融合数据挖掘与网络药理学研究治疗原发性肝癌中药处方用药规律

融合数据挖掘与网络药理学方法,研究治疗原发性肝癌常用有效中药处方的用药规律,为中医临床治疗原发性肝癌处方用药提供参考.通过收集大量的临床治疗原发性肝癌的常用中药处方,共筛选有效处方211个;运用中医传承辅助平台,挖掘有效处方中的核心药物组合;再通过TCMSP等数据库平台,筛选核心药物组合活性成分所对应的靶点;并在比较基因组数据库(comparative toxicogenomics database,CTD)、人类疾病数据库(malacards)、治疗靶点数据库(therapeutic target database,TTD)等疾病数据库中,检索出与原发性肝癌相关的疾病靶点;取上述两种靶点的共有靶点,即为核心药物组合治疗原发性肝癌的一般靶点,并利用DAVID平台对一般靶点进行GO/KEGG通路富集分析;通过Cytoscape 3.6.1软件对共同靶点进行拓扑分析,得到核心药物组合治疗原发性肝癌的核心靶点;并利用CB-Dock平台对其进行分子对接验证;通过与有关文献实验研究的结果进行比较,验证本研究结果的可靠性.通过数据挖掘和网络药理学分析,得到常用药对23组(支持度个数≥50),关联规则的药物组合24组(置信度≥0.95),聚类分析的药物组合36组;治疗原发性肝癌疾病的一般靶点124个、核心靶点16个;经GO分析的生物过程450个、细胞组分37个、分子功能48个(P≤0.01);经KEGG通路富集分析得到信号通路44个(P≤0.01),并且p53等信号通路得到了有关文献实验研究结果的验证;而且还发现茯苓、白术、党参、半枝莲等药物在治疗原发性肝癌的处方中出现的频次较高.中医治疗原发性肝癌常以补虚、清热为主,兼顾活血、理气等,多从肝、脾、肺和肾等经络共同论治,并注重清补结合、虚实兼顾;核心药物组合主要通过诱导凋亡、阻滞周期、抗血管生成和调控炎症等途径治疗原发性肝癌.     

基于网络药理学和分子对接探究威灵仙治疗类风湿性关节炎的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探究威灵仙治疗类风湿性关节炎的作用机制。中药系统药理学数据库与分析平台、PubChem、SwissTargetPrediction数据库筛选威灵仙的活性成分及其作用靶点;OMIM、GeneCards数据库预测类风湿性关节炎的靶点;Venn图获取威灵仙-类风湿性关节炎的交集靶点;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.1获取核心靶点;DAVID数据库进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析; AutoDock Vina1.5.6对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。威灵仙中的关键活性成分齐墩果酸、β-谷甾醇、豆甾醇、3-表齐墩果酸作用于MAPK3、PTGS2、CYP19A1等核心靶点,通过调控花生四烯酸代谢通路、卵巢类固醇生成等发挥治疗类风湿性关节炎的作用,分子对接结果显示关键活性成分与核心靶点具有较好的结合活性。该研究初步探讨了威灵仙治疗类风湿性关节炎的关键活性成分、核心作用靶点及其相关通路,为威灵仙的临床应用提供参考。     

基于数据挖掘及网络药理学探讨中药治疗消化性溃疡的用药规律及作用机制

运用数据挖掘和网络药理学方法探讨中药治疗消化性溃疡(peptic ulcer, PU)的用药规律,筛选核心药对潜在靶点并研究其治疗PU的作用机制。通过频数分析、关联规则分析得出核心药对,筛选核心药对活性成分及靶点;将核心药对治疗PU的关键靶点进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;建立药对成分-靶点-信号通路网络。233份治疗PU的处方中含216味中药,其中茯苓-白术为核心药对。核心药对的22个化学成分对应的143个潜在靶点中与PU交集的靶点有41个。通过GO分析,得到相关的92个生物学过程,5个分子功能及11个细胞组成,KEGG分析得出15条信号通路。核心药对茯苓-白术能通过JUN、IL6、TP53、AKT1、VEGFA、MAPK1、CASP3、EGFR、RB1、IL1B靶点调控IL-17、PI3K-AKT、NF-κB、幽门螺杆菌感染中的上皮细胞信号转导等相关通路发挥对PU的治疗作用。通过探讨中药治疗PU的用药规律,初步阐述了治疗PU的核心药对茯苓-白术的药理作用,为临床用药和新药研究提供思路。     

