日本沼虾(Macrobrachium nipponense)4个野生群体遗传多样性微卫星分析

为了评价不同地区日本沼虾(Macrobrachium nipponense)野生群体的遗传多样性和遗传分化水平,利用微卫星标记对白洋淀、衡水湖、微山湖和洪泽湖4个地区日本沼虾野生群体的遗传多样性进行分析.结果显示,22对微卫星位点都显示具足够的多态性;每个野生群体中至少有6个位点显示杂合不足,显著偏离了Hardy-Weinberg平衡;4个日本沼虾野生群体均表现出了较高的遗传多样性,其中微山湖野生群体遗传多样性水平相对较高,其他3个野生群体的遗传多样性水平则相对较低;群体间F-统计量(Fst)及分子方差分析表明,4个日本沼虾野生群体间存在中等程度的遗传差异(0.046 3Fst0.101 2);基于Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,地理位置相邻的日本沼虾野生群体聚在一起.     

鳜属3个物种的遗传多样性分析

本研究在实验室已有的转录组结果的基础上,从测序结果中随机选出部分微卫星位点进行多态性研究,并利用其中25个具有多态性的SSR(simple sequence repeat)位点,对3个鳜属物种斑鳜、翘嘴鳜和大眼鳜进行遗传多样性研究,分析其遗传结构和亲缘关系.实验结果显示,在3个野生物种中共检测到324个等位基因;每对引物检测到的等位基因数为3~23个;平均等位基因数为12.96个.其中共有21个位点属高度多态位点,其平均观测杂合度为0.523 4,平均期望杂合度是0.794 4,平均多态信息含量为0.701 0,这表明3个物种在各检测位点中具有较好的多态性.对数据进行F-检测,25个微卫星位点的Fst值为0.040 0~0.634 0,平均Fst值是0.200 0,说明3个鳜属群体间的分化程度存在差异,在部分位点处,分化程度较高.斑鳜和大眼鳜间Nei氏遗传距离最大,为1.773 4;翘嘴鳜和大眼鳜的遗传距离最小,为0.371 4.根据遗传距离进行的UPMEGA法聚类分析显示翘嘴鳜和大眼鳜聚为一支,斑鳜独自为一支.     

翘嘴鳜EST-SSR标记的开发及3个群体遗传多态性分析

为保护野生翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)的种质资源以及遗传育种,本研究从翘嘴鳜的EST文库中开发微卫星并筛选出22对具有多态性的微卫星标记,对来自陆水水库(赤壁)和沅江流域(常德、怀化)的3个野生群体进行了遗传多样性分析.实验结果显示,这些标记在3个群体中均表现出了丰富的多态性;共检测到134个等位基因;各基因座观测等位基因数4～8个;平均等位基因数为6.090 1;观测杂合度0.675 4;期望杂合度0.748 7;多态信息含量0.701 0,表明3个翘嘴鳜群体在各检测位点中具有较好多态性.对数据进行F-检测,平均Fst值为0.038 3,说明群体间的遗传分化程度低;而群体遗传相似度和遗传距离的计算结果显示:常德和怀化群体的遗传相似度最大,遗传距离最小;而常德与赤壁群体的遗传相似度最小,遗传距离最大.这恰恰与翘嘴鳜群体的流域分布一致.     

太平洋蓝鳍金枪鱼野生群体遗传多样性的初步研究

采用RAPD和微卫星(Simple sequence repeats,SSRs)分子标记技术对太平洋蓝鳍金枪鱼(Thunnus thynnus)野生群体遗传多样性进行了分析.运用18个随机引物进行RAPD分析,共扩增产生96个可统计条带,其中多态性条带32条,多态位点百分率为33.3,Slaannon's遗传多样性指数0.243 0,群体平均杂合度H 0.192 6;在SSRs分析中筛选出10个SSRs引物,多态座位比例为100%,Shannon's遗传多样性指数1.162 2,群体平均杂合度0.648 6.多态微卫星位点的多态信息含量(PIC)为0.357 1～0.818 7.平均0.546 2,分析结果表明太平洋蓝鳍金枪鱼的群体遗传多样性处于较高水平.     

