白肋烟遗传连锁图的构建及黑胫病抗性QTL初步分析

利用白肋烟抗黑胫病品种B37（Burley37）和感黑胫病品种B67（Burley67）杂交的F1代以花药培养技术培养获得的双单倍体（DoubleHaploid,DH）遗传群体87个株系为作图群体,利用AFLP和SRAP分子标记技术,在群体中共获得135个多态性标记．以此为基础,利用Mapmaker／EXP作图软件,构建了一个含23个连锁群、99个标记的白肋烟遗传连锁图,该图谱总长为915．7cM,标记间的平均距离为9．2cM．同时利用两年田间试验调查分析了该群体各株系的黑胫病发病率和病情指数,利用WinQTLcart2．5软件扫描遗传连锁图,在4个连锁群上共检测到7个黑胫病抗性相关QTLs（QualitativeTrairLoci）,分别命名为TBS1一TBS7,单个QTL解释表型变异11．2％--20．0％．其中在C2和C5两个连锁群上出现了重复性稳定的QTL研究结果为精细定位抗病QTL以及通过分子标记辅助选择等方法选育黑胫病抗性强的烟草品种奠定了基础．     

四倍体彩色马铃薯分子遗传连锁图谱构建研究

以四倍体彩色马铃薯(‘黑美人’,‘MIN-021’)杂交F1代单株无性株系群体为材料,利用SSR分子标记技术及作图软件(TetraploidMap)进行了彩色马铃薯分子遗传连锁图谱的构建研究.结果表明:从255对SSR引物中筛选出34对条带清晰稳定、多态性丰富的适宜引物,对‘黑美人’בMIN-021’杂种F_1的210个单株无性系及其双亲的基因组DNA进行PCR扩增共得到201个多态性标记.用这201个SSR标记对双亲分别作图,首次构建了四倍体彩色马铃薯的分子遗传连锁框架图谱.母本图谱含129个标记,12个连锁群总长度为1 167cM,标记间平均距离为9.04cM;父本图谱含131个标记,12个连锁群总长度为1 187cM,标记间平均距离为9.06cM.     

甘蓝型油菜矮秆突变基因ndf1的分子标记连锁遗传作图

利用240对SSR和672对SRAP分子标记, 以甘蓝型油菜矮秆突变株系与高秆野生型杂交的回交一代(BC1)群体为材料, 对甘蓝型油菜矮秆突变基因ndf〖STBX〗1〖STBZ〗进行连锁遗传作图分析. 结果表明 : (1)在240对SSR引物中, 有145对的扩增产物显示出突变株系与野生型间具有多态性, 采用矮秆与高秆杂交F2群体集团分离分析法(BSA)筛选连锁分子标记, 并利用BC1群体进行遗传连锁作图分析, 发现位于13号连锁群上的Na12 E02和CB10057〓2对SSR标记与矮秆突变基因ndf〖STBX〗1〖STBZ〗位点紧密连锁, 2对标记位于矮秆突变基因ndf〖STBX〗1〖STBZ〗的同侧, 连锁图距分别为634cM、877cM; (2)经过672对SRAP分子标记连锁遗传分析, 获得了4对与矮秆突变位点连锁的SRAP标记: Me15em4 288、Me28em3 171、Me25em15 262和Me3em18 684, 与矮秆突变位点的连锁图距分别为1248cM、1519cM、2019cM和3546cM, Me28em3 171和Me3em18 684位于矮秆突变基因ndf〖STBX〗1〖STBZ〗的另一侧.     

黄瓜SRAP遗传连锁图的构建及始花节位的基因定位

在由黄瓜自交系S06与S52杂交产生的F2群体中,应用SRAP(sequence-related amplified polymorphism)标记构建黄瓜的分子遗传连锁图谱.使用了64个多态性引物组合,共得到108个多态性条带,单对引物组合最多的产生5个多态性条带,平均1.7个.在F2群体中对这些多态性位点进行连锁分析,并用Mapmaker 3.0构建连锁群,77个标记位点进入9个连锁群(LOD≥3.0),总长1114.2 cM,标记平均间距14.5 cM,标记均匀分布于整个连锁群.同时将始花节位性状控制基因ffn(first flower node)定位在第Ⅸ连锁群上,与两侧标记DC1EM5和ME7EM2A的距离分别为10.3和12.1 cM.     

