十字花科部分蔬菜HRD基因的克隆与生物信息学分析

根据NCBI上得到的拟南芥HRD基因序列,利用同源序列克隆的方法,设计引物,从12种十字花科蔬菜中克隆出其核酸序列,并进行生物信息学分析,旨在验证克隆出的序列与拟南芥HRD基因是否具有同源性.对这些得到的核酸序列从DNA序列、氨基酸序列的相似性、亲/疏水性、2级结构、功能域、3级结构、同源进化树等进行了预测和较为全面的分析.结果显示经PCR扩增,都得到了大小与拟南芥HRD基因基本一致的序列,长度在555bp左右.其基因序列、氨基酸序列比对同源性分别达到93.14%和89.74%;亲/疏水性分析表明该基因编码的蛋白为亲水性蛋白;推导的氨基酸序列中均存在AP2功能结构域,属于十字花科AP2/ERF类家族转录因子基因;同源进化树分析表明它们具有很高的同源性,说明所克隆的序列与拟南芥HRD基因由同一个基因进化而来,是十字花科植物中的保守基因.     

PRRSV福建流行毒株结构蛋白基因之克隆分析

对福建省流行的PRRS病毒FJ-1的结构蛋白基因进行了克隆、测序.FJ-1结构蛋白基因序列长3 188个核苷酸,包含7个开放阅读框(ORF).将FJ-1结构蛋白基因与国内外已发表的18个报道全长结构蛋白基因的PRRSV毒株进行核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较,发现:其与17个美洲型毒株核苷酸同源性达到89.7%～92.4%,推定各个ORF编码氨基酸的同源性在85.6%～98.6%之间;而与欧洲型毒株Lelystad核苷酸同源性为54.9%,推定各个ORF编码氨基酸同源性为53.2%～78.2%.遗传进化树分析表明FJ-1与美洲型毒株进化距离近,而与欧洲型毒株进化距离远.从分子水平上证明了福建省流行的PRRS病毒属于美洲型毒株.     

中华大蟾蜍生长相关蛋白（GAP-43）编码序列的克隆与生物信息学分析

通过RT-PCR技术获得了中华大蟾蜍(Bufo gargarizans)脑组织生长相关蛋白(GAP-43)编码序列,将该序列及其推导的氨基酸序列与其它13个物种已知的相应序列进行同源性和遗传距离分析,并构建系统进化树.结果表明:中华大蟾蜍GAP-43编码序列大小是654 bp,比非洲爪蟾(Xenopus laevis)大6 bp,二者GAP-43编码序列同源性为76.6%;中华大蟾蜍与除斑马鱼(Danio rerio)外的其它12个物种在GAP-43编码序列两端具有保守性,与非洲爪蟾遗传距离最近,为0.234;尽管中华大蟾蜍与哺乳动物氨基酸序列间存在明显差异,但其钙调素结合位点、磷酸化位点和N端质膜结合位点等功能域仍具有保守性;GAP-43氨基酸序列构建的进化树符合传统动物分类学特点.     

芜菁花叶病毒四川分离物外壳蛋白基因的克隆及序列分析

从四川省3个蔬菜基地感病的甘蓝、花菜、萝卜、叶芥菜分离到芜菁花叶病毒6个分离物.利用 RT-PCR克隆了这6个分离物的外壳蛋白基因(CP), 测定了它们的核苷酸序列并进行了序列分析. 结果表明,6个分离物的 CP基因均为864个碱基,核苷酸序列同源性较高, 达 97.0%～100%;它们与 world-B组分离物的同源性最高,达 92.1%～100%;与 basal-B组分离物的同源性最低,仅 87.6%～90.2%. 基于 TuMV的 CP基因核苷酸序列的分子进化树显示,TuMV分离物可分为4组,本研究所分离到的6个 TuMV四川分离物属于第四组,即 world-B组.     