基于数据挖掘、网络药理学和分子对接方法的肺癌用药规律及核心中药分析

目的：运用数据挖掘、网络药理学、分子对接方法探究中药复方治疗肺癌的用药规律及核心中药,为临床治疗肺癌提供有效的处方用药参考。方法：采用Excel2019收集整理临床治疗肺癌的常用中药复方,筛选有效复方,并通过中医传承辅助平台(V2.5)、SPSS Modeler 18.0、SPSS Statistics 25、cytoscape3.6等分析患者的证型分布、药物频次规律、核心药物组合以及药物关联规则等并得出核心中药;将核心中药运用TCMSP、Genecards、CTD等数据库收集有效成分、药物靶点、疾病靶点并获取交集,通过cytoscape3.9.0构建“中药-化合物-靶点-疾病”网络、再通过String平台、可视化驱动的生物信息学分析网站构建蛋白互作网络、最后进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,由以上分析结果得出重要化合物以及关键靶点做分子对接;结果：筛选得到有效处方407个,涉及中药324味,药物使用频次最高依次为甘草、茯苓、白术、陈皮、半夏、黄芪、党参、浙贝母、白花蛇舌草、薏苡仁;肺癌中医证型诊断中以痰瘀互结证(45.99%),治则治法以化痰散结和解毒抗癌为主,(28.99%、29.25%),中药以补虚药为主,(32.69%);性味归经统计为温性(41.39%);苦味(45.5%),肺经(25.82%)为主;关联规则表明,茯苓-半夏、茯苓,半夏-白术、茯苓,浙贝母-半夏-白术分别为同一组中支持度最高的组合;复杂网络中核心药物有党参、茯苓、白术、陈皮、浙贝母、黄芪、甘草。核心中药为白术、茯苓、半夏、浙贝母;网络药理学获得作用靶点89个、核心中药主要有效成分为12-千里光酰基-8-反式白术三醇、14-乙酰基各里光酰基-8-反式白术三醇、β-谷甾醇等,重要靶点为AKT1、EGFR、TP53等,GO分子功能富集结果显示可能与RNA聚合酶II转录调节、细胞对化学压力的反应、金属离子的反应等有关,KEGG通路富集分析结果显示,关键通路富集为肿瘤坏死因子信号通路、铂耐药通路、IL-17信号通路等;关键靶点与重要化合物的对接能量均小于0kJ/mol,对接构象稳定。结论：真实世界抗肺癌中药以味苦、性温,平,寒、补虚为主,针对肺癌发病机制正气亏虚、血瘀、痰、邪毒进入,以补气和中助阳、清热解毒泻火之法来达到治疗效果,基于数据挖掘方法研究对于真实世界治疗肺癌的用药规律研究得出其核心组方包括党参、茯苓、白术、陈皮、浙贝母、黄芪、甘草,而其现代药理作用主要为抗癌细胞增殖、抗菌、免疫抑制等;在治疗肺癌的中药复方中,白术、茯苓、半夏、浙贝母尤为重要,可作为治疗肺癌的复方核心中药,核心中药治疗肺癌主要通过多成分、多靶点调控肿瘤坏死因子信号通路、铂耐药通路、IL-17信号通路等达到治疗肺癌的效果,综上为真实世界中药复方治疗肺癌的用药规律特点。对中医药治疗肺癌的临床研究有一定的指导意义。     

知母-黄柏配伍抗炎作用机制的网络药理学研究

知母-黄柏配伍是临床上常用的“相须”配伍药对,具有抗炎作用,但其机制研究不足。本研究采用网络药理学方法研究知母-黄柏药对的抗炎机制。结果表明,知母-黄柏药对有182个潜在抗炎靶点;知母、黄柏、炎症三者共有靶点受调控分大于等于2倍中位数的靶点有29个,如PTGS2、PTGS1、RXRA、ADRB2、AR、CHRM1、ADRA1B、CHRM3、F10、NOS3等,这些靶点都与炎症的生物过程密切相关。抗炎靶点GO(gene ontology)分析涉及RNA聚合酶II启动子转录的调控、细胞增殖调节、细胞凋亡的调节、一氧化氮生物合成调节等;KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析涉及TNF信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、FOXO信号通路、VEGF信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、胰岛素抵抗等。研究提示知母-黄柏“相须”配伍的分子机制是通过共同调控信号通路发挥抗炎作用, 为其临床使用提供了科学依据。     

