水稻土中微生物的砷转化基因多样性研究取得新进展

<正>最近,中国科学院生态环境研究中心、城市与区域生态国家重点实验室朱永官课题组采用实时定量PCR(qPCR)、末端限制性片段长度多态性分析(T-RFLP)、以及构建克隆文库分析的方法,研究了采自于中国南方13个水稻田土壤样品中微生物的砷转化基因的丰度和多样性,证实砷氧化基因(aioA)、砷呼吸还原基因(arrA)、砷解毒还原基因(arsC)和砷甲基化基因(arsM)广泛地存在于水稻土中.     

陆梁油田菌群结构解析及激活后群落变化

 针对新疆陆梁油田呼图壁河组注水井LU3064 注入水,设计一组营养剂激活配方,该配方能够成功乳化原油。经平板计数法、最大或然数计数法（MPN）和理化性质检测发现,激活后注入水菌浓明显增加,表面张力下降37%。采用建立细菌16S rDNA克隆文库方法,对LU3064 注入水、LU3036 采出液、LU3064 激活液细菌进行多样性研究。从克隆文库中随机挑选100 个克隆子测序,并在GenBank 中比对,结果表明,注入水菌群具有高度多样性,优势菌属于Alphaproteobacteria;采出液较地层水菌群结构简单,存在Pseudomonas（假单胞菌属）、Bacillus（芽孢杆菌属）等功能菌属;激活液菌群结构最为单一,仅存在Bacillus（芽孢杆菌属）。Bacillus 在注入水和采出液中均有发现,但都不是优势菌种。该激活剂配方成功激活了可在地层中生长的功能菌属Bacillus。     

中等嗜热菌浸出黄铜矿的温度影响规律及种群组成分析

在不同温度条件下进行浸出实验.研究结果表明:中等嗜热菌在12～55℃时可保持浸矿活性,其最适生长温度为45～50℃,温度达到60℃时初始阶段还保持一定活性,但几天后菌浓度逐渐降低,种群比例发生较大变化;克隆文库分析表明:45℃和60℃条件下浸矿细菌主要为Leptospirillum ferriphilum,Acidithiobacillus caldus,Sulfobacillus thermotolerans和Acidosphaera rubrifaciens,其中Leptospirillum ferriphilum菌所占比例较大,是浸矿过程中的优势菌种.60℃条件下浸出过程中还存在古生菌Ferroplasma cupricumulans,古生菌可以利用其他浸矿菌产生的有机物为能源生长.它们之间对浸出所起的作用是相辅相成的,可共同促进黄铜矿的溶解.     

大肠杆菌-链霉菌-假单胞菌穿梭表达BAC载体的构建

异源表达生理活性物质的生物合成基因簇是药物研发领域的一个重要的方向,它可通过异源表达来研究基因功能,获得目标化合物或对现有的化合物进行结构改造.生物合成基因簇一般较大,常规的DNA载体由于容量不足、拷贝数较低或不能在不同的异源宿主间穿梭表达而难以对其进行操作.本研究运用重组工程策略和常规的克隆手段,将多个异源表达所必须的功能基因克隆至常用的构建BAC文库的载体pECBAC1,获得了一个可在大肠杆菌-链霉菌一假单胞菌3个常见的异源表达宿主间进行穿梭表达的BAC载体.     

数字环境下的高校文库建设——以兰大文库为例

高校文库建设逐渐成为高等学校图书馆特色资源组成的一个重要部分。文库资源作为图书馆特藏资源的重要组成部分,为学校文献资源建设和校园文化建设发挥着积极作用。在数字环境下,如何构建文库,处理好文库实践中的问题,保持文库在数字环境下可持续性发展,是高校文库数字环境下发展的关键。结合兰大文库的实践,谈谈几点认识。     

云南疣粒野生稻部分cDNA片段的分离和注释

从疣粒野生稻cDNA扩增文库中随机挑取500个噬菌斑,通过载体环化,选择120个菌样进行测序,获得的95条序列,分别采用Blast、ORFfinder、UniGene和EntrezGene系统等软件进行序列分析,结果为:与栽培稻日本晴序列比较匹配碱基数>400 bp的占27.37%;确定可阅读框(>100 bp,具有起始和终止密码子)的占90%;与拟南芥的功能基因比较,相似性大于60%的有46个;确定功能、代谢过程和编码蛋白部位的cDNA片段分别有34个、31个和31个.     

