按大肠杆菌高表达序列设计的入干扰素α—2b基因的化学合成和克隆

根据大肠杆菌高表达序列重新设计了人干扰素α—2b基因编码区的核苷酸序列，应用化学合成的方法合成了多个互补DNA片段，经互补片段分别退火和连接后，将完整编码区分两段分别克隆于pUC19质粒中，进行DNA序列分析，分别选取序列完全正确的两种克隆片段进行重组，获得了与设计序列完全一致的含有完整编码区的人干扰素α—2b基因。     

牛ANGPTL1基因的电子克隆与序列分析

以牛的ANGPTL1基因为研究对象,利用生物信息学方法,对牛的ANGPTL1基因进行了电子克隆和序列分析,并对推导出的ANGPTL1蛋白结构与性质进行了初步分析。结果表明,牛的ANGPTL1基因序列长为2576bp,该基因的编码序列长为1476bp,编码492个氨基酸,编码序列的两翼有135bp的5’非编码区和785bp的3’非编码区。DNA序列的G＋C百分含量为44．31％,A＋T百分含量为55．69％。该基因的核苷酸序列与人、黑猩猩、鼠和狗ANGPTL1基因的cDNA序列的相似性分别为91％、90％、82％和93％。在氨基酸序列上与人、黑猩猩、鼠和狗的相似性分别为95％、95％、92％和95％。用氨基酸序列构建的进化树显示,在人、牛、黑猩猩、狗、褐鼠、原鸡几种动物中,牛与狗的亲缘关系最近。     

虎纹蛙病毒的ATP酶基因克隆和序列分析

利用对应于蛙病毒—3型(FV3）ATP酶基因(ATPase)的162—178nt和1186—1174ntt碱基序列作为引物，采用PCR方法扩增得到虎纹蛙病毒(RTV)的ATP酶基因，并对该基因进行克隆、测序和分析。基因读码框大小为945hp，预计可编码一相对分子质量为35500的蛋白质。氨基酸序列比较结果，RTV的ATPase基因与虹彩病毒科蛙病毒属的代表种FV3的一致性最高，为87．9％，与该科其它脊椎动物病毒的一致性在50％-52％之间。ATP酶蛋白质结构域分析可知该基因编码的ATP酶含有Walker型ATP酶AAA族蛋白质的全部结构域，其中既具有Walker型ATP酶所具有的Walker a和Walker b保守区，还含有AAA族蛋白质基因所具有的SRH高度保守区，因此，该基因是一完整的活性蛋白编码基因。     

猪AIBP基因的克隆与组织表达谱研究

扩增了猪AIBP基因CDS和3′端,测序得到全长935bp的cDNA序列,NCBI登录号为DQ826508。猪AIBP基因编码288个氨基酸,与牛、人、鼠的AIBP氨基酸序列的相似性分别为94%、90%和87%,含有1个YjeF-N保守结构域,有信号肽序列。组织表达分析表明猪AIBP在背最长肌、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、卵巢、子宫、睾丸、胚胎和脂肪等组织均有表达。     

耐热碱性磷酸酯酶基因的DNA序列分析

从栖热菌中克隆到产耐热碱性磷酸酯酶（FD－TAP）基因并进行了DNA序列分析,结果表明此2．0kb的片段含有一个1056bp的开放阅读框,编码501个氨基酸的蛋白质,其N端有一26个氨基酸的信号肽．在起始密码子的上游5bp处有一个5＇－GGAGGT－3＇的SD序列．基因编码区的（G＋C）％为68．7％,第3位密码子（G＋C）％为92．7％．FD－TAP的氨基酸序列与大肠杆菌等生物的碱性磷酸酯酶氨基酸序列比较,相同性为27％,相似性为38％．中央β－折叠区及与活性中心相关的氨基酸残基高度保守．表明FD－TAP具有与大肠杆菌碱性磷酸酯酶相似的结构和作用机制．在相当于大肠杆菌碱性磷酸酯酶的His370至His412两个金属离子结合部位之间,FD－TAP有一72个氨基酸的插入片段,提示该插入片段与FD－TAP的高耐热性相关．     

