曼氏无针乌贼SCD蛋白结构和功能预测

采用了BLASTp,ProtScale等蛋白质和核酸序列分析软件和数据库对曼氏无针乌贼SCD基因编码的蛋白进行了蛋白质结构域,螺旋卷曲结构等生物信息学分析。结果发现该基因编码的蛋白质为碱性跨膜蛋白质,该蛋白质可能为脂肪酸代谢起到关键调控作用,有进一步研究的价值。     

欧洲生物信息研究所Ewan Birney访谈：寻求基因组之龙

当人类基因组计划于2003年完成之际,它给出了30亿个碱基对的DNA序列。之后,研究人员需要将那些序列数据翻译成对编码蛋白质基因有意义的信息,而这些工作是40多年来分子生物学研究一直关注的焦点。研究人员需要弄明白那些处于基因间或者基因中对编码蛋白质没有明显作用的、传统上视为“垃圾”的DNA有什么含义。     

BioStarM-140s芯片基因信息查询系统的构建及应用

应用生物信息学数据库查询的方法,对B ioS tarM-140s小鼠基因表达芯片上的14 112个基因进行相应注释信息的查询和所对应蛋白质功能的分类.首先参照人类综合型芯片上基因的功能分类,设定了14个蛋白质类别,然后采用V isual C 编程语言,构建了基因信息查询系统.应用该查询系统,进行了网络生物学数据库信息资源的自动直接查询,共搜索到有注释信息的基因12 070个;进一步按照所设定的14个蛋白质类别对12 070个基因进行分类查询,搜索到了与这14个分类相符合的、具有详细蛋白质功能注释信息的基因共1 606个.     

基因解密的下一步

今年夏天，科学家解开自达尔文以来，生物界最引颈期待的奥一基因序列。 但是，基因序列只是一个前奏曲。接下来最重要、对人类影响最大的工作，是解答人类如何成长、如何发展、为什么生病等问题。要回答以上的问题，必须继续回到研究室，展开下一步，探索蛋白质的奥秘。 目前，至少有七家大型生化公司投入研究蛋白质的组成和功能。蛋白质是任何一个有生命细胞的引擎，基因则是组成蛋白质的蓝图。基因的研究就是蛋白质研究的基础。解答蛋白质的秘密，未来就可以研究出癌症、心脏病、阿滋海默症的疗法。     

水稻中Intronic MicroRNA与其宿主基因功能关系分析

根据已有的水稻基因组注释,对水稻中已知的437个pre-miRNAs的基因组背景加以分析,有98个(～22%)与蛋白编码基因相重叠,其中69个(～16%)位于蛋白编码基因的内含子区域,即intronic microRNAs(in-miRNAs).对这些in-miRNAs的靶基因进行Gene Ontology(GO)富集分析,结果显示in-miRNAs对蛋白质氨基酸磷酸化,DNA整合,蛋白质水解,恒温保持,防御响应等生物学过程中的基因有明显的调控作用.最后,对宿主基因及靶基因的功能进行整合分析发现有4个in-miRNAs所调控的靶基因与其宿主基因参与了相同的生物过程.我们推断,in-miRNAs可能会在这些生物过程中,通过下调靶基因的表达来协助或抑制其宿主基因的功能.     

高含量人体必需氨基酸基因的化学全合成

采用固相亚磷酰胺法合成了编码高含量人体必需氨基酸蛋白质的基因。该基因有300个碱基对,共编码94个氨基酸,其中92%以上为人体必需氨基酸。从该基因的两个方向均可被翻译成具有人体必需氨基酸的蛋白质。该基因选用了植物所偏爱的密码子,并间隔地插入了编码赖氨酸的密码子,使之所编码的蛋白质可被胰蛋白酶消化。     

蛋白质二级结构中同义密码子与氨基酸上下文关联的偏好型

通过对人(Homo sapiens)的117个蛋白质和大肠杆菌(E．coli)的87个蛋白质的统计分析，发现mRNA序列中的同义密码子与氨基酸的上下文关联是和蛋白质二级结构有关的，并给出了各二级结构中有意义的上下文关联型．讨论了该结果对蛋白质结构预测的改进意义及其在基因工程领域可能的应用。     

