羚牛细胞色素b基因序列分析和系统进化研究

应用聚合酶链式反应 （ PCR）分别扩增了羚牛、绵羊、山羊、黄牛细胞色素 b基因 ,并对其全序列 （ 1 1 40 bp）进行了测定。其中羚牛细胞色素 b基因序列属首次报道。通过对 8种偶蹄类动物细胞色素 b基因序列差异分析和基于序列差异所构建的分子系统树 ,发现羚牛与羊亚科的动物亲缘关系最近 ,与其他动物亲缘关系较远 ,表明将羚牛放入羊亚科较为合理。序列差异分析还表明羚牛约在距今 5 0 0万年前 （上新世 ）从牛类动物中分化出来 ,牛类分化时间约在 60 0万年前的中新世（ Miocene）     

海南产花鳗鲡细胞色素b基因的克隆及序列分析

线粒体细胞色素b基因是目前研究鱼类分子系统进化的重要分子标记.笔者以日本鳗鲡线粒体基因组序列为模板设计并合成引物进行PCR扩增,并将扩增产物经琼脂糖凝胶电泳和纯化后,克隆到pMD18-T载体、测序,成功得到全长为1 140 bp的海南产花鳗鲡细胞色素b(Cyt b)基因序列.将该基因全长序列递交到Genebank数据库,获得序列登录号为EF690363.用DNA分析软件MEGA2比较了海南产花鳗鲡与递交到GenBank中的8种分布在中国东南沿海、日本海域及南太平洋海域的鳗鲡属(Anguillia)细胞色素b基因的地理差异,并构建了系统进化树.结果显示:日本产和夏威夷产花鳗的地理差异小于海南产花鳗与它们之间的地理差异.     

大鼠肝再生相关基因MafF的分子进化研究

Maf家族是碱性亮氨酸拉链(the basic leucine zipper,bZip)转录因子的一个亚群,是v-maf癌蛋白类似物.它可以通过结合不同的底物来调节下游基因的表达.cDNA Microarray结果显示,小Maf家族成员MafF在大鼠部分肝切除后表达水平迅速升高.为了详细研究该基因的特性,我们采用生物信...     

中国花钙细胞色素b基因片段的序列研究

参考鳗Li等鱼类线粒体DNA序列进行了中国花鲈线粒体DNA细胞色素b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为410bp,其A、T、G、C含量分别为101bp（24．63％）、112bp(27．32％）、72bp(17．56％）、125bp(30．49％）,与鳗Li等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。     

黑线仓鼠AVP基因部分序列的系统进化及结构分析

根据GenBank中黑线仓鼠（Cricetulus barabensis）同源物种的AVPcDNA序列设计引物,利用RT-PCR技术得到了黑线仓鼠精氨酸加压素（AVP）基因部分cDNA序列,包括外显子2的全部序列和外显子1、3的部分序列,共433bp,并注册到GenBank（登录号：JN227681）。该段序列共编码143个氨基酸,二级结构预测显示片段中含较多的a螺旋。该序列与其他物种相应区域的比较结果表明其同源性为84％～92％,氨基酸序列同源性为82％-93％。系统进化分析结果与物种亲缘关系的远近一致,该序列的克隆为研究AVP的表达调控机制奠定了基础,将有助于AVP的作用机制的研究及功能分析,同时该cDNA序列可作为物种亲缘关系或遗传距离研究的理想标记。     

从细胞色素b基因序列分析羚牛分子系统进化

目的分析羚牛分子系统进化,解决多年来关于羚牛分类地位及其与麝牛关系的争论。方法应用聚合酶链式反应(PCR)分别扩增羚牛、绵羊、山羊细胞色素b基因,并对其全序列(1140bp)进行测定。结合GenBank检索序列,对9种偶蹄类动物(麝牛、绵羊、羚牛等)、1种奇蹄类动物(斑马)的细胞色素b基因序列差异进行分析,并基于序列差异构建分子系统树。结果羚牛与羊亚科的动物亲缘关系最近(序列差异分别为9.085%和11.652%),与其他动物亲缘关系较远(序列差异为12.344%~23.333%),与麝牛的差异达到了13.658%。羚牛与绵羊分歧的时间约在360万年前,而与麝牛的分歧时间约在550万年前。结论将羚牛归入羊亚科较为合理,羚牛和麝牛形态和行为上很强的相似性可能是趋同进化的结果。     

