基于16S rRNA和POMC基因序列的中国北方林蛙属动物系统发生关系

基于16S rRNA和POMC基因部分序列研究了中国北方林蛙属动物的系统发生关系.利用ClustalX软件对序列进行对位排列后,长度为1148bp,内群变异位点259,简约位点110.利用MP法、ML法和BI法构建系统进化树,结果显示林蛙属物种构成单系群,其中东北种群聚为一支,中国林蛙聚为一支,支持东北林蛙为有效物种.桓仁林蛙和核型为2n=26的林蛙属物种聚为一支,因此不支持核型为2n=24的林蛙形成单系群.桓仁林蛙、昆嵛林蛙、黑龙江林蛙单独聚为一支,表明三者之间的亲缘关系较近.     

基于线粒体Cytb和COI基因的中国林蛙系统发生关系

中国林蛙属物种资源丰富,较高的形态结构相似性使分类学研究成为难题。为评价中国林蛙属各物种有效性及探讨它们的系统发生关系,本研究分析了线粒体COI基因和Cytb基因部分序列。p-distance计算和系统发生关系分析结果表明,除徂徕林蛙的物种有效性有待进一步确认外,其余林蛙物种均为有效种。中国林蛙种组、长肢林蛙种组和黑龙江林蛙种组的单系性得到支持。猫儿山林蛙系统地位没有得到明确,但与其他物种较大的p-distance及其在系统树中较低的节点支持度表明,猫儿山林蛙不属于中国林蛙属物种中任何一个种组。     

基于线粒体16S rRNA基因徂徕林蛙(R.culaiensis)与镇海林蛙(R.zhenhaiensis)的物种分化

目前对徂徕林蛙的描述仅限形态学分析,对其与近缘物种的分化及物种有效性尚缺乏分子生物学研究。笔者对徂徕林蛙所属长肢林蛙种组物种及其他林蛙属物种的线粒体16SrRNA基因部分序列进行分析,得到序列长度521bp。遗传变异分析显示徂徕林蛙与镇海林蛙以及峨眉林蛙遗传距离很近(均为0.9%),表明徂徕林蛙在进化过程中是一个紧密连接镇海林蛙与峨眉林蛙的物种。系统发育树分析显示徂徕林蛙与镇海林蛙构成姐妹群,徂徕林蛙与镇海林蛙处于物种分化过程中的并系阶段,其物种分化还未完全完成。     

野生林蛙的灭顶之灾

东北的野生中国林蛙和黑龙江林蛙均为国家二级保护动物,也是国家重点保护的野生药材物种。林蛙油具有极高的营养和保健价值,因目前市场上林蛙油供不应求,所以价格节节攀升,身价不断上涨。正因如此,近些年大规模的偷捕林蛙现象     

东北地区林蛙识别的数学模型

东北地区有中国林蛙和黑龙江林蛙的分布．根据“取输卵管后林蛙残体的营养成份”一文提供的数据,本文建立了这两种林蛙判别分类的数学模型,为中国林蛙和黑龙江林蛙的识别提供了一个有效的数学方法．     

徂徕林蛙(Rana culaiensis)在安徽省的分布

2021年4月至11月，笔者在江淮丘陵区和大别山区科考期间，共采集到蛙属物种标本83号.其中，大别山林蛙(Rana dabieshanensis)43号、中国林蛙(R.chensinensis)29号.其余11号标本经形态比较和系统发生分析确定为徂徕林蛙(R.culaiensis).鉴于此前安徽省内并无徂徕林蛙分布的报道，该物种应为安徽省两栖动物分布新纪录.此发现丰富了安徽省的生物多样性，并对进一步了解徂徕林蛙的地理分布格局具有重要意义.     

宿迁地区稻虾田鳞翅目昆虫多样性研究

以宿迁稻虾共作田鳞翅目蛾类为例,通过DNA条形码技术快速识别蛾类物种多样性,并进行系统发育多样性研究,同时探讨物种多样性与系统发育多样性的关系.结果表明:1)鳞翅目昆虫的多样性在不同的月份具有显著性差异,7月物种多样性和系统发育多样性均显著高于8月;2)传统物种多样性指数与系统发育多样性指数之间存在正相关关系,其相关性排序为物种丰富度(R=0.999 2,P=4.31×10~(-5))香农指数(R=0.854 6,P=0.010 4)辛普森指数(R=0.581 4,P=0.015 7)皮卢物种均匀度指数(R=0.339 9,P=0.093 3).     

