鲤科鱼类系统进化过程中SINEs的插入事件

短散在核重复序列(SINEs)是真核生物基因组内的移动元件,已被广泛应用于系统发育研究。文中报道了用SINE的插入事件和细胞色素b基因来研究鲤科鱼类的进化.结果显示:细胞色素b基因和SINEs插入事件在大的鲤科鱼类分类上都支持形态学的分类结果,将整个鲤科鱼类分为雅罗鱼系和鲃系;两种分子标记所获结果的不同之处在于野鲮亚科的进化地位.SINEs插入事件的分析结果显示该亚科的进化地位比较原始,而细胞色素b序列的结果则显示其相对较晚的进化起源.尽管在该研究中分析的物种较少,但为SINEs在鲤科鱼类插入事件的研究提供了基础.     

泰山赤鳞鱼

闻名于世的泰山造就了闻名于世的泰山赤鳞鱼.泰山赤鳞鱼属硬骨鱼纲(Osteichthyes)、真骨总目(Teleostei)、鲅亚科(Barbinae)、突吻鱼属(Varicorhinus)、铲颌鱼亚属(Scaphesthes),种名未定,据《泰山药物志》记载"泰山赤鳞鱼又名螭霖鱼、石鳞鱼、斑文鱼".泰山赤鳞鱼是生活在泰山山中海拔270～800米高处水系中的一种珍贵野生鱼种,它以肉质细嫩、味美不腥、营养丰富和特殊的药用价值而驰名中外.登泰山以能吃到泰山赤鳞鱼为荣.说起泰山赤鳞鱼的历史,很少有人考证,它大     

鲤科鱼类结缔组织生长因子基因变异和分子进化

结缔组织生长因子（CTGF）在细胞生长、分化和凋亡及个体生长发育中具有重要的调控作用．研究CTGF基因在不同鱼类中的变异及进化,对于理解物种分化和基因差异具有重要意义,文中通过PCR扩增、克隆和测序,获得了19种鲤科鱼类（Cyprinidae）CTGF基因序列,并重建了鲤科鱼类系统发育关系,用于估计各分支的进化速率．以鳉科（Cyprinodontidae）的青鳉（Oryziaslatipes）作为外类群,系统树均以较高的节点支持率支持鲤科鱼类中雅罗鱼系（Leuciscini）和鲃系（Barbini）的划分．对雅罗鱼系和鲍系的进化速率进行估算,表明雅罗鱼系进化速率小于鲃系,说明鲃系鱼类具有相对较小的选择压力,在较为宽松的环境中进化,鲤科鱼类CTGF基因5’端编码区具有一个6bp的插入或缺失（Indel）位点．雅罗鱼系均缺失这6个碱基,成为雅罗鱼系特有的序列特征,为进一步证实雅罗鱼系的单系性提供了Indel证据．鲤科鱼类CTGF蛋白质的氨基酸序列中,具简约信息的变异位点和Indel位点大多位于CTGF蛋白的信号区和IGFBP区,推测这可能与CTGF基因表达调控和蛋白质活性有关．     

蝗虫cyt b基因部分序列的多样性和分子系统学研究

利用蝗虫线粒体DNA(mtDNA)基因组中细胞色素b(cyt b)基因部分序列,研究其系统进化关系,所测序列与黑尾果蝇的同源序列一起经Clustal X1．8软件比对,选定46条片段均为432 位点的cyt b基因序列,其中变异位点共有137个;选定13条片段均为258个位点的cyt b基因序列,其中变异位点共有72个;选定27条片段均为640位点的cyt b基因序列,其中变异位点有235 个．利用MEGA 2．1软件,以黑尾果蝇为外群,用p-distance及k-2参数模型、N-J法和ME法构建系统进化树．对蝗虫的系统进化关系进行了研究,确定其分类地位,并对蝗虫进化关系进行初步探讨．     

细胞色素b基因序列变异与东亚鲿科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列.所得序列与GenBank中分布于日本、韩国和俄罗斯的（鱼尝）科2属9种鱼类同一基因序列排序,并选用鲇形目鲇科的大口鲇、钝头（鱼危）科的鳗尾（鱼央）和伦氏（鱼央）以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群.分析了细胞色素b基因序列,计算了Kimura双因子遗传距离和（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率,用最大简约法和邻接法构建了（鱼尝）科鱼类分子系统树,得出如下结论:(1)线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中,存在3bp的缺失;(2)系统发育分析显示（鱼尝）科构成一单系类群;（鱼艹）属为较为特化的属,拟（鱼尝）属为一明显的类群,而黄颡鱼属与（鱼危）属关系较为混乱;(3)东亚（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%～0.30%.本文是中国鲇形目（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道.     