大腹圆蛛拖丝蛋白基因3''''端克隆和序列分析

用PCR(Polymerase Chain Reaction)技术从大腹圆蛛主壶腹腺组织的基因组DNA和RNA中分别扩增获得编码拖丝蛋白基因的3'端基因序列,克隆PCR产物到pDrive载体,经PCR、限制性酶切筛选和序列分析后证明获得了蜘蛛拖丝蛋白基因两个克隆AvDS1和AvRS2.基因序列和氨基酸序列分析表明AvDS1和AvRS2具有拖丝蛋白基因序列和蛋白质氨基酸序列特有的结构特征,氨基酸序列中存在4个motifs-(A)n(GA)n(GFGX)n以及(GGX)n.AvDS1与基因库中已报道的蜘蛛拖丝蛋白基因序列同源性较低,而AvRS2与已经报道的Nephila clavipes拖丝蛋白基因组分-1的同源性可达91%,推测AvRS2是编码大腹圆蛛拖丝蛋白基因组分-1基因片段.比较这两个克隆的核苷酸序列和氨基酸序列,发现它们之间没有同源性.推测它们是同一基因的不同片段,或是编码大腹圆珠拖丝蛋白的两个基因组分. 明AvDS1和AvRS2具有拖丝蛋白基因序列和蛋白质氨基酸序列特有的结构特征,氨基酸序列中存在4个motifs-(A)n(GA)n(GFGX)n以及(GGX)n.AvDS1与基因库中已报道的蜘蛛拖丝蛋 基因序列同源性较低,而AvRS2与已经报道的Nephila clavipes拖丝蛋白基因组分-1的同源性可达91%,推测AvRS2是编码大腹圆蛛拖丝蛋白基因组分-1基因片段.比较这两个克隆的核苷酸序列和氨基酸序列,发现它们之间没有同源性.推测它们是同一基因的不同片段,或是编码大腹圆珠拖丝蛋白的两个基因组分. 明AvD     

不同倍性鲫鲂高迁移率族蛋白1基因的克隆和原核表达

用RACE PCR技术,分别获得三倍体鲫鲂、四倍体鲫鲂、红鲫和团头鲂的高迁移率族蛋白1基因(HMG1)mRNA全长序列,其开放阅读框包含579nt,翻译成193个氨基酸.不同倍性鲫鲂HMG1的cDNA和氨基酸序列比较分析表明:在cDNA水平上,四倍体鲫鲂与母本红鲫的同源性(99%)高于同父本团头鲂的同源性(97%);三倍体鲫鲂与父母本同源性(95%)低于亲本之间的同源性(98%);在氨基酸水平上,四倍体鲫鲂与父母本的同源性(100%)高于三倍体鲫鲂与亲本的同源性(97%).结果表明:远源物种间的杂交对两性不育的三倍体鲫鲂HMG1基因造成了一定的冲击,分子遗传效应表现为三倍体鲫鲂HMG1基因位点发生了变异;四倍体鲫鲂HMG1氨基酸序列与亲本的完全一致性,克服了等位基因的杂交不亲和性,为两性可育的异源四倍体鲫鲂遗传稳定奠定了基础.生物信息学分析表明:HMG1蛋白二级结构具有8个螺旋和3个转角,HMG1蛋白三级结构于N-端具有两个DNA结合基序,C-端具有一长为23个重复D或E的氨基酸尾.这种结构决定了HMG1能够与核DNA发生"蛋白-DNA"的相互作用,参与多种核内生物学功能的完成.另外,以HMG1氨基酸序列构建了鱼类、两栖类、爬行类、鸟类和哺乳类的进化树,结果提示HMG1是一种古老的蛋白质,并在物种演化中具有保守性;首次构建了鱼类HMG1原核表达载体,外源的鱼类HMG1基因编码蛋白在原核细胞中得到了表达,这为下一步HMG1蛋白的制备和生物学功能、尤其与DNA转座子相互作用的研究提供了条件,将助于了解物种间的杂交形成异源多倍体的机制.     

山羊FGF5基因cDNA分子克隆及序列分析

采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,首次从山羊脑组织总RNA中扩增出成纤维细胞生长因子5(FGF 5)基因的cDNA编码序列.通过对序列的分析表明,克隆的山羊FGF 5cDNA编码序列与其他动物的序列具有高度的同源性.与G enbank中人和小鼠序列比较,山羊与人和小鼠的FGF 5核苷酸序列的同源性分别为91%和87%.编码的氨基酸序列比较,山羊和人的相似性为87%,山羊与小鼠的相似性为83%.如FGF s家族的其他成员一样,山羊的FGF 5蛋白也有一信号肽序列.山羊FGF 5基因外显子在编码氨基酸时,对同义密码子的使用表现有强烈的偏好性.不同物种对同义密码子使用的偏倚程度与偏好类型各不相同,也具有种属特异性.山羊FGF 5基因所编码的蛋白质中,20种氨基酸的含量差异很大,极性氨基酸含量高于非极性氨基酸含量.     

