藏系绵羊贾洛类群、阿勒泰羊、新疆细毛羊线粒体DNA D-LOOP区遗传多样性研究

为探讨藏系绵羊贾洛类群的起源、进化和遗传多样性,通过对贾洛类群、阿勒泰羊、新疆细毛羊三个群体51只绵羊的线粒体DNA D-LOOP区全序列进行测序分析.结果表明:51条序列长度范围为1032-1331bp,以1181bp为主(含4个75bp重复序列),A％+T％含量大于G％+C％含量,贾洛类群与阿勒泰羊亲缘关系较近,三个绵羊群体有3个独立的母系起源,没有发现羱羊对臧系绵羊贾洛类群、阿勒泰羊、新疆细毛羊起源有贡献的证据.     

东北粗皮蛙线粒体DNA遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性(H)为0.704,核苷酸多样性(π)为0.001,平均核苷酸差异数为1.438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析(AMOVA)结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98.13%,群体间没有遗传分化(FST=0.0187),因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

新疆8个地域维吾尔族群线粒体DNA V区9 bp缺失频率与Y染色体DYS287位点多态性研究

 为研究新疆8个地域维吾尔族群体的线粒体DNA 9 bp序列缺失频率与Y染色体DYS287位点多态性,分别采用PCR扩增直接测序法和PCR结合琼脂糖凝胶电泳检测法对群线粒体DNA 9 bp缺失频率与Y 染色体DYS287位点多态性进行分析。结果表明在新疆的喀什、和田、库车、且木、哈密、吐鲁番、伊梨和尉梨县的240个无关现代维吾尔族群体中,线粒体DNA 9 bp缺失频率为3.3%,3.3%,6.6%,3.3%,6.6%,3.3%,3.3%,10%。在180个无关现代维吾尔族群男性个体中Y染色体DYS287位点全部显示为YAP-,没有显示为YAP＋。结果提示新疆不同地域现代维吾尔族群体的线粒体DNA 9 bp缺失频率相当低,9 bp缺失不是现代维吾尔族的母系遗传传结构特征,而且不同地域维吾尔族群体线粒体DNA 9 bp缺失频率没有显著性的差异。父系遗传结构单一, YAP+不是现代维吾尔族群体的父系遗传特征。研究获得了新疆不同地域维吾尔族群体的线粒体DNA 9 bp序列缺失频率与Y染色体DYS287位点多态性数据,为不同地域维吾尔族群体遗传关系的分析,法医鉴定及不同地域维吾尔族群体之间的起源关系差异提供了一定的遗传背景资料。     

内蒙古赤峰地区青铜时代古马线粒体DNA分析

为了探索中国家马的起源,对内蒙古赤峰地区大山前和井沟子遗址青铜时代9匹古马进行了线粒体DNA(mtDNA)研究,分别扩增并测序了线粒体16S rRNA基因和mtDNA控制区(D-loop)片段.结合东亚、中亚、近东、欧洲等地家马的mtDNA序列进行系统发育网络分析(phylo-genetic network).对极端保守的16S rRNA基因分析表明赤峰地区的埋藏环境适合古DNA的保存.系统发育网络显示9匹古马并没有聚集在一个聚簇中,而是分散在具有一定地理分布倾向的现代家马聚簇中.研究发现赤峰地区古马的母系遗传呈现高度多样性,对现代家马mtDNA基因池的形成具有重要的贡献,从一个侧面反映了中国家马起源的复杂性.     

中国南部沿海条纹斑竹鲨遗传多样性研究

采用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术分析了中国南部沿海闽东(MD)、闽南(MN)、粤西(YX)3个条纹斑竹鲨地理群体遗传多样性和遗传结构.结果表明,34个随机引物在这3个群体中共检测出316个位点,各群体检测出的位点数分别为308、308、303,其中多态位点数分别为49、52、42,多态位点比例分别为15.90%、16.88%、13.86%.3个群体的Shannon多样性指数分别为0.099 8、0.105 5、0.093 6;表明条纹斑竹鲨群体的遗传多样性水平较低.遗传距离和UPGMA聚类分析结果显示条纹斑竹鲨的基因交流模式属于沿海岸线的距离隔离模式,遗传差异大小与地理距离远近相关.进行分子方差分析(AMOVA)得到遗传变异固定指数(FST=0.044 04,p＜0.05),显示大部分变异(95.60%)发生在群体内部,群体间变异较小(4.40%).     

