人骨肉瘤细胞适配体的早期筛选

目的体外随机合成单链寡核苷酸备选文库,以骨肉瘤U-2 OS完整细胞作为靶点,筛选出与其结合的高特异性、高亲和性单链DNA(ss DNA).方法将体外合成随机碱基序列的单链DNA文库与人骨肉瘤U-2 OS细胞相结合,收获与靶细胞结合的单链DNA,通过优化PCR条件进行大量扩增后,应用生物素-链霉亲和素亲和层析柱分离出正链DNA.结果以10,14以及18个循环时扩增ds DNA产物最理想;应用生物素-链霉亲和素磁珠分离法制备的正链ss DNA纯度高,可有效保证次级文库的筛选.结论应用Cell-SELEX技术可成功筛选早期ss DNA文库,为后续获得针对人骨肉瘤U-2 OS细胞的高特异性适配体奠定实验基础.     

EL-4荷瘤鼠单链噬菌体抗体库的构建

目的:构建一个EL-4荷瘤鼠的单链噬菌体抗体库,为筛选高特异性和高亲和力的单链抗体做准备.方法:于C57小鼠腋区接种EL-4细胞,待肿瘤长大后,从脾细胞中提取总RNA,RT-PCR技术扩增小鼠抗体重、轻链可变区基因(VH、VL),用Linker奖VH和VL基因连成单链抗体可变区片段(scFv).双酶切后(Not Ⅰ、Sfi Ⅰ)与预备好的pCANTAB5E噬粒载体连接,转化入感受态TG1,构建EL-4荷瘤鼠的单链噬茵体抗体库.随机抽取转化后的20个克隆,用以检测外源DNA的转入情况.结果:PCR扩增出的VH约有340bp和VL约有320bp,scFv的长度约有750bp.转化后的TG1约有1.67×107个茵落,随机挑取20个克隆,双酶切显示五分之一的茵落转化了外源DNA片段,有效库容为3.34×106.结论:成功构建了EL-4荷瘤鼠的单链噬茵体抗体库.     

基于适配体的胶体金色谱层析试纸条快速检测肌酸激酶同工酶

研究基于适配体的胶体金色谱层析试纸条快速检测肌酸激酶同工酶,用于揭示长期飞行下航天员潜在的心肌和肌肉损伤.利用SELEX方法筛选得到的肌酸激酶同工酶适配体,并优选出与肌酸激酶同工酶有较强亲和能力的核酸适配体应用于胶体金免疫层析试纸条,通过优化胶体金颗粒大小、缓冲液浓度等条件,成功建立了一种基于适配体的胶体金试纸法用于CK-MB的快速检测.实验结果表明,通过基于磁珠的核酸适配体筛选方法筛选出的与肌酸激酶同工酶有亲和力的核酸适配体,能够用于构建适配体-适配体夹心胶体金免疫层析试纸条并成功应用于82 nM以上的肌酸激酶同工酶的快速、可视化检测,同时,该免疫层析试纸条具有良好的特异性和稳定性,可用于未来空间医学即时检测.     

核酸适体的筛选及其在生物医学领域的研究进展

核酸适体是由指数富集配体系统进化技术(SELEX)筛选获得的能够与靶标物质特异性、高亲和力结合的单链DNA或RNA.能够被核酸适体识别的靶标物质包括各种小分子物质、大分子蛋白质、细胞等,广泛应用于生物医学研究各领域.为此,对核酸适体的筛选制备技术、对生物医学靶标物质的检测方法以及在疾病的靶向诊断和治疗中的研究进展进行了综述,并对其在生物医学领域中的应用进行了展望.     

日本血吸虫体壁抗原基因的筛选与克隆

为筛选并克隆新的日本血吸虫(Schistosoma japonicum,Sj)候选抗原基因,以日本血吸虫成虫总DNA为模板,通过生物信息学以及分子生物学手段从日本血吸虫全基因组中筛选目的基因.根据所筛选到的目的基因的核酸序列设计合成引物,用PCR法扩增目的基因,将其克隆入pBS-T载体后转入到大肠杆菌DH5a菌株,筛选阳性克隆.通过对阳性菌落质粒进行PcR予以证实.最终成功筛选并克隆到日本血吸虫体壁候选抗原基因.     

