从梨花迁粉蝶中所得微孢子虫的系统进化分析

从中国云南省野外采集的梨花迁粉蝶（Catopsilia pyranthe）中分离得到一株疑似微孢子虫,对该分离株的核糖体SSUrRNA（Small subunit ribosomal RNA）和α-tubulin基因进行克隆测序。通过序列分析及系统进化树构建,结果发现该分离株属于Nosema属的一种微孢子虫,命名为Nosema sp．CP。通过对SSUrRNA系统进化分析发现,Nosema sp．CP与家蚕微孢子虫（Nosema bombycis）、斜纹夜蛾微孢子虫（Nosema spodopterae）的亲缘关系相对于菜粉蝶微孢子虫Nosema sp．MPr更加接近。通过对α-tubulin基因的系统进化分析,结果表明Nosema sp．CP与N．bombycis聚在一支上,进一步证实了它们的紧密关系。因此,本研究首次在粉蝶科（Pieridae）的梨花迁粉蝶中分离得到的Nosema属微孢子虫是与家蚕微孢子虫非常近源的一类微孢子虫,并暗示了粉蝶科昆虫感染的微孢子虫具有潜在多样性。     

地衣中共生念珠藻多拷贝序列的初步分析

地衣是一类菌和藻的共生植物．本文选用共生念珠藻为研究材料，测定了其ITS（16S rDNA至23S rDNA基因间隔区）序列，结果表明地衣中共生念珠藻ITS基因存在着多拷贝现象，在所得的四条谱带中，前三条和自由生长的念珠藻一样，另一条约为920bp，是最长的谱带．序列分析结果显示，在共生念珠藻中，各拷贝之间的ITS序列在结构和碱基组成上都存在着差异，其中ITS—S中仅包含tRNA^-Ala基因，在ITS—L中包含tRNA^-Ala和tRNA^-Iie，这一现象说明各拷贝之间在分子进化上存在着不同步现象．虽然许多工作还在进一步的探讨中，我们初步认为这种多拷贝的形成是由于不等交换产生的．     

高良姜与混淆品rDNA ITS序列的分析与鉴别

用PCR直接测序法测定和分析不同产地野生和种植品种的高良姜(Alpinia officinarum Hance),以及山姜（A. japonica（Thunb.） Miq.）、华山姜（A. chinensis (Retz.) Rosc.）和大高良姜(A. galanga (L.) Willd )等三种混淆品的rDNA ITS区序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据。经测序、比对和排序得到812bp序列,包括18S3’端部分序列,ITS1、5.8S、ITS2全部序列和26S5’端部分序列。序列分析结果显示,高良姜种内序列高度一致,同源性达100%,测序结果中发现杂合位点,而广西样品杂合位点的两个碱基各占的比例与其它地方样品的不同,显示了高良姜种内rDNA ITS序列的细微差异。高良姜和混淆品的812bp序列中共有61个变异位点,60个是信息位点,同源性达96.32%,其中ITS1和ITS2中的11个位点在高良姜和混淆品中差别明显,可以鉴别高良姜和混淆品,因此rDNA ITS序列是高良姜真伪辨别的有效标记。基于DNA序列的高良姜和混淆品的系统分类结果与形态学的分类结果不完全一致,有待进一步的研究探讨。     

广西红菇子实体及分离株的rDNA ITS序列分析

为了研究广西食用红菇rDNA ITS片段遗传多样性,鉴别红菇组织分离株的真伪,用一对通用引物对采自广西浦北县、容县和上思县的18个红菇子实体样本及3个组织分离株的rDNA ITS片段进行PCR扩增,扩增产物纯化后测序,运用相关序列分析软件对ITS区全序列进行分析,并和GenBank／EMBL／DDBJ三大核酸序列数据库进行同源性检索。结果获得12个红菇子实体和3个分离株的ITS和5．8S rDNA区段的完整序列,3个分离株的ITs序列全长明显小于子实体样本的ITS序列全长;3个组织分离株与红菇属真菌的遗传距离大;除2个采自浦北龙门的子实体与其它子实体的同源性小于0．95外,来自不同区域的其余子实体样本间rDNA ITS序列同源性都达到0．98以上;12个子实体的ITS区段与GenBank中已知的红菇属真菌的相似率都不大于0．90。由此推断3个组织分离株均不是红菇的分离株而可能是子实体的寄生菌或污染菌;广西浦北县、容县和上思的食用红菇样本没有地理类群差异,但在浦北产区可能存在多种食用红菇共同生长。     