东北粗皮蛙线粒体 DNA 遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。 PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性（H）为0．704,核苷酸多样性（π）为0．001,平均核苷酸差异数为1．438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析（AMOVA）结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98．13％,群体间没有遗传分化（FST ＝0．0187）,因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

中国花钙细胞色素b基因片段的序列研究

参考鳗Li等鱼类线粒体DNA序列进行了中国花鲈线粒体DNA细胞色素b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为410bp,其A、T、G、C含量分别为101bp（24．63％）、112bp(27．32％）、72bp(17．56％）、125bp(30．49％）,与鳗Li等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。     

中国明对虾的种群遗传结构和地理变异

采用分子系统地理学的研究方法,以烟台群体(YT)、青岛群体(QD)、珠海群体(ZH)(为3个野生群体)以及阳江群体(YJ)(为养殖群体)等4个地理种群的51个中国明对虾个体为实验材料,探讨了中国明对虾地理分布格局的形成原因,并在51个样品中成功扩增出了525 bp的线粒体DNA细胞色素b(mtDNA cyt-b)片段,...     

日本囊对虾线粒体DNA COⅠ基因片段序列分析

以相应引物对日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因(mtDNA COⅠ)进行PCR扩增,经过基因重组、转化、克隆、筛选、DNA测序,得到709 bp的碱基片断.碱基组成A、C、G、T含量分别为196bp(27.64%)、129 bp(18.19%)、134 bp(18.90%)、250 bp(35.26%).与GenBank中斑节对虾(Penaeus monodon)的mtDNA CO I全序列(AF217843)比对.经分析发现本实验获得的日本囊对虾mtCO Ⅰ基因片段序列和GenBank上的同种序列(AY264897)都只是该种COⅠ基因序列的一部分,二者之间有41bp的重叠并可拼接.拼接后的总长为1515 bp.     

基于CR及Cytb基因序列的大泷六线鱼野生群体遗传多样性分析

为进一步了解山东省内大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)群体遗传背景和分化情况,合理保护与开发利用渔业资源,选取线粒体控制区(CR)和细胞色素b基因(Cytb)对分布于山东省近海沿岸的3个大泷六线鱼野生群体以及北黄海1个离岸大泷六线鱼野生群体的线粒体基因序列进行对比,分析它们的序列特征、遗传多样性和种群历史动态情况。经PCR扩增得到大泷六线鱼野生群体的CR和Cytb基因序列,全长分别为485bp和651bp。基于CR基因序列共检测到40个多态位点,单倍型多样性平均值为0.908,核苷酸多样性平均值为0.006,定义了53种单倍型。基于Cytb基因序列检测到56个多态位点,转换颠换比值为19.04,种内单倍型多样性平均值为0.934,核苷酸多样性平均值为0.005,定义了38种单倍型。对比分析表明,4个大泷六线鱼野生群体均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性。NJ系统进化树、群体间/内平均遗传距离、Fst值、基因流及AMOVA分析结果显示:山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传差异不显著,群体间存在频繁的基因交流,未形成显著的遗传分化。种群动态结果表明大泷六线鱼于更新世晚期经历了快速扩张,并形成了现有遗传格局。山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传结构之间不存在显著的地理隔离,这可能与人为增殖放流和秋冬季节黄海沿岸流及暖流有关,从而使得群体之间基因交流广泛。     

丁鱼岁遗传多样性的随机扩增多态性DNA分析

利用RAPD分子标记技术对15个丁鱼岁养殖个体的遗传多样性进行分析.选用20个随机引物对其基因组DNA进行PCR扩增,有16个引物可以扩增出稳定且清晰的条带,其中S103、S104和S105为多态引物.16个引物共扩增出65个DNA位点,片段大小在200~3 000 bp之间,其中多态性位点6个,多态位点比例为9.23%.个体间遗传距离在0~0.067 4之间,平均遗传距离为0.028 6.结果显示,丁鱼岁养殖群体的遗传多样性水平较低.     

基于线粒体Cytb基因序列的褐石斑鱼种群遗传多样性分析

为评估种质资源状况被世界自然保护联盟(International Union for Conservation of Nature, IUCN)评定为易危物种的褐石斑鱼(Epinephelus bruneus)野生种群的遗传多样性和遗传分化水平，采用PCR方法测定褐石斑鱼西太平洋海区的中国海南岛(HN)、福建厦门(XM)和韩国济州岛(HG)3个地理群体的线粒体细胞色素b(Cytb)基因的部分序列，并对其基因序列遗传变异、谱系结构和群体扩张历史特征进行分析。结果显示，褐石斑鱼3个地理种群(88个个体)共检测出18个多态位点，共有7种单倍型；各地理群体遗传多样性水平较低，而且单倍型在群体间分布不均，韩国群体遗传多样性最高，中国海南和厦门群体遗传多样性较低。地理距离最远的韩国群体和中国海南群体遗传分化最高(F_ST=0.177 5),地理距离最近的中国海南群体和厦门群体的遗传分化最低(F_ST=0.013 4)。Mantel检验结果显示，3个褐石斑鱼群体间遗传距离和地理距离间存在显著相关，距离隔离(Isolation by Distance, IBD)...     

