南岭国家濒危植物长柄双花木遗传多样性研究

应用ISSR分子标记技术,对长柄双花木(Disanthus cercidifolius var.longipes)5个南岭野生种群的遗传多样性进行了初步研究.8条ISSR引物扩增出101条带,其中64条具多态性,多态位点百分率为63.37%.总的Nei's基因多样性指数为0.285 9,种群内基因多样性(Hs)为0.274 1,长柄双花木在物种水平上遗传多样性水平较低.在种群水平上,种群多态位点百分率在60%~75%之间,Nei's基因多样性指数为0.269 5~0.282 4,Shannon信息多态性指数为0.384 5~0.399 9.道县种群和莽山种群的遗传多样性水平较高.种群间的基因分化系数为0.041 4,表明长柄双花木绝大多数遗传变异发生在种群内的个体间(95.86%).UPGMA聚类分析结果表明:5个野生种群未按地理位置进行聚类,连州2个种群较为特殊,先与江西井冈山种群聚在一起,具体原因有待进一步研究.     

不同地区桐花树种群的分子遗传变异分析

利用RAPD和ISSR两种分子标记,对4个不同纬度桐花树种群的遗传多样性和遗传分化进行探讨,根据RAPD和ISSR数据计算遗传距离并进行聚类分析.结果表明,4个种群桐花树遗传变异性低,4个纬度桐花树种群分为南北两个类群,海南和广西为1个类群,广东和福建为1个类群.利用Shannon's指数计算4个种群的遗传多样性,广西种群多样性指数最高,福建种群最低.大部分的遗传变异存在于种群内(64%),小部分的遗传变异存在种群间(36%).本文同时探讨了种群遗传保护和引种策略.     

山东长岛南4岛狗尾草（Setaira viridis（L.）Beauv）种群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术研究了山东省长岛县南部4岛90份狗尾草材料的遗传多样性及遗传结构.13个ISSR引物共扩增出148个位点,多态性位点比率为70.30%,Shannon信息指数在物种水平上为0.344 9.根据Gst值,遗传变异有16.53%发生在种群间.遗传距离分析表明,NCS种群与DHS种群遗传一致度最高,遗传距离与地理距离之间没有相关性.     

基于ISSR标记的5个南京椴种群的遗传多样性分析

采用ISSR标记技术分析了5个南京椴种群共147单株的遗传多样性。从55条简单重复序列引物中筛选出11条多态性引物,共扩增出80条带,其中76条多态性带,多态性比率为95.00%,平均每条引物可扩增出7.0条带。南京椴Shannon多样性指数变化范围为0.211 7~0.322 7,物种水平多样性为0.407 7;Nei基因多样性为0.140 5~0.211 9,物种水平为0.264 3;有效等位基因数的变异范围为1.240 3~1.356 6,物种水平的有效等位基因数为1.432 6。AMOVA遗传变异巢式方差分析结果表明种群间变异占总变异的34.99%,种群内个体间的变异占总变异的65.01%,约为群体间变异的2倍,说明南京椴群体内个体间的变异在其遗传变异中占主导地位。遗传变异分析表明：种群内和种群间的变异系数分别为0.257 1和0.176 0;物种水平的基因分化系数为0.315 4,种群间的基因流Nm为1.085 5。基于遗传相似系数的UPGMA聚类分析将5个种群明显聚为3支。     

角倍蚜与其唯一夏寄主植物盐肤木种群遗传多样性比较

基于ISSR分子标记技术对贵州省8个种群共106个盐肤木样本进行遗传多样性和遗传分化分析,并与对应的角倍蚜种群ISSR研究结果进行比较.结果显示8个盐肤木种群11条引物随机扩增检测到171个多态位点,多态位点比率为100%,Shannon多样性指数和Nei基因多样性指数分析反映了与多态位点比率相一致的结果.该结果与角倍蚜多样性指数进行比较,发现角倍蚜和盐肤木种群的遗传多样性具有同样的变异趋势,且盐肤木种群的遗传多样性高于角倍蚜种群遗传多样性,相关性检验(P＜0.01)表明二者之间具有明显的相关性;由Nei指数估计角倍蚜和盐肤木种群的遗传分化系数分别为0.23和0.19,二者具有相似的遗传分化水平,这种相似性表明二者具有明显的协同进化关系.UPGMA聚类结果表明,不同地域角倍蚜与盐肤木种群遗传距离与地理距离不相关,从二者聚类关系来看,也没有对应关系,这可能主要与二者属于明显不同的生物类群,以及本身固有的不同的生存方式和繁殖系统有关.     

