基于改进标记传播算法的基因表达谱数据分析

针对原始标记传播算法迭代次数过多和阈值选取的不确定性等问题,提出一种改进的标记传播算法,并将其应用于基因表达谱数据分析。首先将高维基因表达谱数据表示为权值矩阵,同时定义一个表示样本类别属性的标记序列,并将其中少量样本标记为已知;然后利用根据Gauss-Seidel迭代算法推导出的迭代公式更新标记序列,并证明标记序列的解的收敛性;最后采用正负标记的方式,根据标记序列各分量的符号差异实现数据类别的划分。通过白血病和结肠癌数据集实验,证明了本文方法的有效性。     

冬泳运动对大鼠骨骼肌解偶联蛋白基因表达的影响

探讨不同温度、时间的游泳运动对大鼠骨骼肌UCP基因表达的变化情况。用32只SD大鼠随机分为安静组A、3 min游泳组B、30 min游泳组C和冬泳组D,每组8只。3 min游泳组和30 min游泳组的游泳水温为22℃。冬泳组逐渐降温后维持水温在8℃,时间为3 min。通过大鼠骨四头肌RNA电泳、RT-PCR反应结果来测定骨骼肌UCP基因的表达情况。C、D组UCP mRNA表达极显著地高于A、B组(p0.01),D组UCP mRNA表达极显著地高于C组(p0.01)。冬泳大鼠骨骼肌UCP基因表达升高,说明大鼠机体在外界低温的刺激下发生了诱导上调反应。     

基于INCA的肿瘤基因表达谱分类模型

针对NCA算法对初始值敏感的不足,提出一种改进的NCA算法(INCA).INCA对肿瘤基因表达谱进行奇异值分解,将标准化后的右奇异矩阵作为初始值,提取肿瘤基因表达谱中的分类信息.在4个标准肿瘤基因表达谱数据集上进行实验,以INCA作为特征提取方法,K-近邻、Parzen窗作为分类器进行分类检测.实验结果表明,与NCA及现有的分类模型相比,基于INCA的分类模型能够取得较高的分类准确率.     

限制性内切酶MluⅠ基因的合成、克隆和初步表达

在已知基因序列但缺乏DNA模版的情况下,人工设计合成多条引物,采用重叠PCR技术体外人工合成899bp的MluⅠ基因和1 312bp的M.MluⅠ基因.并将合成的MluⅠ基因连接到表达载体pet30a上,重组表达载体构成pet30a-MluⅠ,将M.MluⅠ基因连接到表达载体PUC19上,重组表达载体构成PUC19-M.MluⅠ.测序结果显示,载体构建成功后利用体外重组转化技术,将pet30a-MluⅠ和PUC19-M.MluⅠ转入T7expression E.coli表达菌株中.重组工程菌经IPTG诱导,用SDS-PAGE鉴定,发现限制性内切酶MluⅠ成功表达.该酶的成功表达不仅为后续研究提供了材料,而且为实验室制备限制性内切酶在方法上开辟了新的途径,为更多新发现的内切酶基因的成功克隆提供了参考.     

伽马辐照对斑马鱼胚胎谷胱甘肽还原酶活性及基因表达的影响

谷胱甘肽还原酶(GR)是一种重要的抗氧化酶,其在生物体的抗氧化系统中起着关键作用.为了研究伽马辐照对斑马鱼胚胎GR活性及基因表达的影响,本实验用不同的辐照剂量(0.01、0.05、0.1、0.5和1 Gy)分别对三个发育时期(原肠胚期、体节期和咽囊期)的斑马鱼胚胎进行了辐照处理.分析了各组GR的活性,并采用荧光实时定量PCR技术(qRT-PCR)检测了GR基因的表达水平.结果显示,伽马辐照以剂量依赖的方式调整了斑马鱼胚胎GR的活性及GR基因的表达.随着辐照剂量的增加,GR活性及其mRNA的相对表达量呈现先升高后回落的趋势.这表明,GR是一种可以对伽马辐照作出早期预警的生物标志物.斑马鱼胚胎可以通过上调GR基因的表达,来增加GR的合成,从而提高对伽马射线的防御能力.但是,这种反应和调整是有限度的.咽囊期胚胎比其它两个时期的胚胎对伽马射线的防御能力更强.     