水稻中ACOS5同源基因在小穗中的表达分析

ACOS5是控制拟南芥雄性育的关键基因之一,它也是编码花粉素合成必需的酶.利用氨基酸同源序列分析,在数据库中检索与拟南芥ACOS5同源性较高的植物同源蛋白.将检索出的水稻中同源氨基酸序列与ACOS5进行比对,两者一致性为64%.并且通过同源蛋白系统发生分析,两者在进化上关系也较为密切.根据水稻中同源蛋白基因组序列设计引物,进行低温处理下该基因在小花发育各时期的表达量分析.半定量RT-PCR显示,在水稻小孢子母细胞形成期其表达量较低,而当小孢子开始减数分裂时,表达量急剧增高.在这两个时期,低温(20℃)会诱导OsACOSmRNA积累增加;但当处于小孢子形成阶段时,低温下积累量却呈现相反的降低趋势.这说明环境温度显著影响水稻中ACOS5同源基因的转录表达,而这种影响与小花发育时期有关,提示水稻ACOS基因可能参与环境温度调控水稻雄性育性的过程.     

牦牛α-乳清蛋白基因5''''-非翻译区部分序列测定及PCR-RFLP分析

用PCR方法扩增了麦洼牦牛α-乳清蛋白基因5'-非翻译区的部分序列.该序列与普通牛的相应序列具有很高的同源性(98.1%),但存在8个碱基差异,碱基突变类型包括1个缺失,5个转换和2个颠换.应用PCR-RFLP方法分析了麦洼牦牛和九龙牦牛α-乳清蛋白基因-1689位单碱基的多态性,结果在该位点没有检测到多态性.     

一株野生鹧鸪源冠状病毒主要结构基因进化特性分析

从野生禽类鹧鸪的喉气管拭子中分离到1株冠状病毒，命名为Partridge/GD/S14/2003（简写为S14）.通过RT-PCR扩增、克隆测序获得了该毒株的全基因组序列（AY646283），序列经DNAstar分析发现，S14毒株与肾型毒株JX1-99，TJ2-96 S1基因同源性最高，分别达到94.6%和93.4%，并且该毒株的S1基因还和QXIBV，LX4株也存在高度亲缘性，分别达到85%和84.3%，同时对S14 S1基因BLAST时发现只有上述毒株和S14有高度同源.由此推测该鹧鸪分离株S14的进化可能与IBV肾型和腺胃型病毒存在一定关系.序列分析表明，S14毒株与GenBank中注册序列QXIBV，LX4的S2基因同源性最高分别达到97.2%和90.6%，都处于Ⅱ群.M基因系统进化树研究发现，S14处于Ⅲ群，与SAIB20，GD698同源性最高，分别达到90.6%和90.2%；而与其S1，S2基因同源较高的BJ，QXIBV株，M基因的进化关系却较远.N基因同源性和系统进化树分析发现，Ⅰ群毒株可能为H52和Gray株发生重组的结果，Ⅱ群毒株可能为H120和D1466等毒株重组的结果，而S14株处于Ⅲ群，其N基因与QXIBV高度同源，达到95.7%，Ⅳ群为肾型分离株.而与其M基因亲缘性最近的SAIB20，GD698则分处Ⅰ，Ⅳ进化群.     

南美白对虾血蓝蛋白与抗人IgG相互作用的研究

以采自汕头的南美白对虾血清为研究对象, 运用Sephdex_75 柱层析、PAGE、Dot_ELISA、SDS_PAGE和Western_blotting等方法, 探索血蓝蛋白与抗人IgG之间的相互作用. 结果表明, 血蓝蛋白不仅可与兔抗虾血蓝蛋白抗血清发生特异性的结合, 也可与抗人IgG发生明显的交叉反应. 进一步研究显示, 血蓝蛋白表现为相对分子质量分别为75 kDa和73kDa的两个亚基, 其中75 kDa亚基与抗人IgG呈显著阳性, 表明, 血蓝蛋白75 kDa亚基与人Ig存在相似的抗原决定簇或高度同源的同源区域.     

