内蒙古荒漠草原土壤微生物DNA提取方法的研究

利用三种提取方法从内蒙古荒漠草原土壤样品中提取了土壤微生物DNA,得到的DNA片段长度在23 kb以上,提取效果较好无降解.采用试剂盒直接纯化、凝胶回收试剂盒纯化、玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化这三种方法对粗提液进行纯化,结果显示:凝胶回收试剂盒纯化后DNA纯度最高,试剂盒直接纯化可得到较纯的DNA,而玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化的效果不佳,不宜进行后续的PCR扩增.以纯化的土壤微生物DNA为模板扩增了细菌16SrDNA,扩增产物分子量为1.5kb左右.通过比较研究提出了一种适合于从荒漠草原土壤中进行微生物DNA提取、纯化及PCR扩增的有效方法.     

质粒DNA纯化及内毒素去除策略研究进展

质粒DNA(plasmid DNA)是最常用的基因工程和基因疫苗载体,近年来在生物医学和环境科学等领域得到了广泛应用。质粒DNA纯化是分子生物学研究中常用的实验技术,纳米磁性粒子等固相载体技术和色谱技术优化了DNA纯化方法。对大肠杆菌质粒DNA常用纯化方法、内毒素去除策略以及自动化纯化设备进行综述,为质粒DNA的应用研究提供支持。     

从土壤中快速提取纯化DNA方法的建立

比较了从土壤中提取及纯化DNA的不同方法,确立了TENS-乙酸铵提取方法和PVPP柱层析的纯化方法.结果显示:TENS-乙酸铵提取方法对不同土壤均有较好的提取效果,DNA片段长度在23.1 kb以上,且无明显降解;PVPP柱层析的纯化方法比胶回收纯化方法的DNA回收效率高、质量好,可用于PCR扩增.     

红树林土壤环境DNA提取和纯化方法比较

探讨适合红树林土壤环境DNA的提取及纯化方法,筛选出可以提取到高质量且物种覆盖度广的环境DNA的方法。本研究通过多种方法提取和纯化红树林土壤环境DNA,并进行物种覆盖度(细菌、真菌、底栖无脊椎动物、植物、线虫)的比较评估。用6种方法提取红树林潮间带林下土壤环境DNA,并使用2种方法对DNA进行纯化;用不同物种类群的通用引物进行PCR扩增,评估各种方法提取和纯化的环境DNA的物种覆盖度。结果显示,不同方法提取DNA的效率有一定的差异,但2种方法纯化前后DNA的质量并没有显著差异;5种试剂盒方法提取的DNA均可以有效扩增出细菌和无脊椎动物的DNA;DNeasy PowerSoil试剂盒提取的DNA扩增植物引物结果最佳;来自不同区域红树林土壤的DNA在扩增真菌对应引物时差异较大;2种试剂盒直接提取的DNA可以有效扩增出线虫的DNA。本研究为今后基于环境DNA技术研究红树林生物多样性工作的顺利开展提供科学依据,奠定了一定的基础。     

环境DNA的提取和纯化方法的研究

比较了从土壤中提取DNA的二三种方法，结果发现TENS法对不同土壤都有较好的提取效果，提取的DNA片段长度均在23kbp以上，并且无明显的降解现象，提取效果明显好于SDS高盐提取法和裂解酶法．在DNA纯化过程中，分别比较了试剂盒法、透析袋法和琼脂糖酶法等纯化方法，发现使用琼脂糖酶法纯化粗提的DNA时回收率最高，获得的DNA的质量也很高，纯化DNA可用于酶切等分子生物学操作．     

毛竹DNA的纯化和检定

<正> 要从事DNA分子的转化、重组及表达等方面的研究,首先须获得一定纯度和天然态的DNA分子,而且要求纯化DNA的方法简易有效。 六十年代Marmur等人介绍了一个制备具有转化活性的DNA方法,但步骤多,操作烦。1969年Bernardi报道了用羟基磷灰石柱层析方法分离纯化了小牛胸腺DNA,获得了天然态的DNA分子。 本试验用高氯酸钠法从毛竹笋中制得DNA粗制品,通过羟基磷灰石(HA)柱层析分离、纯化,获得了纯净的双链DNA。是一种简易而有效的纯化DNA的方法。 材料和方法 1.毛竹(Phyllostachys pubescens)取25厘米高的竹笋,去箨,切成小块,用SSC洗涤两次,贮存在冰箱的冰隔层内,预冷24小时。 2.羟基磷灰石 按照上海生物化学研究所代谢调节控制组(1976)所述方法自行合成。     

