淞江鲈肝脏组织cDNA文库的构建与部分EST测序

以成年雌性淞江鲈肝脏组织为材料,用TRIzol Reagent试剂提取总RNA.以总RNA为模板,先用逆转录酶合成cDNA第一链,再通过LD-PCR合成cDNA第二链,所得双链DNA分子用SfiⅠ酶切处理后,连接到同样经SfiⅠ酶切处理的改良pUC19载体上,获得重组质粒.将重组质粒导入大肠杆菌DH5α感受态细胞中,建成质粒cDNA文库.经鉴定,该文库库容为1.5×106,重组率为94.5%,平均插入片段长度为1.1kb,插入片段大小分布为0.5~2.0kb.从文库中随机挑选2 200个克隆进行5’端单向测序,剔除不合格序列后,得2 002条高质量表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)序列,提交dbEST数据库.经筛选,从这些EST序列中共发现471个基因,分别对其进行了KOG功能分类预测(216个蛋白被注释上21种KOG分类)、KEGG注释(186个基因注释上175个KO,139个基因注释上195个pathway)和GO功能分类注释(312个蛋白被注释上GO分类).     

高温胁迫下菜心SSH cDNA文库的建立

为发现与菜心耐热性相关的差异表达基因,该研究以耐热性强的"四九19号菜心"和耐热性弱的"3T6"作实验材料,采用抑制差减杂交(SSH)技术,构建了一个高温胁迫下在"四九19号菜心"中特异表达的SSH c DNA基因文库.该文库共有154个contigs,经测序和拼接获得99条unique ESTs.这些EST序列长度在122~819 bp之间,平均344 bp.BLAST分析发现99条ESTs代表81个基因,其中68个基因有功能注释、9个无功能注释和4个未匹配的新基因.这些基因可能与菜心的耐热性相关.     

眼斑芫菁在斑蝥素合成期的抑制性消减杂交文库构建及分析

斑蝥素是芫菁科昆虫合成的一种倍半萜类物质,对于治疗肿瘤和其他疾病有特别的疗效.通过构建抑制性消减杂交文库(SSH),筛选眼斑芫菁在斑蝥素合成期的差异表达基因.用斑点杂交对消减文库中的1 500个克隆进行筛查,130条特异表达序列标签(ESTs)进行分析.34条(26%) ESTs与NCBI中标注的假设基因有很高的同源性; 45条(35%) ESTs与NR数据库中的序列没有同源性,可能代表新的基因; 51条(39%) ESTs与已知基因的序列同源性很高,这些基因参与了生物调控、应激反应和解毒、信号转导、代谢与合成.最后通过实时定量逆转录PCR对文库中的9个上调表达基因进行验证.对眼斑芫菁在斑蝥素合成期的表达进行研究,为最终阐明斑蝥素的生物合成提供帮助.     

铁对刺槐根瘤形成中根部传递细胞诱发的影响

对接种根瘤菌后的刺槐根部进行了光学显微镜和透射电镜观察。结果表明:培养于缺铁培养液中的接菌刺槐苗发生形态变化的根部,在不同时期(根毛密集形变、根部膨大、初期小瘤一直到成瘤)根外层细胞的外切向壁上可形成具壁内突的传递细胞;培养于含铁培养液中的未接菌刺槐苗根部的外层细胞,以及接菌但无形态变化的刺槐菌根部均未观察到传递细胞。电镜观察结果表明,在根瘤形成过程中,根瘤菌是刺槐根外层传递细胞的主要诱因,而缺铁仅是次要因子。     

荣昌猪肝组织全长cDNA文库的构建和EST测序及分析

研究旨在为荣昌猪种质资源的保存、开发和挖掘提供重要的分子信息,同时也为荣昌猪作为生物医学模型,代谢疾病的研究提供基础数据.运用SMART法构建了荣昌猪肝组织的c DNA文库,并从文库中随机挑取部分克隆进行EST测序和功能注释.经检测,构建的原始文库滴度为4.19×106pfu/m L,重组率为96.31%,平均插入片段长度主要在400~2 000 bp之间.总共获得了226条有效EST序列,共计161个unigenes,包括19个重叠群(contigs)和142条单一序列(singlets).101(62.73%)条为已知功能基因序列,60(37.27%)条为未知功能序列,其中40条为新基因序列.GO分类和KEGG途径分析揭示大量荣昌猪肝组织表达基因主要与细胞质部分、细胞外的区域、受体结合,化学反应及细胞分解代谢过程等相关;表达的基因主要涉及代谢、补足物和凝固级联和核糖体等功能信号途径.研究采用SMART法成功构建了荣昌猪肝组织全长c DNA文库,并进行EST测序及分析,综览了荣昌猪肝组织基因表达及功能分类特征.     