不同生长环境下水稻孕穗期叶绿素QTL定位

以十和田(冷敏感)×丽江新团黑谷(强耐冷)的包含105个株系的孕穗期耐冷近等基因系BC_4F_8、BC_4F_9群体为材料,构建含180个SSR标记的遗传连锁图谱,图谱总长1 820.6 cM,平均图距为15.67 cM.在云南嵩明白邑、寻甸和玉溪三地三种生态环境下,测定水稻孕穗期剑叶的叶绿素含量,采用完备区间作图法定位QTL.2年大田试验共检测到控制叶绿素的主效QTL 7个,分别位于第1、4、5、7和12染色体上,单个QTL可解释表型变异的11.66%~35.38%.其中,控制叶绿素a和b主效位点qCHa-1、qCHb-7在2种环境下稳定,贡献率为21.11%~35.38%,加性效应显著,增效等位基因均来自丽江新团黑谷,是提高叶绿素含量的重要功能位点.     

改进的复合区间作图模型及在杨树上的QTL定位

复合区间作图法最先是为近交群体而设计的作图方法。林木F₁代群体具有遗传杂合度高,生长周期漫长等特点,很难产生近交系,不能简单的套用适用于近交群体的复合区间作图模型。本文建立了适用于林木全同胞家系的QTL复合区间作图统计模型,运用了“逐步回归法”筛选出最优遗传背景标记。采用Monte Carlo方法模拟全同胞家系中共有6条长100cM的染色体,模拟结果表明,每个QTL的位置和遗传力的计算比较精确。本文利用杨树双亲的SNP分子标记遗传连锁图谱,以及其子代的树高生长性状进行了QTL定位 。当似然比统计量的阀值(对应于 LOD 为3.0)取为11.2时,在母本美洲黑杨的遗传连锁图谱上,有4个 QTL 分布在4个连锁群上 。当似然比统计量的阀值取为 16.5,在父本小叶杨的遗传连锁图谱上, 有 3 个 QTL 分布在3个连锁群上。显示了本文所建复合区间作图统计模型有着明显的QTL作图效力。文中所有的计算都是使用 R语言软件编程完成的。#$NL关键词 复合区间作图,F₁代群体,逐步回归法,Monte Carlo     

水稻温敏核不育系HD9802S不育基因的SSR标记定位

使用分子标记辅助选择可以获得目标性状的个体从而提高育种效率.以HD9802S/(HD9802S/R287) BC1群体为材料,利用BC1群体中随机选择的32个高度不育单株和32个高度可育单株,以及涵盖水稻12条染色体的22个SSR标记,通过连锁分析进行染色体定位,将温敏核不育基因(HDtms)定位于第2号染色体上;利用软件QTL Ici Mapping 3. 0进行染色体分群,HDtms被划分到第2号染色体上.在第2号染色体上覆盖筛选得到10个SSR标记,以回交群体中428个单株为材料绘制连锁图谱,图谱全长112. 21 cM,平均图距为11. 21 cM,HDtms在标记RM5897与RM12783之间.在此区间内筛选到与HDtms连锁紧密的SSR标记.其中RM12747是得到筛选率最高的分子标记,为90. 135%,且在HD9802S与R287间具有多态性.说明对温敏不育性的分子标记辅助选择可初步使用该分子标记.     