弧菌外膜蛋白OmpK免疫交叉反应性的分析

本研究旨在研究弧菌外膜蛋白(outer membrane protein,OMP)OmpK免疫交叉反应的特征,探讨OmpK免疫交叉反应性的分子机制.利用克隆得到5株弧菌的ompK基因,通过比对10种(22株)弧菌的OmpK基因序列发现,ompK基因在弧菌中高度保守,其核苷酸序列的相似性达77%⁹3%.对副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)VPL4-90的ompK基因进行原核表达,利用纯化的OmpK重组蛋白,制备了兔抗OmpK血清.通过western blot分析发现,OmpK抗血清能够与16种不同的弧菌发生交叉识别反应,其中V.proteolyticus、V.furnissii、V.damsela和V.metschnikovii这4种弧菌OmpK的免疫交叉反应为首次报道,并且证实弧菌OmpK的免疫交叉反应具有种属特异性.通过抗原表位预测和比对发现,弧菌的OmpK具有8个保守的抗原表位,包括7个T细胞表位以及1个T细胞和B细胞的共同表位.流式细胞术分析显示,OmpK抗体能够识别这些相同或相似的抗原表位,提示这些抗原表位可能位于细菌表面.结果表明,这些保守的且位于细胞表面的OmpK抗原表位可能是弧菌OmpK具有免疫交叉反应性的分子基础.     

黑线仓鼠AVP基因部分序列的系统进化及结构分析

根据GenBank中黑线仓鼠（Cricetulus barabensis）同源物种的AVPcDNA序列设计引物,利用RT-PCR技术得到了黑线仓鼠精氨酸加压素（AVP）基因部分cDNA序列,包括外显子2的全部序列和外显子1、3的部分序列,共433bp,并注册到GenBank（登录号：JN227681）。该段序列共编码143个氨基酸,二级结构预测显示片段中含较多的a螺旋。该序列与其他物种相应区域的比较结果表明其同源性为84％～92％,氨基酸序列同源性为82％-93％。系统进化分析结果与物种亲缘关系的远近一致,该序列的克隆为研究AVP的表达调控机制奠定了基础,将有助于AVP的作用机制的研究及功能分析,同时该cDNA序列可作为物种亲缘关系或遗传距离研究的理想标记。     

利多卡因对人角膜上皮细胞的毒性作用及其机理研究

利用不同浓度利多卡因（ｌｉｄｏｃａｉｎｅ）处理体外培养的人角膜上皮（ＨＣＥＰ）细胞系细胞,利用光镜观察、ＭＴＴ、荧光染色、ＤＮＡ电泳、ＴＵＮＥＬ、流式细胞仪和透射电镜方法研究了利多卡因对 ＨＣＥＰ细胞的毒性作用及其机理。光镜观察和 ＭＴＴ检测结果显示,质量浓度 １２５～１０００ｇ／Ｌ的利多卡因对 ＨＣＥＰ细胞具有显著的毒性作用,并具有浓度和时间依赖性;ＡＯ／ＥＢ荧光双染色结果显示,质量浓度 ０６２５～１００００ｇ／Ｌ的利多卡因可引起 ＨＣＥＰ细胞的质膜通透性显著提高,细胞凋亡率也具有浓度和时间依赖性;ＤＮＡ电泳和 ＴＵＮＥＬ检测结果显示,利多卡因能引起 ＨＣＥＰ细胞发生 ＤＮＡ断片化;ＴＥＭ观察结果显示,利多卡因能引起 ＨＣＥＰ细胞的超微结构出现了凋亡细胞的形态结构特征,如胞质空泡化、染色质浓缩、线粒体膨胀且嵴的结构紊乱、出现凋亡小体等;ＡｎｎｅｘｉｎＶ／ＰＩ染色的流式细胞仪检测结果显示,利多卡因能引起 ＨＣＥＰ细胞质膜中的磷脂酰丝氨酸（ＰＳ）发生外翻变化;ＥＬＩＳＡ检测结果显示,利多卡因还能引起 ＨＣＥＰ细胞中胱冬肽酶3、8、9、10表达量的增加,表明利多卡因确能引起 ＨＣＥＰ细胞发生细胞凋亡,而不是细胞坏死。由此可见,利多卡因在质量浓度大于 0.625ｇ／Ｌ时对 ＨＣＥＰ细胞具有显著的细胞毒性,并具有浓度和时间依赖性,且其毒性作用的发挥是通过诱导细胞凋亡实现的,在眼科临床应用中具有很大的毒副作用,应谨慎使用。     

银溶胶上AMT分子吸附行为的SERS表征

利用表面增强拉曼散射（SERS）光谱,考察AMT浓度对于其在银纳米粒子上吸附取向的影响.SERS实验结果表明：AMT分子以巯基和噻重氮环上的2个硫原子作为吸附位点,浓度为10^-3M时,AMT以斜立的方式吸附于银溶胶表面;浓度为10^-4M时,AMT分子中噻唑环更垂直于银表面;当浓度为10^-5M时,AMT分子中则以较为平躺的方式吸附于银溶胶表面.     