大连地区黄精与多花黄精遗传多样性的ISSR比较分析

采用ISSR分子标记技术,对采自大连地区3个黄精野生种群(共79个个体)和5个多花黄精野生种群(共146个个体)进行了遗传多样性分析和比较.12个ISSR引物在黄精和多花黄精种群分别扩增出137条和161条条带.其中,黄精种群多态位点比率(PPB)、Nei’s指数(h)和Shannon信息指数(I)分别为86.86%、0.279 7和0.423 4,其遗传分化系数(G_(st))和基因流(N_m)分别为0.398 2和0.755 6;多花黄精种群PPB、h、I分别为94.41%、0.3398、0.5059,其G_(st)和N_m分别为0.3084和1.1215.研究结果表明,黄精和多花黄精天然种群均具有较高的遗传多样性,且黄精种群遗传多样性明显低于多花黄精.黄精各种群的遗传多样性偏低,种群间较大的遗传差异导致其物种水平的遗传多样性较高.     

凉水、丰林国家自然保护区红松遗传样性的ISSR分析

采用了ISSR分子标记技术对凉水和丰林地区的两个红松种群的74个个体进行了遗传多样性分析.13个随机引物共检测到103个可重复的位点,其中82个具有多态性,多态位点百分比分别为73.79%和71.84%.Shanron信息指数和Nei指数的统计结果都表明,红松的遗传多样性凉水种群大于丰林种群,红松种内的遗传变异主要存在于群体内,种群内存在一定的遗传分化.     

野生和栽培紫丁香种群遗传多样性的比较研究

采用ISSR分子标记技术,对采自阜新丁香岭、海棠山和朝阳云蒙山、石洞沟村的4个紫丁香野生种群和大连英歌石植物园的1个栽培种群的153个个体进行了遗传多样性分析和比较.11个ISSR引物从紫丁香基因组总DNA中共扩增出82条带.分析结果表明:在物种水平上,紫丁香种群的多态性条带百分率(PPB)、Nei's基因多样性指数(h)、Shannon信息指数(I)分别为95.12%、0.360 1、0.530 4,其遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.137 6和3.133 2.在种群水平上,4个野生种群HTS、SDG、DXL、YMS的多态性条带百分率分别为86.59%、73.17%、78.05%、73.17%,而栽培种群YGS的多态性条带百分率为69.51%,野生种群比栽培种群表现出较高的遗传多样性.     

夏蜡梅SSR引物适用性分析及其在遗传多样性研究中的应用

【目的】筛选适合夏蜡梅(Sinocalycanthus chinensis)遗传多样性分析的SSR(simple sequence repeats)引物并进行遗传多样性分析。【方法】从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中,随机选取了344对SSR引物,以夏蜡梅6个不同种群的DNA为模板,运用聚丙烯酰胺凝胶电泳法进行引物筛选,根据扩增产物带型的丰富度,筛选出具有多态性的SSR引物;挑选扩增带型数在4以上的SSR引物,进一步验证这些引物在夏蜡梅种群间和种群内的适用性;利用已验证的引物对6个夏蜡梅种群的遗传多样性和遗传结构进行分析。【结果】共有148对引物能够扩增出清晰条带,占选取引物总数的43.02%,其中29对引物具有多态性,占扩增总数的19.60%;有15对引物扩增带型数在4以上,这些引物具有更高的多态性。对这15对高多态性引物进一步分析发现,根据扩增的带型数和遗传参数,这些引物均可用于种群间遗传多样性分析;同时,这15对引物可进一步分为3类,所揭示的遗传多样性程度依次降低。在种群内遗传多样性分析时,根据带型数及其分布和遗传参数,第1类、第2类及第3类中的P004和P061在各个种群内扩增的带型数较多且分布较为均匀,具有更高的多态性;而P021、P075、P095、P098、P018等5对引物在部分种群内扩增的带型数相对较少且分布较为集中,多态性相对较低。利用15对引物分析6个种群的遗传多样性得知,夏蜡梅的总基因多样性指数(Ht)为0.625 0,各种群的基因多样性指数为0.251 8~0.400 2,Shannon’s指数(I)为0.419 7~0.668 1,平均基因多样性指数(Hs)为0.3230。【结论】此次实验结果说明夏蜡梅物种水平具有较高的遗传多样性,但各种群内遗传多样性较低。聚类分析将6个种群分为3个分支,且各分支之间遗传距离较远,种群间遗传分化系数(Gst)为0.437,种群内近交系数(Fis)为0.430,种群间基因流(Nm)为0.309 4,基于AMOVA分子方差分析,56%的变异来自种群间,44%的变异来自种群内,这说明夏蜡梅种群间遗传分化显著,种群内存在显著的近交现象,各种群间基因交流受阻。     