按大肠杆菌高表达序列设计的入干扰素α—2b基因的化学合成和克隆

根据大肠杆菌高表达序列重新设计了人干扰素α—2b基因编码区的核苷酸序列，应用化学合成的方法合成了多个互补DNA片段，经互补片段分别退火和连接后，将完整编码区分两段分别克隆于pUC19质粒中，进行DNA序列分析，分别选取序列完全正确的两种克隆片段进行重组，获得了与设计序列完全一致的含有完整编码区的人干扰素α—2b基因。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的蜻亚科部分种类分子系统学研究(蜻蜓目:蜻科)

通过PCR及PCR产物的直接测序技术,测定了蜻蜓目蜻科蜻亚科的灰蜻属、宽腹蜻属和蜻属共7种蜻蜓的线粒体DNA细胞色素b基因的部分核苷酸序列（长度为576bp）,探讨了蜻亚科的分子系统学．在所有序列中A＋T平均含量较高,为70．2％,而氨基酸密码子第3位点的A＋T平均含量最高,为85．4％．多态住点数为180个,占总位点数的31．25％,显示出DNA序列变异丰富．基于邻接法、最大简约法和贝叶斯法的分子系统发生,分析结果支持灰蜻属是较进化的类群,宽腹蜻属次之,蜻属是相对分化较早、较古老的类群,这3个属的关系是蜻属→宽腹蜻属→灰蜻属。     

基于Cyt b基因全序列分析河南7种菊头蝠系统发育关系

采用分子系统发育分析方法对菊头蝠科蝙蝠的系统发育关系和分类地位进行研究,以7种127个蝙蝠为研究对象,测定了mtDNA Cytb基因全序列(1140kb),用最大简约法(maximum parsimony,MP)和最大似然法(maximum likelihood,ML)建系统发育树,对菊头蝠种间亲缘关系及分类地位进行分析,角菊头蝠、菲菊头蝠和大耳菊头蝠属于较原始的种类,且彼此间有较近的亲缘关系;大菊头蝠、皮氏菊头蝠关系较近,为较原始的类群;马铁和中菊头蝠关系较近,为后分化的类群.     

苜蓿盲蝽属(Adelphocoris)细胞色素B基因片段序列分析(半翅目:异翅亚目:盲蝽科)

用蛋白酶K消化法提取并正反链双向测序获得半翅目盲蝽科盲蝽亚科苜蓿盲蝽属（Adelphocoris）6个种以及苜蓿盲蝽Ad．lineaolatus的3个种群的线粒体DNA细胞色素b基因片段的序列,应用Mega计算该8个cytb432bp片段序列的碱基组成、核苷酸的种间变异率和所编码的144个氨基酸的变异率,序列的碱基组成中A＋T的平均含量较高且在第三位点最高。平均达到81．6％,表明该基因在密码子的使用上具有偏向性,变异位点和信号位点多发生在三联体密码子的第三位点,第二位点最为保守,不同异型序列间的转换＋颠换（ns＋nv）值最高的为100,最小的为0;转换／颠换（ns／nv）值最高为9．33,在Ad．fasciaticollis与Ad．sutualis之间,最低为0．88,在Ad．lineaolatus的宁夏和甘肃种群之间。几种颠换类型都能够在本属的异型序列之间看到,苜蓿盲蝽属的不同异型序列间的差别大小各异,差异最大的是苜蓿盲蝽Ad．lineaolatus的甘肃种群（Ad．lineaozatus2）与内蒙古种群（Ad．lineaolatus3）之间,具有100个碱基的差异,宁夏种群与甘肃种群之间的核苷酸变异率为7％,而二者与内蒙古种群的变异率分别为23％和28％,大于或等于与其他种类间的变异,所以该2个种群与内蒙古种群（典型的Ad．lineaolatus）已处在种化过程的末期,已经形成不同的新种,种间差异最小的是Ad．rufescens与Ad．luridus,变异率为0,应为同一个种,所以Ad．rufescens的分类地位有待于进一步研究证实。     

