镍矿区紫茎泽兰根际及内生细菌多样性研究

利用变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术对四川省攀枝花市镍矿区紫茎泽兰根际及不同器官中内生细菌多样性进行分析. 结果表明, 紫茎泽兰根际与不同器官内生细菌多样性存在明显差异, 香农 威纳指数(H)、丰度(S)及均匀度(EH)皆表现为根际土＞叶＞茎＞根. 土壤重金属含量与内生细菌多样性相关性分析表明, 样品的丰度(S)与Zn含量呈显著正相关 (P<0.05). 典型对应分析(cononical correspondence analysis, CCA)显示, 根际土细菌多样性受Zn、Cd、Pb、Ni等重金属负向影响; 紫茎泽兰叶内生细菌多样性与土壤Cu元素浓度呈负相关关系. DGGE条带回收测序结果显示, 根际及内生细菌主要为变形菌门(Proteobacteria)、异常球菌 栖热菌门(Deinococcus Thermus)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、放线菌门(Actinobacteria)及部分不可培养的细菌.     

基于高通量测序技术分析七种梨内生细菌多样性

目前对于梨内生细菌多样性的研究几乎为零,这在很大程度上限制了梨内生细菌资源的开发和利用.为了探明梨内生细菌多样性,挖掘潜在的微生物资源及功能,研究采用高通量测序技术测定7个不同品种梨内生细菌菌群16S rRNA基因V4～V5区序列,并进行生物信息学分析.在7个不同品种梨中获得有效序列数为30 001～42 255条,并聚成33～99个可操作分类单元(OTU),涉及17个门、28个纲、52个目、85个科以及120个属.此外,7个梨品种内生细菌的Shannon指数、Simpson指数和Chao指数分别在0.481～1.154、0.452～0.730和42.333～103.875之间,说明测定的7个不同品种梨含有丰富的内生细菌种类,其中丰水梨和水晶梨内生细菌最为丰富.不同分类阶元的统计结果表明,不同品种的梨在门、纲、目、科、属水平上的主要内生细菌类型相同,但具体占比不同. 7种梨内生细菌多样性均较为丰富,且不同梨品种菌群结构存在一定差异.研究为进一步揭示梨与内生细菌之间的互作关系提供参考,为后续研究奠定基础.     

牛大力内生细菌的多样性及其促生特性研究

为研究牛大力Callerya speciose内生细菌多样性组成及其促生特性,从经表面消毒处理的牛大力根茎组织中分离内生细菌,采用16SrDNA序列分析法对内生细菌的多样性进行系统发育分析,并以固氮、溶磷性、产铁载体、产IAA能力等为指标,对内生细菌进行促生特性检测。从牛大力根和茎中共分离到59株内生细菌,包括16属20种,芽孢杆菌属是牛大力的优势菌群;在20种分离菌株中,分别有11,17,7株具有潜在的固氮、溶磷性、产铁载体能力,有13株菌可以合成IAA。其中RH17-2、RH17-5、GR2-1 3株菌同时具备固氮、溶磷性、产铁载体、产IAA 4种促生特性。从牛大力中分离得到的内生细菌具有丰富的物种多样性和促生特性,在未来的农业生产上具有潜在的应用价值。     

3个杂交水稻亲本成熟期种子内生细菌多样性研究

通过传统微生物培养方法,对成熟期的杂交水稻亲本“深08S”、“和620S”及“16A007”种子内生细菌群落结构多样性进行分析。实验表明,处于成熟期的杂交水稻亲本种子内生细菌群落结构具有多样性。“深08S”种子内生细菌含40个分类操作单元(operational taxonomic units, OTU),分属Firmicutes、Proteobacteria、Actinobacteria及Bacteroidetes类群,其中,第一优势菌属为Rhizobium,丰度为15.83%,第二优势菌属为Bacillus,第三优势菌属为Sphingomonas和Curtobacterium。“和620S”种子内生细菌含20个OTU,分属Firmicutes、Proteobacteria及Actinobacteria类群,其中,第一优势菌属为Curtobacterium,丰度为25.33%,第二和第三优势菌属分别为Microbacterium和Pantoea。“16A007”种子内生细菌含24个OTU,分属Firmicutes、Proteobacteria及Actinobacteria类群,其中,第一优势菌属为Pantoea,丰度为35.00%,第二优势菌属和第三优势菌属分别为Micrococcus和Pseudomonas。相比处于灌浆期的水稻种子内生细菌,成熟期的水稻种子内生细菌更丰富,种类更多。由研究可见,种子内生细菌的种类随种子成熟度而变化,成熟期的水稻种子具有丰富的内生菌资源,可为开发新的植物益生菌剂奠定基础,且水稻种子内生细菌的组成与水稻品种有一定的关系。     

