适合杨树叶片蛋白质组学样品制备方法的比较（英文）

【目的】为了提高植物叶片中低丰度蛋白质的检测效率,建立有效的杨树叶片蛋白质组学分析的蛋白质提取方法。【方法】利用三氯乙酸-丙酮结合PEG分级提取方法和SDS-酚结合PEG分级提取方法对杨树叶片蛋白质进行提取,并采用SDS-PAGE和双向凝胶电泳(2-DE)对提取结果进行评价。【结果】SDS-PAGE实验结果显示,三氯乙酸-丙酮结合PEG方法优于SDS-酚结合PEG分级方法。三氯乙酸-丙酮结合PEG分级和非结合PEG分级提取蛋白质的双向电泳结果表明,PEG分级能有效地去除高丰度蛋白质Rubisco,提高低丰度蛋白质的检测。三氯乙酸-丙酮结合PEG分级法检测的蛋白质比非结合PEG分级法多90个蛋白质点。【结论】以LTQ-Orbitrap XL分析三氯乙酸-丙酮结合PEG分级分离的一些蛋白质显示,三氯乙酸-丙酮结合PEG分级对于2-DE和MS鉴定低丰度蛋白质是一种有效的分离方法。     

适合杨树叶片蛋白质组学样品制备方法的比较

【目的】为了提高植物叶片中低丰度蛋白质的检测效率,建立有效的杨树叶片蛋白质组学分析的蛋白质提取方法。【方法】利用三氯乙酸-丙酮结合PEG分级提取方法和SDS-酚结合PEG分级提取方法对杨树叶片蛋白质进行提取,并采用SDS-PAGE和双向凝胶电泳(2-DE)对提取结果进行评价。【结果】SDS-PAGE实验结果显示,三氯乙酸-丙酮结合PEG方法优于SDS-酚结合PEG分级方法。三氯乙酸-丙酮结合PEG分级和非结合PEG分级提取蛋白质的双向电泳结果表明,PEG分级能有效地去除高丰度蛋白质Rubisco,提高低丰度蛋白质的检测。三氯乙酸-丙酮结合PEG分级法检测的蛋白质比非结合PEG分级法多90个蛋白质点。【结论】以LTQ-Orbitrap XL分析三氯乙酸-丙酮结合PEG分级分离的一些蛋白质显示,三氯乙酸-丙酮结合PEG分级对于2-DE和MS鉴定低丰度蛋白质是一种有效的分离方法。     

液态簧振动力学谱在蛋白质水凝胶-脂肪溶胶复合体系脱水变性的应用研究

本课题组首次用液态簧振动力学谱(RMS-L)方法对天然蛋白质水凝胶鸡蛋清的脱水过程进行了测量与分析,初步表明该方法对蛋白质变性检测是可行、有效的.进一步用RMS-L对天然蛋白质水凝胶(protein hydrogel)-脂肪溶胶(fat sol)复合体系(这里简称为PH-FS)鸡蛋黄的脱水变性过程进行了测量与分析.结果表明,随含水量的降低,PH-FS至少存在4个力学谱的显著变化过程.基于此结果并结合相关分析,推测随含水量的降低,PH-FS至少依次存在下述4个状态:(1)Ⅰ-状态,类体水的PH-FS态;(2) Ⅱ-状态,键合水的PH-FS态;(3)Ⅲ-状态,键合水和键合蛋白质以及脂肪颗粒的混合态;(4)ⅣV-状态,键合蛋白质-脂肪颗粒凝聚态.蛋白质的空间构型(spatial configuration)转变即变性,主要发生在拥有键合永的蛋白质通过失水向键合蛋白质转变的混合态.这表明RMS-L对鸡蛋黄脱水变性过程的检测是有效的,即进一步验证了RMS-L对蛋白质脱水变性过程检测的有效性.     

