西沙野生诺尼叶片内生菌的分离与初步鉴定

主要研究西沙群岛野生诺尼叶片中可培养内生菌的多样性。利用常规平板分离方法进行菌株分离。通过测定真菌核糖体基因翻译间隔序列(ITS序列)和细菌16S r DNA基因序列,结合系统发育研究对所分离菌株进行鉴定分析。共分离到32株内生菌,分为19种。其中2种霉菌,共2株,分别属于炭层菌属(Nemania sp.)和毛壳菌属(Chaetomium sp.);细菌17种,共30株,分别属于芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp.)、微球菌属(Micrococcus sp.)、土地芽孢杆菌属(Terribacillus sp.)、肠杆菌属(Enterobacter sp.)、黄单胞菌属(Xanthomonas sp.)、黄杆菌属(Flavobacterium sp.)等7个已知属,其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)为绝对优势属,共20株,11种。     

西沙野生诺尼内生细菌群落多样性初步研究

采用构建16S rDNA克隆文库方法,首次对我国海南永兴岛西沙野生诺尼果内生细菌的群落结构和多样性进行初步研究.首次采用Mothur软件对诺尼果内生细菌克隆文库数据进行分析,构建Mothur软件数据分析平台.构建的西沙野生诺尼果内生细菌16S rDNA克隆文库中,93个克隆分属于12个不同可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),序列比对结果表明大部分克隆与已知细菌16S rDNA序列相似性较高.分别属于变形菌门(Proteobacteria)的Alpha、Beta、Gamma亚群,放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes).水库杆菌属(Piscinibacter sp.)细菌为野生诺尼果内生细菌优势菌群.优势菌属分别为水库杆菌属(Piscinibacter sp.)为80.65%,蛋白胨菌属(Peptoniphilus sp.)和链球菌属(Streptococcus sp.)均为3.23%,甲基杆菌属(Methylobacterium sp.)为2.15%.研究结果表明西沙野生诺尼果中存在较为丰富的内生细菌资源,将为进一步研究奠定理论基础.     

采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明:16株鳗鲡病原菌均扩增到了400 bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上的符合程度高达82%.     

黄土高原沙棘根际氢氧化细菌的分离与种属分布

目的研究陕西黄土高原沙棘(Hippophae rhamnoides)根际氢氧化细菌种属分布。方法利用持续通H2的气体循环培养体系分离纯化细菌。通过TTC(2,3,5-氯化三苯基四氮唑)试验和氧化H2能力测定筛选含有氢化酶的菌株。根据其培养特征、形态特征和生理生化特征进行菌株鉴定。用16S rRNA基因序列分析法对氧化氢能力最强的优势菌株构建系统发育树。结果筛选出6株菌初步确定为氢氧化细菌,并划分为4个属:芽孢杆菌属(Bacillus)、气单胞菌属(Aeromonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和微球菌属(Micrococcus)。其中菌株FS2的16S rRNA基因序列(Gen-Bank登录号为GU084156)与芽孢杆菌属相似性为99%,在系统发育树上位于同一分支,因此将菌株FS2归为芽孢杆菌属(Bacillus)。结论说明氢氧化细菌在自然界分布广泛,并为分析氢氧化细菌的种群结构特征提供基础材料。     

四川传统烟区烤烟叶面可培养细菌的遗传多样性分析

为认识烤烟(Flue-cured tobaccos)叶面可培养细菌的多样性,挖掘叶面可培养细菌资源.本研究以四川省各传统烟区旺长期烤烟叶片为材料,通过纯培养法及测定菌株的产吲哚乙酸(IAA)能力、溶磷溶钾特性、纤维素降解活性、拮抗病原菌等,并通过反转录重复因子扩增(BOXA1R-PCR)技术、16S rRNA基因测序和系统发育分析研究叶面可培养细菌的遗传多样性和功能特征.结果表明:分离得到的86株叶面细菌中有12株菌株(占总分离菌株的13.95%)具有产IAA的能力,4株产量较高(57μg/mL);有9株(占总分离菌株的10.47%)表现溶磷活性,8株(占总分离菌株的9.30%)表现溶钾活性.基于BOXA1R-PCR图谱选取12株代表菌株进行16S rRNA基因序列测定,系统发育分析显示,86株菌株分别属于节杆菌属(Arthrobacter)、短小芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、无色杆菌属(Achromobacter)和假单胞菌属(Pseudomona),其中以假单胞菌属(Pseudomonas)为优势菌属.表明四川传统烟区烤烟叶面存在着丰富的细菌资源.     