海南海桑遗传多样性的ISSR研究

采用简单序列重复区间扩增(ISSR)分子标记技术对分布于海南岛的海南海桑Sonneratia hainanensis 4个种群共33个个体进行了遗传变异分析.11条引物共扩增出166条带,其中142条具多态性,多态位点百分率为85.54%.在种群水平上多态位点百分率14.46%～80.12%,平均为46.24%.期望杂合度、Shannon信息指数在物种水平上分别为:0.232 9和0.361 9;在种群水平上分别为0.153 8和0.231 7.依据Gst值,海南海桑遗传变异发生在种群内的个体间占75.89%,24.11%的遗传变异发生在种群间.UPGMA聚类结果为来自文昌的2个天然种群聚为一类,东寨港引种栽培的2个人工种群聚为另一类.Mantel检验表明海南海桑种群间的遗传距离与地理距离间存在显著的正相关(P＜0.05).种群遗传多样性与环境因子间的相关性分析表明:海南海桑的遗传多样性水平与土壤总氮量、有机质含量呈显著负相关(P＜0.05).     

野生和人工选育黄河鲤遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对采集于长垣天然文岩渠(野生群体)、河南省水产科学研究院(黄河品系Ⅰ群体)、小浪底水库(野生群体)、河南黄河鲤鱼良种场(豫选黄河鲤群体)的4个群体黄河鲤的120个个体的遗传多样性进行了分析.8个ISSR引物共获得64个扩增位点,其中多态位点31个,多态位点比例为48.44%.4个群体的多态位点比例分别为14.06%,32.81%,34.38%和20.31%,遗传距离分别为0.0576、0.1657、0.1674和0.0800,Nei基因多样性分别为0.0538、0.1099、0.1308和0.0723,Shannon信息指数分别为0.0784、0.1669、0.1923和0.1072.文岩渠群体与黄河品系Ⅰ群体遗传距离最远(0.1717),与小浪底水库群体遗传距离最近(0.0558).表明这些群体间发生了较弱的遗传分化.UPGMA聚类结果为文岩渠群体与小浪底群体先聚在一起,其次是与豫选黄河鲤,最后与黄河鲤品系Ⅰ相聚.用AMOVA进行遗传变异方差分析得到遗传变异固定指数(Φst=0.0179,P0.05),显示黄河鲤大部分变异(98.21%)发生在群体内,群体间变异较小(1.79%).说明人工选育群体的遗传结构尚未发生明显变化.     

濒危植物长叶红砂ISSR扩增条件的优化与引物筛选

对濒危植物长叶红砂(Reaumuria trigyna Maxim)的核基因组DNA进行ISSR扩增条件的优化与引物筛选.利用单因素实验,测试了ISSR-PCR反应体系中模板DNA的含量、引物浓度、Master Mix等因素对反应结果的影响,经过优化实验,建立了长叶红砂ISSR-PCR的最佳反应体系,15μL PCR反应体积包括Mix 4.5μL,模板DNA 20ng,引物0.6μmol/L.利用优化反应体系,从60个ISSR引物中筛选出稳定性好、重复性高的14个引物.对长叶红砂5个种群的85个个体进行扩增,共扩增出110个位点,其中多态位点102个,多态位点百分率为92.73%.长叶红砂ISSR反应体系的建立为利用ISSR分子标记技术进一步研究长叶红砂的遗传多样性奠定了良好的基础.     