橡胶草叶片蛋白质提取方法的选择及双向电泳体系的优化

目的为了建立起橡胶草叶片组织的蛋白双向电泳体系。方法采用5种不同方法提取橡胶草叶片蛋白,并通过蛋白提取率和单向SDS-PAGE电泳的比较,筛选出改良TCA-丙酮沉淀法、酚-乙酸铵沉淀法、Tris浸提法3种方法进行2-DE电泳。结果表明选择改良TCA-丙酮法为最合适的蛋白质提取方法。为进一步优化体系,比较了不同染色方法、上样量和固相p H梯度预制胶条(IPG)的p H范围对双向电泳结果的影响,电泳结果表明使用17 cm p H 3-10的IPG胶条、上样量为1200μg、考马斯亮蓝染色法能分离得到更多的蛋白点,是橡胶草叶片双向电泳体系的最优条件。结论本研究初步建立了橡胶草叶片蛋白质双向电泳体系,为深入研究橡胶草蛋白质组学提供依据。     

用^211At和^131I标记蛋白质的研究

报道了砹—211和碘—131标记蛋白质的方法.通过过氧化氢或氯胺T直接氧化制备,使用凝胶色谱从反应产物中分离标记蛋白质,相对法比较放射性计数测定标记产率,过氧化氢适用于~(211)At标记蛋白质,氯胺T有利于~(131)I标记蛋白质.8次实验的结果表明,用过氧化氢氧化标记的~(211)At牛血清白蛋白产率96.4％,氯胺T氧化标记的~(?)I牛血清白蛋白产率66.1％.间接法标记蛋白质,放射性核素~(211)At同对氨基苯甲酸反应获得对—~(211)At—苯甲酸,经乙醚萃取和高效液体色谱分离,然后再偶联到免疫球蛋白或牛血清白蛋白上。动物实验结果表明,此种结合的标记蛋白质在体内稳定,标记率不低于初始~(211)At放射性活度的40%.     

适于双向电泳分析的银杏叶绿体蛋白质提取方法

【目的】获得银杏叶绿体蛋白质的提取方法,在蛋白质水平探讨银杏光合作用对环境的响应机制。【方法】建立一种适合银杏叶绿体蛋白双向电泳分离的实验体系,采用Tris-平衡酚抽提法对银杏叶绿体蛋白质进行提取,并与三氯乙酸(TCA)-丙酮沉降法进行对比分析。【结果】Percoll密度梯度离心法适用于银杏叶绿体的提取,提取的叶绿体平均完整率在85%左右。单向电泳结果显示,与TCA-丙酮沉降法相比,在用Tris-平衡酚抽提法分离的叶绿体蛋白质泳道中,低分子质量蛋白质条带更多、更清晰。进一步的双向电泳结果表明,用Tris-平衡酚抽提法对银杏叶绿体蛋白质进行提取,蛋白质产量更高,图谱清晰,所分离的蛋白点更多,形态更好,条纹影响相对较小。【结论】Tris-平衡酚抽提法可有效地提取高质量的叶绿体蛋白质并进行双向电泳,可用于银杏叶绿体的蛋白质组学分析。     

基于多特征融合预测蛋白质相互作用界面

为高效准确地预测蛋白质相互作用界面,提取了传统特征,并采用多种方法改进进化信息特征,利用特征选择构建了一个14维的预测模型.通过5折交叉验证和独立测试,预测结果表明:该预测模型不仅显著降低特征维度,而且选择的特征组合具有较好的预测能力和较强的泛化能力.     

一种适于意大利蜜蜂中肠总蛋白提取方法的建立和应用

依次采用不锈钢珠破碎结合IPG裂解液法、液氮研磨结合IPG裂解液法、液氮研磨结合PBS裂解液法和不锈钢珠结合PBS裂解液法提取意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,Ap)中肠总蛋白,并通过SDS-PAGE对获得的总蛋白进行质量检测。结果显示,与其他3种方法相比,利用不锈钢玻璃珠破碎处理结合PBS裂解液法能够提取并获得丰度较高的Ap中肠总蛋白,蛋白质种类较多,分子量大小为18.4~116kD,样品的电泳条带清晰可见。应用该方法还开展了Ap感染东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae,Nc)后中肠组织蛋白质的差异表达分析,结果显示感染Nc的Ap中肠出现了蛋白质的上调表达;同时SDS-PAGE结果显示该方法也适用于中华蜜蜂(Apis cerana cerana Fabricius)中肠总蛋白的提取。利用不锈钢玻璃珠破碎处理结合PBS裂解液法提取Ap中肠总蛋白方法的建立将有助于对蜜蜂中肠蛋白进行鉴定分析,为深入研究蜜蜂中肠蛋白质组成、功能及其肠道免疫机制奠定基础。     

