遗传密友表与《易经》

首幅大型人类基因图谱的发表给出了１．６万个基因染色体所在的位置,它说明人的一生的确定性和它们的遗传性程序,是由４个碱基中任取３个,构成６４个密码子的基因所控制的《易经》（周易）,它也有一个由６４个符号组成的系统。     

用AUG的三联数字推导氨基酸的遗传密码

遗传密码是三个碱基组成不重叠的三联密码子,并且一个三联密码子决定一种氨基酸。现已知道组成蛋白质的氨基酸只有20种,而由四种碱基组成的三联密码子有64种之多。本文用起始密码子AUG的三联数字来推导20种氨基酸一一对应的遗传密码。     

遗传密码的对称性和氨基酸的疏水性

根据四种核苷酸的对偶性(阴阳)假设,给出类似于64卦的遗传密码图示,利用这种表示导出了氨基酸的亲水-疏水分类、亲水-疏水畴和反义密码子的相反疏水性.     

用三联数字探讨64种遗传密码的进化规律

本文通过三联数字论证得出GCU是遗传密码进化的第一个密码子,并阐明了64种遗传密码为什么只编码20种氨基酸.还论述了64种遗传密码的进化规律,最后创建了DNA、蛋白质的数字模型.     

模糊极值与遗传密码的亲水—疏水性和突变危险性

提出了两遗传密切之间距离的一个定义，以该定义为基础构造了密切字典的突变危险度函数；应用模糊极值方法求出了使突变危险度极小的标准密码表的疏水－亲水畴分布；证实由局域极小化的简并多重态构成的标准密码字典和大部分线粒体密码字典的突变危险度是近似极小的，若以密切字典系统平均突变危险度和最大突变危险度为标度，现有的各种与极小值的接近程度在90％左右；计算结果还支持这样的假设：密码的进化是遵循整体突变危险性极小的，标准密码表可能是由类似于线料 密码的古典密码表进行化来的，而碱基的化学修饰有助于降低突变危险性。     

一种新的分子标记--单核苷酸多态(SNP)

单核苷酸多态(SNP)为同一物种不同个体间染色体上遗传密码单个碱基的变化，是继限制性片段长度多态性(RFLP)、微卫星标记(SSR)之后的又一种新的分子标记，通常呈双等位基因多态。在此从SNP的特点、SNP的搜寻、SNP的确认与检测、SNP数据库、SNP作图、SNP的研究前景等方面对其研究进展进行综述。     

遗传密码的信息内涵及其与氨基酸的对应联系

为了探讨遗传密码的起源,本文系统考察了四种核苷酸和各类密码子的编码信息、密码子与氨基酸的对应分类关系,发现：①四种核苷酸的编码能力依交为A＞U＞G＞C;②嘌呤型（PP）、啶型（MM）与嘌嘧混合型（PM）密码子的编码能力表现为PP＞MM＞PM;③氨基酸与碱基型密码子的对应分类关系较为确定,其中PP有酸性、碱性及酰氨型氨基酸,M骨芳香族、杂环族氨基酸;PM有脂肪族氨基酸编码的偏爱性,认为遗传密码与氨基酸对应联系的起源不是随机发生的。     

关于一个组合问题

设 A 是一个由 q 个元素组成的系统,它的每个元素均有两种状态,分别称为状态1和状态2,并且同一元素的两种状态之间可以互相转化。对正整数 a,我们用(a,q-a)表示系统 A 中有 a 个元素处于状态1,q-a 个元素处于状态2的一种状态。称系统 A 的一个改变它的 m 个(≤q)元素状态的变化为系统 A 的一次 m 一状态转换。本文我们研究并给出了系统 A 可以通过有限次 m-状态转换从状态(a,q-a)转变到另一状态(b,q-b)的一个完整刻划,同时给出适当的例子以说明我们的结果的某些应用。     

生命的旋律——“DNA音乐”

细胞是生命的基本单位。任何生物的细胞核中,都含有一套由遗传物质去氧核糖核酸(DNA)组成的染色体。分子生物学家已经探明,染色体是由两条 DNA 长链缠绕而成的双螺旋结构。DNA 含有4种类型的碱基,即腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C)。每条 DNA 长链上的腺嘌呤和胸嘧啶配对互补,而鸟嘌呤则和胞嘧啶配对互补。互补的碱基间以氢键联结,成为两条 DNA 长链间的纽带。DNA 上的碱基排列,就是生命世界最奥妙的“遗传密码”。每3个碱基决定一种氨基酸。一段去氧核糖核酸链,能够决定一组氨基酸排列顺序。按这个顺序合成的氨基酸长链,就是支配生物某一性状表现的一种蛋白质分子。所以遗传决定性状,说到底就是碱基排列顺序     

带串行口通信汉字点阵屏的研究与实现

文章介绍一种基于Intel8051单片机及其外围扩展系统组成的一个16×64LED汉字点阵屏系统.系统采用VB编写上位机程序,对字模进行提取、编码及转化,由PC机通过串行口发送子程序将点阵代码发送到下位机的EEPROM(62256)中,单片机通过驱动电路将汉字信息在点阵屏上显示出来.     

