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1.
结合模式匹配、生物医学本体及共现技术,设计了一种自动抽取基因与疾病、基因与基因之间关系的文本挖掘方法,并开发了一个可以处理海量文本数据的系统.该系统可抽取与疾病相关的基因实体,挖掘基因与疾病、基因与基因之间的关系,衡量基因与疾病实体的相关性,并为分析基因与疾病、基因与基因之间的关系提供了网络可视化工具.实验结果表明,系统在测试数据集上抽取基因与疾病之间的关系可获得83.0%的综合测评率,抽取基因与基因之间的关系可获得78.5%的综合测评率.该系统已成功应用于乳腺癌及相关基因的研究.  相似文献   
2.
混沌保主系统是用混沌系统中的状态作为密钥信号对信息信号进行编码,从而提高信号传输时的抗破译能力。信息信号在接收端系统被恢复出来,其中的关键在于接收端与发送端混沌系统要达到同步。本文构造了保密通信系统的发送端和接收端混沌系统,交 沌的同步归结为一个非线性一  相似文献   
3.
构建了用于预测蛋白质序列中RNA-结合残基的分类模型.在模型的特征提取方面,除了与功能相关的结构特征和序列正交编码信息以外,还提出了一个新颖的特征PSSM-PP.该特征不仅包含蛋白质序列的进化保守特征,还包含与蛋白质和RNA结合有关的氨基酸理化特征.在设计模型时,考虑到样本数据量大的问题,选用了快速的随机森林算法.该预测模型总体预测准确率达到87.02%,特异性达到95.62%,敏感性达51.16%,Matthew相关系数为0.533 6.此外,还构建了RNA结合残基的预测平台.  相似文献   
4.
研究了把基因启动子区的核小体定位对于分析基因的转录调控具有重要意义.利用核小体定位的预测技术——弯曲度谱,分析了编码基因和miRNA基因启动子周围核小体定位的特征.基因的转录起始位点处,有一个核小体缺失区域,且在下游约200bp处,有较强的核小体定位信号.独立转录的内含子miRNA基因与基因间区miRNA基因,在启动子区具有相似的核小体定位特征,在上游0~-400bp间,有一个较宽的核小体缺失区域,在该区域分布有较多的转录因子结合位点;而依赖编码基因转录的内含子miRNA基因,其启动子与蛋白编码基因启动子具有相似的核小体定位特征,在转录起始位点上游-200~-400bp和-400~-600bp处,各有一个较强的核小体定位.这些结果表明,独立转录的miRNA基因(包括基因间区miRNA和独立转录内含子miRNA)和蛋白编码基因,在启动子区可能具有不同的核小体定位特征.核小体定位不仅参与编码基因的转录调节,也影响miRNA基因的转录.  相似文献   
5.
基因表达模式分析及软件系统   总被引:2,自引:0,他引:2  
研究和实现了4种基因表达模式的聚类方法,开发了基因表达模式分析软件系统.该软件包含了两两平均连锁聚类法、系统聚类法、自组织特征映射法和模糊聚类等聚类算法,其中模糊聚类算法是首次用于基因表达模式分析.该软件同时具有数据过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择和结果可视化等功能.对于同一组基因表达数据,可通过不同的聚类算法的组合,提供更多的基因分类信息,为生物体复杂的基因表达模式研究提供了一个重要的综合分析平台.  相似文献   
6.
基因芯片设计及数据分析软件系统   总被引:3,自引:1,他引:2  
基因芯片是提取生物分子信息的一种新技术,该技术是分子生物学与电子信息科学交叉的产物。基因芯片在基因型分析、基因表达监控和疾病检测方面有着重要的应用。本论分析基因芯片中的信息处理问题,介绍一个高密度基因芯片设计及数据分析软件系统,该系统包括基因芯片探针设计、芯片优化、杂交图像处理和检测结果分析等功能。  相似文献   
7.
采用Rb Sr同位素定年方法 ,对新疆卡拉脚古牙锑金矿床赋矿地层的含炭泥质千枚岩进行测定 ,获得Rb Sr等时线年龄 379± 1 9Ma ;成矿时代采用主成矿期与锑金共生的石英 ,利用4 0 Ar- 39Ar法获得成矿时代为 1 1 8.2± 3.2Ma .研究结果表明 :卡拉脚古牙锑金矿床的赋矿地层时代为中泥盆世 ,该锑金矿床的主成矿时代为燕山晚期  相似文献   
8.
油气管道在储运过程中,沿线区域地物变化对其安全具有较大影响,特别是道路的修建、沟壑的挖掘、滑坡等。由于油气管道分布范围广、周边环境复杂,传统的人工巡检方式存在一定的局限性,因此研究了基于卫星遥感的油气管道沿线地物变化检测。在综合考虑空间信息和算法自动化程度的基础上提出一种改进的基于多特征融合和主动学习的油气管道沿线地物变化检测算法。首先利用基于自适应阈值算法选择初始训练样本,然后利用梯度提升树、k近邻和极限随机树集成结构进行未标记样本的类别判定,并基于边缘采样的主动学习算法进行未标注样本增选。在样本增选过程中为了减少噪声对训练样本的影响并且减少冗余信息,通过两方面对增选样本进行优化,首先通过分割对象约束分类器集成变化检测结果,提高增选样本的准确性,然后利用边缘采样方法选择信息量较大的未标记样本进行标注。通过两景融合后的资源三号(ZY-3)影像进行实验,结果表明该算法可以有效检测地物变化情况,并且在提高变化检测结果精度的同时,可以有效减少训练样本的标注成本。  相似文献   
9.
提出了一种新的测序短片段定位算法Umap,算法引入核心片段逐步扩展延伸的基本思想,通过短片段间的重叠信息定位短片段.首先找出所有在参考基因组上只出现一次的短片段,称为唯一短片段.然后以唯一短片段为基础,利用短片段间的重叠信息,使用贪婪算法对唯一短片段进行扩展,进而确定其他非唯一短片段的准确位置.实验表明,该算法对短片段...  相似文献   
10.
哺乳动物MHC密码子使用概率的聚类分析   总被引:7,自引:1,他引:6  
利用系统聚类分析方法对随机选取的3种哺乳动物的60个主要组织相容性复合体(MHCⅠ类和Ⅱ类)基因的mRNA序列进行了同义密码子使用概率偏性研究。结果发现,不同物种的MHC基因群中类型相同的基因具有相近的同义密码子使用偏性,而对于同一类型的基因由物种引起的同义密码子使用偏性的差异较小。即功能和类型决定密码子使用模式的大的分类,而物种决定该大类中进一步的差异。基因密码子偏向性的研究对于大幅度增加目标蛋白的产量具有重要的意义。该结果也为基因分类和基因功能的预测提供了新的生物信息学方法。  相似文献   
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