利用SELEX技术筛选小檗碱核酸适配体及其亲和力表征

小檗碱是一种价格低廉且生物安全性良好的小分子化合物,筛选能与小檗碱互相作用的核酸片段,旨在开发新型遗传元件并拓展其在生物技术领域的应用。利用指数富集的配基系统进化技术（SELEX）,经8轮实验从随机单链DNA文库中筛选出4条能与小檗碱高度特异性结合的核酸适配体。对其中两条重现性较好的适配体进行结构模拟分析表明,适配体序列富含鸟嘌呤和胞嘧啶且多形成茎环及G-四链体结构。亲和力测定结果显示,其中的2条核酸适配体与小檗碱作用的解离常数K_d都处于nmol级,表现出较高的亲和力,适配体S1的K_d值最小,仅为523 nmol/L,与小檗碱亲和力最大。     

丙溴磷人源ScFv抗体的筛选与鉴定

采用菌噬体表面展示技术,以丙溴磷（profenofos）为固相包被抗原,从半合成的菌噬体单链可变区抗体库中经过3轮“吸附-洗脱-扩增”筛选过程,获得抗原特异性和结合性较强的丙溴磷人源单链可变区抗体（ScFv）片段,片段为780 bp,免疫学检测结果表明阳性克隆株具有特异结合丙溴磷抗原的生物学活性.并对6株编码ScFv的序列进行了基因组序列测定及BLA ST分析,结果表明该抗体基因序列VH属于IGHV 1、VL属于IGLV 3,证明是新的抗体基因序列.     

产冷活性淀粉酶嗜冷菌的分离和纯化

文章主要对产冷活性淀粉酶的冷适应微生物进行分离和纯化。通过对菌株的分离和提取基因组DNA进行PCR扩增得到其16S rRNA基因后连接于T-载体再转入大肠杆菌JM109中，筛选阳性克隆转化子进行培养，最后提取质粒进行琼脂糖凝胶电泳检测。     

农药分子核酸适体筛选研究进展及其在生物传感器中的应用

核酸适体作为一类通过体外筛选指数富集配体系统进化技术(SELEX)得到的单链DNA或RNA,具有特异性强、稳定性好和靶分子广等特点,被广泛用于生化传感检测领域.总结了近年来筛选的农药分子核酸适体及其筛选方法,综述了农药分子核酸适体在生物传感检测中的应用,并探讨了农药分子核酸适体筛选的问题和未来发展的趋势.     

噬菌体筛选技术筛选与联萘酚(BINOL)相结合的抗体

利用噬菌体展示技术筛选只结合1种对应体的BINOL抗体,建立人类单链抗体(scFv)噬菌体文库--Griffin.1文库,以固相化抗原淘筛抗体库,ELISA鉴定噬菌体抗体.从经过4轮富集的次级抗体库中挑选到噬菌体克隆,用该克隆制备的单链抗体阳性克隆,经ELISA证实具有良好的抗原特异性.从人类scFv噬菌体文库中获得抗BINOL的特异性抗体.     

水生生物病原核酸适配体研究进展

核酸适配体(Aptamer)是指利用指数富集配体系统进化(Systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)技术筛选得到的能特异性识别和结合靶标的ssDNA或RNA分子,具有高亲和力和高特异性的特点,在快速检测和靶向治疗方面应用广阔。近年来,水生生物细菌和病毒性病原疾病的频繁暴发,严重制约了水生态的健康以及水产养殖业的迅速发展。核酸适配体作为一种新型的识别分子,在水生生物病原的应用上也已取得了一些进展。本文对水生生物细菌和病毒性病原核酸适配体的筛选,及其在检测和治疗领域的研究现状进行综述,并对该领域核酸适配体技术的应用方向进行展望。     

分子元素与功能核酸分子

 介绍了"分子元素"概念。论述了核酸适体的筛选及其作为大分子药物的应用价值,概述了人工碱基的合成及进展;探讨了脱氧核酶的作用原理,分析了分子信标、分子马达在生物传感、生物合成、生物药物研究等方面的应用前景,展望了核酸分子研究领域的前景及面临的挑战。     