修饰合成冬鲽抗冻肽基因的设计和克隆

动物界和植物界密码子使用频率不同,冬Ｄｉｅ抗冻肽中丙氨酸占６０％而且偏爱ＧＣＣ,３８个Ａｌａ密友子中２３个为ＧＣＣ。我们设计合成抗冻肽基因时采用了植物基因常用密码子,用甘薯信号肽序列取了抗冻肽的ｐｒｅ序列,省略了Ｐｒｏ序列,并 信号肽下游二、四、八拷贝正向串联的成太的修饰基因,经测序证实与设计完成一致。利用ＱＩＡ表达系统,在大肠杆菌中实现了ＤＨＦＲ－成熟抗冻肽单体和二体的融合表达。     

41条牦牛CDS序列的密码子偏好性分析

密码子简并性特征造成了不同物种密码子使用偏好性不同．在对牦牛功能基因组学研究的基础上，利用EMBOSS中的CUSP程序、SMS2中的Codon Usage程序和软件CodonW对牦牛功能基因的41条CDS序列进行了密码子偏好性的分析，并与人、普通牛、猪等物种进行了比较基因组学研究．结果显示：TTC、TTG、CTC、CTG、ATT、GGA、GGG等27个密码子为牦牛的偏好性密码子．研究结果为以后进一步开展牦牛新基因的发现、功能基因表达调控研究，蛋白质结构和功能的预测以、与其他牛种的比较基因组学研究以及牦牛分子标记育种等工作，提供了理论基础．     

高频密码子分析法及其在烟草密码子分析中的应用

利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率（RFSC），并根据RFSC值筛选出高频密码子，将高频密码子分析法筛选出的酵母Y.lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较，证实高频密码子分析法的可靠性。应用高频密码子分析法分析烟草的256个cDNA全序列，计算出同义密码子的相对使用频率，初步确定烟草的高频密码子， 为外源基因在烟草中的表达提供参考。     

Expressed sequence tags analysis revealing the taxonomic position and fatty acid biosynthesis in an oleaginous green microalga, Myrmecia incisa Reisigl (Trebouxiophyceae, Chlorophyta)

cDNA library of Myrmecia incisa H4301 was constructed using λ phage vectors.The library consisted of 1.5×10 6 clones with a recombination rate of 90%,and 1942 clones were randomly sequenced.All 1854 readable expressed sequence tags(ESTs) were clustered into 596 non-redundant sequences(NRSs),among which 126 NRSs were from 1384 ESTs,showing a high redundancy.Among the 596 NRSs,30 were ribosomal RNA,and 152 significantly matched with those available in NCBI database and JGI Genome Portal,the latter were divided into nine subcategories.Overall,59 NRSs were involved in photosynthesis,the respiratory electron transport chain,ATP synthesis,oxidation reduction,fatty acid biosynthesis,glucose metabolism,protein metabolism,and small molecular metabolism,suggesting that these genes were abundantly transcribed during energy and substance metabolism.Acyl-carrier protein,ferrodoxin and fatty acid elongase genes obtained from this cDNA library enabled presumption of a possible biosynthesis pathway of ArA in M.incisa.Codon usage analysis of 142 NRSs with 17798 codons in the predicted coding regions showed that the average G+C content level of the total codons was 55.39%,and that of the third position in base trimers was 66.42%,indicating a strong bias toward cytosine and/or guanosine in this algal genome.Among all synonymous codons,NAG was most favored,while NUA was most avoided.Phylogenic trees inferred from ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit genes and the extra partial sequences of 18S rRNA obtained from this library demonstrated that M.incisa belonged to Trebouxiophyceae and was significantly clustered with M.incisa SAG 2007,Lobosphaera tirolensis,M.bisecta,and Parietochloris incisa,but was clearly distant from P.pseudoalveolaris and P.alveolar.Transmission electron microscopy revealed pyrenoids traversed by many parallel thylakoids membranes,while starch grains were only clearly observed when cells were grown under nitrogen stress.Based on combined investigation of the phylogeny and morphological characteristics,it is proposed that M.incisa be kept in the genus Myrmecia in which there might be two parallel groups,one living freely and another symbiotic species.     