犬泡状带绦虫线粒体cox1和nad1基因的扩增与种系发育分析

以采自广州和佛山的犬泡状带绦虫为研究对象,利用PCR技术扩增其线粒体基因组的细胞色素c氧化酶第亚基(cox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸还原酶第一亚基(nad1)序列,扩增产物经纯化、克隆和测序。结果扩增出泡状带绦虫线粒体cox1基因序列长度为444 bp,nad1基因序列长度为530 bp。将实验获得序列与GenBank收录的相关序列进行比对分析,发现采自不同国家和地区的泡状带绦虫cox1基因差异度较小(0~2.3%),而nad1基因的差异度较大(0.2~14.2%),对进一步研究泡状带绦虫的群体遗传结构奠定了基础。     

海南产花鳗鲡细胞色素b基因的克隆及序列分析

线粒体细胞色素b基因是目前研究鱼类分子系统进化的重要分子标记.笔者以日本鳗鲡线粒体基因组序列为模板设计并合成引物进行PCR扩增,并将扩增产物经琼脂糖凝胶电泳和纯化后,克隆到pMD18-T载体、测序,成功得到全长为1 140 bp的海南产花鳗鲡细胞色素b(Cyt b)基因序列.将该基因全长序列递交到Genebank数据库,获得序列登录号为EF690363.用DNA分析软件MEGA2比较了海南产花鳗鲡与递交到GenBank中的8种分布在中国东南沿海、日本海域及南太平洋海域的鳗鲡属(Anguillia)细胞色素b基因的地理差异,并构建了系统进化树.结果显示:日本产和夏威夷产花鳗的地理差异小于海南产花鳗与它们之间的地理差异.     

乌金猪mtDNA D-Loop区的遗传多样性

为揭示乌金猪3个地方类群遗传多样性及其分布情况.以乌金猪的3个地方类群凉山猪、大河猪和柯乐猪为对象,研究了线粒体DNA Ｄ环高变区（mtDNA D-loop HVI）的序列多态性.研究表明,在全长290 bp的核苷酸序列中共检测到46个突变位点,其中简约信息位点为5个,单一多态位点为37个,其中以A/G突变为主.凉山猪的3个类群（昭觉、美姑、西昌）首先聚为一类,然后凉山猪与大河猪聚为一类,最后凉山猪与柯乐猪聚类.3个地区的乌金猪有2个母系起源,大河猪与凉山猪为一个母系起源,柯乐猪为另一个母系起源.就总体而言,乌金猪的各地方类群凉山猪与大河猪遗传亲缘关系最近,其次是柯乐猪,有2个母系起源.     

绵羊ZBED6基因多态性检测及群体遗传结构分析

为了明确绵羊ZBED6基因的分子遗传特征及其在群体间的差异,采用DNA快速测序法对特克赛尔羊与阿勒泰羊杂交后代进行多态性检测,为下一步分析该基因与产肉性状的相关性奠定基础,进而为绵羊产肉性状的选育提供分子标记。结果显示:2个杂交群体在ZBED6基因编码区均存在两处多态性位点,2个位点发生的突变分别是位于第一外显子1723 bp的C→T突变和位于第一外显子2095 bp的A→G突变。这2个突变未导致氨基酸变化,为同义突变;经卡方检验分析,在C1723T位点,基因型TT在横交F2和回交F2群体中均表现为优势基因型,且T等位基因在2个群体中均为优势等位基因;2个群体的有效等位基因数接近2,说明此等位基因在群体中分布均匀;横交F2、回交F2绵羊多态信息含量分别为0.38、0.36,为中度多态,遗传变异较大;2个群体的基因型分布不存在差异(P0.05)。在A2095G位点,基因型AG在2个群体中表现为优势基因型,A等位基因为优势等位基因,且分布均匀;2个群体PIC为0.36(横交F2)、0.40(回交F2),呈中度多态,基因型分布亦不存在差异。这表明在ZBED6基因上检测到的2个多态性位点与供试绵羊群体基因型分布差异不显著。     