内蒙古西部地区砂珍棘豆(Oxytropis racemosa Turcz.)遗传多样性分析

用ISSR分子标记对内蒙古西部地区砂珍棘豆（Oxytropis racemosa Turcz．）3个不同生境的地理种群进行了种群遗传多样性分析．结果表明：砂珍棘豆种群具有较高的遗传多样性，14个ISSR引物扩增出284条带，Shannon多样性指数，一0．3630，Nei’s多样性指数H=0．2234，物种总基因多样性（HT）为0．2236，种群内基因多样性（Hs）为0．2085，大部分遗传变异（93．27％）存在于种群内，6．73％的遗传变异存在于种群间．遗传分化系数（Gst）为0．0673，基因流（Nm）为6．9318，说明种群间有很强的基因交流，遗传漂变不会引起遗传分化．UPGMA遗传距离聚类结果表明，3个地理种群中，乌审旗和伊金霍洛种群先聚在一起，然后与鄂托克种群聚在一起，遗传距离与地理距离相关，     

小豹斑鹅膏遗传多样性研究

小豹斑鹅膏子实体形态多样,不同地域所采标本有较大差异.作者应用ISSR及ITS分子标记,对采自12个不同地区的小豹斑鹅膏居群进行了遗传多样性及聚类分析.结果表明,12条ISSR引物扩增的多态性条带比例(PPB)为72.84%,居群间的基因分化系数(Gst)为0.426 1,表明小豹斑鹅膏具有丰富的基因多样性,其中57.4%存在于居群内,42.6%存在于地理隔离较远的居群间;12个地区样品的IST序列长度皆为710 bp,有30个碱基位点在ITS1区发生变异.2种方法的遗传距离分析及聚类结果基本相似,都表明小豹斑鹅膏的遗传分化与地域的相关性较大.ISSR揭示遗传分化及遗传变异的能力较ITS强.     

拟穴青蟹群体遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR技术对拟穴青蟹（Scylla paramamosain）3个地理群体：福建群体（FJ）、广西防城港群体（FC）和北海群体（BH）的遗传多样性进行检测。用10对ISSR引物对90个个体进行PCR扩增,用POPGENE32计算遗传参数,并用ARLEQUIN软件进行AMOVA分子变异分析。结果共检测到63个位点,多态位点数为56。福建、防城港和北海群体Nei＇s基因多样性指数（He）分别为0.2670、0.1819和0.2257,Shannon＇s信息指数（I）分别为0.3945、0.2708和0.3371,遗传多样性水平从高到低依次为FJ〉FC〉BH。He和I在群体水平上分别为0.2248和0.3341,在物种水平上分别为0.3186和0.4337。拟穴青触32.34%的变异发生在群体间,67.66%的变异发生在群体内,3个群体间的遗传分化系数为0.1542,产生了一定的遗传分化。     

基于MHCⅡ类B基因的凹耳臭蛙(Odorrana tormota)种群遗传分化模式

利用II类MHC基因单基因座位Odto-A作为分子标记,对皖南山区凹耳臭蛙6个种群的遗传多样性和遗传分化进行研究.结果显示,皖南凹耳臭蛙总的基因多样性为0.812,核苷酸多样性为0.018.局域种群单倍型多样性变化范围为0.531-0.864,香溪种群单倍型多样性最高,最低的是漳河种群.与线粒体cyt b基因所揭示的单倍型多样性差别不大,但B基因的核苷酸多样性较之线粒体cyt b基因的高达一个数量级.暗示MHC基因丰富的核苷酸多态性可能与其病原体抗性多样性密切相关.分子变异分析结果显示,皖南山区凹耳臭蛙种群MHC II类B基因遗传变异主要来源于种群内,种群间发生了显著的遗传分化(Fst=0.05644,P=0.00391).成对种群间的遗传分化分析结果显示,直线距离最近的浮溪和香溪种群间也发生了显著的遗传分化,暗示这两个种群经历了不同的选择压力.受平衡选择的作用,MHC基因与基于中性分子标记所揭示的遗传格局不同,基于MHC基因的种群遗传分化与水系和直线地理距离均没有明显的相关性,而与种群所经历的选择压力密切相关.结果表明皖南凹耳臭蛙不同局域种群所经历的环境病原体的选择压力存在时空变异.     