3个茶树品种WOX基因家族的进化及密码子偏好性比较

【目的】WOX基因家族在模式植物组织培养中扮演着重要的分子调控角色。非模式植物WOX基因家族的系统发育和密码子使用偏好性研究有助于探索遗传进化规律和基因表达特征,进而为其转基因体系构建提供指导。【方法】利用生物信息学方法在3个茶树品种全基因组数据中鉴定WOX基因;通过ClustalX 2.1和MEGA X软件探索它们的进化规律。运用Perl语言、Codon W 1.4.2程序和SPSS 23.0等软件分析3个茶树品种WOX基因编码序列,探究它们的密码子使用偏好模式;基于ENc-GC_3s、PR2分析和中性分析结果解析影响密码子偏好的主要因素。【结果】共鉴定出42个WOX成员,其中‘云抗10号’(CSA)11个,‘舒茶早’(CSS)18个,‘云南野生古茶DASZ’(DASZ)13个,系统发育揭示3个茶树品种WOX基因在进化上存在较强的保守性。密码子偏好性分析揭示,3个茶树品种WOX基因密码子都偏好使用A/T和以A/T结尾;CSA和DASZ的WOX基因密码子使用模式相似,表明两者亲缘关系较近;以CSA和CSS作为转基因受体时,3个茶树品种WOX基因中个别密码子需优化;烟草是3个茶树品种WOX基因的最佳异源表达受体;ENc-GC_3s绘图、PR2分析和中性分析表明自然选择是影响3个茶树品种WOX基因密码子使用偏倚的主要因素。【结论】3个茶树品种WOX基因进化上较保守,密码子偏好使用A/T和以A/T结尾,且密码子偏好原因主要是自然选择;揭示出转茶树时密码子的优化信息和烟草为最佳异源表达受体的结果。     

基于 codon 特征的图像精匹配方法研究

在分形特征粗分类结果的基础上,提出了一种基于ｃｏｄｏｎ特征的图像精匹配方法．详细研究了ｃｏｄｏｎ模型,将基于封闭光滑轮廓的ｃｏｄｏｎ特征编码推广至任意非封闭曲线,使ｃｏｄｏｎ特征在保持原有的抗旋转和尺度变化等几何失真特性基础上,更完备地表示图像轮廓,有效提高匹配精度．实验结果表明基于ｃｏｄｏｎ特征的图像精匹配方法性能优越于传统方法．     

世纪末中国文学病态论

本文以宏观和俯瞰的视角,对90年代以来中国当代文学发展状况作了一次回观和审视．对文学发展中呈现出的诸钏病态提出了尖锐的、中肯的批评,如文学对“道”的放弃,文学家中缺乏“思想者”,文学创作对“底层”缺少应有的人文关注以及女性文学内质的退化弱化等等,并对其产生的恶果及原因作了一定程度的分析．指出文学家在面临危机与挑战时应有的姿态与选择,指出文学的生存发展除了受到社会外力的作用外,人的因素是第一位的。     

密码子上下文关联与蛋白质二级结构

对人(Homo sapiens)117个蛋白质和大肠杆菌(Ecoli)的87个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子上下文关联作了统计分析，发现它们的使用对不同种属的蛋白质二级结构有不同的偏好，对同一种属蛋白质的不同二级结构也有不同的偏好．与密码子和单碱基关联的结果比较，说明密码子上下文关联可以更加准确地预测蛋白质二级结构．     

不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析

在传统的Chou-Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息,计算了200个蛋白(49种全α结构蛋白,69种全β结构蛋白,38种仅α β结构蛋白,44种α/β结构蛋白)中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构(α：螺旋,β：折叠,C：卷曲)的偏向性参数．通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息．这些新的信息量对于指导蛋白质设计以及提高蛋白质二级结构预测的准确率有着一定的作用．     

白叶枯病原菌侵染引起水稻多酚氧化酶活性变化的遗传分析

研究结果表明 ,水稻感染白叶枯病后 ,多酚氧化酶活性增加 ,与病斑长度成极显著负相关 ,遗传相关系数r =- 0 .82 5 ,并且与环境的关系也很密切 .水稻感染白叶枯病后 ,至少有 4对多酚氧化酶基因被活化 ,基因效应属负向趋显性 .非固定遗传的显性及上位性成分在遗传型中占有很高的比重 ( 85.2 % ) .在选择中应于注意