黄瓜侧枝基因(lb)和全雌基因(f)的定位及RAPD遗传图谱的构建

利用侧枝长势强、全雌性黄瓜自交系S06(欧洲温室型)和侧枝长势极弱、强雄性自交系S52(来源于大别山农家品种)的杂交F2代群体,构建了黄瓜的随机扩增多态性DNA(RAPD)分子遗传框架图谱,并定位了侧枝性状基因(lb)和全雌基因(f).图谱中共包括79个RAPD标记,分属9个连锁群,总长度1110.0 cM,平均间距为13.7 cM.侧枝基因(lb)定位在一个大的连锁群上,其两侧标记是OP-Q5-1和OP-M-2-2,与lb的间距分别是9.3 cM和15.9 cM.全雌性基因(f)定位在一个小的连锁群上,其两侧标记是OP-Q5-2和BC151,与f的间距分别是13.8cM和13.6cM.图谱的构建为进一步研究侧枝和全雌性状及黄瓜的其他性状的基因打下了基础.     

基于优质早籼稻品种佳辐占的遗传图谱的构建

以优质常规稻佳辐占为父本,分别以广陆矮4号和明恢86为母本,构建两个重组自交系(以下简称为“广佳”群体和“明佳86”群体).利用559对简单重复序列(SSR)引物对亲本进行多态性分析,获得佳辐占和广陆矮4号、佳辐占和明恢86亲本间有差异的引物分别201对和186对,多态率分别达35.95%和33.33%.利用这些引物构建了两张水稻遗传图谱,其中广佳图谱包含127对SSR标记,全长约1 015.7 cM,平均标记间距为8 cM;明佳86图谱包含131对SSR标记,全长约1 263.6 cM,标记平均间距为9.6 cM.遗传图谱的构建便于研究佳辐占优质性状的遗传规律、外观品质性状间的内在关系,以期为分子标记辅助选育细长、大粒、优质的水稻新品种打下基础.同时,这是两个基于重组自交系的图谱,可长期用于群体内各种性状的遗传规律分析及QTL定位.     

春小麦重组自交系及多种SSR标记构建遗传图谱

 以春小麦重组自交系(RIL)宁春4 号×宁春27 号为作图群体,利用SSR 标记构建小麦遗传连锁图谱。结果表明,用1001对SSR 引物选出亲本间表现多态性的引物307 对,多态性频率为30.7%。利用307 对多态性引物对RIL 群体进行分析,共检测到266 个多态性标记位点。通过χ²检测(P<0.05),有147 个SSR 标记表现为偏分离,偏分离率为55.3%,129 个偏向母本宁春4号,其偏分离位点主要分布在B 和D 基因组上。用Mapmaker 3.0 和Mapdraw 2.1 软件将266 个SSR 位点绘制在小麦遗传连锁图上,该图谱覆盖小麦基因组全长2187.79 cM,标记间的平均遗传距离为8.22 cM。     

中国小麦周8425B/中国春RIL群体成株抗叶锈基因的QTL定位

为确定小麦叶锈病抗病基因的QTL检测及定位,找到能与抗病基因紧密连锁的分子标记,以小麦品种周8425B,中国春及其杂交获得的244个F_(2∶8) RIL群体为试验材料,分别于2014～2015年在河北保定和河南周口进行了田间叶锈病病害严重度调查,获得了群体的表型数据,利用SNP标记和SSR标记进行基因分型,得到了群体基因型数据,运用软件Joinmap和QTL Ici Mapping 3.1进行连锁作图和QTL定位。结果找到2个QTL位点,分别位于2B,7D染色体上。     

甘蓝型油菜短花序突变的同工酶与SSR分子标记

对甘蓝型油菜(Brassica napus L.)短花序突变株系“M112”的不同时期野生型、突变体亲本及F1代不同器官的过氧化物同工酶（POD）进行遗传分析,并对随机选取的60株具有突变性状的苗期F2代群体的茎进行过氧化物同工酶（POD）分析.结果表明：野生型和突变体亲本在茎部POD 电泳图谱Rf 0.264处条带具有稳定的差异,所选的60株F2代群体中有56株的带型与突变体亲本相同,说明短花序突变性状与上述POD特征酶谱连锁紧密,并可以稳定遗传.同时选取F2代具有突变性状植株303株作为该突变基因的SSR分子标记分析群体,最终从分布于甘蓝型油菜19个连锁群的121个SSR标记中筛选到了标记Na12C06,标记与该突变位点连锁较紧密,遗传距离为9.8cM     