重楼根内生细菌的多样性分析及促生菌的筛选

采集湖北地区代表性重楼种植园的重楼植株,并从0.1 g根中分离获得115株内生细菌. 16S rDNA序列分析结果表明,这些内生细菌归属于3个门、5个纲、7个目、11个科和12个属.其中,短食单胞菌属(Stenotrophomonas)为优势菌属(33.9%),而肠杆菌属(Enterobacteriaceae)、潘多拉菌属(Pandoraea)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、短杆菌属(Brevibacterium)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、拟杆菌属(Bacteroides)、波氏菌属(Bosea)为劣势属.进一步通过与小麦幼苗共培养,筛选到4株促生菌,包括克雷伯氏菌属菌株HBR11019、假单胞菌属菌株HBR11015和HBR11017、芽孢杆菌属菌株HBR31040.其中HBR11019菌株的促生作用最强,与其共培养的小麦幼苗的株高、根长、鲜重、侧根数目分别是对照的2.6倍、2.1倍、5.7倍和1.0倍.本研究为深入分析不同产区重楼内生菌的差异以及利用促生菌改良重楼种植技术的研究奠定了基础.     

云台山白云岩表层土可培养细菌多样性

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析贵州云台山白云岩表层土可培养细菌的多样性.稀释涂布平板分离共获得131株细菌,限制性内切酶HhaⅠ和HaeⅢ对扩增的16S rRNA基因片段进行酶切分型,根据ARDRA酶切图谱划分为40个操作分类单元.16S rRNA基因序列测定和系统发育分析结果显示,这些菌株隶属于包括厚壁菌门(Firmicutes,64.89%)、β-变形菌纲(β-Proterbacteria,3.82%)、γ-变形菌纲(γ-Proterbacteria,17.56%)、放线细菌门(Actinobacteria,11.45%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,3.82%)等5大类群,共13个属.优势菌群为芽胞杆菌属(Bacillus,53.44%),亚优势菌群为寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.16%)、假单胞菌属(Pseudomonas,8.40%)和微小杆菌属(Exiguobacterium,8.40%).15.00%的有效序列与GeneBank已知序列相似性小于等于97%,可能为潜在新类群.研究表明,云台山白云岩喀斯特地区不仅含有较为丰富的细菌物种多样性,且潜藏着许多新的微生物资源.     

大庆油田聚驱后油藏细菌群落演替规律研究

应用分子生态学方法,研究了大庆油田聚驱后油藏微生物调剖过程中细菌群落结构变化规律。从大庆油田聚驱油藏样品中提取总DNA,扩增其16S rDNA片段,PCR-DGGE实验,通过切胶测序分析研究了细菌群落结构演替规律。微生物调剖试验结果显示,日产液下降3吨,日产油量提高11吨,含水量下降4吨。PCR-DGGE结果显示,北-2-4-P49主要的优势种群为假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)、梭菌属(Clostridia bacterium)、热微菌属(Thermomicrobium sp.)、厚壁菌属(Firmicutes bacterium)和一些未知菌属。细菌多样性丰富,群落结构变化较大。对微生物调剖前后细菌群落结构的研究可以为微生物采油过程提供技术指导和实际参考。     

高效脱酚菌的筛选及微生物多样性分析

为了揭示不同培养基分离的细菌种群的多样性差异及获得高效脱酚菌,采用单链构象多态性技术,以16S rRNA基因的V3区为靶对象,对3种不同培养基SJ(自制培养基)、LB(牛肉膏蛋白胨培养基)、YEB(酵母牛肉膏培养基)分离细菌的种群多样性进行了比较研究.结果表明:SJ培养基比LB和YEB培养基有更高的种群多样性,更适于细菌的分离筛选.利用SJ培养基筛选出的3株高效脱酚菌降解废水中总酚的能力均在99%以上,经过生理生化鉴定和16S rDNA测序,建立了系统发育树,鉴定出这3株菌分别属于气单胞菌属(Aeromonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)和不动细菌属(Acinetobacter).     

哈密瓜内生细菌的分离及拮抗菌的筛选

对新疆不同品种和不同种植地区的健康哈密瓜植株组织中内生细菌进行分离,共得到252个菌株.经鉴定分属于芽孢杆菌属(Bacillus spp.)、黄单胞菌属(Xanthomonas spp.)、假单胞菌属(Pseudomonas spp.)、欧文氏菌属(Erwinia spp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus spp.)及短小杆菌属(Curtobacterium),其中芽孢杆菌为优势种群.对内生细菌数量测定表明,不同品种、组织及种植地,内生细菌的数量不同,品种间内生细菌的数量变化为3.15×103～2.01×105CFU/g鲜重;各组织中以种子中最多,平均含量在6.18×106CFU/g鲜重;其次为根,再次为叶片,茎和叶柄中较少;对分离菌株进行哈密瓜叶斑病和果斑病菌拮抗菌的筛选表明,252株内生细菌中有71个菌株对叶斑病菌有拮抗作用,占菌株总数的28.2%,抑菌圈半径最大的可达8mm;6.7%的菌株对果斑病菌有拮抗作用.     