2813条全长人类新基因编码蛋白质的功能预测

用生物信息学序列分析方法对联合基因科技（集团）公司2813条全长人类新基因编码的蛋白质进行了功能预测,由WU－BLASTP核酸 列相似性分析结果表明P值小于le-20的基因合计有466条,占总分析基因的16．57％,P值在le-10以下的基因合计有565条,占总分析基因的20．09％,由蛋白质结构域分析结果表明,含PROSITE Pattern的基因有520条,代表了107种pattern;含PROSITE profile的基因有333条,代表了200种profile;含PFAM结构域的基因有457条,代表了241个family; 含PRINTS的家族指纹1型（class1)的基因有128条,指纹2型（class2) 的有18条,总数为146条,代表了45种家族指纹,由特殊结构分析表明,跨膜蛋白470条,分泌蛋白677条,Coliled-coil蛋白228条,Helix-turn-helix蛋白73条。     

玉米大斑病菌StNPS6基因缺失突变体的转录组与蛋白质组差异表达分析

用T-DNA插入法构建一个玉米大斑病菌突变体库, 并筛选到一株致病力明显下降的突变体. 该突变体T DNA插入位点为非核糖体肽合成酶基因6（StNPS6基因）的上游启动子区. 先敲除StNPS6基因, 再对StNPS6基因敲除突变体和野生型进行转录组差异表达分析及蛋白质组差异表达分析. 结果表明: 在1 767个差异表达基因中的上调表达基因903个, 下调表达基因864个; 在突变体中鉴定30个差异表达蛋白质中的上调表达蛋白质8个, 下调表达蛋白质22个.     

水稻蛋白质相互作用网络的预测与分析

通过同源映射的方法,利用6个模式物种的蛋白质相互作用数据预测水稻的蛋白质相互作用网络.预测到水稻中有4483个蛋白质参与了24942个蛋白质相互作用.通过GO注释,结构域相互作用,基因共表达等3个证据评估预测网络的质量,并对网络进行了拓扑属性分析.结果表明水稻的蛋白质相互作用网络符合scale-free属性.通过对网络中功能模块的分析,可以预测蛋白质的功能和亚细胞定位信息.     

马铃薯GDP-L-半乳糖磷酸化酶类1基因的生物信息学初步分析

本文根据马铃薯GDP-L-半乳糖磷酸化酶类1基因的EST序列,运用多种生物信息学方法,对其进行初步的生物信息学分析.电子克隆获得了该基因的全长,结果表明:该序列全长1 742 bp,共编码357个氨基酸,有多个限制性酶切位点,有多个磷酸化位点,属于亲水性氨基酸,无信号肽,有膜穿透性.通过蛋白质二级结构功能域的预测,发现该序列中含有11个功能位点.通过蛋白质同源序列比对,发现该基因与番茄GDP-L-半乳糖磷酸化酶基因相似度极高,暗示该基因与番茄GDP-L-半乳糖磷酸化酶基因具有相似的生物学功能.以上结果可以为进一步研究该基因在马铃薯中特别是在抗青枯病分子育种中的功能提供相关依据.     

长爪沙鼠不同组织基因组DNA的提取条件比较

目的建立长爪沙鼠基因组DNA的提取方法并对其脑、肝、肾和肌肉组织中的基因丰度进行比较。方法采用酚-氯仿法对不同消化温度和不同蛋白酶K浓度处理的各种组织提取DNA,比较其OD260/OD280值、DNA和蛋白质含量。结果提取DNA时温度和酶浓度对不同组织的DNA和蛋白质含量的影响不同。肾DNA样品中的蛋白质含量在低酶浓度组明显低于高酶浓度组,低酶浓度组的肾和肝DNA样品中的蛋白质含量均明显低于高酶浓度组。消化温度对提取肌肉组织的DNA含量影响较大,而从肾和肝组织中提取的DNA含量在37℃和50℃消化组之间没有差异。肝组织中的基因丰度最高,而肌肉组织中的基因丰度最低。结论提取DNA时,消化温度和酶浓度对提取不同组织的DNA和蛋白质含量有不同程度的影响。不同组织的基因丰度差异较大。     