家猪信号转导及转录激活因子基因3、5a及5b的克隆、剪切变体鉴定及组织表达图谱分析

本研究以家猪为材料,克隆了家猪STAT3、STAT5a、STAT5b基因的cDNA全长,序列分析显示:家猪STAT3基因cDNA编码770个氨基酸的蛋白,与人、牛、大鼠、小鼠STAT3氨基酸序列一致性高达99%;STAT5a基因cDNA编码799个氨基酸的蛋白,与人、牛、大鼠、小鼠氨基酸序列一致性分别为分别为96%,97%,95%,和95%;STAT5b基因cDNA编码787个氨基酸的蛋白,与人、牛、大鼠、小鼠氨基酸序列一致性高达98%.同时,还鉴定到STAT3的一种新剪接变体以及STAT5a的三种剪接变体.采用RT-PCR方法,我们进一步检测了这些基因mRNA在成年家猪各组织中的表达情况.STAT3在除了心脏和肌肉以外的其他被检测组织中均有较高的表达水平;STAT5a在肝脏、肾脏、脾脏、肺和卵巢中有较高的表达水平;STAT5b在所有被检测的组织中均有表达.     

苜蓿花叶病毒复制酶基因的克隆、序列分析及其植物表达载体的构建

以侵染苜蓿的苜蓿花叶病毒中国分离株(Alfalfa mosaic virus Chinese isolate，A1MV—Ch)RNA2为模板，利用人工合成的特异性引物，进行反转录及PCR扩增，分两段分别扩增了复制酶基因的5′端1．32kb和3′端及其非编码区的1．23kb cDNA序列．用限制性内切酶切割PCR产物后，与pUCl9重组，转化大肠杆菌DH5α，筛选重组质粒，用限制性内切酶分析及PCR鉴定，得到分别含有5′端序列和3′端序列的重组质粒。已由上述两种重组质粒构建了含有完整复制酶基因的重组质粒．进行了全序列测定，并与国外报道的A1MV-425株系的相应序列相比较，其复制酶基因编码区核苷酸序列同源性达97．8％，推测的氨基酸序列的同源性达97．6％，3′端非编码区核苷酸序列同源性为98．2％．并将全长复制酶基因与植物表达载体pROKⅡ重组，得植物转化载体pAlMV—FL．     

猪肝脏和肌肉肉碱脂酰转移酶I基因片段克隆及序列分析

分别从金皮F2代猪的肝脏、第十肋背最长肌中提取总RNA,并根据报道的猪L—CPT I cDNA和M—CPT I cDNA序列分别设计引物1和引物2,用反转录一聚合酶链式反应（RT—PCR）进行cDNA扩增,获得两条长度分别为733bp和510bp的片段,克隆于pUCm-TVector后进行序列分析。结果表明,长度为733bp的片段为L—CPTI基因cDNA的部分序列,编码243个氨基酸,而长度为510bp的片段则为M—CPTI基因cDNA的部分序列,编码169个氨基酸。得到的两条基因片段与报道的猪L—CPT IcDNA和M—CPT IcDNA部分序列同源性分别为99.59％和99．61％。     

盐生杜氏藻Ugd基因的cDNA克隆及序列分析

作者对不同物种Ugd基因的同源序列进行相似性分析后设计一对兼并引物，利用RTPCR技术获得一条200bp左右的片段，测序分析显示其同芋头(Colocasia esculenta)的Ugd基因的编码区有71．7％的相似性．然后再以此片段为模板设计引物，通过RACE技术获得盐生杜氏藻Ugd基因的全长序列．经克隆测序作blastx分析发现其同芋头(Colocasia esculenta)、大豆(Soybean)、水稻(Oryza sativa)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)的Ugd基因有78％到81％的同源性．     

