锁核酸修饰探针熔解曲线分析在Kras基因突变检测中的应用

以探针熔解曲线技术为平台,结合锁核酸(LNA)修饰探针建立熔解曲线分析(MCA)体系(MCA-LNA体系),实现一管同时检测Kras基因中7个热点突变;并通过对探针的改良达到富集突变型的效果,使其分析灵敏度得到明显提升,达0.05%～0.5%.利用MCA-LNA体系对72份临床结直肠癌标本进行Kras突变检测,共检出24份阳性标本,与普通探针MCA体系相比多检出5份突变阳性标本,经扩增阻碍突变系统(ARMS)验证为突变型.由上述结果可见MCA-LNA体系能提高检测限和阳性标本检出率,更有利于精准基因筛查和指导靶向治疗.     

连接酶检测反应技术应用于乙型肝炎病毒拉米夫定耐药和阿德福韦耐药突变的研究

目的:研究高温连接酶检测反应技术(LDR)技术检测乙肝病毒拉米夫定耐药和阿德福韦耐药突变的可行性.方法:应用LDR技术和多聚酶链式反应(PCR)技术,在乙肝病毒基因相关区域设计引物和探针检测突变位点.结果:该方法能很好的区分野生型质粒和突变型质粒;90例临床样本的测序结果与LDR检测结果基本一致.结论:LDR技术可以应用于临床乙肝病毒样本的拉米夫定耐药和阿德福韦耐药的检测.     

全自动免疫组化筛查ALK基因融合非小细胞肺癌及其病理特征

目的探讨全自动免疫组化筛查间变性淋巴瘤激酶(ALK)基因融合非小细胞肺癌的临床特点及病理特征.方法选取经病理检查确诊的554例非小细胞肺癌组织,采用Ventana抗ALK试剂和全自动免疫组化(IHC)染色检测ALK状态,分析ALK基因融合非小细胞肺癌的临床特点和病理特征.结果本次研究的554例非小细胞肺癌患者组织中,共筛选出34例ALK阳性,占6.14%;年龄60岁的非小细胞肺癌患者ALK阳性率8.69%,明显高于年龄≥60岁的3.62%,差异具有显著统计学意义(P0.01);男性患者ALK阳性率6.71%高于女性5.21%,但差异无统计学意义(P0.05).组织形态学方面,34例ALK阳性非小细胞肺癌中28例为肺腺癌,6例为非肺腺癌.16例实体型为主腺癌合并黏液产生,7例腺泡型为主腺癌,1例为乳头型为主腺癌,4例为浸润性黏液腺癌,4例为鳞状细胞癌.EGFR基因突变检测显示:仅有1例合并该基因突变,其余均为野生型.9例IHC阳性样本,9例ALK基因融合非小细胞肺癌,9例IHC阴性样本经荧光原位杂交技术检测和RT-PCR检测均为阴性结果,6例IHC染色可能为阳性,经荧光原位杂交技术检测均显示为ALK融合阴性.结论 ALK基因融合肺癌是非小细胞肺癌一新的分子亚型,具有独特的临床表现和病理形态;Ventana抗ALK试剂和IHC染色是检测ALK阳性非小细胞肺癌首选方法,对提高该类型肺癌的检出率及个体化治疗具有重要意义.     

晚期非小细胞肺癌中EGFR基因突变及靶向药物治疗临床分析

目的探讨晚期非小细胞肺癌中EGFR基因突变及靶向药物治疗的临床疗效分析;方法对34例病例采用x TAG液相芯片技术进行基因检测,其中EGFR基因突变11例,其中EGFR E19基因突变6例,EGFR E21基因突变3例,EGFR E20/2基因突变2例,未检测到突变15例,对EGFRE19/21基因突变的9例患者采用吉非替尼250mg/天,口服,持续口服至进展;结果 3例完全缓解,2例部分缓解,1例疾病进展,3例疾病稳定;结论 EGFR基因突变患者应用靶向药物治疗可明显改善生活质量、提高疾病控制率与生存率。     

巢式PCR-HRM法在点突变模式小鼠基因分型中的应用

目的 利用巢式PCR结合高分辨率熔解曲线(HRM)技术，改进点突变模式小鼠的基因分型方法。方法 以ob/ob鼠和db/db鼠为样本，剪小鼠脚趾编号并提取基因组DNA。根据突变位点参考序列设计巢式PCR引物并进行两轮扩增后，对产物进行HRM分析，获得基因分型结果。同时，通过PCR-SBT法和PCR-RFLP法对分型结果的准确性进行验证。结果 对80只ob/ob鼠和65只db/db鼠进行了检测，巢式PCR-HRM法能够准确地分辨出3种基因型。在ob/ob鼠中，鉴定得到的纯合子、杂合子和野生型分别为21、47和12只。而在db/db鼠中，纯合子、杂合子和野生型分别为23、33和9只。巢式PCR-HRM法的分型结果与PCR-SBT法和PCR-RFLP法的结果高度一致，且分型结果与小鼠表型一致。结论 建立的巢式PCR-HRM法是一种快速、简便、准确度高的基因分型方案，适用于大批量点突变模式小鼠的基因分型鉴定。     

突变型大肠杆菌二氢叶酸还原酶基因的合成

利用PCR定点突变技术，以野生型大肠杆菌二氢叶酸还原酶基因为模板，获取3种突变型(Cys85Ser．Cysl51Ser，Cys85／151Ser)二氢叶酸还原酶(DHFR)基因．用限制性内切酶BamH Ⅰ与Pst Ⅰ将3种突变基因片段插入到克隆载体pUC18上，进行蓝白筛选，将筛选的克隆进行DNA序列测定．     