感染松萎蔫病的葡萄牙海岸松中内生细菌的分离

葡萄牙海岸松被松材线虫感染后的迅速死亡表明有其他生物的介入。内生细菌是一类普遍存在的生物,它在大部分植物中能形成种群。松材线虫携带的细菌也有可能导致海岸松的迅速死亡。笔者通过培养分离得到的细菌分离物,利用扩增性核糖体DNA限制性酶切片段分析(ARDRA)和变性梯度凝胶电泳分析(DGGE),了解被感染的和未被感染的海岸松内生细菌的种群结构,以分析鉴定与松材线虫相关的细菌。从样树和松材线虫中分离的细菌Alphaproteobacteria、 Bacteroidetes 属仅存在于内生菌中,而Actinobacteria、Firmicutes被发现仅与松材线虫相关。 ARDRA和 DGGE 分析证明内生菌种群结构多样性的差异可能与松材线虫的入侵有关。这种细菌种群的多样性差异似乎与Burkholderia、 Pseudomonas 和Luteibacter属中的某些菌株有关。而从树中分离出来的Janthinobacterium agaricidamnosum、 P. lutea 和 Dyella yeojuensis 与松材线虫相关     

啤酒废水处理系统的高效菌株与微生物多样性

从啤酒废水处理系统SBR池取得的水样中分离筛选得到3株能高效降解啤酒废水COD的细菌,分别为12#、15#、23#.对3株高效菌株两两进行交互试验,考察混合菌株对废水的处理效果,并以高效菌株与活性污泥混合作用,23#与活性污泥交互作用明显,16 h后COD降解率达到75.13%;应用PCR-DGGE技术对啤酒废水生物处理系统的微生物多样性进行分析,对取自水解酸化池与SBR池中不同深度以及不同处理时段的水样,预处理后抽提基因组DNA,用细菌通用引物进行PCR扩增,PCR产物用变性梯度凝胶电泳进行分离,分析活性污泥样品中的微生物多样性.     

西沙野生诺尼内生细菌群落多样性初步研究

采用构建16S rDNA克隆文库方法,首次对我国海南永兴岛西沙野生诺尼果内生细菌的群落结构和多样性进行初步研究.首次采用Mothur软件对诺尼果内生细菌克隆文库数据进行分析,构建Mothur软件数据分析平台.构建的西沙野生诺尼果内生细菌16S rDNA克隆文库中,93个克隆分属于12个不同可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),序列比对结果表明大部分克隆与已知细菌16S rDNA序列相似性较高.分别属于变形菌门(Proteobacteria)的Alpha、Beta、Gamma亚群,放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes).水库杆菌属(Piscinibacter sp.)细菌为野生诺尼果内生细菌优势菌群.优势菌属分别为水库杆菌属(Piscinibacter sp.)为80.65%,蛋白胨菌属(Peptoniphilus sp.)和链球菌属(Streptococcus sp.)均为3.23%,甲基杆菌属(Methylobacterium sp.)为2.15%.研究结果表明西沙野生诺尼果中存在较为丰富的内生细菌资源,将为进一步研究奠定理论基础.     

北京优质杂交玉米种子内生细菌种类多样性

通过传统微生物培养方法研究北京市自主培育并具有遗传相关性的优质杂交玉米种子内生细菌种类的多样性。实验表明来自共同父本京2416的杂交玉米京华8号、京农科728、京单68和NK718种子的内生细菌分别有10,14,13和18个OTUs;Microbacterium maritypicum DSM 12512T (AJ853910)是京农科728种子的第一优势种,是京单68种子的第二优势种,也是NK718种子的并列第三优势种;Microbacterium saperdae IFO 15038T(AB004719)是京农科728和京单68的并列第三优势种。来自共同父本京92的杂交玉米京科968和京科665种子的内生细菌分别有14和7个OTUs;京科968种子的第二优势种Bacillus horneckiae DSM 23495T(FR749913)也是京科665的第一优势种。结果表明玉米种子基因型对其内生细菌的种类多样性具有一定的影响,来自共同父本的杂交玉米内生菌在OTU数目上相近,并且具有相同的优势菌种;不同父本的玉米种子内生菌OTU数目不同,且内生菌群落结构也有所差异。这是首次以具有遗传相关性的北京优质玉米杂交种子为实验材料研究玉米种子内生细菌种类多样性与其基因型的关系。     

滇重楼根可培养内生细菌多样性分析及促生菌筛选

为了探究滇重楼根的内生细菌的多样性以及筛选促生菌株,从云南丽江采集5年生滇重楼,并从0.1 g根中分离获得228株内生细菌. 16S rDNA序列分析结果表明,这些内生细菌归属到4个门,5个纲,7个目,11个科,13个属,其中假单胞菌属(40.35%)和芽孢杆菌属(22.37%)为优势属.之后,通过与小麦幼苗的共培养,筛选获得10株具有促进生长作用的菌株. YNR32016菌株对小麦幼苗的株高的促进作用最强,与对照相比增长了72.43%;YNR32041菌株对小麦幼苗的根长的促进作用最强,与对照相比增长了602.51%; YNR32046菌株对小麦幼苗的茎粗的促进作用最强,与对照相比增长了26.87%.结果为深入分析滇重楼不同组织内生菌的多样性以及开发促生菌资源奠定了基础.     