新疆4个绵羊群体MHC-DRB1基因外显子2多态性的遗传分析

采用PCR-RFLP的方法研究了哈萨克羊、多浪羊、中国美利奴羊(新疆军垦型)及哈萨克羊与中国美利奴羊(新疆军垦型)杂交一代的MHC-DRB1基因外显子2遗传多态性。结果显示,4个绵羊群体的MHC-DRB1基因外显子2表现出丰富的多态性,共检测到28种基因型和14个等位基因,其在4个绵羊群体间的分布存在不一致。对4个群体的遗传参数检测结果显示,MHC-DRB1基因外显子2的基因杂合度较大,遗传变异程度较高。根据MHC-DRB1基因外显子2在5个酶切位点的等位基因频率对4个绵羊群体进行了聚类分析,结果反映了4个群体间就MHC多态性建立的遗传关系,并初步探讨了4个群体间抗病性的相互关系。     

细胞色素b基因序列变异与东亚鲿科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列.所得序列与GenBank中分布于日本、韩国和俄罗斯的（鱼尝）科2属9种鱼类同一基因序列排序,并选用鲇形目鲇科的大口鲇、钝头（鱼危）科的鳗尾（鱼央）和伦氏（鱼央）以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群.分析了细胞色素b基因序列,计算了Kimura双因子遗传距离和（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率,用最大简约法和邻接法构建了（鱼尝）科鱼类分子系统树,得出如下结论:(1)线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中,存在3bp的缺失;(2)系统发育分析显示（鱼尝）科构成一单系类群;（鱼艹）属为较为特化的属,拟（鱼尝）属为一明显的类群,而黄颡鱼属与（鱼危）属关系较为混乱;(3)东亚（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%～0.30%.本文是中国鲇形目（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道.     

基于线粒体Cytb基因探讨我国日本囊对虾4个地理群体的遗传结构及种群分化

利用线粒体细胞色素b基因序列分析了4个不同地理群体(北海群体、陵水群体、惠来群体和厦门群体)的野生日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)的群体遗传结构.以特异引物进行PCR扩增,获得了日本囊对虾530 bp的基因片段序列.序列分析结果表明,在120个日本囊对虾个体中,共检测到75个多态位点,获得62个单倍型,其中有44个简约信息位点,占整段序列的8.3%.各单倍型变异无碱基的插入或缺失,全部为转换或颠换,碱基频率含量(fA+fT)为59.4%,大于(fG+fC)(40.6%).核苷酸多态性以惠来群体最高,其它3个群体较低.群体内遗传距离为0.45%～2.60% ,群体间遗传距离在0.50%～5.30%之间.采用分子方差分析(AMOVA)方法,结果显示,群体间遗传变异占总变异的69.9%,群体内的遗传变异占总变异的31.1%,群体间变异是总变异的主要来源.构建的4个群体分子系统树表明,北海群体、陵水群体和部分惠来群体由于亲缘关系较近而聚在一起,而厦门群体则和部分惠来群体聚成另一支,两支的平均遗传距离为5.17%,分化接近亚种水平,据此认为我国东南近海的日本囊对虾可以分为2个种群,2个种群的分布区域在广东惠来海域附近存在重叠.     

贵州9个少数民族线粒体DNA Region V及Y染色体DYS287位点多态性研究

调查贵州9个世居少数民族线粒体DNA Region V以及Y染色体DYS287位点多态性情况,为贵州相关少数民族的遗传背景研究提供可参考的分子遗传学数据。采用PCR-聚丙烯酰胺凝胶(PCR-SDS PAGE)技术、PCR-琼脂糖凝胶电泳技术检测线粒体RegionV 9 bp序列的缺失、Y染色体DYS287位点多态性。结果显示在本次研究的9个少数民族中线粒体DNA的Region V发现2种多态性,即标准型和缺失性,仡佬族、畲族、壮族、仫佬族、毛南族、蒙古族、回族、羌族、满族线粒体DNA Region V 9 bp缺失频率分别为:26.6%、25%、20%、18.3%、13.3%、10%、8.3%、6.7%、5%;Y染色体DYS287多态显示:仡佬族、仫佬族YAP+携带率分别为20%、1.67%,其余民族全部显示为YAP-。研究获得贵州9个民族人群线粒体DNA Region V及Y染色体DYS287位点多态数据,为各民族群体遗传分析及起源等提供相关遗传背景资料。