用微卫星技术研究珠江流域三个野生大眼鳜群体的遗传多样性

采用微卫星标记技术,探讨了广西右江、左江及红水河三江段野生大眼鳜群体的遗传多样性。采用生物信息学方法,自主开发了4对大眼鳜微卫星DNA引物,此外,还从28对鳜属微卫星通用引物中筛选出15对,19对标记均表现为高度多态性。对32尾右江(YJ)、35尾左江(ZJ)及36尾红水河(HSH)三地理群体野生大眼鳜进行遗传多样性分析,总群体的固定指数Fix范围为0.001 4~1.000,表明19个位点在总群体内表现为杂合子缺失,其对环境的应对能力有所下降。遗传参数统计结果表明,总群体观测等位基因数(Na=19.4737)、香农指数(I=2.399 8)、平均杂合度(Ave Het=0.720 6)、多态信息含量(0.447PIC0.947)均显示:在哈温平衡下,大眼鳜3群体遗传多样性丰富;但3群体遗传多样性存在差异,红水河群体的遗传多样性比左江群体、右江群体的遗传多样性丰富,左江和右江群体的遗传多样性水平较为接近。群体间遗传分化水平较大(0.15群体间近交系数Fst=0.153 90.25),15.39%的遗传变异来自于群体间,84.61%的遗传变异来自于群体内,群体内近交系数Fis为0.576 1,各座位的基因流Nm分布范围较广(0.147 4~8.909 1),平均Nm值为1.374 5,表明3群体间属于中等遗传分化水平,基因流基本顺畅,群体内的近交系数较高,容易引起遗传结构的变化。基于Nei's遗传距离的聚类分析显示左江群体与右江群体首先聚为一支,再与红水河聚为一支,符合其在地理位置上的关系。     

中国对虾遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA技术,对中国对虾的3个野生地理群体--朝鲜半岛西海岸产卵群体及其越冬群体、黄渤海中国沿岸群体和一个人工累代养殖群体进行了遗传多样性研究.用一组随机引物,对每个群体各20尾对虾的基因组DNA进行扩增,共获得110个重复性好且谱带清晰的RAPD标记,68.2%的标记在所有个体间保持稳定的一致性,表明中国对虾的遗传多样性水平偏低.4个群体的多态位点比例在20%～33.3%之间,群体内的遗传多态度为0.0093～0.0307.群体间遗传变异高于群体内.不同群体间遗传变异水平不同,朝鲜半岛西海岸产卵群体及其越冬群体相近且高于黄渤海沿岸群体,累代养殖群体遗传变异度最低.通过成对的遗传距离分析,用非加权的组平均法构建了上述4个群体中国对虾的谱系关系图,该聚类分析的结果与中国对虾在黄渤海的地理分布相吻合.     

中华绒螯蟹3个育种基础群体遗传特征的微卫星分析

为进行长江水系中华绒螯蟹优良品系的选育,本研究利用16对微卫星引物对长江水系中华绒螯蟹3个育种基础群体(第一群体采自长江口崇明团结沙,第二群体采自长江扬中江段,第三群体采自长江靖江、六合、江浦江段)共计89个个体的遗传特征进行分析.结果表明:3个中华绒螯蟹基础群体均具有较高的遗传多样性(其总体平均期望杂合度He为0.701 4).各群体在16个微卫星位点上的观察杂合度(Ho)均高于期望杂合度(He),第一群体、第二群体和第三群体的平均观察杂合度分别为0.775 0、0.745 7、0.791 7,平均期望杂合度分别为0.705 0、0.702 9、0.696 4.第一群体的平均期望杂合度最高,第三群体最低,各群体间无显著性差异(P>0.05).3个基础群体在16个微卫星位点上的固定指数Fis多为负值,其中第三群体的Fis最小(-0.156 1),第二群体的Fis最大(-0.079 6),提示本研究中各群体内部存在着较为明显的远缘繁殖现象.3个群体的Hardy-Weinberg平衡偏离指数(D)在-0.379 4～0.966 6,每个群体均有5个微卫星位点存在杂合子缺失现象.本研究中各群体间遗传距离介于0.032 1～0.038 4,其中第一群体与第二群体间的遗传距离最小(0.032 1),第二群体与第三群体间的遗传距离最大(0.038 4).总体而言,本次研究所选的3个基础群体遗传多样性指数均较高,适合作为选育的材料.     