基于网络药理学和分子对接研究三七抗类风湿关节炎的分子机制

通过中药系统药理学数据库与分析平台获取三七的主要活性成分及其相关靶点;通过GeneCards数据库预测类风湿关节炎相关靶点,并运用Uniprot数据库标准化蛋白名称,取三七-类风湿关节炎的交集靶点;通过STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用分析;采用Metascape平台进行GO(gene ontology)功能分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集分析;采用Cytoscape3.7.2构建活性成分-靶点-信号通路相互作用网络;利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键靶点和成分进行分子对接。结果表明:通过筛选获得三七核心活性成分7种,三七-类风湿关节炎共同作用靶点100个,其中核心靶点包括AKT1、IL6、VEGFA、TNF、TP53、JUN、CASP3、PTGS2等;GO分析获得1 064条信号通路,KEGG分析得到102条信号通路,其中与类风湿关节炎相关的信号通路包括AGE-RAGE、MAPK、TNF、IL-17以及HIF-1等;分子对接结果显示关键靶点与成分具有较好的结合活性。研究认为三七抗类风湿关节炎可能是通过对物质代谢、信号转导、炎症反应等多靶点及多通路的调节从而发挥作用。     

基于网络药理学方法探究中药肉桂治疗糖尿病的作用机制

运用网络药理学方法和生物信息学技术,预测中药肉桂治疗糖尿病的药效成分及关键靶点,分析其作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）以及文献检索,确定肉桂的有效成分并筛选出肉桂对应靶点蛋白;利用GeneCards数据库筛选糖尿病相关基因,构建中药肉桂的成分-靶点网络和蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络;利用DAVID(Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)和STRING数据库进行基因本体（gene ontology,GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析;最后,将部分药效成分与关键靶点进行分子对接验证。通过筛选,得到32个有效成分作用于131个相关靶点,核心基因有INS、AKT1、IL6、TNF、VEGFA等20个,GO和KEGG分析肉桂主要参与RNA聚合酶II启动子对转录的正调控等生物过程及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路等发挥治疗作用。对10个关键成分进行分子对接得出,肉桂中的原花青素B1和槲皮素与INS、IL6、VEGFA、TNF有较好的亲和力。本研究初步阐释了肉桂治疗糖尿病的作用机制,有利于指导临床用药。     

网络药理学探究败酱草治疗溃疡性结肠炎机制

通过网络药理学分析和分子对接来探讨败酱草治疗(ulcerative colitis,UC)可能的分子作用机制.通过数据库得到溃疡性结肠炎相关靶点和败酱草主要成分,基于已有数据库文本挖掘和常见成分靶点预测工具获取成分靶点,进行一系列对比.对主要靶点进行GO及KEGG分析,得到核心靶点;对核心靶点进行分子对接.败酱草40种化学成分通过STAT3、TNF、IL6、IL1 B和IL10等共18个关键靶点起到活性作用,通过炎症性肠病信号通路等信号通路发挥疗效;分子对接模拟实验结果表明结合活性良好,可能主要以氢键作用,疏水作用,盐桥作用等形式结合.通过网络药理学和分子对接来揭示败酱草治疗该病可能的分子作用机制,也为不同科研用途使用不同靶点来源工具作出参考和借鉴.     

基于网络药理学探究"黄连-知母"治疗2型糖尿病的作用机制

基于网络药理学预测"黄连-知母"治疗2型糖尿病的活性成分、作用靶点、作用机制.采用中药系统药理学数据库和分析平台、PubChem数据库预测"黄连-知母"成分及靶点,采用GeneCards数据库预测2型糖尿病靶点,通过二者的映射获得共有靶点.使用DAVID数据库对共有靶点进行KEGG通路分析.构建"中药-成分-靶点-信号通路"可视化网络,从而预测"黄连-知母"治疗2型糖尿病作用机制.共筛得"黄连-知母"成分有甲基黄连碱、黄连碱、小檗浸碱等30个,成分-靶点491个,其中459个于2型糖尿病靶点重合.使用DAVID数据库对共有靶点分析,发现涉及蛋白质磷酸化、信号转导、凋亡过程的负调控、对药物的反应、细胞增殖的正调控等多个生物过程及P13K-Akt信号通路、MAPK信号通路、趋化因子信号通路、胰岛素信号通路等多个通路."黄连-知母"二药多种成分作用于多靶点、多通路,达到治疗2型糖尿病的目的.     