产吩嗪羧酸抗生素的植物根部致金色假单胞菌的菌株多样性分析与鉴定

从新疆和北京两地的十余种经济植物中的4种植物的根部分离筛选到6株可向培养基中分泌橙黄色色素物质的根内内生菌和根表附生菌,采用BOX—PCR基因组指纹图谱扩增技术对这6株细菌的遗传多样性进行了分析,结果表明这6株细菌可以划分为3个遗传群。采用系统发育和表型分析相结合对这3个遗传群的代表菌株的分类地位进行了鉴定,结果表明3个代表菌株均为绿针假单胞菌致金色假单胞菌亚种（P$eUdomonoschlororo础如subsp．aureofaciens）。采用薄层层析对3个代表菌株的色素分泌物组成进行了分析,结果显示3个代表菌株的色素分泌物组成完全相同。进一步采用电喷雾质谱和核磁共振分析确认色素主要组分为吩嗪-1-羧酸（Phenazine-1．carboxylicAcid,PCA）,并对其抗真菌活性进行了分析。结论：植物根部产吩嗪羧酸抗生素的致金色假单胞菌在菌株水平上存在着显著的多样性,这种多样性与其地理分布的多样性和宿主植物的多样性之间存在着一定程度的对应关系,其中的3株内生细菌LJ1、GL1、TC1由于与宿主植物存在极为密切的关系而有可能作为生物活体农药直接应用于宿主植物病害的生物防治,显示了很好的应用潜力。     

植物内生细菌研究及其应用

综述了植物内生细菌的研究现状(即植物内生细菌的生态学和植物病理学2个方面的内容),植物内生细菌的生物学作用及其作用机制,并对植物内生细菌研究中存在的问题进行了探讨,对其应用前景进行了展望.     

植物内生菌次生代谢产物活性多样性及其应用前景

植物内生菌(endophyte)包括内生真菌、内生细菌和放线菌,是一类新型微生物资源,在农业和医药业上有潜在应用价值。植物内生菌次生代谢产物具有丰富的化学结构多样性和广泛的生物活性,能够促进植物生长,提高植物对生物胁迫和非生物胁迫抗性等。从植物内生菌的种类及具有各种生物活性的植物内生菌次生代谢产物方面进行了介绍,并对他们在杀虫、抗菌、抗肿瘤等生物胁迫和在促进土壤修复、促进植物生长、抗氧化、抗渗透等非生物胁迫中的作用进行了阐述,分析了内生菌次生代谢产物在研究中存在的问题以及对这些植物内生菌次生代谢产物的应用前景和潜在价值进行了探讨。     

盐度影响珠江口浮游细菌形成特殊生态位

通过对珠江口水域进行水样的高通量测序, 获得 16S rRNA 基因序列, 分析结果表明, 盐度是影响珠江口浮游细菌Alpha和Beta多样性的主要环境参数之一, 并且低盐度样品中浮游细菌具有相对高的遗传多样性。将盐度分为低、中、高3个组, 通过群落组成分析验证表明, 该研究区域内总样本与盐度分组样本浮游细菌的优势菌和核心菌的分类学信息差异较大。总样本中优势菌是变形杆菌门, 核心菌多为酸杆菌门。低盐度组样本中核心菌主要为C111科, 中盐度和高盐度组均为OCS111科, 来自酸杆菌门。低盐度浮游细菌与中高盐度浮游细菌的核心菌物种完全不重合。对盐度进行交叉细分, 并对浮游细菌进行共发生网络分析, 结果表明, 细分的盐度分组下, 珠江口浮游细菌群落形成紧密联系且彼此独立的模块, 且模块内部物种组成关系复杂。     

蒲公英不同部位可培养内生细菌种类及其与有机酸、黄酮含量的相关性研究

为了分离蒲公英的可培养内生细菌，以及探究内生细菌数量分别与蒲公英有机酸和黄酮类物质的相关性，对蒲公英根、茎、叶和花中的内生细菌进行分离、纯化和鉴定.采用高效液相色谱法(HPLC)测定蒲公英不同组织部位有机酸和黄酮类物质的含量，采用SPSS 17.0统计软件分析蒲公英可培养内生细菌数量分别与有机酸和黄酮类物质的相关性.从蒲公英中共分离纯化得到可培养内生细菌22株，根、茎、叶中的内生细菌数量存在差异，其生物活性成分有机酸和黄酮类物质含量存在相关性，其中绿原酸含量与细菌数量呈显著性正相关(P<0.05).     