1,3-丙二醇脱氢酶三级结构的模建

利用生物大分子数据库及生物信息学技术，对来源于Klebsiella pneumoniae的1，3-丙二醇脱氢酶分子进行二级结构预测、多序列联配．实验发现，其具有较保守的铁离子结合位点，而未发现常见的NAD(H)结合位点．在此基础上，利用同源建模法和穿线法模建该酶的三级结构，进一步发现铁离子结合位点在空间上形成一口袋状结构．探讨对其作用机制，同时发现该序列中存在2个含铁元素的乙醇脱氢酶信号．     

有机肥在沿海木麻黄防护林水肥耦合协同管理上的应用

为探索滨海沙地木麻黄水肥耦合协同管理技术,开展以有机肥为水载体配施磷肥试验,并与等吸水量的保水剂进行比较,探讨有机肥在木麻黄水肥协同管理上的应用效果,结果表明：以有机肥为水载体配施磷肥能明显促进木麻黄的生长,表现出显著的正效应且增产效果优于以保水剂为水载体的效应,提出水肥组合优化方案为水用量3kg．tree^-1即有机肥1000g．tre^-1＋过磷酸钙600g．tree^-1;此外,施用有机肥对土壤水分物理性状具有明显的改善效果,并能促进枯枝落叶的分解和根系的发育。采用有机肥作为水载体来协同管理木麻黄水肥条件是可行的,其在调控沙地水肥平衡上的应用潜力巨大。     

单细胞凝胶电泳技术检测甲醛对人肝癌细胞HepG2的遗传毒性效应

为了探讨甲醛对人肝癌细胞HepG2的遗传毒性效应,该实验以体外培养的HepG2细胞作为实验材料,运用单细胞凝胶电泳（SCGE）技术分析不同浓度甲醛处理2 h后HepG2细胞DNA损伤效应.结果显示,低浓度（5,25μmol/L）甲醛处理后HepG2细胞尾部DNA百分率（tail DNA%）及彗星状拖尾（comet tail）尾长显著增加,并呈剂量-效应依赖性关系,说明低浓度甲醛具有致HepG2细胞DNA链断裂（DNA strand breakages）作用;而较高浓度（125,625μmol/L）甲醛处理后HepG2细胞尾部DNA百分率及彗星状拖尾尾长则以剂量依赖性方式显著降低,提示较高浓度甲醛具有致HepG2细胞DNA-蛋白质交联物（DNA-protein cross-links,DPXs）形成作用.     

环糊精与PPG-b-PEG-b-PPG三嵌段共聚物包合物的机械化学法制备及表征

利用环糊精分子的结构特征,首次通过机械化学法制备了α-、β-环糊精与三嵌段PPG-b-PEG-b-PPG共聚物的超分子包合物,并对其结构进行了红外光谱及X-射线衍射表征.结果表明,利用机械化学法可以方便快捷地制备出环糊精与三嵌段共聚物的超分子组装体,组装过程中,环糊精通过疏水相互作用与共聚物链段包合、沿分子链滑移、分子间的氢键相互作用等形成了具有管道状多聚准轮烷结构的包合物.     

横断山区中缅树鼩肥满度的初步研究

通过对分布于横断山区中缅树鼩的肥满度进行测定,探讨中缅树鼩肥满度与环境之间的关系.将56只体重相近的中缅树鼩随机分为7组(每组8只):对照组(自由取食,control);分别禁食12h(F12h)组、24h(F24h)组和36h(F36h)组;以及禁食36h后重喂食12h(R12h)组、48h(R48h)组和7d(R7d)组.实验结束后测定动物的体重和体长.采用体重与体长立方的比值(K=100 W/L3)作为测定肥满度的指标.结果发现:中缅树鼩雌雄个体肥满度之间差异不显著,不同年龄组之间肥满度差异不显著.中缅树鼩不同季节的肥满度差异极显著,肥满度的季节变化趋势为:冬季最高,秋季较高,春季较低,夏季最低.禁食和重喂食极显著影响中缅树鼩的肥满度,禁食后肥满度降低,禁食24h时达到极显著水平,禁食36h时最小,重喂食7d后能恢复到对照组水平.中缅树鼩肥满度在不同环境条件下的变化模式与其生存的食物波动大、高海拔低纬度和年平均温度较低的横断山区密切相关.