德科学家发现遗传中不受基因控制的“编辑”机制

德国科学家发现，哺乳动物的个别蛋白质会不按照其基因的原始排序制造，有一种“编辑”机制会使这些蛋白质的氨基酸构成摆脱基因控制而发生变动。英国《自然》杂志发表了这项研究成果。     

双头布朗马达定向运动的物理模型

基于非平衡态涨落理论和驱动蛋白结构特征，建立了双头布朗马达运动的物理模型，提出了两头之间相互作用的机制以及布朗马达与轨道相互作用势的三态闪烁形式。对布朗马达运动暂态过程的计算结果表明，当布朗马达与轨道的相互作用势在三态之间闪烁时，布朗马达定向运动且运动速度大小依赖于环境温度和三态势之间的跃迁率。     

应力方向对内皮细胞力学传递和功能的影响

剪切力可经由应力感受、信息传递和基因与蛋白质的表达来调控血管内皮细胞的功能。层流剪切力会导致单核细胞趋化蛋白质(MCP-1)及多种增生基因的迅速上调。但有特定方向的持久层流剪切力会使MCP-1及增生基因与蛋白下调, 同时并上调抑制内皮细胞增生的基因与蛋白。复杂的流型没有什么固定的方向,会使MCP-1及增生基因持续上调,因而增加单核细胞的侵入及内皮细胞的分裂及凋亡。在动脉的直管部分,层流剪切力有特定的方向,因此有抗动脉粥样硬化的作用。在动脉分支部位,复杂的流型有促使动脉粥样硬化的作用。所以,应力的方向对内皮细胞在正常及疾病时的功能有重要影响。     

DNA元素百科全书计划：将垃圾DNA的想法丢进垃圾堆

事情曾经很简单,由 DNA 产生 RNA,RNA 产生蛋白质。后来对调控基因、RNA 的加工以及其他细节有了更深入的了解。再后来是第一条 DNA 的序列使研究人员大吃一惊,因为真正编码蛋白质的基因是像散落在很呆板、明显无所事事的 DNA 布丁上的葡萄干一样分散的序列。这些无所事事的 DNA 是什么?是垃圾。     

人类SSX基因族简介

人类的SSX基因家庭包括5个成员，SSX1，SSX2，SSX3，SSX4和SSX5，它们都位于X染体色上，这5个基因有很高的序列同源性：碱基序列有885－95％同源；所编码188个氨基酸残基构成的蛋白质有77％－91％同源，它们所编码的蛋白质中含有KRAB（Kruppel associated box），SSX蛋白质也是癌／睾丸抗原（CT：Cencer/testis antingns)中的成员，研究SSX基因结构，基因表达等对于肿瘤免疫疗法的建立具有重要意义。     

非洲瓜蟾核糖体蛋白质基因:重组cDNA克降的分离和基因组组织的研究

为了在质粒pBR322中制备cDNA库,从非洲爪蟾的卵母细胞中提取多聚(A)~ mRNA,对其r一蛋白质编码能力进行部分富集之后,用来作为起始材料.含有r一蛋白质专一性序列的克隆是通过互补mRNAs转译的方法选择出来的.六个不同 r一蛋白质的克隆被鉴别出来,并用来作为研究它们的基因组组织的探针.r一蛋白质L1,L14,S19,每个单倍体基因组有两个基因考贝,S1,S8和L32有四到五个基因考贝.而且,在含有r一蛋白质S1,S8和L14序列的基因组区域观察到了种群多态现象.     

半月国际科技要闻

发现决定人类语言功能关键基因,Daniel H.Geschwind等来自美国加利福尼亚大学等机构的研究人员发现．FOXP2基因在人类语言功能形成过程中发挥着核心作用（Nature，doi：10．1038／nature08549）。该基因会指导合成一种特殊蛋白质，这种蛋白质又会与DNA结合，对其他基因的功能造成影响。     

热休克蛋白的研究进展

在不利的环境中,各种有机体都有其共同对应的分子反应,即正常基因的表达抑制和一组特殊基因——热休克基因的激活和表达,导致热休克蛋白的大量产生,热休克蛋白主要作为分子伴侣而参与蛋白质的折叠、转运及组装等过程,能恢复或加速清除细胞内已变性的蛋白质而稳定细胞结构,细胞产生热耐受。随着对热休克蛋白研究的不断深入,在生物工程和医学等方面的应用前景十分广阔。