皖草2号RIL群体5个农艺性状的QTL定位

皖草2号是我国育成的第1个高粱和苏丹草的杂交品种,具有产量高、品质优、适应性强的特点。以皖草2号重组自交系（RIL）群体为材料,对其株高（PH）、茎粗（SD）、分蘖数（TN）、单株鲜质量（FW）和单株干质量（DW） 5个农艺性状进行了遗传分析;利用SSR分子标记,构建了皖草2号RIL群体的遗传图谱,并对株高、茎粗、分蘖数、单株鲜质量和干质量5个农艺性状进行QTL定位。结果表明：（1）RIL群体的平均株高、茎粗、分蘖数、单株鲜质量和单株干质量都位于2个亲本之间;除分蘖数外,其他4个性状呈正态分布。（2）利用147个SSR标记构建了10个连锁群的遗传图谱,总遗传距离为1 030.4 cM,标记间的平均距离为7.14 cM;进一步利用遗传图谱定位了控制5个农艺性状的QTL位点共22个,其中PH位点1个、SD位点2个、TN位点6个、FW位点7个、DW位点6个,在这22个QTL位点中,qFW-6位点贡献率最小,为3.61%;qDW-8位点贡献率最大,为34.24%。研究结果可为饲用高粱与苏丹草杂交种的分子标记辅助育种提供一定的理论参考。     

苦荞重组自交系群体F_5代SSR遗传图谱的构建

以"小米荞×晋荞2号"杂交组合,通过单粒传获得的245个F_5代重组自交系(命名为SJ-RILs)群体为作图材料,构建SSR遗传连锁图谱。结果显示:350对SSR引物在亲本间有多态性的为59对,多态率为16.9%;多态性引物在SJ-RILs群体共扩增出80个等位变异位点;来自小米荞和晋荞2号等位基因分别占群体总基因型的51.5%和48.5%;采用作图Jionmap4.0软件构建的遗传连锁图总长度为1 106.74cm,含11个连锁群,80个分子标记,其中偏分离标记27个,相邻标记的平均间距为13.83cm。结论:该图谱可为苦荞遗传图谱构建、重要性状QTL的定位和基因组学研究隆奠定基础。     

基于SLAF-seq技术的抗杨树叶锈病SNP位点开发

【目的】探索美洲黑杨抗叶锈病的分子机制,为杨树抗病分子育种提供理论参考。【方法】选取抗锈病差异显著的美洲黑杨‘2-2'与‘2-38'为亲本,通过控制授粉杂交获得80 个F1代个体。用特异性位点扩增(specific-locus amplified fragmenl sequencinq, SLAF-seq)简化基因组技术对所获F1代进行深度测序,以美洲黑杨第3代组装基因组为参照。通过序列比对筛选特异长度的DNA片段,构建SLAF-seq文库,获得特异性SNP位点。经美洲黑杨叶锈病的病原菌经形态学与分子工具鉴定,确定为落叶松-杨栅锈菌(Melampsora larici-populina Kleb.)。通过叶盘法控制条件接种并对被锈菌侵染后的杨树抗性进行评估; 应用Kruskal-Wallis方法对接种结果进行检验。【结果】通过接种,获得了孢子堆数量和大小等表型数据; 基于SNP标记的连锁分析,一共有8 723 个SNP连锁至遗传图谱上; 共识别出19 个连锁群,总遗传距离为3 610.67 cM; 通过Kruskal-Wallis检验可得到37 个紧密连锁位点(P<0.005),标记分别位于I、IV、VI、XI、XV和XIX号连锁群上。【结论】利用SLAF-seq技术开发出了37 个与杨树叶锈病抗病性状紧密关联的SNP分子标记,其中Marker42056位点连锁程度最高。     

蓖麻遗传图谱构建初报

以YC1×YF181自交形成的161个F2单株为作图群体,利用345对SSR引物和30对ISSR选扩引物,在亲本YC1和YF181之间进行了多态性检测,筛选出80对SSR和1对ISSR引物用于F2群体分析.利用上述引物组合共检测到145个多态性标记位点,其中的124个标记构建了蓖麻分子连锁图谱该图谱覆盖基因组全长396 cM,平均图距7.76cM.     