日本囊对虾野生群体杂合性的研究

运用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术研究了日本囊对虾9个野生群体10种等位酶的杂合子缺失及过量状况.在所研究的22个位点中有5个位点(Sod-1、Est-1、Est-2、Amy-3、Mdh-1)是多态位点.汕头群体的Est-2,北海群体的Mdh-1和Sod-1,湄洲群体的Mdh-1,连江群体的Sod-1和漳浦群体的Mdh-1位点符合H-W平衡标准(P＞0.05);其余的多态位点均显著或极其显著地偏离H-W平衡标准(0.01＜P＜0.05或P＜0.01).另外,日本囊对虾9个群体的Est-2位点均表现出杂合子缺失(F＞0);Amy-3和Est-1(除了泉州群体的Est-1)位点均表现出杂合子过量(F＜0).研究表明日本囊对虾野生资源杂合性状况较好.     

鱇浪白鱼野生与养殖群体遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR(inter-simple sequence repeat)标记对鱇浪白鱼野生与养殖群体的遗传多样性和遗传结构进行分析.从40条引物中筛选出了13条用于扩增,共检测到97个位点,其中多态性位点72个.鱇浪白鱼野生群体的遗传多样性(PPB=62.89%;H=0.2490;I=0.3636)高于养殖群体的遗传多样性(PPB=58.76%;H=0.2267;I=0.3314).结果表明,鱇浪白鱼总体遗传多样性水平较高.基于Neis遗传多样性分析得出的野生与养殖群体间的遗传分化系数Gst=0.0826,分子变异分析(AMOVA)结果显示Fst=0.0796,2种方法揭示的鱇浪白鱼群体间的遗传分化的趋势基本一致,表明约8%遗传变异存在于群体间,遗传变异大多存在于群体内.UPMGA聚类树中,野生与养殖群体大多各自相聚,再相互混杂,群体间的基因流Nm(5.55)比较高,说明野生群体和养殖群体间有一定程度的遗传分化,但没有达到种群遗传分化的水平,在遗传上有一定的交流空间.     

应用微卫星标记对三个昆明小鼠封闭群的遗传学研究

目的检测和分析我国主要昆明小鼠群体的遗传背景、遗传多样性及其遗传分离情况,为建立标准化昆明小鼠种群及其遗传背景建立和监测提供基础资料。方法应用筛选获得的15个微卫星标记及其荧光标记-半自动基因分型技术,对我国国家啮齿类实验动物种子中心(北京种群)、国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心(上海种群)、国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心与上海第一生化制药厂的融合F1代(融合种群)昆明小鼠种群进行遗传检测和分析,评估各群体的遗传背景、遗传多样性、群体间的遗传关系及进行品系融合后的遗传学变化。结果3个昆明小鼠种群在15个微卫星位点共检测到92个等位基因,每位点2～13个,平均6.13个;平均期望杂合度为0.5721,表明昆明小鼠具有较好的遗传多样性。北京种群、上海种群、融合种群分别检测到61、63、51个等位基因,其在15个微卫星位点的平均期望杂合度分别为0.4923、0.5177、0.4550,表明上海种群的遗传多样性略大于北京种群,融合种群的遗传多样性低于北京和上海种群。从等位基因组成上看,上海种群与融合种群共有基因数最多(43个),表明其较小的遗传差异;而北京种群和上海种群(37个)、北京种群和融合种群(32个)的共有基因数均明显少于上海种群和融合种群间的共有基因,表明北京种群和上海种群及融合种群间较大的遗传差异。群体间遗传变异分析表明,上海种群和融合种群间的遗传分化程度很弱,其Fst值为0.0222,遗传距离为0.0279;北京种群和上海种群遗传分化为中等,其Fst值为0.1433,遗传距离为0.3881;北京种群与融合种群间有较大遗传分化程度,其Fst值为0.1667,遗传距离为0.4162;根据Nei遗传距离进行UPGMA系统聚类表明上海种群和融合种群先聚为一类,再与北京种群聚为一类。结论利用15个微卫星标记,初步确定了3个昆明小鼠群体的遗传背景,从分子水平表明不同生产单位的昆明小鼠种群间具有中等或较大的遗传分化程度,种群融合过程中应采取适当措施避免封闭群遗传基因的丢失从而造成遗传多样性减少,研究结果为建立标准化昆明小鼠种群及其遗传背景建立和监测提供了基础资料。     

