靶点PTGS2、HSP90AB1、PTGS1、AR和DPP4具有较稳定的结合活性...     

依托考昔缓解和治疗早期颞下颌关节紊乱病疼痛的临床疗效

目的观察依托考昔治疗早期颞颌关节紊乱病疼痛缓解和治疗的临床疗效。方法将我院收治的早期颞下颌关节紊乱病并符合入组标准的患者30例随机分为对照组15例,观察组15例,对照组采用常规治疗,观察组用依托考昔30 mg qd口服治疗,分别在治疗前和治疗一月后对所有患者VAS指数、疼痛缓解疗效情况、颞肌前束和咬肌的肌电值、最大张口度等进行测试和评价。结果治疗后观察组及对照组疼痛指数分别为(3.08±1.85)、(6.19±1.34),观察组明显小于对照组,观察组和对照组治疗缓解疼痛有效率分别为93.3%,80.0%,观察组对TMD疼痛疗效优于对照组,观察组在MPP时较对照组降低,在ICP时较对照组升高,差异显著,观察组与对照组张口度分别(46.04±9.15)、(34.75±7.51),观察组明显优于对照组。结论依托考昔缓解和治疗早期颞下颌关节紊乱病疼痛疗效显著。     

云南松松塔正丁醇提取物对大鼠离体子 宫平滑肌的影响

目的研究云南松松塔正丁醇提取物对大鼠离体子宫平滑肌的作用。方法通过制备大鼠离体子宫标本,观察云南松松塔正丁醇提取物对大鼠离体子宫平滑肌自发收缩活动,催产素及乙酰胆碱诱发收缩活动的影响。结果云南松松塔正丁醇提取物可使正常大鼠自发收缩和催产素及乙酰胆碱诱发收缩的频率减慢、张力减小、活动力减弱。结论云南松松塔正丁醇提取物对大鼠离体子宫平滑肌的收缩活动具有抑制作用,其机制可能跟阻断催产素受体和M受体有关。     

加味胃关煎治疗脾虚寒湿型泄泻

目的介绍加味胃关煎治疗脾虚寒湿型泄泻经验。方法整理脾虚寒湿型泄泻的证候特点并分析其病机要点,阐释加味胃关煎的组方特点并用病案举例说明,概括加味胃关煎治疗脾虚寒湿型泄泻经验的认识。结果加味胃关煎治疗脾虚寒湿型泄泻既有理论支持,也有临床验证。结论加味胃关煎具有健脾渗湿、温肾涩肠兼散寒止痛之功,特别适用于治疗脾虚寒湿型泄泻。