聚乙二醇6000沉淀法提纯线粒体DNA

本文介绍一种纯化线粒体 DNA的新方法。提取线粒体总核酸后,采用 NaCl盐析法,将线粒体大分子RNA与线粒体DNA分开,得到线粒体DNA 粗制品。再用聚乙二醇6000沉淀法进行纯化,从而得到纯的线粒体DNA。 此方法与 Sepharose 4B柱层析及氯化铯—溴化乙锭密度梯度超速离心纯化线粒体DNA的方法比较,具有经济、简便的特点,同时还可分别得到大分子线粒体RNA及小分子线粒体RNA。用此法制备的线粒体DNA易于酶切。     

一种直接用于PCR分析的风沙土微生物总DNA提取方法

以风沙土为材料,直接提取土壤微生物DNA.采用SDS—溶菌酶—CTAB—蛋白酶K和液氮反复冻融法裂解细胞得到DNA粗提液,以PEG对其纯化.结果表明,SDS—溶菌酶—CTAB—蛋白酶K和液氮反复冻融法裂解细胞可获得大片段的DNA,提高DNA产率.每克干土的DNA提取量为0.586～1.311μg.所提DNA片段在23Kb以上.PEG可有助于去除DNA中腐植酸,DNA不作回收纯化即可作为模板进行16SrDNAPCR扩增.SDS—溶菌酶—CTAB—蛋白酶K和液氮反复冻融裂解细胞、PEG纯化DNA的方法组合是一种简便的适合风沙土微生物总DNA的提取方法.     

红壤中微生物总DNA的分离与纯化

采用2种不同的土壤DNA直接提取方法,提取了4种不同类型红壤的微生物总DNA,并对提取的DNA用Sephadex G-200离心层析法进行了纯化。结果表明:2种方法都可以从红壤中提取到分子量大于10kb的DNA的片段,不同提取方法获得的DNA的产量存在较大差异。方法二用冻融进行预处理再结合SDS和溶菌酶的化学裂解方法,是效果较好的DNA抽提方法。其提取DNA产量高,重复性好,适合于土壤少量样品的DNA提取。Sephadex G-200离心层析法能较好地去除土壤中的有机物杂质,DNA溶液由原来的黄褐色变得澄清透明,且不会使提取的DNA断裂或损失,是一种较好的土壤微生物总DNA纯化方法。     

Pfu DNA聚合酶在大肠杆菌Rosetta(DE3)中的表达及快速纯化

来源于Pyrococcus furiosus COM1菌的Pfu DNA聚合酶具有保真性高、延伸速度快、热稳定性强等特点,能够提高PCR反应过程中的扩增效率,减少错误碱基掺入率.以大肠杆菌Rosetta(DE3)为重组细胞,利用一种快速表达纯化方法,让Pfu DNA聚合酶的表达纯化过程变得更加简便,并维持其高活性.结果表明,Pfu DNA聚合酶在大肠杆菌Rosetta(DE3)中能够进行大量表达,同时60℃高温水浴能有效去除杂蛋白,简化纯化步骤及提高Pfu DNA聚合酶纯度.经过一系列纯化步骤处理后,Pfu DNA聚合酶仍然能够保持较好的酶活,且在100μL PCR反应体系中,加入4μL的1 mg/mL Pfu DNA聚合酶液效果最佳.     

海洋底泥环境DNA提取与纯化方法比较研究

为了探索有效的海洋底泥宏基因组DNA提取与纯化方法,分别采用CTAB结合SDS法、CTAB结合玻璃珠法、SDS结合蛋白酶K法和SoilMasterTM试剂盒法提取海洋底泥宏基因组DNA,用柱式腐殖酸清除试剂盒法与电洗脱法纯化宏基因组DNA,并对宏基因组DNA的产量与纯度进行评价.结果表明:SDS结合蛋白酶K法提取率最高,DNA片段完整;SoilMasterTM试剂盒法与CTAB结合SDS法次之;CTAB结合玻璃珠法有严重降解;电洗脱法可以得到高纯度、大于42kb宏基因组DNA片段.因此,SDS结合蛋白酶K法和电洗脱法提取纯化海洋近海底泥宏基因组DNA优于其他方法.     