大黄鱼线粒体DNA控制区遗传多样性分析

采用PCR-DNA测序技术测定、分析了闽-粤东族、岱衢族大黄鱼群体47个个体的线粒体DNA控制区基因序列.结果表明:所获序列长度为786～799 bp,具32个碱基替换位点和41个插入/缺失位点;控制区碱基组成中T、C、A、G含量分别为31.9%、15.8%、29.3%和23.0%,平均转换颠换比(R)5.5;共有10个单倍型,闽-粤东族8个和岱衢族3个,仅Hap03为共享单倍型;所有个体的平均单倍型多样性(Hd)为0.470,核苷酸多样性(Pi)为0.006 50;2个群体的遗传距离(D)为0.007 13,遗传分化指数(Fst)为0.181 6,基因流(Nm)为1.13.群体遗传分析结果表明,闽-粤东族、岱衢族大黄鱼野生群体遗传变异处于较低水平,闽-粤东族大黄鱼的遗传多样性水平稍高于岱衢族,群体间的遗传分化不明显.     

四水系中华绒螯蟹天然群体遗传特征的微卫星标记分析

利用6对微卫星引物对当前长江、辽河、瓯江3个中华绒螯蟹天然群体以及莱茵河水系F2代群体共计80个个体进行群体遗传学研究.结果表明:4个中华绒螯蟹群体均具有较高的遗传多样性(其总体平均期望杂合度He为0.741 1).各群体在6个微卫星位点上的观察杂合度(Ho)均高于期望杂合度(He),其中长江群体、辽河群体、瓯江群体以及莱茵河F2代群体的平均观察杂合度分别为0.916 7、0.958 4、0.930 6、0.799 5,平均期望杂合度分别为0.749 6、0.741 6、0.758 5、0.714 9.瓯江群体的平均期望杂合度最高(平均He为0.758 5),莱茵河水系F2代群体最低(平均He为0.714 9),各群体间无显著性差异(P>0.05).本研究中各中华绒螯蟹群体在6个微卫星位点上的固定指数Fis多为负值,其中辽河群体的Fis最小(-0.348 5),莱茵河水系F2代群体的Fis最大(-0.166 9),提示本研究中各中华绒螯蟹群体内部存在着较为明显的远缘繁殖现象.本研究中各中华绒螯蟹群体间遗传距离介于0.068 8至0.174 3之间,其中长江群体与辽河群体间的遗传距离最小(0.068 8),瓯江...     

利用微卫星座位研究蓝孔雀的遗传结构

利用7对鸡的微卫星引物对蓝孔雀基因组进行种间扩增,其中4对引物能扩增出特异性条带。4个微卫星座位在蓝孔雀群体内均具有遗传多样性,基因杂合度分别为0．8775、0．7325、0．5000、0．7288,多态信息含量分别为0．8751、0．7239、0．3750、0．7123,有效等位基因数为8．1633、3．7383、2．0000、3．6866。4个微卫星座位在蓝孔雀群体中属于多态性座位,可以作为蓝孔雀群体遗传多样性的标记辅助选择位点。     