柞蚕微孢子虫基因组LTR反转座子鉴定与进化分析

【目的】鉴定柞蚕微孢子虫(Nosema pernyi)基因组中LTR反转座子的种类、数量和遗传关系。【方法】从GenBank数据库下载柞蚕微孢子虫基因组序列,采用MGEScan软件筛选潜在重复元件,通过NCBI-BLAST与不同物种的逆转酶进行比对,含有逆转录酶结构域的序列认定为LTR反转座子,并探讨它们的结构特征、所属类型和基因组分布特点。【结果】从柞蚕微孢子虫基因组中共发现6个LTR反转座子家族即Nar1,Nar2,Nar3,Nar4,Nar5和Nar6,长度在3～4kb之间;大部分家族有相似的LTR末端核苷酸,但靶位点重复和拷贝数存在差异;逆转录酶结构域系统进化树显示6个LTR反转座子家族均属于Ty3/Gypsy类型,且与家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)LTR反转座子形成姊妹分支;Nar2和Nar4家族在基因组上成串排列,具有相似的分布特征。【结论】柞蚕微孢子虫基因组中存在Ty3/Gypsy类型的LTR反转座元件,进化地位与家蚕微孢子虫最为接近;LTR反转座子家族重复元件在基因组上成串排列,可能是柞蚕微孢子虫基因组扩张的潜在因素之一。     

东方蜜蜂微孢子虫30kD蛋白的LC-MS／MS质谱鉴定及分析

在微孢子虫（Microsporidia）侵染宿主的过程中,与侵染相关的蛋白主要分布在30kD左右。本研究分别采用煮沸法、不同浓度碱处理发芽法提取东方蜜蜂微孢子虫（Nosema ceranae）蛋白并通过SDS-PAGE电泳进行比较,发现0．1mol／LKHCO3、K2CO3混合液（pH值为10．7）发芽法提取出的蛋白条带更丰富。回收30kD左右蛋白进行LC-Ms／Ms质谱测定并检索蜜蜂微孢子虫全基因组预测蛋白数据库,共鉴定获得的269个预测蛋白,匹配COG数据库后进行了蛋白功能分类。结果表明30kD蛋白主要包括翻译转录蛋白、核糖体结构蛋白、修饰蛋白、转化蛋白及分子伴侣等。从中还鉴定到与侵染相关的7种潜在孢壁蛋白（Spore wall protein,SWP）和3种极管蛋白（Polar tube protein,PTP）,并对之进行蛋白基因的序列分析,进而发现注释到的PTP1、PTP2和家蚕微孢子虫的PTP1、PTP2具有明显的共线性,其中SWP12的变异度相对较小;结合多重序列比对结果,表明SWP12在东方蜜蜂微孢子虫中是一类较保守的孢壁蛋白。本研究对于蜜蜂微孢子虫蛋白的提取方法比较和侵染相关的后选靶标蛋白的确定具有重要的参考意义。     

从梨花迁粉蝶中所得微孢子虫的系统进化分析

从中国云南省野外采集的梨花迁粉蝶(Catopsilia pyranthe)中分离得到一株疑似微孢子虫,对该分离株的核糖体SSUrRNA(Small subunit ribosomal RNA)和α-tubulin 基因进行克隆测序。通过序列分析及系统进化树构建,结果发现该分离株属于 Nosema属的一种微孢子虫,命名为 Nosema sp.CP。通过对SSUrRNA系统进化分析发现,Nosema sp.CP与家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)、斜纹夜蛾微孢子虫(Nosema spodopterae)的亲缘关系相对于菜粉蝶微孢子虫Nosema sp.MPr更加接近。通过对α-tubulin 基因的系统进化分析,结果表明 Nosema sp.CP与 N.bombycis聚在一支上,进一步证实了它们的紧密关系。因此,本研究首次在粉蝶科(Pieridae)的梨花迁粉蝶中分离得到的 Nosema属微孢子虫是与家蚕微孢子虫非常近源的一类微孢子虫,并暗示了粉蝶科昆虫感染的微孢子虫具有潜在多样性。
     

核糖体DNA内转录间隔区序列标记在寄生虫学中的应用

目的：介绍核糖体DNA（rDNA）的内转录间隔区（ITS）序列的结构特征和在寄生虫学研究应用中的最新研究进展。方法：检索有关文献进行综合分析。结果：rDNA ITS1和ITS2序列为寄生虫的鉴定提供了非常有价值的遗传标记。结论：核糖体DNA上的ITS域序列的进化速度较其它区域快,具有高变异性,可以从中获得大量的遗传信息,已成为在种和亚种水平上对寄生虫进行分类鉴定的有效手段。     