淮河乌鳢线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究

利用线粒体DNA控制区(D-loop)序列分析淮河淮滨段、凤台段、蚌埠段、洪泽湖的野生乌鳢(Ophicephalus argus)种群遗传结构及种群历史.结果表明,在790bp的同源序列中,4个种群共检测到变异位点22个,占全部序列的2.78%,84个个体共检测到33种单倍型;4个种群的平均单倍型多样性(h)、核苷酸多样性(Pi)分别为0.956 8、0.0038,表明淮河野生乌鳢种群的遗传多样性水平较高.4个种群间的遗传分化指数Fst为0.046 0,仅3.10%的变异来自种群间(AMOVA分析),基因交流值为10.3696,种群间K2-P遗传距离为0.003～0.005,从而显示乌鳢种群间没有发生明显的地理分化.NJ树揭示4个种群的个体组成2个谱系,但这2个谱系与地理分布并不相关.中性检验、错配分析和Network网络亲缘关系分析皆表明乌鳢鱼种群有过种群扩张,扩张时间约在末次冰期早期,距今51.8ka BP～74.6ka BP.     

20个红花品种资源的ISSR分析

目的:利用ISSR标记技术分析国内20个主要红花品种遗传多样性,为红花种质资源选育提供参考资料.方法:选用ISSR分子标记法对不同地理区域的20个红花品种基因组DNA进行PCR扩增.结果:20个ISSR引物共产生382条扩增带,其中多态性带366条,多态性条带比例为95.42%.10个品种间的遗传相似系数分布在0.615 2~0.790 6之间,说明不同红花品种间遗传多样性较为丰富.聚类分析结果表明,利用ISSR技术可将来自不同地区的20个红花品种分为5个主要类群.其中,杞县刺红花单独为一类群.其余四个类群均未表现出品种遗传多样性与地理分布的相关性.     

濒危植物五小叶槭(Acer pentaphyllum Diels)天然种群遗传多样性的ISSR标记分析

五小叶槭(Acer pentaphyllum Diels)是中国四川特有野生珍稀濒危植物,仅分布于雅砻江中上游干旱河谷地带;探索其遗传多样性特征可以为其遗传资源的保护和利用提供理论依据.本文采用ISSR技术对五小叶槭的5个野生种群的44份材料进行遗传多样性分析,8条引物总共检测到38个位点,其中多态性位点35个,多态位点百分率(PPL)平均为90.21%.应用分析软件Popgen32分析得出:在物种水平上,五小叶槭的香农多样性指数(I)为0.3924,Nei氏基因多样性指数(H_e)为0.2498;种群间基因分化系数(G_(st))为0.3722,种群间的基因流(N_m)为0.8433,这表明五小叶槭的遗传变异主要存在于种群内.在种群水平上,香农多样性指数(I)为0.2125, Nei氏基因多样性指数(H_e)为0.1456.结果表明木里、九龙三垭宫和康定这3个种群的遗传多样性水平较高,而雅江和九龙洛莫种群遗传多样性较低.通过Mantel检测,种群间遗传距离和地理距离之间没有显著相关性.     

甘肃南部双盾木属植物的ISSR分析

采用ISSR技术分析了甘肃南部分布的4种双盾木的遗传多样性和遗传分化．根据研究结果,指出4种双盾木属总的多态位点百分率（PPB）很高,达100％。其遗传多样性很丰富,但在种间的分布是不均匀的,结果与Nei’s基因多样度和Shahnon信息指数的遗传多样性分析结果一致,根据非加全算术平均聚类法以及ISSR特征图谱可以将不同种区分开来,得出ISSR分子标记可很好地用于双盾木属的分子鉴定和遗传背景研究的结论。