社鼠和针毛鼠线粒体DNA序列的歧异及其系统进化关系

社鼠和针毛鼠是有着广泛地理分布的山地鼠种,它们的一些形态特征及核型明显有别于同属的其它鼠类.社鼠的亚种--雷琼社鼠局限于分布在广东省西部地区和海南省,它的形态特征多似社鼠,但也有少数特征相似于针毛鼠.对于社鼠和针毛鼠的分类地位及社鼠亚种的分化一直有着各种讨论.本研究进行了社鼠和雷琼社鼠以及针毛鼠龙门种群和香港种群的细胞色素b (264个核苷酸位点)和12S rRNA (387个核苷酸位点)基因片段的测序.社鼠与雷琼社鼠线粒体的细胞色素b基因片段间包含有19个变异位点、12S rRNA 基因片段间包含11个变异位点和2个插入/缺失位点.针毛鼠的2个种群间的细胞色素b 和12S rRNA 基因片段分别包含了3个和11个变异位点.通过邻接法和最大简约法重建的系统进化关系表明:雷琼社鼠与社鼠有着紧密的亲缘关系,它的亚种地位得到了线粒体DNA序列证据的肯定.针毛鼠龙门种群和香港种群细胞色素b和12S rRNA 基因片段序列的歧异反映出两个种群由于长期的地理隔离及其所经历自然选择的结果.     

海南产花鳗鲡细胞色素b基因的克隆及序列分析

线粒体细胞色素b基因是目前研究鱼类分子系统进化的重要分子标记.笔者以日本鳗鲡线粒体基因组序列为模板设计并合成引物进行PCR扩增,并将扩增产物经琼脂糖凝胶电泳和纯化后,克隆到pMD18-T载体、测序,成功得到全长为1 140 bp的海南产花鳗鲡细胞色素b(Cyt b)基因序列.将该基因全长序列递交到Genebank数据库,获得序列登录号为EF690363.用DNA分析软件MEGA2比较了海南产花鳗鲡与递交到GenBank中的8种分布在中国东南沿海、日本海域及南太平洋海域的鳗鲡属(Anguillia)细胞色素b基因的地理差异,并构建了系统进化树.结果显示:日本产和夏威夷产花鳗的地理差异小于海南产花鳗与它们之间的地理差异.     

鲤科鱼类Angel 相关元件的鉴定及其系统发育意义

Angel相关元件属于微型反向重复转座元件(MITEs)的一个家族．我们在鲤科雅罗鱼系鱼类的生长激素基因内含子2序列中分离并鉴定了这类元件,而在鲃系的直系同源位点上没有发现,从而为雅罗鱼系的单系性提供了新证据．这类元件可能是在雅罗鱼系与鲃系分歧后插入到雅罗鱼系的共同祖先中的．较高的序列变异及相对广泛的物种分布表明生长激素基因中的Angel相关元件是一类古老的转座子,大约26 Ma前可能已经在雅罗鱼系共同祖先中出现．     

基于12S rDNA和16S rDNA部分序列对澜沧江流域景洪段5种鲃亚科(Barbinae)鱼类的进化地位研究

通过PCR扩增了澜沧江流域景洪段鲃亚科(Barbinae)短吻鱼(Sikukia gudgeri)、黄尾短吻鱼(S.flavicaudata)、中国结鱼(Tor sinensis)、云南四须鲃(Barbodes huangchuchieni)和长臀鲃(Mystacoleucus marginatus)共5种鱼的线粒体12S rDNA和16S rDNA部分片段,并进行了序列测定,基于12S rDNA和16S rDNA重建NJ系统发育树,结果表明:中国结鱼与野鲮亚科(Labeoninae)亲缘关系较近;云南四须鲃与短吻鱼和黄尾短吻鱼有较近的亲缘关系,长臀鲃次之.基于12S rDNA和16S rDNA序列的遗传学特征佐证了鲃亚科不是一个单系群,四须鲃属(Barbodes)为鲃亚科鱼类进化最原始的属这一观点有待商榷.     

几种鹤类线粒体DNA的差异和亲缘关系分析

采用聚合酶链式反应,从丹顶鹤(G.joponensis♂)、白枕鹤(G.vipio♀)、灰鹤(G.grus)及丹顶鹤♂和白枕鹤♀的4个杂交子代中分别扩增出线粒体DNA细胞色素b基因,并测定出细胞色素b碱基序列,它们之间的序列差异在0.1%～7.2%之间.序列分析表明几种鹤类细胞色素b基因序列的碱基变化主要是转换和颠换,转换的比率大于颠换;绘制几种鹤类细胞色素b之间的亲缘关系进化树表明丹顶鹤和灰鹤的进化距离更近,4个杂交子代与母本白枕鹤的亲缘关系更近.     