The longest ultraconserved sequences and evolution of vertebrate mitochondrial genomes

ULTRACONSERVED SEQUENCES (ULTRACONSERVED, 100% IDENTITY WITH NO INSERTIONS OR DELETIONS) AND SMALL RNA IN GENOMES OFTEN PLAY A SPECIAL ROLE IN LIFE AND EVOLU- TION OF MANY SPECIES[1-4]. WE COMPARED 753 GENOMESOF BACTERIA, ARCHAEA, AND MITOCHONDRIA (MORE T…     

移位变换下一类进化树的重构问题

讨论多重基因组在移位变换下的一类进化树的重构问题：给定一个由若干基因组组成的集族∏与另一个基因组A,其中所有基因组由同样的一些有向的基因组成,且每个基因组由相同数目的染色体组成,每一个基因在每个基因组中恰好出现一次,所有基因组有相同的尾基因集合,要求构造一个由A到∏的进化树,使得沿此树所发生的移位变换数目最少．给出由一个基因组生成一些给定基因组的近似算法;在一个特殊情况下给出其多项式时间算法．     

基于系统调用序列的状态转换检测新方法

以系统调用序列为对象提出一种新的状态转换检测方法，它结合历史系统调用序列和当前系统调用进行分析，提取直接和间接转换，并采用多元统计方法为转换加入参数，累计异常度．测试表明该模型有较高检测率和可操作性，比原方法更能有效得检测出未知类型入侵．     

青海湖裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

对青海湖裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、克隆及其序列测定,其全序列长度为1140bp,其中T、C、A、G含量分别为355(31．1％)、296(26％)、305(26．8％)、184(16．1％)。GC含量为42．1％;分子量为349693u。     

棉花GhADF7基因结构与进化分析

ADF蛋白是一种在真核生物中广泛存在的低分子量的肌动蛋白结合蛋白,在细胞分裂、细胞运动、花粉管伸长等重要的生命活动中发挥着重要的作用．我们以陆地棉（Gossypium hirsurum）叶片DNA为模板,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增分离获得棉花GhADF7基因．该基因长度为902bp,包含420bp阅读框;编码区含有3个外显子和2个内含子;其编码的ADF蛋白含有139个氨基酸残基．GhADF7与其它生物的ADF蛋白具有较高的同源性．其中GhADF7与NtADF1,NtADF2的亲缘关系较近,与LIADF、ZmADF的亲缘关系次之,它们的氨基酸序列同源性在75％～79％之间．上述系统发育进化分析表明,植物ADF基因具有高度保守性．     

灰数序列关联分析

定义了取数一致(或取数相反)和取数顺序一致(或取数顺序相反)的离散灰数,指出了两者之间的关系.通过定义灰关联度的白化值为灰数比较序列的白化序列与灰数参考序列的白化序列的关联度给出了灰关联度定义.进一步给出了灰关联度最小、最大白化值的一种计算方法和一些比较序列与参考序列的关联序的一种排法.对取数一致的灰数序列,给出了一种计算灰关联度的简便方法.     

几种鹤类线粒体DNA的差异和亲缘关系分析

采用聚合酶链式反应,从丹顶鹤(G.joponensis♂)、白枕鹤(G.vipio♀)、灰鹤(G.grus)及丹顶鹤♂和白枕鹤♀的4个杂交子代中分别扩增出线粒体DNA细胞色素b基因,并测定出细胞色素b碱基序列,它们之间的序列差异在0.1%～7.2%之间.序列分析表明几种鹤类细胞色素b基因序列的碱基变化主要是转换和颠换,转换的比率大于颠换;绘制几种鹤类细胞色素b之间的亲缘关系进化树表明丹顶鹤和灰鹤的进化距离更近,4个杂交子代与母本白枕鹤的亲缘关系更近.