熟制鲍鱼残留细菌的分离及16S rDNA鉴定

摘要：为控制熟制鲍鱼残留的细菌污染,采用平板划线分离技术对烘制加工后鲍鱼中残留的主要菌群进行分离,并通过菌落形态观察、革兰氏染色分析和16S rDNA序列比对等方法对其进行鉴定.结果表明,残留在烘制加工后鲍鱼的主要菌群有希瓦氏菌属、不动杆菌属、库特氏杆菌属、海洋类香菌、蜡样芽抱杆菌、肠杆菌属、彭氏变形杆菌等.     

海绵Pseudoceratina sp.共栖细菌多样性及其抑制甘蔗鞭黑粉菌活性研究

【目的】探讨广西斜阳岛附近海域海绵共附生细菌的多样性,并筛选对甘蔗鞭黑粉菌有抑制作用的活性物质,为发现潜在的细菌新物种及开发农用生防菌肥奠定基础。【方法】采用稀释涂布法,通过6种复合营养分离培养基,从海绵Pseudoceratina sp.中分离可培养的共附生细菌。采取细菌形态学观察去除冗余,通过PCR扩增菌株的16SrRNA基因序列,并通过构建系统发育树分析物种多样性。采用牛津杯法进行抑制甘蔗鞭黑粉菌活性筛选实验。【结果】从海绵Pseudoceratina sp.中共分离到可培养细菌54株,经16SrRNA基因序列对比后,获得24株细菌,隶属于13科14属。其中,菌株BGMRC 2118与已发表有效菌株的16SrRNA基因序列的最高相似率为96.46%,可能为潜在新种。抑菌筛选实验结果显示,有8株细菌的发酵粗提物对甘蔗鞭黑粉菌具有很强的抑菌活性。【结论】广西斜阳岛附近海域中海绵共附生细菌具有较高的物种多样性,蕴藏着丰富的新物种资源,富含生物活性菌株。     

分子生态学方法对油藏细菌群落结构分析的比较

目前对油藏细菌群落结构分析方法繁多,为得到准确全面的群落分析结果,必须选取合适的方法。群落分析方法的优劣进行比较分析,选取从新疆陆梁油田注水井筛出的11株单菌,测定其16srDNA序列,制成包含7个菌属、9个菌种的混合菌液。应用基于PCR扩增的三种分子生态技术DGGE、T-RFLP、建立16SrDNA文库比较和分析了混合菌液细菌多样性。使用PCR-DGGE方法时发现,DGGE方法可灵敏地检测到序列1 bp的变化,能将不同菌株分开,但该方法经过切胶测序后的的目标序列较短,信息量不大且有时有一定误差,较适合用于定性对比;而用于菌群结构的分析时应结合其他方法。T-RFLP法可区分大部分菌属,但数据库不够完整,不能确定细菌群落组成;因此也不适合单独用在细菌群落检测中,可用作多个样品种群多样性的对比或结合其他方法对样品进行系统透彻解析。建立16srDNA克隆文库法成功鉴定到7个菌属8个菌种16SrDNA序列,更适用于油藏细菌群落结构的分析。     

日本鳗鲡肝肾病原菌及其防治中药的研究

从发病日本鳗鲡（Anguilla japonica）的肝脏和肾脏分离到优势菌并命名为AJL01,经人工感染试验证实该菌为引起日本鳗鲡肝肾病的病原菌,其半数致死量为2.6×103 cfu/g;通过菌体、菌落形态特征、GYZ-15EV鉴定系统和16S rDNA同源性等综合鉴定分析,确认AJL01为迟钝爱德华氏菌（Edwar...     

一株软骨霉状菌的纯化方法

从武夷山的一枯枝上分离得到了一株稀有软骨霉状菌,在培养过程中发现,该株黏细菌在人工培养基上只有在与一种未知的细菌共培养的状态下才能长出典型的子实体并保持菌种的活力.然而要从共培养的菌落中纯化这株黏细菌,使用常规的黏细菌纯化技术几乎是不可能.在这种情况下对伴生细菌进行16SrDNA菌种鉴定,再根据鉴定为施氏假单胞菌(Ps...     