基于微卫星标记的中华蜜蜂5个自然群体遗传多样性分析

【目的】分析中国四川阿坝、黄土高原、海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地的中华蜜蜂(Apis cerana cerana)自然群体遗传多样性。【方法】提取样品基因组DNA后进行PCR扩增,并用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。通过计算15对微卫星标记在5个中华蜜蜂自然群体中的等位基因数、多态信息含量、期望杂合度、观测杂合度、遗传距离、遗传相似系数和遗传分化系数,进而评估各中华蜜蜂种群遗传多样性和各种群间遗传分化。【结果】15个微卫星位点共检测到64个等位基因,每个位点的等位基因数平均为4.266 7个,单个位点的等位基因数为2～6个。各群体平均等位基因数为2.6～3.066 7个,平均观测杂合度为0.550 3～0.664 3,平均期望杂合度为0.524 4～0.566 7,平均多态信息量为0.410 3～0.492 7。四川阿坝群体与黄土高原、海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地群体在Acc001,Acc096,Acc131等3个位点上存在明显分化;黄土高原群体与海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地群体在Acc114,Acc121,Acc132等3个位点上表现出一定程度的遗传分化;海南岛群体与浙闽丘陵、滇南地区两地群体在Acc001,Acc002,Acc004,Acc131,Acc132等5个位点上均表现出较强的遗传分化;浙闽丘陵与滇南地区群体间在Acc002,Acc121,Acc131等3个位点上遗传分化极明显。5个中华蜜蜂自然群体之间的遗传距离在0.160 1～0.491 0之间。【结论】5个中华蜜蜂群体遗传多样性丰富,群体间遗传分化明显。     

封闭群比格犬微卫星的筛选及初步应用

摘要:目的 筛选可用于比格犬遗传检测的微卫星位点,并对小型比格犬群体进行了遗传结构分析。 方法 选取来自文献的微卫星位点 120 个,包括比格犬位点 23 个和其他犬类遗传检测的位点 97 个。 用 DNA 池对这些位点进行 PCR 条件优化后,挑选扩增效果优良的位点对常用比格犬群体进行荧光标记 STR 扫描和群体遗传结构分析,依据期望杂合度( He)和香农指数挑选符合要求微卫星位点计算群体遗传参数。 结果 在候选的 120 个位点中共有73 个位点扩增效果优良,STR 扫描后选用 49 个位点进行遗传分析,结果显示该群体有效等位基因数、期望杂合度、平均杂合度、香农指数、多态性信息含量分别为 4. 9230、0. 7574、0. 7375、1. 6625、0. 7038,证明该群体遗传多态信息丰富,群体遗传多样性高。 结论 所选 49 个微卫星位点可用于比格犬遗传检测,这些位点还需用更多群体进行验证和优化。     

基于线粒体Cytb基因探讨我国日本囊对虾4个地理群体的遗传结构及种群分化

利用线粒体细胞色素b基因序列分析了4个不同地理群体(北海群体、陵水群体、惠来群体和厦门群体)的野生日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)的群体遗传结构.以特异引物进行PCR扩增,获得了日本囊对虾530 bp的基因片段序列.序列分析结果表明,在120个日本囊对虾个体中,共检测到75个多态位点,获得62个单倍型,其中有44个简约信息位点,占整段序列的8.3%.各单倍型变异无碱基的插入或缺失,全部为转换或颠换,碱基频率含量(fA+fT)为59.4%,大于(fG+fC)(40.6%).核苷酸多态性以惠来群体最高,其它3个群体较低.群体内遗传距离为0.45%～2.60% ,群体间遗传距离在0.50%～5.30%之间.采用分子方差分析(AMOVA)方法,结果显示,群体间遗传变异占总变异的69.9%,群体内的遗传变异占总变异的31.1%,群体间变异是总变异的主要来源.构建的4个群体分子系统树表明,北海群体、陵水群体和部分惠来群体由于亲缘关系较近而聚在一起,而厦门群体则和部分惠来群体聚成另一支,两支的平均遗传距离为5.17%,分化接近亚种水平,据此认为我国东南近海的日本囊对虾可以分为2个种群,2个种群的分布区域在广东惠来海域附近存在重叠.     

舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用8个微卫星多态标记分析舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体共90个体的遗传多样性。结果显示,8个微卫星位点共检测到等位基因64个,各位点等位基因数(A)范围为5~10个,观测杂合度(Ho)的平均值为0.9111,期望杂合度(He)的平均值为0.8108,多态信息含量(PIC)平均值为0.7800,表明所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性。群体的遗传多样性分析结果显示,3个群体的平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.891 7、0.900 0、0.941 7和0.738 4、0.743 2、0.821 3,Shannon多样性指数分别为1.467 0、1.449 0、1.800 9,表明3个群体的遗传多样性处于较高水平。HardyWeinberg平衡检验发现只有LYC0015和LYC0009位点处于平衡状态(PHW0.05),其余6个位点都不同程度地偏离了平衡。3个群体的聚类分析表明,岱山和朱家尖西岙网箱2个养殖群体亲缘关系较近,而与舟山市水产所耐低温F2代群体亲缘关系较远。     

鳡鱼群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术对长江下游苏州段野生和野生F1代人工养殖的2个鳡鱼(Elopichthys bambusa)群体遗传多样性进行分析研究.6对选择性引物在2个群体47个个体中,共扩增出313个位点,多态位点47个.鳡鱼野生和野生F1代人工养殖2个群体的多态位点比率和Shannon's指数分别为13.42%、8.31%,0.0544、0.032 O;前者遗传多样性较后者略高.基因分化系数Gst 和Shannon's指数分析均显示2个鳡鱼群体之间出现一定遗传分化.鳡鱼UPGMA系统树有分支出现且依据群体分别聚类,表现出一定的遗传趋异.结果分析表明,鲢鱼群体的遗传多样性相对贫乏;野生F1代人工养殖群体尚未形成自己独立的遗传结构,但2个群体间已经产生了一定的遗传分化,经过较多世代的人工繁育有可能形成自己独立而稳定的遗传结构.     

长江中下游湖泊和云南抚仙湖黄颡鱼群体遗传结构研究

采用10个微卫星位点对长江中下游5个湖泊和云南抚仙湖黄颡鱼群体遗传结构进行分析.结果显示,黄颡鱼各群体平均等位基因数为3.5～4.6,平均有效等位基因数为2.240～3.041,平均观测杂合度为0.343～0.499,平均期望杂合度为0.432～0.600,平均多态性信息指数为0.389～0.571.鄱阳湖、滆湖和洪泽湖群体的遗传多样性高于太湖、巢湖和抚仙湖群体.群体间的遗传距离为0.089～0.524,其中,鄱阳湖与巢湖群体的遗传距离最小,鄱阳湖与滆湖群体遗传距离最大,IBD分析结果显示黄颡鱼群体不遵循地理距离模型.AMOVA显示大多数遗传变异存在于群体内(84.51%),群体间的遗传变异为15.49%(Fst＝0.1549),表明黄颡鱼群体存在明显的遗传分化,两两遗传分化指数也证实了这一点.UPGMA聚类和Structure分析结果均显示6个黄颡鱼群体可分为2组,鄱阳湖、巢湖和洪泽湖为一组,滆湖、太湖和抚仙湖群体为另一组.     

四川藏鸡保种群遗传多样性研究

利用6对藏鸡微卫星引物对四川甘孜州乡城县藏鸡保种群进行了遗传多样性研究.结果表明：6个微卫星座位中共检测到31个等位基因,单个座位的等位基因数为2~10个,平均等位基因数为5.16个.各座位PIC值分布范围在0.177~0.700之间,平均PIC值为0.537,6个微卫星位点在藏鸡中存在多态性.各座位的表观杂合度在0.220~0.980之间,期望杂合度H在0.198~0.745之间,等位基因频率的范围为1%~89%.本文研究结果表明藏鸡保种群的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富.