泽泻rDNA ITS区序列特征及其居群鉴别研究

运用PCR产物直接测序法对川泽泻、建泽泻和江泽泻的rDNA ITS区（包括ITS1,5.8S,ITS2）碱基序列进行了序列测定和分析.泽泻rDNA ITS区的碱基序列总长度确定为640 bp,江泽泻和建泽泻的ITS区碱基序列完全一致,川泽泻与建泽泻（江泽泻）在rDNA ITS区碱基序列有2个稳定的变异位点,分别位于ITS1和ITS2区段.我国的泽泻与意大利泽泻在5.8S保守区（第289位）有一个碱基差异.依据泽泻rDNA ITS区的序列特征可以进一步鉴别川泽泻和建泽泻,为泽泻居群的鉴别提供可靠的分子标记.     

金针菇rDNA-ITS序列分析

为研究金针菇rDNA-ITS序列特征,提取了不同来源金针菇子实体的基因组DNA,对其rDNA的内转录间隔区进行PCR扩增和序列测定,并提交NCBI获得登录号;将不同产地的金针菇ITS序列与本研究获得的金针菇ITS序列进行对比分析,利用ITS序列分析技术研究其遗传多样性,并构建了NJ系统发育树。结果表明,所有供试材料的ITS全长在710～719　bp范围内,G+C含量在49.3　%～49.9　%,所有序列共有34个变异位点,16个信息位点,ITS区遗传距离变化范围为0～0.016,即不同产地的金针菇ITS序列在进化过程中存在差异。此结果可为真菌分类鉴定等研究提供重要的资料和依据。     

基于rDNA ITS序列的何首乌PCR-RFLP分子鉴别

为建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术,对何首乌及其常见混淆品的rDNA ITS（核糖体DNA内转录间隔区）序列进行了扩增和测序,运用CLUSTAL X、MEGA软件对该区进行序列分析.结果表明：何首乌与毛脉蓼（F. multiflora var.cilliinervis）、翼蓼（Pteroxygonum giraldii）及耳叶牛皮消（Cynanchum auriculatum）在ITS1区的差异率分别为6.9%、18.1%、42.0%,在ITS2 区的差异率分别为10.0%、19.4%、43.9%,而何首乌种内各居群间ITS1 和ITS2 区的差异分别为0%～2.13% 和0%～1.03%．进一步利用premer premier 5 找出了一个位于ITS2间区的何首乌特征性NsbI酶切位点,将何首乌rDNA ITS 序列PCR扩增产物用NsbI酶切后可得到得一个含约531 bp和109bp的二片段PCR－RFLP图谱, 而其混淆品rDNA ITS 序列PCR扩增产物不能被NsbI酶切,图谱呈单一条带.建立的PCR－RFLP方法简单易行,可用于何首乌原植物的鉴别．     

Sericin 1上游调控序列多态性分析

在克隆家蚕sericin 1基因上游调控序列时，出现多种扩增情况．为了调查其多态性，对野桑蚕、家蚕70个品系基因组进行了PCR扩增，扩增出660bp（DQ354392）、1000bp及660bp和1000bp同时出现的3种类型,序列分析表明：1000bp的条带与NCBI中登录的sericin 1（AB00783）上游调控序列一样；多态性存在于顺式作用元件之前，而顺式作用元件区域是非常保守的．     

利用改良Nest—tetra—primerspecificPCR技术对两种石斑鱼的鉴别

云纹石斑鱼（Epinephelusmoara）和褐石斑鱼（E．bruneus）为石斑鱼属内近缘种,外形相似常被混淆．本研究改良建立了Nest—tetraprimerspecificPCR方法,获得了云纹石斑鱼和褐石斑鱼线粒体DNAND2基因内的3个特异性条带,分别为内参序列NCl（394bp）、特异性条带ND2-M（268bp）和ND2-B（122bp）,以及核基因组中核糖体DNAITS1区的5个特异性条带,分别为内参序列NC2（588bp）、NC3（563bp）,特异性条带rDNA—M（426bp）、ITS1-M（488bp）和ITS1-B（304bp）．研究结果不仅为两种石斑鱼的鉴别提供了稳定、可靠、快捷的特异性分子标记,而且也为鱼类近缘种的DNA鉴别提供了新的途径．     