黄河鮈Cytb基因克隆及其在鮈属中的系统发育

采用聚合酶链式反应克隆黄河鮈线粒体细胞色素b基因 (Cyt b),首次报道了该基因的全长序列(1140bp,FJ904648) ,并与鮈属中其他6个物种的Cyt b 基因进行同源性比较,分析了碱基组成和变异情况,以马口鱼属的马口鱼和鯝属的云南鯝作为外群构建了ML和NJ系统发育树.遗传距离和分子系统学分析表明,黄河鮈与犬首鮈具有较低的遗传距离(6.30%),在系统发育树上两者聚在一起,提示黄河鮈与犬首鮈存在较近的亲缘关系.     

鱼类常用催产剂对泰山赤鳞鱼的催产效果

本文对泰山赤鳞鱼的人工促进繁殖技术进行了试探性研究.利用各种常用的鱼类催产激素对赤鳞鱼亲鱼进行注射,用混合激素处理后的雌鱼排卵数和孵化率显著高于各种激素单独处理的效果,为进一步提高赤鳞鱼的繁殖率和产量提供了理论依据.     

基于28S rDNA部分序列的指环虫属分子系统分析

基于核糖体28S部分序列,对来自中国的22种及国外的35种指环虫属(Dactylogyrus Diesing, 1850)单殖吸虫进行分子系统发育研究,采用Phylosuite平台构建贝叶斯(bayesian, BI)及最大似然法(maximum likelihood, ML)系统发育树,结果显示非洲的鲤科(Cyprinidae)、欧洲的鲤科、亚洲(中国)的鲤科和鲈科(Percoidea)鱼鳃部寄生指环虫属单殖吸虫各自聚为独立的进化支,其中,采自中国的指环虫为并系群.ML树显示亚洲的鲤科鱼类寄生指环虫起源最早,另外指环虫属的早期宿主除魚巴系鱼外还包括雅罗鱼支系.两种系统发育树均未表现出明显的物种区分关系,说明指环虫属的进化分析受到宿主特异性、采集地、进化历史及分子序列的变异度等多方面的影响.     

细胞色素b基因序列变异与东亚 科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国 科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列，所得序列与GenBank中分布于日本，韩国和俄罗斯的 科2属9种鱼类同一基因序列排序，并选用鲇形目鲇科的大口鲇，钝头Wei科的鳗尾 以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群，分析了细胞色素b基因序列，计算了Kimura双因子遗传距离和 科鱼类线粒体DNA的进化速率，用最是约法和邻接法构建了 科鱼类分子系统树，得出如下结论：（1）线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中，存在3bp的缺失。（2）系统发育分析示 科构成一单系类群； 属为较为特化的属，拟 属为一明显的类群，而黄颡鱼属与Wei属关系较为混乱；（3）东亚 科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%-0.30%,本文是中国鲇形目 科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道。     

拟步甲科部分种类Cytb基因序列比较及系统发育分析

测定了拟步甲科(Tenebrionidae)10种昆虫线粒体细胞色素b(Cytb)基因长度为579 bp的序列片段,结合Genbank的赤拟粉甲(Tribolium castaneum)的同源序列进行了分析.结果表明,11种拟步甲昆虫该片段中碱基T,C,A,G的平均含量分别为34.0%,22.5%,32.8%和10.7%, A T平均含量明显高于G C平均含量.密码子第3位点A T含量高达75.3%,而该位点G的平均含量仅为3.2%.碱基替换多发生于第3位点,转换略多于颠换,转换主要以C←→T为主,颠换以A←→T为主.以步甲科Blackburnia fossipennis为外群构建的系统发育树表明,土甲族、拟粉甲族和琵甲族有着很近的亲缘关系,三者聚为一支,漠王族和漠甲族聚为一支;而鳖甲族这一分支的系统关系与传统的分类存在一定的分歧,表现出与拟步甲亚科、漠甲亚科有着平行的进化关系,对产生这种分歧的原因进行了探讨.     