寄蝇亚科部分物种线粒体COl基因DNA条形码分类

DNA条形码分类(DNA Barcoding)是以生物线粒体DNA为工具来鉴定物种的新方法,是外来物种快速鉴定、物种分类与系统发育和进化分析的基础.研究以我国辽宁地区常见的寄蝇亚科(双翅目:寄蝇科)2族4属6种为对象,扩增和测定COI基因部分序列,对得到数据用MEGA4软件分析计算,构建该类群分子系统发育树.分析表明:...     

基于基因组和转录组数据的甲壳类系统发育研究

甲壳类是节肢动物的一个亚门,在水生环境中占主导地位,在生态学和渔业中具有重要的地位。在过去的十多年间,利用基因序列探讨甲壳纲深层次的系统发育关系已取得初步进展,但是大多数系统发育研究是基于线粒体基因和少量的核基因进行的。随着高通量测序的普及,利用转录组和基因组数据研究物种间系统发育关系已成为可能。筛选足够的单拷贝基因是构建可信系统发育树的关键。本文根据BUSCO建立的节肢动物1 066个单拷贝的直系同源数据库,利用hmmsearch将甲壳纲的10个物种的氨基酸序列与之比对,最终筛选出346个直系同源单拷贝基因,并以此构建了系统发育树,讨论了等足目、端足目、哲水蚤目、枝角目和十足目的系统发育关系,包括十足目对虾科的亚属划分问题。本文建立的基于基因组和转录组构建系统发育树的方法为其他物种系统发育关系的讨论提供了重要的方法参考。     

中国林蛙南移养殖雌性诱变技术研究

当前中国林蛙的全人工养殖已经在我国各地兴起,中国林蛙南移养殖技术已取得重大突破,但性别比例失调问题严重,雌蛙和雄蛙的比例只有3:7,严重影响养殖效益,制约养蛙业的发展.为调整林蛙性别比例,分别在实验室内和浙江省新昌县新益生物科技有限公司中国林蛙养殖中心采用控温及在蝌蚪饵料中添加性激素双重调控方法,诱导性腺分化,达到了调整林蛙性别的目的,并对激素诱导的合适浓度和最佳时期进行了研究,使中国林蛙雌雄比例达到7:3.为促进中国林蛙南移养殖的发展提供了切实可行的雌性诱变技术.     

湿地生态恢复性林蛙养殖技术实践分析

实践过程中针对养殖方法、产卵期、孵化期、变态期以及黑龙江林蛙日活动规律进行了对比分析并得出结论,在每年4月28日至5月12日期间出现产卵高峰;在5-7℃、10-12℃、14-15℃池水温度范围有较高孵化率;采用混合饲料喂养的蝌蚪变态率均在68%以上;黑龙江林蛙每天9-11时和15-17时活动频繁,是最佳喂食时间。激发林蛙适应生态环境的潜在习性;四龄成蛙放归自然,改善并维持湿地生态环境的平衡关系。     

ITS2序列鉴定青葙子及其混伪品

为探讨基于ITS2序列鉴定青葙子及其混伪品的新方法,对青葙子及其混伪品共4个物种7份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时从GenBank下载青葙子及其常见混伪品共10个物种21个样本的序列信息.分析各物种间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列构建其系统发育树.结果表明青葙子及其混伪品的ITS2二级结...     

吉林省两栖动物资源

吉林省分布的两栖动物有2目6科15种,在吉林省东部地区分布的黑斑蛙、黑龙江林蛙是重要的经济蛙类.保护两栖动物有非常重要的生态意义.     

基于全蛋白质组的微生物系统发育树构建

新近出现的信息离散性度量方法(简称FDOD方法)已在多个领域获得成功的应用,是一种非比对距离方法.随着越来越多的微生物全基因组测序任务的完成,人们开始在整个基因组水平上探讨物种的系统发育关系.因此,将FDOD方法应用于微生物系统发育分析是一项很有意义的工作.因为氨基酸序列比DNA序列更为保守,能为物种的进化分析提供更为有用的信息.对收集到的163个原核生物和5个真核生物,从完全蛋白质组出发去分析推断其系统的发育关系,所得的系统发育树包括145个细菌、18个古细菌和5个真核细菌,这与三界进化理论符合,大部分低层分支与权威的《伯杰氏系统细菌学手册》相同.并且对高层分支关系提出了一些新建议.     