亚洲香菇Lentinula edodes系统发育学地位的重新评估与遗传多样性分析

测定了60个中国野生香菇菌株的rDNA的内转录间区（ITS）序列，结合GenBank已有的48个其他地区不同种的菌株的序列数据，构建Lentinula属内的系统发育树. 结果将该属分成了两大支共7个谱系，西半球一支2个谱系，东半球一支5个谱系，聚类结果与形态种的划分明显相关. 亚洲菌株在东半球的5个谱系中占两席，系统发育关系分析表明这两大谱系所代表的种质资源的地位特殊，不可缺少. 谱系V的菌株数量明显扩大，覆盖范围的地理空白也得以填补，成为了亚洲香菇的主流谱系之一；谱系I的菌株数量庞大，覆盖了绝大部分被研究区域，有进一步分化成两类的趋势. 这表明中国（亚洲）是重要的香菇自然群体遗传多样性中心. 将谱系I分成Ia和Ib两个亚类，与谱系V一起进行亚洲范围内香菇的遗传多样性分析，发现中国东部沿海、西北高原和中国西南及喜马拉雅地区的多样性最为丰富，是亚洲香菇的3个多样性重点保护区域.     

江蓠属和龙须菜属5种海藻ITS序列分子系统学分析

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITS序列长度在893～1 508 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITS系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8S序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITS序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。     

ISSR和ITS标记在白木香遗传变异研究中的应用

采用简单序列重复区间（ISSR）扩增技术和核糖体RNA基因（rDNA）转录间隔区（ITS）序列分析技术,对不同地区白木香的遗传变异、亲缘关系及分子鉴定进行研究.ISSR分析显示,筛选出的7条ISSR引物可扩增出80条DNA条带,其中多态性条带的比例是60.0%,白木香9个居群之间的遗传距离是0.0733-0.4213.ITS序列分析显示,白木香种内的9个居群中共有6个变异位点,种内遗传距离为0.0000-0.0110.两种标记得到的聚类图不一致,但大致趋势相同,都可以将白木香及其近缘种聚在不同的种群中,说明ISSR标记和ITS序列分析均可有效揭示白木香的遗传变异及亲缘关系.     

一株渤海丝状海洋真菌的分子生物学复核鉴定

采用真菌形态观察的标准培养条件,结合18S rDNA—ITS片段克隆测序和序列特征GeneBank比较分析,对本实验室分离保藏的海洋真菌Penicillium sp．BH06进行了培养特征和显微形态的复核鉴定研究,依据分子生物学和形态结构特征,认定该菌株应修订为桔青霉（Penicillium citrinum）．研究结果提示,基于传统形态学观察并结合ITS序列分析,可为丝状真菌的分类鉴定提供可靠的分子生物学依据．     

滇藏地区8种鹅膏菌的ITS序列分析

 对滇藏地区8种鹅膏菌的核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)进行PCR扩增和测序,用ClustalX(version 1.81)软件对所测的ITS序列进行比对分析.结果表明,除5.8S rDNA(其长度为160 bp)比较保守外,8个不同种的ITS序列在长度和碱基位点上都存在较大差异,其中ITS1区间的片段长度为206～297 bp,ITS2区间的片段长度为191～238 bp.这说明鹅膏属的种间具有较高的遗传多样性.利用MEGA(version 3.1)软件进行聚类,8个鹅膏菌在D=0.14处分成3组,与传统分类有出入.这为鹅膏菌的进一步分类及研究提供了分子依据.     

三七内生真菌分离与分子鉴定（Ⅰ）

对三七（Panax notoginseng）内生真菌进行了分离并通过18S-ITS-28S rDNA序列分析进行鉴定。结果从根、茎、叶组织中分离得到158株形态各异的内生真菌。对其中92株的ITS序列分析显示,91株分属于19个已知属,另1株真菌的ITS序列与GenBank中已报道的序列最高相似性为82%,认为是一新种。结论：三七内生菌多样性丰富,同时不同部位内生菌的数量、种类及分布存在差异,且有其特有种。     

番红花及其混淆品的rDNA ITS序列与AS-PCR鉴别

通过对番红花及其混淆品的rDNA ITS区序列进行 PCR 扩增、测序,并运用 Clustal X、Mega 3.0等软件进行序列分析.结果表明番红花 rDNA ITS 区序列全长650 bp,GC百分比为60.3%,与其混淆品的rDNA ITS 区序列存在着显著差异.另外,还设计出了鉴别番红花的位点特异性PCR引物,无需测序即可对番红花及其混淆品进行准确的分子鉴别.