基于网络药理学方法探究中药肉桂治疗糖尿病的作用机制

运用网络药理学方法和生物信息学技术,预测中药肉桂治疗糖尿病的药效成分及关键靶点,分析其作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）以及文献检索,确定肉桂的有效成分并筛选出肉桂对应靶点蛋白;利用GeneCards数据库筛选糖尿病相关基因,构建中药肉桂的成分-靶点网络和蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络;利用DAVID(Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)和STRING数据库进行基因本体（gene ontology,GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析;最后,将部分药效成分与关键靶点进行分子对接验证。通过筛选,得到32个有效成分作用于131个相关靶点,核心基因有INS、AKT1、IL6、TNF、VEGFA等20个,GO和KEGG分析肉桂主要参与RNA聚合酶II启动子对转录的正调控等生物过程及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路等发挥治疗作用。对10个关键成分进行分子对接得出,肉桂中的原花青素B1和槲皮素与INS、IL6、VEGFA、TNF有较好的亲和力。本研究初步阐释了肉桂治疗糖尿病的作用机制,有利于指导临床用药。     

茯苓的药理作用及研究进展

茯苓在生药学、药物化学、药理学、药剂学和临床应用等方面有很高的应用价值.评述了茯苓的中医研究理论,主要化学成分,在抗衰老和增强免疫力方面的作用,及药理活性研究概况,并对茯苓的应用前景进行了展望,以期为茯苓的进一步开发提供依据.     

湖北地区茯苓饮片质量标准研究

茯苓饮片; 三萜类化合物; 茯苓多糖; 高效液相色谱; 质量标准     

怀牛膝对未孕大鼠子宫平滑肌峰电活动的影响

在 Wistar未孕大鼠子宫角浆膜面上埋植一对 Ag- Ag Cl双极电极 ,腹腔注射不同剂量怀牛膝水煎剂后观察大鼠在体子宫平滑肌峰电活动的改变 .结果显示 :怀牛膝水煎剂显著增加未孕大鼠子宫肌电爆发波的最大振幅和峰面积 (P <0 .0 5 ) ,可延长爆发波持续时间和增加爆发波动作电位个数 (P <0 .0 5 ) ;怀牛膝水煎剂明显增大未孕大鼠子宫肌电单波的正波最大振幅、负波最大振幅和峰面积 (P <0 .0 5 ) .怀牛膝显著兴奋在体子宫平滑肌峰电活动的效应类似催产素 .     

近视灵口服液中决明子的TLC鉴别

近视灵口服液由决明子等12味药材组成。试验确定了其主药决明子的薄层层析鉴别方法，对于含决明于复方中药制剂及相关食品的质量控制具有实用价值。     

基于数据挖掘分析含青蒿方剂的配伍规律及应用特点

目的 基于数据挖掘技术探讨青蒿配伍规律及应用特点,为临床使用中药青蒿提供参考依据。方法 以国家人口与健康科学数据共享平台收录的含青蒿中药方剂为数据来源建立青蒿方剂数据库,利用Microsoft Office Excel 2021、IBM SPSS Modeler 18.0、IBM SPSS Statistics 23.0等软件对纳入方剂进行分析,使用Cytoscape3.7.2软件构建网络可视图。结果 最终纳入含青蒿的中药方剂50首,主治疾病为发热。涉及的189味中药累计使用564次,性多寒、温,味辛、苦,归肝经、肺经为主,功效分类上以清热药、补虚药、解表药最为常见。高频中药关联规则分析显示,药对组合中青蒿-柴胡,青蒿-黄芩的支持度较高;三味药组中青蒿-黄芩-柴胡的支持度最高。治疗发热时,青蒿常与柴胡、黄芩、金银花等中药配伍,高频中药关联规则45项,聚类分析得到5类治疗发热的基本药物组合。结论 本研究分析总结了含青蒿中药方剂的主治病证、配伍规律及应用特点,为临床科学规范使用青蒿提供了参考。     

牛膝中齐墩果酸和β-蜕皮甾酮的HPLC法含量测定及指纹图谱研究

建立了中药牛膝的HPLC指纹图谱并同时测定其中齐墩果酸和β-蜕皮甾酮的含量。采用Agilent ZORBAX SB C18色谱柱,流动相为乙腈 0.6%甲酸,柱温为25 ℃,检测波长为260 nm,进行了13批次牛膝药材的分析。牛膝药材的HPLC指纹图谱共有16个共有峰,4个特征峰,定量测定了其中两个峰β 蜕皮甾酮和齐墩果酸。通过相似度分析初步断定,不同地域的牛膝药材在质量上存在明显的差异。该研究为建立牛膝药材的质量控制体系提供了方法和技术支持。     