基于蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物和功能模块预测算法研究进展

蛋白质相互作用网络中的模块化结构通常对应于蛋白质复合物或者蛋白质功能模块。基于蛋白质相互作用网络预测蛋白质复合物和功能模块不仅有助于理解生命有机体的细胞生物过程,而且可为探讨疾病的发生、发展和治疗以及合理的药物开发提供重要的基础。本文通过回顾近二十年来基于蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物和功能模块预测算法研究的发展历程,按照静态蛋白质相互作用网络(SPIN)和动态蛋白质相互作用网络(DPIN)两个方向分别梳理预测算法所涉及的方法和技术,同时归纳常用的数据集并分析所面临的问题,为进一步研究提供有价值的参考。     

融合互作网络和多模态信息的化合物-蛋白质相互作用预测模型(INMI)

化合物-蛋白质相互作用(Compound-protein interaction, CPI)预测是药物研发领域的一个重大课题.随着生物科学的飞速发展，各种科学实验产生了大量的生物数据，通过计算方法能够快速有效地提取和利用这些信息.已有方法未能将相互作用网络中的信息显式地进行提取并加以利用，且多模态信息的融合方式未能抓住蛋白质和化合物之间的联系.为了解决上述问题，本文提出了一个二分类深度学习模型.该模型使用交叉注意力模块整合分子图和蛋白质序列信息，并从相互作用网络中显式提取节点的中心性和相关性信息，作为模型编码.实验表明，本文所提出的模型可以准确预测蛋白质和化合物之间的相互作用，而且节点中心性编码能够大大提高模型性能.     

一种适合杨树叶片的蛋白质提取方法

高质量的蛋白样品制备是进行双向电泳的前提条件.杨树叶片中因含有丰富的多酚、色素、多糖等物质,给蛋白质的提取带来了困难.为了找到一种适合杨树叶片的蛋白质提取方法,以南林895杨为实验材料,采用三氯乙酸-丙酮沉淀法对杨树叶片蛋白质进行提取.对所提取的蛋白分别用考马斯亮蓝染色法和银染法进行检测,得到了良好的双向电泳图谱.     

Proteomics of a toxic dinoflagellate Alexandrium catenella DH01: Detection and identification of cell surface proteins using fluorescent labeling

Alexandrium catenella DH01 is a toxic dinoflagellate species that is able to not only produce paralytic shellfish toxins,but also cause harmful algal blooms along the coast of China.In this study,we presented a new protocol for specific labeling and detection of the cell surface proteins(CSPs) of A.catenella DH01 cells using CyDye difference gel electrophoresis(DIGE) fluor minimal dyes.CSPs were identified using two-dimensional gel electrophoresis(2-DE) and MALDI TOF-TOF mass spectrometry(MS).The results showed that the fluorescent cyanine dye Cy3 could specifically label the CSPs of A.catenella DH01,with minimal labeling of intracellular proteins.Among three protein extraction methods evaluated,the Trizol method was the most efficient to extract CSPs with respect to protein spot number and resolution.Forty-one CSPs were separated and identified from A.catenella DH01 by 2-DE,in which 14 were identified in the protein database using MALDI TOF-TOF MS analysis.This work represents the first attempt to investigate the CSPs of A.catenella using the CyDye DIGE fluor dyeing method that provides a potentially important tool for future comprehensive characterization of CSPs and elucidation of the physiological functions of CSPs in dinoflagellates.     