六种鱼巴亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析

测定了鱼巴亚科云南光唇鱼(Acrossocheilus yunnanensis)、宽头四须鱼巴(Barbodes laticeps)、抚仙金线鱼巴(Sinocyclocheilus tingi)和滇池金线鱼巴(Sinocyclocheilus grahami)4种鱼类线粒体细胞色素b基因DNA序列402bp,结合已知的云南倒刺鱼巴(Spinibarb denticulatus yunnanensis)和细尾长臀鱼巴(Mystacoleucus lepturus)的同源序列,组成1个6种代表鱼巴亚科5属鱼类的数据集.选用已知的云南鲴(Xenocypris yunnanensis)作为外群,采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建了分子系统树.结果显示:倒刺鱼巴属(Spinibarbus)和光唇鱼属(Acrossocheilus)有较近的亲缘关系,四须鱼巴属(Barbodes)和长臀鱼巴属(Mystacoleucus)有较近的亲缘关系,而金线鱼巴属(Sinocyclocheilus)和它们的关系不能确定.上述结果与它们的地理分布基本吻合.       

16SrRNA基因序列变异和中国野鲮亚科鱼类单系性研究

形态和分子系统学的研究结果均表明,鲤科中的鲃系是一个单系类群,由鲃亚科、鲤亚科、裂腹鱼亚科和野鲮亚科组成,但它们各自的单系性及相互关系还没有系统发育证据.采用PCR方法获得了27种鱼类的16S rRNA基因序列,其中包括18种野鲮亚科鱼类,代表了中国野鲮亚科13个属.应用邻接法、最大简约法、最大似然法和Bayesian法分别构建其分支系统图.结果表明,野鲮亚科鱼类形成了一个单系类群,并且包括两个主要分支类群:其中一支包含鲮属、缨鱼属和墨头鱼属;另一个支系包括野鲮属、拟缨鱼属、异华鲮属、卷口鱼属、唇鲮鱼属、泉水鱼属、直口鲮属、盘鮈属、纹唇鱼属和华鲮属.分子系统学的研究表明,传统分类学中使用的一些形态特征,如口唇及其相关结构等,可能是趋同进化的结果,并不完全与其系统发育进化相一致.     

蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼细胞色素b(Cyt b)基因序列片段分析

用酚/氯仿提取法提取了蓝鳃太阳鱼、绿色太阳鱼肌肉组织的总DNA,利用特异引物进行PCR扩增,得到1 119bp Cyt b基因片段,纯化后送上海生工测序。所得序列用Mega3.1软件分析,并结合GenBank中其余9种太阳鲈属鱼类Cyt b基因序列用NJ法构建太阳鲈属鱼类系统发育树。结果表明：（1）蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼序列相似度为82.3%,变异位点198个,平均转换/颠换比为2.1;（2）蓝鳃太阳鱼与L.humilis亲缘关系较近,绿色太阳鱼与L.symmetricus亲缘关系较近,蓝鳃太阳鱼与绿色太阳鱼遗传距离为0.206。     

珠江流域野生黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco的Cyt b基因序列分析

利用PCR技术扩增得到珠江水系5个江段共190尾野生黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco样品的线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因片段,并测定其序列,确定野生黄颡鱼的Cyt b基因片段全长为1 109 bp。在190尾样品中检测到43种不同的单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.848 57和0.04 817,呈高单倍型、低核苷酸多样性的分布模式,表明其遗传多样性属于中等水平。利用Clustal-X 1.81和MEGA 5.0软件对190尾样品进行同源基因序列分析,其A+T含量(55.1%)显著高于G+C含量(44.8%),碱基组成差异不大,分布比较平均。使用最大似然率法构建分子系统发生树,结果表明都匀江段与左江江段的遗传分化程度最大(Fst=0.414 30)。AMOVA分析显示,珠江水系野生黄颡鱼的遗传变异均来自群体内,达到75.23%,表明地理因素对黄颡鱼的遗传分化产生了一定的影响,聚类结果与地理分布存在一定的相关性。中性检验结果表明,各群体间没有发生过种群扩张,种群数量相对稳定。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的蜻亚科部分种类分子系统学研究(蜻蜓目:蜻科)

通过PCR及PCR产物的直接测序技术，测定了蜻蜓目蜻科蜻亚科的灰蜻属、宽腹蜻属和蜻属共7种蜻蜓的线粒体DNA细胞色素b基因的部分核苷酸序列（长度为576bp），探讨了蜻亚科的分子系统学．在所有序列中A＋T平均含量较高，为70．2％，而氨基酸密码子第3位点的A＋T平均含量最高，为85．4％．多态住点数为180个，占总位点数的31．25％，显示出DNA序列变异丰富．基于邻接法、最大简约法和贝叶斯法的分子系统发生，分析结果支持灰蜻属是较进化的类群，宽腹蜻属次之，蜻属是相对分化较早、较古老的类群，这3个属的关系是蜻属→宽腹蜻属→灰蜻属。