云南元江普通野生稻cDNA文库注释

从元江普通野生稻cDNA扩增文库中随机挑取500个噬菌斑,通过载体环化,选择115个菌样进行测序,获得的序列,分别采用Blast、ORFfinder、UniGene和EntrezGene系统等生物信息分析软件对这些序列进行分析,结果为:与栽培稻(Oryza sativa (japonica cultivar-group))序列比较匹配碱基数>400bp的占48.45%;确定可阅读框(>100bp,具有起始和终止密码子)的占70% ;与拟南芥的功能基因比较,相似性大于60%的有38个;确定功能、代谢过程和编码蛋白部位的cDNA片段分别有17个、16个和24个.     

用差减cDNA文库筛选由热激导致的小鼠睾丸中差异表达的基因

采用抑制性差减杂交（Suppression Subtractive Hybridization, SSH）方法,构建正常和热激小鼠睾丸组织的差减 cDNA 文库,以期 筛选出小鼠生精过程中对热敏感的基因。分别从正常和热激小鼠睾丸组织提取总RNA,反转录成cDNA,以正常小鼠睾丸组织cDNA作为待检组织(tester),以热激小鼠睾丸组织cDNA作为驱动组织(driver), 经过2轮杂交和抑制性PCR扩增,产物与T载体连接,经蓝白斑筛选,提取质粒,经EcoRI酶切鉴定插入片段并测序,由此构建了2种组织间差异表达基因的差减cDNA文库。用半定量RT-PCR方法,进一步验证 了该文库中差减出的基因基本上为差异表达的基因。对随机挑选其中的932个克隆测序,对有效测序的565个基因序列与GenBank数据库中发布的序列进行同源性比较,大部分片段都可以检索到同源序列。 结果显示,cPGES/p23等13个基因热激后表达量上调;septin2等120个基因热激后表达量下调。其中cPGES/p23为本研究中首次发现的小鼠生精过程中对热敏感的基因。     

关于北京学研究若干问题的思考

北京这可以全部涵盖对北京的一切领域,一切方面的研究,面面俱到应当是北京学研究的一大特点,同时注意北京学研究的几个结合：1）重点与一般结合,突出重点,重薄弱环节,2）古今结合,重为现实服务;3）史论结合,重理论研究;4）点面结合;5）新老结合;6）内外结合,在发动社会各界广泛参与的前提下,一方面大量积累资料,另方面就其中的精华部分应有适当的表现形式,可以公开出版一套多卷本文集,名为：北京学研究文库之类。     

人类抗砷相关基因hARRG全长cDNA的克隆和在E.coli中表达

通过对构建的人胎脑cDNA文库进行大规模测序,发现一条人类新基因,序列与仓鼠asr2序列高度同源,达88％,命名为人类抗砷相关基因（human arsenic resistance related gene.hARRG),hARRG与抗砷基因相关序列ARS2（AF082871）几乎完全全同源,仅比它短253bp,hARRG并不是全长基因而仅是一个cDNA片段,为了获得hARRG全长cDNA,运用Northern blot电子RACE和5－SMART－RACE的方法克隆了一条2999bp 的hARRG全长cDNA,通过Unigene染色体定位于7q21.3,经过生物信息学分析发现,该cDNA有完整的读码框,编码一个788个氨基酸的蛋白,预计分子质量为89．2ku,并在大肠杆菌中获得了成功表达。