植物内生细菌及其生防作用研究进展

植物内生细菌定殖于健康植物体内,与寄主植物在长期进化过程中形成了和谐联合关系,对寄主植物具有防病、促生、固氮和生物修复等生物学作用,目前已被广泛应用于植物病害的生物防治。近年来,通过基因工程手段对植物内生细菌进行基因改造,增强了内生细菌的生防潜能和综合防治效果。笔者从植物内生细菌的概念、分类鉴定方法、与寄主植物的互作等方面概述了植物内生细菌的国内外研究成果,并着重探讨了内生细菌的植物修复能力和内生细菌在农林业病虫害防治上的应用潜力以及存在的问题。     

10种蔬菜内生细菌的分离筛选

以抑制植物主要病害病原菌和内生防病相关酶活性为评价标准,从蔬菜作物体内分离筛选植物内生细菌资源。从苦瓜、丝瓜、空心菜、大豆等10种蔬菜体内分离到101株细菌,发现内生细菌在不同种类的蔬菜中出现的频率不同,其中丝瓜叶上的内生细菌数量最多,洋葱体内分离到的内生细菌数量最少。运用平板对峙法从中筛选出了对黄瓜枯萎病菌、番茄青枯病菌、水稻细条病菌、荔枝霜疫霉病菌等有较强拮抗作用的菌株,获得对以上4种病菌均有拮抗作用的内生细菌有41株,占总株数的40．6％。对101株细菌进行纤维素酶、蛋白酶和几丁质酶活性测定表明,同时具有3种酶活性的菌株有32株,占总菌数的31．7％。从中选出13株拮抗效果较好的内生细菌。经初步鉴定均属于芽孢杆菌属（Bacillus sp）。进一步对筛选获得的同时对以上4种病原菌均有拮抗作用,且具有纤维素酶、蛋白酶和几丁质酶活性的13号、14号、59号和82号菌株进行16SrDNA序列分析,表明4个菌株均为枯草芽孢杆菌（B．subtilis）或其近缘种。     

生活饮用水的细菌检测与分析

目的了解某水厂生活饮用水的细菌学指标情况及其变化规律,利于对水体环境进行治理,以控制水源性疾病的传播。方法选取2018年1月至3月随机抽取的该厂水样共105份水样作为检测样本,共包括45份出厂水水样、12份源水水样以及48份管网水水样。对所选水样样本进行细菌检测与分析,检测方法为传统饮用水微生物检测法。分析所选样品的细菌学情况。结果对所选水样进行细菌性学检测,结果显示该厂的出厂水、管网水、源水水样细菌总数以及总大肠菌群合格率分别为64.4%、57.8%,33.3%、22.2%,33.3%、25%,其中出厂水合格率尚可,但管网水及源水的合格率较低。结论该厂的管网水及源水的水质控制欠佳,需要加强监测,避免影响出厂水的水质状况,进而影响居民身体健康。     

植物内生放线菌多样性研究

放线菌药物开发遇到越来越大的困难.植物内生放线菌是一类研究较少,但很有开发潜力的资源.叙述内生放线菌的宿主多样性,物种多样性,产物多样性,并对值得重视的问题进行了探讨.     

浙江清凉峰地衣内生菌物种多样性及活性研究

采用挑取地衣体髓层菌丝法对浙江省清凉峰的地衣内生菌进行分离培养。基于ITS序列和28S序列的系统发育分析表明,选取的55株内生菌都属于子囊菌门且具高度的物种多样性。用滤纸片法检测该内生菌次生代谢产物的抗细菌、真菌活性,发现其中有8株具抗菌活性,占所测菌株的14.55%,抑菌圈的直径最大达到3 cm。研究表明地衣内生菌可产生丰富的具抑菌活性的次生代谢产物,可作为对多种病原物具有抑菌活性物质筛选的资源,是抑菌活性物质潜在的、丰富的资源库。     

文山州广南县农村饮用水源细菌总数和大肠菌群的检测

对文山州广南县9个具有代表性的农村饮用水源点进行细菌总数和大肠菌群的检测，初步了解云南省文山州广南县农村饮用水卫生状况。在选定的9个水源点进行水样采集，并用平板菌落计数法和多管发酵法分别对水样中细菌总数和大肠菌群进行检测。发现水样6和水样7细菌总数〈100个/mL，其余水样〉100个/mL；9个水样的大肠菌群均有检出。通过检测发现，所抽取9个饮用水水源均不符合我国饮用水卫生标准（GB5749-2006），不适宜直接饮用。