蛋白质网络的特征研究

基于复杂网络理论研究蛋白质网络的特征.构建了蛋白质网络,当截断距离R为0.7 nm时,单体蛋白网络表现出明显的小世界性质.分析了蛋白质网络的分层结构,当截断距离增大时,分层指数b值减小,截断距离R为2.4 nm时,分层指数b与网络规模正相关.研究结果表明,单体蛋白质网络及其对应复合物中肽链网络中接近中心度和介数中心度较高的残基均是非极性、疏水性氨基酸.     

Analysis of Salicylic Acid Induced Proteins in Rice

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猕猴桃金属硫蛋白的结构建模

应用距离几何算法对金属硫蛋白的半胱氨酸富含区进行了结构预测,并结合同源模块法成功地完成了对猕猴桃金属硫蛋白三级结构的建模。结果表明,植物金属硫蛋白也像哺乳动物金属硫蛋白一样具有独立形成两个金属硫络合族的结构基础,本方法可应用于其他同类蛋白的三级结构建模。     

蛋白质界面网络中模体和模块的探测

基于复杂网络研究蛋白质界面网络中的模体和模块,发现蛋白质界面网络与蛋白质肽链网络的拓扑性质有差异.蛋白质界面网络中的模体类型和数量受截断距离R影响较大,R值不同,网络中的模体类型和数量都有较大差别.蛋白质界面网络中存在模块结构,分析R为0.5,0.7,1.2,2.4nm时网络中存在的3-派系-模块,发现当R为0.7nm时的蛋白质界面网络模块划分比较符合实际.最后,分析蛋白质界面网络中的模块与其拓扑性质的关系,发现界面网络中的节点数与3-派系-模块数呈线性关系.     

一种采用新的相似性度量方法的共调控基因动态模糊聚类算法

针对基因间共调控关系的特点和现有共调控基因聚类分析方法的不足,提出一种基于广义信息论中二次互信息的广义相似性度量标准QMISM,并利用免疫遗传算法将高维样本映射到二维空间,进而实现动态模糊聚类和聚类结果可视化.对人工合成数据和真实的基因表达数据的实验结果表明,该算法能得到更好的聚类结果.     

西藏墨脱石锅饮食应用价值研究

为了研究西藏墨脱石锅的烹调特性,对墨脱石锅的化学组成,烹调时锅中所释放的金属元素种类以及食物中氨基酸变化进行研究.实验结果显示,墨脱石锅与普通传统砂锅的化学成分基本一样,但是各个成分的比例差异较大.Cr、Cl、Ni、S、P元素是墨脱石锅独有的.石锅烹饪过程中释放到汤中的人体所需金属元素浓度比砂锅高.墨脱石锅在烹调过程中...     

水稻金属硫蛋白ricMT的一级结构特征分析

为了获得水稻金属硫蛋白 ric MT的一级结构特征 ,通过等电点和蛋白稳定性预测 ,初步判断 ric MT蛋白是一个不稳定的酸性蛋白 ;并用 ric MT氨基酸序列对 EMBL 蛋白数据库进行检索 ,得到 5 0余个同源性较高的来自动植物的 MT蛋白 ,用二重序列对排分析和氨基酸组成模式分析与已知的蛋白进行比较 ,将 ric MT归属于植物类金属硫蛋白类型。采用多重序列比较法总结出植物类金属硫蛋白的一级结构的三点特征 :相对分子量比动物 MT大 ,平均为 71个氨基酸残基 ;与哺乳动物 MT不同的独特氨基酸组成模式 ;一级结构典型的三段式分布 ,间隔区多数达 3 0～ 40个氨基酸残基