黑曲霉(Aspergillus niger)三磷酸甘油醛脱氢酶基因(GPD)的序列测定与同源性分析

ｐＡＮＧＰＤ是用构巢曲霉ＧＰＤ基因片段为探针,从黑曲霉基因组文库中筛选到的一个三磷酸甘油醛脱氢酶基因（ＧＰＤ）阳性克隆．作者对该阳性克隆进行了亚克隆和序列测定,结果表明,基因片段总长２４４１个核苷酸（ｎ．ｔ）,其中５’－端非编码区长９８１ｎ．ｔ,编码区（从起始密码子ＡＴＧ到终止密码子ＴＡＧ）长１４４６ｎ．ｔ,３’－端非编码区长２４ｎ．ｔ,基因启动子区含有ｇｐｄ－盒和ＣＴ－盒序列,但无明显的ＣＡＡＴ盒和ＴＡＴＡ盒序列．ＧＰＤ基因由７个外显子和７个内含子构成,外显子全长１００８ｎ．ｔ,编码的蛋白质长３３６个氨基酸残基．通过序列比较分析,发现该基因与构巢曲霉的ＧＰＤ基因有许多相似之处;它们的基因启动子序列都含有ｇｐｄ－盒和ＣＴ－盒,其同源性分别为９６％和６５％;推测的两个ＧＰＤ蛋白的氨基酸同源性高达９０％;两个基因所含内含子数目及位置相同．     

Sources of cumulus expansion enabling factor (CEEF) in porcine follicles

It was shown that expansion of porcine cumulus did not depend on oocyte-secreted factor(s), and it is therefore presumed that porcine CEEF may not be produced exclusively by the oocyte. In this experiment, we used mouse oocytectomized complexes (OOX), which were incapable of CEEF production, to assess the secretion of CEEF by evacuated zona, oocytes of different quality and somatic cells in the porcine follicles. The results showed that: (ⅰ) Evacuated zonae from both porcine and mouse oocytes did not produce CEEF. (ⅱ) Porcine oocytes of A, B and C types from 3—6 mm follicles were not significantly different in both production and activity of CEEF. (ⅲ) Both porcine OOX from 3—6 mm follicles and granulose cells from < 1 mm follicles secreted CEEF in a large quantity, independent of gonadotropins; mural granulose cells from 3—6 mm follicles, however, produced neglectable amount of CEEF. (ⅳ) The follicular fluid from 3—6 mm porcine follicles contained CEEF activity that was concentration-dependent, and thus it enabled cumulus expansion in 60% mouse OOX when used at 10% of concentration, but the expansion rate of mouse OOX decreased to 9% when the concentration was increased to 50%. (ⅴ) Mouse OOX cultured in porcine CEEF-containing M199 expanded only in the presence of gonadotropins, suggesting that the activity of porcine CEEF is hormone-dependent.     

负载纳米铁颗粒的碳纳米球的制备及磁性能研究

采用喷雾催化热解法制备出负载纳米铁颗粒的碳纳米球,研究了氢气流量对其微观结构、晶体结构和磁性能的影响。当氢气流量为3.0L/min时,所制备的碳纳米球具有洋葱状结构,外表面不光滑,其石墨层间距为0.342nm,球体中散布着直径为几个纳米到30nm的纳米铁颗粒;当氢气流量提高到5.4L/min后,所制备的碳纳米球具有光滑的表面,其石墨层间距增大到0.360nm;随着氢气流量的增大,碳纳米球的矫顽力逐渐增大,饱和磁场强度和剩余磁场强度则逐渐降低。     

基于风险最小化的多粒度三支决策模型

为减小传统的二支决策中直接接受或拒绝决策带来的决策风险,分析问题决策的多粒度空间,研究了基于风险最小化的多粒度三支决策模型.在三支决策风险代价分析基础上,为寻求最优的粒度空间,结合不同属性特征在粒度空间中具有不同决策权重的特点,以粒化重要度和粒化决策权重为启发式信息,从多个不同的粒度层次出发,寻求风险最小的决策行动.最后针对不承诺选项中一些急需决策的现实问题,给出了基于风险控制的二支决策转化方法,并进行了具体的实例应用.     