沙葱总RNA的提取与质量分析

以沙葱种子和沙葱幼叶为材料,分别用RNAiso Plus试剂法、RNAiso Plus醋酸钠改进法、CTAB-异丙醇法、CTAB-LiCl法4种不同的方法提取沙葱总RNA,经琼脂糖凝胶电泳,采用紫外分光光度法测定总RNA纯度并进行RT-PCR检测.结果表明,沙葱不同组织总RNA提取的最优方法有所不同.采用CTAB-LiCl法能有效地提取出沙葱种子高质量、完整性好而且无胶状不溶物的RNA,没有明显的蛋白和基因组DNA的污染.采用RNAiso Plus醋酸钠改进法能有效地去除沙葱幼叶中多糖的干扰,所提取的RNA条带清晰,完整性好,是沙葱幼叶总RNA提取的有效方法.     

50 ku keratin-like protein and -microtublin coexist in higher plant cells

IF-like proteins have been obtained from suspension cells of Nicotiana tabacum by selective extraction. Western blot analysis shows that the major components of IF-like proteins are 6 keratin-like proteins of 64, 58, 55, 54, 50 and 45 ku. Specially the 50 ku protein also reacts with polyantibody against microtublin. Two-dimensional gel electrophoresis shows that the 50 ku protein is composed of two different proteins and their amino acid sequences have been determined. Part of the sequence of one protein is identical to that of -microtublin and the other protein's sequence has no significant homologue, which should be a new sequence-unknown protein. These results suggest that 50 ku keratin-like protein and -microtublin coexist in higher plant cells, and that may lead to the phenomenon of co-distribution of IF and microtuble in plant cells.     

5种黄精属植物的蛋白指纹分析

本文用聚丙烯酰胺凝胶电泳（ＳＤＳ—ＰＡＧＥ）技术分析了５种黄精属植物根状茎和叶的蛋白指纹．结果表明：（１）它们的根状茎均含有３８．５、２８、１８．６ｋＤ蛋白质;（２）根状茎和叶的蛋白质种类有很大差异;（３）５种黄精属植物各含有自己特有的蛋白质,它们在本属植物物种鉴定中一定参考价值．     

剑叶龙血树叶DNA三种不同提取方法的比较分析

采用CTAB法、改良SDS法、高盐低pH法提取了剑叶龙血树叶DNA,并通过紫外分光光度计、琼脂糖凝胶电泳检测了不同方法的提取效果.结果表明：CTAB法所提取的DNA浓度与纯度均高于其它2种方法,泳带分布集中,无拖尾现象,A260/A280=1.81,DNA浓度为735 ng/μL,能满足RAPD、SSR/ISSR扩增的要求,是提取龙血树叶片DNA的最佳方法.     

巴西橡胶树树皮蛋白质组学分析体系的构建

巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)是一种重要的产胶植物,其体内合成和贮存胶乳的地方是乳管系统,而乳管主要分布于树皮中。以10年生巴西橡胶树无性系“热研88-13”为研究对象,采用改进的三氯乙酸(TCA) 丙酮沉淀法提取树皮蛋白,使用17 cm,pH 4~7的IPG胶条进行双向电泳,得到良好的蛋白图谱。PDQuest软件(Bio rad)分析银染后的凝胶,共得到约350个蛋白点。从这些蛋白点中随机选取10个蛋白点经基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI TOF MS)分析后,搜索NCBInr数据库对蛋白进行鉴定。结果显示,这些蛋白主要包括两种来源于巴西橡胶树中的重要蛋白,即橡胶小粒子蛋白(Small rubber particle protein)和橡胶树凝集因子(hevein),此外还有一些其他功能和未知功能的蛋白。     

嗜碱菌与非嗜碱突变株膜蛋白比较

分别提取不同条件下培养的兼性嗜碱菌ＮＴＴ３６及该菌株的非嗜碱突变株ＮＴＴ３６ｃｓ－８（Ｅｒｙ＾ｒ）的膜蛋白进行ＳＤＳ－聚丙烯酰胺线性梯度凝胶电泳,发现膜蛋白质带有明显的不同。推测这与嗜碱菌的嗜碱性有关,对嗜碱细菌的嗜碱机理作一初探,以促进对嗜碱菌的开发利用。