大肠杆菌β－半乳糖苷酶基因在小菜蛾细胞中的表达

用携带大肠杆菌β－半乳糖苷酶（β－ｇａｌ）基因的杆状病毒转移载体．ｐＡｃ３６０－β－ｇａｌ与苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒（ＡｃＮＰＶ）ＤＮＡ经钙磷沉淀法共转染小菜蛾细胞系（ＢＣＩＲＬ－ＰＸ２－ＨＮＵ２,Ｐｘ）,利用Ｘ－ｇａｌ空斑检测分析,β－ｇａｌ基因成功地插入ＡｃＮＰＶ基因组中,得到重组病毒Ａｃ－β－ｇａｌ,重组病毒在Ｐｘ细胞中表达出受ＡｃＮＰＶ多角体蛋白基因启动子控制的具有生物活性的外源基因表达产物──β－ｇａｌ．     

小鼠金属硫蛋白基因-I 在CHO细胞中稳定表达及其在医疗方面的应用

将小鼠的MT-I基因插入pSV₂-dhfr质粒的EcoRI位点,构建了具有SV₄₀和MT双启动子并正向插入MT-I基因的表达载体。用改良的磷酸钙/DNA沉淀法将表达载体导入CHO-dhfr-细胞内,用不含次黄嘌呤(H)和胸腺嘧啶(T) 的选择培养基筛选出稳定表达MT阳性克隆D-22,经检测10⁶细胞的 MT 表达量约为1.8 μg,D-22细胞对Cd²⁺浓度抗性较之CHO-dhfr-细胞高14倍。为了研究金属硫蛋白对正常细胞所具有的保护作用,将不同浓度的顺铂分别处理无MT表达的CHO-dhfr-细胞和有MT表达的D-22细胞。实验发现顺铂对D-22细胞和CHO-dhfr^-细胞 50%生长抑制浓度(IC50)分别是0.145μmol/L 和0.04μmol/L。上述研究表明MT对正常细胞有一定的保护作用,因而通过诱导正常细胞提高MT的表达量,同时使用MT阻断剂阻断肿瘤组织的MT合成,这样可能会为治疗某些顽固肿瘤开辟一条新途径。     

人纤溶酶原kringle5功能区基因在大肠杆菌中的表达

将人纤溶酶原kringle5功能区基因插入融合基因表达载体pET17bBamHⅠ位点,构建成重组质粒pETK23,转化大肠杆菌BL21(DE3),在IPTG诱导下,纤溶酶原kringle5功能区基因在重组转化菌株BL21(DE3,pETK23)中获得高效表达,表达产物以可溶性蛋白形式存在,表达量占菌体总蛋白的528%.     

绿色荧光蛋白基因在裂殖酵母中的表达

将绿色荧光蛋白基因编码区序列克隆到大肠杆菌－裂殖酵母穿梭质粒ｐＲＥＰ３的ＢａｍＨⅠ￣ＳｍａⅠ位点,使之位于一个受硫胺素抑制的启动子和终止子的控制之下,用该质粒转化裂殖酵母,转化菌落于阳光下呈绿色,在３９５ｎｍ紫外光下发出强烈绿色荧光,在荧光显微镜下,用蓝光激发,可见该基因的表达明显受硫胺素的抑制,在没有选择压力的条件下,质粒丢失现象很严重,在完全培养基上,只有２０％的细胞发光,在丰富培养基上,发光     

红假单胞菌R18二氧化碳固定基因的序列测定及其表达

在红假单胞菌Ｒ１８质粒的限制性酶切基础上,建立了该质粒的物理图谱;采用ｄｙｅ ｐｒｉｍｅｒ法测定了Ｒ１８ ＲｕｂｉｓＣＯ基因的部分核酸序列;以ＰＢＲ３２２为载体,将Ｒ１８ ＲｕｂｉｓＣＯ基因转入紫色非硫杆菌Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａ．ｐａｌｕｓｔｒｉｓ Ｎｏ．７的野生菌及其ＲｕｂｉｓＣＯ ＦｏｒｍＩ缺陷型中,获得的转化子ＭＧ１１和ＭＧ１４的ＲｕｂｉｓＣＯ酶活性分别是其受体菌的１．７７倍和７．１