基于随机 SEIR 模型比较不同筛查频率的核酸筛查效果

为了比较西安疫情期间两种核酸筛查频率的清零效果,提出了改进的随机 SEIR 模型,使用这种模型模拟疫 情的变化过程,然后分析比较一天一次核酸和三天一次核酸两者的清零效果;该模型加入了核酸筛查效果,建立了 考虑核酸筛查的随机 SEIR 模型,然后根据每日社区(不含隔离管控区域)新增患者人数使用线性回归对参数进行 求解,利用小批量随机梯度下降法和余弦调节器对参数的求解过程优化,最后利用参数和模型模拟疫情的发展变 化;对比模型一天一次核酸筛查阳性数量和实际数量,发现两者数量基本一致,所以该随机 SEIR 模型能够较好地 模拟疫情的变化;使用该随机 SEIR 模型模拟一天一次核酸筛查和三天一次核酸筛查,并且计算一天一次核酸筛查 和三天一次核酸筛查的核酸检测成本以及患者(仅计算核酸筛查发现和发病人群)的治疗费用,结果发现社区一天 一次核酸筛查比三天一次核酸筛查拥有更好的清零效果,而且一天一次核酸筛查的成本更低。     

Selection of single-stranded DNA molecules that bind and inhibit human thrombin.

Aptamers are double-stranded DNA or single-stranded RNA molecules that bind specific molecular targets. Large randomly generated populations can be enriched in aptamers by in vitro selection and polymerase chain reaction. But so far single-stranded DNA has not been investigated for aptamer properties, nor has a target protein been considered that does not interact physiologically with nucleic acid. Here we describe the isolation of single-stranded DNA aptamers to the protease thrombin of the blood coagulation cascade and report binding affinities in the range 25-200 nM. Sequence data from 32 thrombin aptamers, selected from a pool of DNA containing 60 nucleotides of random sequence, displayed a highly conserved 14-17-base region. Several of these aptamers at nanomolar concentrations inhibited thrombin-catalysed fibrin-clot formation in vitro using either purified fibrinogen or human plasma.     

利用生物信息学数据及工具合成表达链霉亲和素基因

目的:人工合成表达链霉亲和素基因,制备链霉亲和素磁珠复合物用于核酸分离.方法:利用NCBI、BCM等提供的生物信息及软件工具,将链霉亲和素蛋白的基因进行密码子优化,并分割成互为重叠的小片段寡聚核苷酸链,采用化学和酶促合成相结合的方法合成编码链霉亲和素蛋白基因.将纯化的链霉亲和素通过偶联剂与带羧基的磁粒共价结合,用于快速...     

分子生物学方法在微生物生态学研究中的应用

由于传统分离培养微生物的局限，分子生物学技术避开了传统微生物培养分析的环节，直接从样品中抽取总DNA，然后通过PCR扩增及其相关技术、核酸杂交技术、RNA基因序列分析等方法对直接提取的总DNA进行分析，了解其中微生物信息．这些通过遗传物质进行研究的分子方法，为微生态的研究开辟了新的途径，并已经得到广泛的应用．     

运用SELEX技术筛选嗜水气单胞菌适配子

以嗜水气单胞菌为研究对象,采用适体筛选技术(SELEX,system evolution of ligands by expo-nential enrichment),利用体外合成的长度为78个核苷酸的随机ssDNA文库,以嗜水气单胞菌为靶目标进行12轮的筛选,利用生物素-抗地高辛碱性磷酸酶显色系统检测DNA适配子与嗜水气单胞菌的亲和力.研究结果表明:随着筛选轮数的增加,DNA适配子与嗜水气单胞菌结合后显色,A(absorbance)值逐渐增加,亲和力由最初的0.32升到第9轮的0.72.研究已初步筛选到与嗜水气单胞菌具有高亲和力的DNA适配子,为嗜水气单胞菌的二级结构研究及其检测试剂盒的研发提供了基础.     

水稻苹果酸脱氢酶基因的克隆及其在E.coli中的表达

以玉米苹果酸脱氢酶的基因为探针，从水稻幼苗cDNA文库筛选得到一条水稻新基因，它与玉米ZHO2序列的一致性高达87％，被命名为RcMDH(rice cytoplasmic malic dehydrogenase gene)，分析发现RcMDH具有完整的读码框，编码332个氨基酸，预计分子质量为36．5ku,导入大肠杆菌中表达，经检测证实该产物具苹果酸脱氢酶酶活性。