玉米营养品质性状的QTL定位

以玉米自交系201×698-3的233个F2:3家系为作图群体,利用SSR分子标记构建遗传图谱.采用随机区组设计,分别在四川雅安和德阳进行田间试验,人工套袋自交种子供性状考查,利用区间作图法进行QTL定位分析.构建了具有134对SSR标记的玉米遗传图谱,覆盖整个基因组1831.4cM,平均图距13.67cM.从16个营养品质性状中共检侧到35个QTL,其中影响蛋白质、淀粉和油份含量的有6个QTL,分别位于第1、2、4和8染色体上,单个性状的QTL为1～3个,每个QTL的作用可解释表型变异的8.1%～21.0%;控制赖氨酸等13种氨基酸含量的有29个QTL,分别位于第1、2、4、8、9和10染色体上,单个性状的QTL为1～5个,每个QTL的作用可解释表型变异的3.5%～30.1%.在本群体的营养品质性状QTL中,超显性效应起主导作用,其次为完全显性效应.     

杉木杂种群体分子框架遗传连锁图初报

利用随机扩增ＤＮＡ多态性分子遗传标记－ＲＡＰＤ,以杉木Ｊ０和Ｆ１１两个亲本杂交形成的Ｆ１群体为作图群体,从１０４０个随机引物中筛选出７８个引物,对７８个Ｆ１群体及双亲样本进行了ＲＡＰＤ扩增,共获得１２９个ＲＡＰＤ标记,首次构建了杉木分子遗传连锁框架图,其中Ｊ０亲本包含８个连锁群,标记覆盖的基因组总长度约为５９５．２ｃＭ,Ｆ１１亲本包含４个连锁群,标记覆盖的基因组总长度约为３１５．３ｃＭ。１２９个ＲＡＰＤ标记中偏分离标记占１４．７％。本图谱为构建饱和的杉木分子遗传图谱提供了框架结构,为进一步开展杉木分子遗传方面的研究奠定了基础。     

玉米株高和穗位高遗传基础的QTL剖析

玉米是世界范围内具有经济重要性的作物之一.株高和穗位高是玉米育种过程中需考虑的2个重要农艺性状,对玉米产量、抗倒伏性及株型等都有较大影响.为进一步明确玉米株高和穗位高的遗传机制,本研究以B73×Zheng58的含有165个株系的F3∶4重组自交系群体为作图群体,利用覆盖玉米10条染色体189个SSR标记对株高和穗位高进行QTL定位分析.总共定位到5个株高QTL和6个穗位高QTL;这11个QTL分布在除2号和6号之外的其他8条染色体上.单个QTL表型变异贡献率的变幅为4.3%~14.2%.其中10个QTL与以前报道过的QTL的位置相近或重叠,而株高QTL(qPH04-01)是新发现的群体专一性的QTL,最靠近标记umc0371,表型变异贡献率为8.8%,是值得进一步研究和利用的位点.     

玉米株高和穗位高遗传基础的QTL剖析（英文）

玉米是世界范围内具有经济重要性的作物之一.株高和穗位高是玉米育种过程中需考虑的2个重要农艺性状,对玉米产量、抗倒伏性及株型等都有较大影响.为进一步明确玉米株高和穗位高的遗传机制,本研究以B73×Zheng58的含有165个株系的F3:4重组自交系群体为作图群体,利用覆盖玉米10条染色体189个SSR标记对株高和穗位高进行QTL定位分析.总共定位到5个株高QTL和6个穗位高QTL;这11个QTL分布在除2号和6号之外的其他8条染色体上.单个QTL表型变异贡献率的变幅为4.3%~14.2%.其中10个QTL与以前报道过的QTL的位置相近或重叠,而株高QTL(qPH04-01)是新发现的群体专一性的QTL,最靠近标记umc0371,表型变异贡献率为8.8%,是值得进一步研究和利用的位点.