绵羊骨骼肌转录组高通量测序从头组装和特征分析

本实验旨在对绵羊肌肉转录组进行组装分析,以丰富绵羊的基因组并为进一步对绵羊的相关基因的分子遗传学研究奠定基础。选取Illumina Hiseq 2000测序平台对杜泊羊和小尾寒羊的骨骼肌转录组文库进行了高通量测序,并对测序数据进行从头组装分析。结果表明:两个测序文库共得到103058824个长为2×90bp的高质量的测序序列,经从头组装共产生了145524个unigenes。两个文库间有5718个unigenes差异表达,经GO注释分析后发现它们主要分布在细胞、细胞过程和结合条目中。将两个文库的unigenes进一步组装得到70348个平均长为863bp的all-unigenes,其中35201个被注释到Nr数据库,12219个被注释到COG数据库,并与KEGG数据库中的258个功能通路中的蛋白质和氨基酸新陈代谢通路密切相关。     

麻疯树胚乳ESTs序列的克隆和生物信息学初步分析

基于Linux操作系统,利用Phrap/Consed、cross_match、blast等软件和自主开发程序,构建了批量ESTs序列的检测系统,对麻疯树胚乳cDNA文库部分测序结果进行生物信息学分析,包括载体序列的去除、序列格式的转换、重复序列鉴定、序列的同源性比对、GO生物学过程以及GO细胞组分分类.     

七鳃鳗(Lampetra japonica)白细胞cDNA文库构建及生物信息学分析

以复合免疫日本七鳃鳗(Lampetra japonica)外周血中分离的单个核白细胞为材料,构建库容量为4.5×106pfu.mL-1的cDNA文库,随机挑选单克隆菌落测序共得到10 500条有效ESTs(expressed sequence tags)序列.经PHRAP软件对序列拼接组装后得到3 382个转录本,其中有1 080个重叠群和2 302个单一序列,有59.08%的转本录在NCBI数据库中搜索到同源序列.运用Blast2GO软件进行Gene Ontology注释,分别有27.47%、25.20%和10.01%的转录本参与细胞生理、代谢和生物调节等生物学途径;分别有48.43%、22.10%和10.69%的转录本起到结合、催化和结构分子活性等分子功能.统计数据显示,与细胞自身基因转录、蛋白质合成及转运等生命过程密切相关的基因如真核转录延长因子、反转录酶、核糖体蛋白、腺苷酸转运体、细胞色素C氧化酶和热休克蛋白等在血液白细胞群中大量表达.另外,与固有免疫密切相关的白细胞衍生趋化因子、抵抗素、颗粒体蛋白等表达量相对较高,说明固有免疫系统在七鳃鳗感染初期的免疫防卫方面起着主要作用.     

濒危树种香木莲转录组分析

为获得基因组信息,利用下一代高通量测序技术平台IIIumina HiSeqTM4000对香木莲(Manglietia aromatica)组织进行转录组测序,将Raw reads过滤组装后获得的Unigene进行生物信息学相关分析.结果 显示:共获得48123条Unigene,N50为1331 nt,平均长度为960 nt.与NR、GO、KOG、KEGG、Swiss-prot数据库进行比对得到注释的有效序列数量分别为37877、32125、25525、30143和27988条.在NR数据库中,与莲花(Nelumbo nucifera)、博落回(Macleaya cordata)、葡萄(Vitis vinifera)、棕榈(Elaeis guineensis)等物种匹配序列较多;在GO数据库中得到3大类58个亚类共246974个功能注释,其中,基因数最多的是生物学过程注释;在KOG数据库中得到25类25525个功能注释,其中,一般功能和信号传导机制的相关基因数量较多;在KEGG pathway中涉及6大类19个亚类共142条代谢途径分支,其中,代谢相关通路较多,占总数的63.6％.     

白屈菜对低温胁迫应答的生理学研究及分子机制解析

基于生理学和分子生物学方法,对白屈菜低温应答过程中主要生理指标游离脯氨酸、可溶性糖、可溶性蛋白等的变化趋势进行了测定、分析,对3个重要温度点样本进行了转录组测序及数据解析.结果表明:在低温胁迫早期,白屈菜通过增加渗透调节物质脯氨酸、可溶性糖和可溶性蛋白含量获得抗寒性,此时膜系统相对稳定;当冻害发生时,膜系统受到损伤,相对电导率和丙二醛浓度升高,可溶性蛋白含量显著增加,表明抗冻蛋白被诱导表达,以增强其抗冻性.转录组数据基因(GO,gene ontology)注释分析表明,大量基因被注释到"细胞过程""代谢过程""生物过程的调控"等生物过程,"细胞质组分""细胞膜组分""细胞器组分"等细胞组分及"催化活性""分子结合功能""转运活性"等分子功能中.差异表达基因GO富集分析结果显示,"质膜""质膜锚定组分""叶绿体""叶绿体基质"等细胞组分相关基因变化显著.转录组数据分析揭示了白屈菜低温应答生理变化的分子机制.     