海芒果可培养细菌的分离鉴定及其抑制海洋鱼类致病菌活性研究

【目的】研究红树植物海芒果Cerbera manghas L.及其根际土壤可培养细菌多样性及其代谢产物抑制鱼类致病菌的生物活性。【方法】采用纯培养法分离并基于16SrRNA基因序列的系统发育分析法对分离得到的细菌进行多样性研究,采用滤纸片法研究其抑制海洋鱼类致病菌的生物活性。【结果】从海芒果及其根际土壤中共分离得到15株可培养细菌,采用16SrRNA基因序列的系统发育分析后发现,这些菌分属于2个大的细菌发育类群:厚壁菌门(Firmicutes,占比为53%)和放线菌门(Actinobacteria,占比为47%),其中4株为芽孢杆菌属,6株为链霉菌属。活性研究发现,所有测试菌株对3种海洋鱼类致病弧菌均有一定的抑制作用,其中VT86(Kitasatospora paranensis),V139-2(Streptomyces luteireticuli),V140-2(Streptomyces jiujiangensis),VT19(Streptomyces orinoci),VT113(Streptomyces niveiscabiei)这5株菌的抑菌效果较好,以VT86(K.paranensis)抑菌活性最好。【结论】红树植物海芒果及其根际土壤中的细菌丰富多样,部分细菌具有抑制海洋鱼类致病菌生长的生物活性,具有开发成新型抑制鱼类致病菌药物的潜力。     

藻菌共生体系的建立及其对造纸废水的处理效果

对棕鞭藻(Ochromonas sp.)培养体系中的共栖细菌进行分离纯化,拟通过藻菌共生体系的建立提高微藻生物量积累能力,并探究藻菌共生体系对造纸废水的处理效果.经16S rDNA基因测序比对,分离获得的5株微藻共栖细菌分别为Por-phyrobacter sp.、Hyphomonas sp.、Aquimonas sp.、Agrobacterium sp.和Hydrogenophaga sp..通过向微藻培养体系添加不同的共栖细菌以验证其对微藻生长效率的影响效果,结果表明,5株微藻共栖细菌中,Aquimonas sp.(水单胞菌)可显著促进棕鞭藻的生长,当藻菌比为1:3时,水单胞菌对微藻的促生效果最佳,共培养10 d后,体系中微藻干重达到最大值0.78 g/L.利用藻菌共生体系处理造纸废水8 d,废水中化学需氧量(chemical oxygen demand,COD)、总氮量(total nitrogen,TN)、总磷量(total phos-phorus,TP)、色度分别从154.13 mg/L、22.42 mg/L、4.90 mg/L、275降至37.5 mg/L、14.53 mg/L、0.48 mg/L、18,去除率分别为75.67％、35.19％、90.2％和93.45％;同时微藻干重可达1.073 g/L.藻菌共生体系对造纸废水深度处理的效果与芬顿法相当,可达到《制浆造纸工业水污染排放标准》(GB 3544—2008),同时可显著降低处理成本,具有良好的应用前景.     

红豆杉内生细菌的分离及促生效应

从健康红豆杉根、茎、叶组织中分离出31株内生细菌,对其有益生物学特性进行评价.结果显示:31株菌均能合成植物生长素IAA.其中,HG12,HY23,HY24,HY41具有溶磷特性,有13株菌表现出不同程度的固氮和合成铁体的活性;将HG12,HY23混合培养,发现菌株合成IAA能力下降,其他生物活性则变化不大.经16S r DNA测序分析可知,HG12属于西地西菌属(Cedecea sp.),HY23属于伊查德布丘氏菌属(Buttiauxella izardii).     

黄河水体多环芳烃降解菌的筛选及其降解性能研究

通过选择性培养,从黄河水体中分离纯化出3株能够以(Chr)和苯并[a]芘(B[a]P)为唯一碳源和能源进行生长的细菌HKS-1,HKS-2和HKS-3,采用16S rDNA序列分析,初步断定HKS-1为杆菌属或无芽孢杆菌属的一个种,HKS-2和HKS-3为芽孢杆菌菌株.微生物降解实验表明,Chr和B[a]P在前25d的降解符合零级动力学规律,3株细菌的混合菌群对Chr和B[a]P有良好的降解效果,泥沙的加入能够促进微生物数量的增长,从而促进Chr和B[a]P的降解.当Chr和B[a]P的初始质量浓度0ρ分别为15.85和12.10μg.L-1时,培养35 d后不含泥沙体系中Chr和B[a]P的降解率分别为45.79%和37.36%;含泥沙体系中Chr和B[a]P的降解率分别为58.76%和51.69%.进一步采用膜实验对比研究了多环芳烃在水相和颗粒相的降解速率.结果表明,当用零级动力学对Chr和B[a]P的质量浓度(ρ)变化(最初4 d)进行拟合时,Chr和B[a]P在颗粒相的降解速率分别约为其在水相降解速率的3和4倍.