中国鹀属9种鸟类数量细胞分类学研究初探

采用数量分类学技术对我国Wu属9种鸟类的核型进行了比较研究。所研究的种类包括Emberiza cioides,E.spodocephala,E.chrysophrys,E.rutila,E.elegans,E.aureola,E.pusill,E.rustica,E.schoeniclus.在聚类分析中，该类群明显地分成了2组，第1组包括E.rustica和E.schoeniclus，其余7种构成第2组。分析结果表明，物种形成已在染色体水平上发生，染色体变异与地理变异基本一致。在数量细胞分类数据的基础上，尝试重建了Wu属鸟类的系统发育树，探讨了该属鸟类的核型进化趋势。     

日本林蛙早期胚胎发育的研究

观察了日本林蛙在不同温度条件下的早期胚胎发育情况,根据胚胎外形变化和主要生理特征的出现以及行为,从受精卵到左侧鳃孔封闭、出水孔形成的全过程,划分为24个时期,本文是对日本林蛙胚期划分和各期特征的记述,并同中国林蛙、黑龙江林蛙等的早期胚胎发育进行了比较,它们在胚胎特征上的区别可以作为鉴别种的依据之一。     

SARS冠状病毒的系统发育基因组研究

对SARS冠状病毒(SARS Coronavirus,SARS-CoV)进行了系统发育基因组研究.应用CLUSAL-X1.83程序,将来自GenBank数据库的全部102条SARS-CoV全基因组序列记录做多序列联配,然后采用MEGA3软件包进行系统发育基因组分析,使用邻接法构建系统发育树.根据该系统树,SARS-CoV全基因组记录可以分为2类.第1类包括2个来源于动物的分离株;第2类则覆盖了所有的人源分离株,并且可进一步分为2组,其中第1组包括5个来自于广东省的分离株,而第2组则覆盖了其他的来自于香港、内地和海外的分离株.这一分支格局代表了SARS-CoV从兽到人、从广东到全球的传播过程,并且基因组的替代变异幅度在传播过程中由大到小,逐渐稳定下来.还详细地给出了区分上述2群和2组的分子标签,为新毒株的鉴定和分型提供了理论依据.     

赤峰市大兴安岭南部地区大型担子菌资源调查

对赤峰大兴安岭南部地区的克什克腾旗、林西县和巴林右旗的大型担子菌资源进行调查.运用形态分类和分子系统发育分析相结合的方法,共鉴定出大型担子菌1纲、9目、24科、55属、93种及以下分类单元(包括90个种、1个亚种、1个变种和1个变型),其中15个种为国内首次报道.全部已鉴定物种包括食用菌24种,药用菌18种.本文列出了本次调查的大型担子菌名录,同时提供了每个物种的凭证标本及其ITS序列GenBank编号.     

石栎属物种果实类型及其系统演化研究进展

壳斗科石栎属物种是东亚的热带和亚热带森林的重要林冠层树种,具有重要的生态价值和潜在的经济价值.石栎物种果实形态变异丰富,是研究其物种多样性和进化的关键.石栎物种的果实多态性可被划分为具有物化权衡的2种主要果实类型:较小和以种子化学防御为主的橡实,和种子较大、富含营养且以花托为主要物理防御的花托包被实.2种果实类型的物理和形态权衡由其果皮和花托的发育分化差异造成.同时,其物化权衡和共生现象则反映了2种果实类型可能是不同捕食压力下出现的2种适应性对策.开展石栎的动植物关系和种子散播萌发研究是解析两种果实类型的共生机制和物化权衡的进化策动力的关键.另一方面,目前已有的石栎系统发育树不完善,且缺乏对2种果实类型进化关系的分析,因此完善石栎系统发育关系的基础上结合形态学分析,是理解石栎属物种和果实多样性及其进化关联的关键,而利用形态学来阐释分子数据的方法也为未来物种多样性和进化研究提供了全新的视角.     

吉林省两栖动物资源

吉林省分布的两栖动物有2目6科15种,在吉林省东部地区分布的黑斑蛙、黑龙江林蛙是重要的经济蛙类。保护两栖动物有非常重要的生态意义。