体外培养瘤胃微生物总DNA的提取与纯化

主要目的是寻找一种能最大限度获取所有类型的瘤胃微生物大片段DNA的提取方法,为后期分子生物学技术研究瘤胃微生物奠定基础。采用液氮冻融+溶菌酶+CTAB和SDS相结合的方法处理瘤胃样品并充分破壁,再采用酚/氯仿/异戊醇抽提、异丙醇沉淀获得DNA粗提物,经过试剂盒纯化后得到瘤胃微生物DNA样品。经特异性引物PCR检测,本方法所提取的DNA包含细菌、古细菌、真菌及原虫四类微生物信息。因此,采用该方法提取的DNA可用于后期实时定量PCR或DGGE等研究。     

聚乙二醇修饰多壁碳纳米管对质粒DNA的影响

利用体外评价方法(plasmid DNAassay)和原子力显微镜(atomic force microscopy,AFM)直接观测相结合,研究原始多壁碳纳米管(multi-walled carbon nanotubes,MWNTs)、纯化后的MWNTs以及聚乙二醇(polyethylene glycol,PEG)修饰的MWNTs与DNA的相互作用.结果表明:原始MWNTs对质粒的损伤较为严重;纯化后的MWNTs对质粒的损伤有所减弱;而经PEG修饰的MWNTs对质粒的损伤非常小,表现出良好的生物相容性.     

不对称水溶性菁染料的简便制备与纯化方法

以对肼基苯磺酸为起始原料，经6步反应合成了2个可用于DNA荧光标记的不对称水溶性菁染料，采用三元展开剂体系，用制备薄层色谱方法分离提纯各中间体和产物，得到了与文献报道制备液相色谱方法相当的收率。     

黑麂粪便DNA的简易提取方法

收集九龙山自然保护区野外自然条件下的黑麂粪便样品,用无水乙醇保存于-70℃冰箱,经十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）裂解液温浴粪便、酚／氯仿抽提及聚合酶链反应（PCR）纯化试剂盒纯化等步骤提取黑麂粪便DNA,并扩增线粒体DNA细胞色素b基因和2个微卫星位点进行检测;同时提取黑麂肌肉和皮毛样品的DNA作为对照．结果显示,该方法可以从粪便中提取到高质量的黑麂DNA,并可进行有效扩增,为黑麂及其他濒危鹿科动物的非损伤取样提供了一种简易方法．     

耐热性重组Taq DNA酶的制备及鉴定

利用含Taq DNA聚合酶基因的pTaq表达质粒转化大肠杆菌E.coli菌株,用异丙基硫代-β-D-乳糖苷(IPTG)诱导10～12h表达耐热Taq DNA聚合酶;然后溶菌酶、NP40裂解细菌;硫酸铵沉淀、4℃下透析;SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)、考马斯亮蓝法和PCR分析其纯度、浓度和活性。结果表明分离纯化制备的耐热性Taq DNA聚合酶,其纯度、浓度和活性均可与同类产品相比,比活性达20000U/mg,能有效扩增出DNA片段。     

Silica-Based Solid Phase Extraction of DNA on a Microchip

Micro total analysis systems for chemical and biological analysis have attracted much attention. However, microchips for sample preparation and especially DNA purification are still underdeveloped. This work describes a solid phase extraction chip for purifying DNA from biological samples based on the adsorption of DNA on bare silica beads prepacked in a microchannel. The chip was fabricated with polydimethylsiloxane. The silica beads were packed in the channel on the chip with a tapered microchannel to form the packed bed. Fluorescence detection was used to evaluate the DNA adsorbing efficiency of the solid phase. The polymerase chain reaction was used to evaluate the quality of the purified DNA for further use. The extraction efficiency for the DNA extraction chip is approximately 50% with a 150-nL extraction volume, Successful amplification of DNA extracted from human whole blood indicates that this method is compatible with the polymerase chain reaction.