中医药治疗便秘的用药规律及网络药理学探析

基于数据挖掘及网络药理学方法,探究中药治疗便秘的用药规律并分析核心中药的作用机制。通过检索中国知网、维普数据库、万方数据库中有关中药复方治疗便秘的文献,筛选符合要求的文献并提取数据,对中药复方的药物频次、关联规则及聚类进行分析。基于中药系统药理学数据库与分析平台获取核心药物的化学成分及靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD等数据库获取疾病靶点,借助Venny平台获取潜在靶点,采用STRING数据库、DAVID数据库进行相关机制分析。基于AutoDock软件进行分子对接。结果表明:筛选出复方85个;使用频次在10以上的有25味药,其中白术的使用频率最高;关联规则挖掘出白术-黄芪、白术-黄芪-当归分别是支持度最高的组合;聚类分析可将药物分为5类;挖掘出核心中药白术、当归、枳实和火麻仁。网络药理分析显示,核心中药治疗便秘的机制是化学成分作用于AKT1等靶点,进而调节癌症通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、p53信号通路等发挥治疗作用。该研究为中医药治疗便秘的用药规律提供了理论基础,为治疗便秘的中药复方的开发与发展提供了思路。     

Achyranthes bidentata Blume extract promotes neuronal growth in cultured embryonic rat hippocampal neurons

We have prepared an aqueous extract of Achyranthes bidentata Blume, a commonly prescribed Chinese medicinal herb, and reported, in previous studies, that A. bidentata extract benefits nerve growth and prevents neuron apoptosis. In this study, we investigated the actions of A. bidentata extract on survival and growth of primarily cultured rat hippocampal neurons. The morphological observation revealed that neurite growth from hippocampal neurons was significantly enhanced by A. bidentata extract with similar effects to those induced by nerve growth factor (NGF), and the greatest neurite growth appeared on treatment with A. bidentata extract at 1 μg/ml for 24 h. DNA microarray analysis indicated that there were 25 upregulated genes and 47 downregulated genes exhibiting significantly differential expression in hippocampal neurons treated with A. bidentata extract at 1 μg/ml for 6 h when compared to those in untreated hippocampal neurons. Real-time quantitative RT-PCR and Western blot analysis demonstrated that the expression of growth-associated protein-43 in hippocampal neurons was upregulated at both mRNA and protein levels after treatment with A. bidentata extract, and the optimal dosage of the extract was also 1 μg/ml. These data confirm that A. bidentata extract could promote in vitro hippocampal neuronal growth in a dose- and time-dependent manner.     

基于数据挖掘和网络药理学探讨中药复方干预血小板聚集抗动脉粥样硬化的用药规律及潜在机制

基于数据挖掘和网络药理学探讨中药复方干预血小板聚集抗动脉粥样硬化的用药规律及潜在机制。通过筛选CNKI、WANGFANG、VIP数据库、PubMed等中英文数据库中从干预血小板聚集角度治疗动脉粥样硬化疾病的方剂,整理后采用中医传承辅助平台（V2.5）、IBM SPSS Statistics 25、IBM SPSS Modeler18等软件,分析药物配伍之间的内在联系及关联规则,总结干预血小板聚集抗动脉粥样硬化（Atherosclerosis,AS）方剂中的用药规律、核心角药配伍,应用TCMSP、 Genecards、OMIN、Drugbank、DisGenet、TTD等数据库检索疾病和核心角药活性成分以及对应靶点信息,选择 Venny工具获得疾病-药物交集靶点,利用 STRING 数据库获取相关文件,运用 Cytoscape 3.7.2 软件、Metascape 数据库、微生信网站等软件进行可视化分析、GO KEGG通道富集分析以及气泡图的制作。通过检索“动脉粥样硬化、粥样硬化、 抗血小板聚集、凝血功能”等主题词,收集整理处方 50 首,含109味中药,药效以活血化瘀、行气止痛为主,性味以温、甘、苦为主,主要归肝、脾、心经。进一步通过关联规则分析得到核心药对32个;确定核心角药为“川芎、红花、桃仁”,经网络药理学分析得出其主要活性成分槲皮素、山柰酚、木犀草素等主要作用于JUN、AKT1、TNF、IL6、TP53、MAPK1、CTNNB1、MAPK14、FOS、CAV1等靶位。通过metascape通路富集分析得出着重在脂质和动脉粥样硬化相关通路、癌症相关通路、松弛素信号通路、HIF-1信号等通路发挥治疗作用。干预血小板聚集抗动脉粥样硬化的方剂多以活血化瘀、行气止痛为主,辅以补气化痰散结,其核心药物对中活性成分主要通过干预 JUN、AKT1、TNF、IL6、TP53等具有抗血小板聚集的靶点及相关信号通路进一步抗AS,同时该研究为治疗AS中药复方的组方用药、优化组方和深入研究提供了一个新的角度。     

《素问》中“殊贯”词义辨析

在对《素问》注疏已有研究成果进行分析、借鉴的基础上,结合中医组方的实际,分析了＂三品＂＂所以明善恶之殊贯也＂的释义,并在此基础上,从中医学的角度对＂贯＂字意义的内涵作了进一步的说明。