3-苯胺甲基-5-(1’-H-苯并三唑-1’-甲撑)-1,3,4-噁二唑-2-硫酮的合成

1 -H -苯并三唑 - 1-乙酰肼在CS2 /KOH作用下环化得到 5- ( 1‘ -H -苯并三唑 - 1‘ -甲撑 ) - 1,3,4 -口恶二唑 - 2 -硫酮 ,经Mannich反应合成得到标题化合物 3-苯胺甲基 - 5- ( 1’ -H-苯并三唑 - 1’ -甲撑 ) - 1,3,4 -恶二唑 - 2 -硫酮     

苯并咪唑酮类镇痛新药重要中间体的合成研究(简报)

1999年底,日本万有药厂(Banyu Pharmaceutical Co.)开发出第一个选择性的非肽类的ORL1(opioidlike orphan receptor)受体拮抗剂J-113397.结果首次在中枢组织的ORL1受体证实,此化合物是具有高选择性、纯的、竞争性的ORL1受体抑制剂,且其药效极强,比通常的阿片受体(μ,κ,δ)的选择性高600倍以上.本文提出了一条合成J-113397重要中间体1-[1-环辛甲基-3-甲氧羰基-4-1,2,5,6-四氢吡啶基]-3-乙基-1,3-二氢-2H-苯并咪唑-2-酮的新路线(如图1).按照已报道的合成路线,作者未能获得苯并咪唑酮部分.于是本文以β-烯胺酯(10)为关键化合物,成功得到了苯并咪唑酮骨架.     

连续柱状晶组织BFe10-1-1合金的电化学腐蚀性能

采用线性极化、电化学阻抗谱等电化学方法研究了连续柱状晶组织BFe10-1-1合金在3.5%（质量分数）NaCl溶液中的耐蚀性能,并与普通铸造多晶组织BFe10-1-1合金进行了对比.极化曲线测试结果表明,两种合金具有相似的电化学行为,极化曲线都包括活性溶解区、活化-钝化转变区和极限电流区,但连续柱状晶组织合金腐蚀速率小于普通铸造多晶组织合金,主要是由于连续柱状晶组织BFe10-1-1合金的微观偏析程度较小,能有效避免枝晶间局部腐蚀的发生.电化学阻抗谱测试结果也表明,该合金的电荷传递电阻和腐蚀产物膜电阻均大于普通铸造多晶组织合金,具有更高的耐蚀性.     

一种含硅的三氮唑衍生物的合成研究

对一种新型的杀菌剂——含硅的三氮唑衍生物的合成进行了改进，并给出了一条新的合成路线．以化合物1为起始原料通过付克反应、格氏反应和取代反应，得到最终产物化合物5．改进后的工艺操作更方便，收率达46％．     

固-液相转移催化法合成1-芳氧基乙酰基-4-（2-甲基苯氧乙酰基）氨基硫脲

在固-液相转移催化条件下，合成了１２个１-芳氮基乙酰基-４-（２-甲基苯氧乙酰基）氨基硫脲，并通过红外光谱和元素分析确定了其结构．     

1-(9-菲基)-1-苯基乙烯的合成与表征

由于1-(9-菲基)-1-苯基乙烯本身具有荧光的特点，把此荧光单体接到嵌段共聚物上，从而研究嵌段共聚物的相行为具有重要意义。以9-溴菲、苯乙酮等为原料，成功地合成了1-(9-菲基)-1-苯基乙烯。并通过UV，NMR，MS，FTIR和PL对合成样品进行表征。     

1-((2R)-7,7-二甲基双环[2.2.1]庚-2-基)-1H-咪唑的合成

以富产天然产物(+)-樟脑为原料,经还原胺化、氢解脱苄基得到关键中间体(2R)-7,7-二甲基双环[2.2.1]庚-2-胺,然后与甲醛、乙二醛和氨水回流反应得到目标产物:1-((2R)-7,7-二甲基双环[2.2.1]庚-2-基)-1H-咪唑.为大位阻手性咪唑的合成提供了一个可借鉴的方法.     

1-(2-氯苄基)-2-(2-氯苯基)-苯并咪唑的合成及晶体结构

以邻氯苯甲醛和邻苯二胺直接关环合成了1-(2-氯苄基)-2-(2-氯苯基)-苯并咪唑.通过元素分析、红外分析对其进行了表征,并通过X-射线单晶衍射方法确定了其晶体结构.     

Hn(-1)到Hn+1(-1)中的等距浸入

主要研究Hn(-1)到Hn+1(-1)中的具有奇异点和特殊第二基本形式的等距浸入.通过求解一组偏微分方程,得到了这些等距浸入的特殊例子.     

α-溴-2,5-二甲氧基苯乙酮的合成

通过甲醇体系中利用溴化氢溴代α一氯2,5-二甲氧基苯乙酮的方法,获得了α-溴一2,5-二甲氧基苯乙酮,进一步和苯甲酸反应得到了苯甲酸-(2,5二甲氧基苯羰甲基)酯.研究表明该化合物在非极性溶剂苯中,没有光化学活性.在具有氢给体能力的甲醇溶剂中,也没有观察到任何光化学变化.