猪色素上皮衍生因子的电子克隆及序列分析

用鼠的色素上皮衍生因子cDNA序列在猪的ESTs库进行BLASTn搜索,得到一系列不同大小的ESTs片段,经拼接得到完整cDNA序列.序列分析显示该cDNA长1 425 bp,有一个1 242 bp的开放阅读框,编码413个氨基酸,5’非编码区长53 bp,3’非编码区长130 bp,有一个加尾序列和多聚腺苷酸尾巴.其核苷酸序列与牛、人和鼠的同源性分别为89%、87%和82%,氨基酸的同源性分别为89%、87%和84%,且有保守的糖基化位点、半胱氨酸位点和serp in基序,说明所克隆的cDNA序列为猪的PEDF全长cDNA.     

Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution

The laboratory rat (Rattus norvegicus) is an indispensable tool in experimental medicine and drug development, having made inestimable contributions to human health. We report here the genome sequence of the Brown Norway (BN) rat strain. The sequence represents a high-quality 'draft' covering over 90% of the genome. The BN rat sequence is the third complete mammalian genome to be deciphered, and three-way comparisons with the human and mouse genomes resolve details of mammalian evolution. This first comprehensive analysis includes genes and proteins and their relation to human disease, repeated sequences, comparative genome-wide studies of mammalian orthologous chromosomal regions and rearrangement breakpoints, reconstruction of ancestral karyotypes and the events leading to existing species, rates of variation, and lineage-specific and lineage-independent evolutionary events such as expansion of gene families, orthology relations and protein evolution.     

单采猪血浆的质量研究

研究单采猪血浆的质量情况,为建立猪血浆的质量标准提供参考依据。参照中国药典、欧洲药典及猪源性生物制品相关要求检测血浆的外观、pH、渗透压、总蛋白含量、枸橼酸盐含量、钠钾钙离子含量、是否无菌以及对猪细小病毒进行PCR检测方法的建立与应用。结果显示单采血浆外观正常,渗透压、总蛋白含量、枸橼酸盐含量、钾离子、钙离子、钠离子分别为315±34 mOsnlol/kg、53.7±3.2 g/L、15.98±4.88 mmol/L、3.00±0.45 mmol/L、2.35±0.38 mmol/L、151.3±22.4 mmol/L,检测结果均符合人血浆制品或者人血浆标准,但pH 7.81±0.21,其与人血浆规定含量稍有差异。单采血浆样品中只有1个样品检出细菌阳性。建立了猪细小病毒特异敏感的PCR检测方法,检测结果显示单采猪血浆猪细小病毒阳性率为0。实验为单采猪血浆质量基本符合现有人血浆或血浆制品质量标准。     

双向标量—兼评电磁学关于含有双向标量问题的分析

本文介绍双向标量及其参考方向的概念，阐述了参考方向在分析含有双向标量问题进所起的作用，接着指出，引入两个概念有三个好处：第一，物理量的分类更加合理，标量和双向标量这两个物理概念更加清晰，参考方向和实际方向这两个语更加明确；第二，双向标量关系式的意义更加完整；第三，分析含有双向标量问题的方法更加规范，而且增强了分析过程的科学性和分析结果的普遍性。最后，对用“传统”方法分析含有双向标量问题时出现的缺点作了评述。     

牛肺表面活性物质的化学成份分析

对从成年牛肺中提取的肺表面活性物质的化学成份进行分析.结果表明:磷脂含量达73.16%,蛋白质占2.69%.磷脂成份中卵磷脂占50.68%,磷脂酰乙醇胺、磷脂酰甘油、鞘磷脂和磷脂酰肌醇分别占12.36%、12.23%、11.78%和9.19%.尚有少量磷脂酰丝酸氨和磷脂酸.这些结果均与人羊水、小牛肺、猪肺表面活性物质基本相似.     

基于连接位MinwiseHash的三者相似性估计算法

计算相似性是信息检索的一个核心基础问题,二者、三者甚至更多集合的相似性估计在相似文档检测、词语相关性、聚类、数据清理等领域有着广泛的应用.连接位Minwise Hash算法作为一种高效、准确的相似性估计算法,能够成倍地减少比对的次数,提升算法性能.通过理论推导,给出基于连接位Minwise Hash的三者相似度无偏估计公式.实验结果显示,在样本大小k=500、相似度阈值R0=0.8时,算法的准确率和召回率均能达到95%以上,并且所需的CPU运行时间仅为b位Minwise Hash三者估计算法的50%.