ARMS实时PCR基因分型特异性的研究

以原癌基因K—ras基因12位密码子的4种基因型(野生型为GGT，突变型为AGT、TGT、CGT)质粒DNA为研究模型．采用SYBR Green I为实时PCR指示剂，进行ARMS实时PCR基因分型特异性的研究．结果表明：在和模板匹配的ARMS引物3′端附近引人故意错配碱基．将ARMS引物浓度稀释10倍，并对传统三步PCR循环进行改良．即根据目的产物和引物二聚体的熔点差异．在传统延伸步骤之后增加一步恒温80℃检测荧光步骤。可消除引物二聚体的影响．使ARMS引物的特异性增强．得到清晰的基因分型结果．实验表明这种基于SYBR Green I的ARMS实时PCR基因分型方法，无需合成探针，实验设计简单．是一种快速、简便、经济、特异性好的基因分型方法，可推广用于其他基因的分型。并可望成为应用于临床的基因诊断技术之一．     

扩增引进限制性酶切位点技术检测CYP2C9基因的多态性

建立了一种简便、快速、准确的检测CYP2C9基因Arg144Cys位点和Ile359Leu位点多态性的新方法.该方法采用与模板具有1个碱基错配的引物通过PCR在扩增产物中引进限制性酶切位点,即扩增引进限制性酶切位点(amp lification-created restriction sites,ACRS),其中通过上游引物在扩增Arg144Cys位点的片断中引入AvaⅡ切点,使得野生型基因CYP2C9*1和突变型基因CYP2C9*2的PCR产物中分别含有2个和1个AvaⅡ切点;通过下游引物在扩增Ile359Leu位点的片断中引入MvaⅠ切点,使得野生型基因CYP2C9*1和突变型基因CYP2C9*3的PCR产物中分别含有1个和2个MvaⅠ切点.将来自Arg144Cys位点和Ile359Leu位点的PCR产物各取一份测序,表明错配碱基成功引入PCR产物中.将包含Arg144Cys位点的PCR产物用AvaⅡ消化,将包含Ile359Leu位点的PCR产物用MvaⅠ消化,然后通过聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染进行基因分型.由于野生型基因和突变型基因的PCR产物中都至少含有1个酶切位点,能完全避免因限制性核酸内切酶失活或酶切不完全而导致的基因分型错误.     

大肠杆菌ATCase抗反馈抑制突变体的构建及其对胞苷积累的影响

为解决胞苷生物合成途径中天冬氨酸氨甲酰转移酶受胞苷三磷酸反馈抑制调节的问题,通过对其碱基序列和蛋白质结构分析,利用基因定点突变的方法构建了大肠杆菌的ATCase突变酶,得到三个突变体:M1(H20L)、M2(K60E)、M3(K94E),并在E.coli DH5α中对融合蛋白进行了表达.酶活测定表明,M1、M2、M3的ATCase酶相对活性都比野生型M0的高,分别为野生型M0的1.10、1.22和1.37倍,且比活力都有不同程度提高.与含野生型pyrBI基因的M0相比,含突变型基因的M1、M2和M3均对15,mmol/L的CTP具有强的抗反馈抑制作用,且M1、M2和M3的抗CTP反馈抑制作用分别是M0的5.4、6.0和8.5倍.最后将各突变质粒转入到E.coli Cyt10(Δcdd)中进行发酵培养,结果表明,与未含突变基因菌株相比,各含突变基因菌株的胞苷积累量均有不同程度的提高,说明ATCase定点突变使胞苷的合成积累途径得到了不同程度的强化.     

ARMS实时PCR基因分型特异性的研究

以原癌基因K-ras基因12位密码子的4种基因型(野生型为GGT,突变型为AGT、TGT、CGT)质粒DNA为研究模型,采用SYBR GreenⅠ为实时PCR指示剂,进行ARMS实时PCR基因分型特异性的研究.结果表明在和模板匹配的ARMS引物3′端附近引入故意错配碱基,将ARMS引物浓度稀释10倍,并对传统三步PCR循环进行改良,即根据目的产物和引物二聚体的熔点差异,在传统延伸步骤之后增加一步恒温80℃检测荧光步骤,可消除引物二聚体的影响,使ARMS引物的特异性增强,得到清晰的基因分型结果.实验表明这种基于SYBR GreenⅠ的ARMS实时PCR基因分型方法,无需合成探针,实验设计简单,是一种快速、简便、经济、特异性好的基因分型方法,可推广用于其他基因的分型,并可望成为应用于临床的基因诊断技术之一.     

A transforming mutation in the pleckstrin homology domain of AKT1 in cancer

Although AKT1 (v-akt murine thymoma viral oncogene homologue 1) kinase is a central member of possibly the most frequently activated proliferation and survival pathway in cancer, mutation of AKT1 has not been widely reported. Here we report the identification of a somatic mutation in human breast, colorectal and ovarian cancers that results in a glutamic acid to lysine substitution at amino acid 17 (E17K) in the lipid-binding pocket of AKT1. Lys 17 alters the electrostatic interactions of the pocket and forms new hydrogen bonds with a phosphoinositide ligand. This mutation activates AKT1 by means of pathological localization to the plasma membrane, stimulates downstream signalling, transforms cells and induces leukaemia in mice. This mechanism indicates a direct role of AKT1 in human cancer, and adds to the known genetic alterations that promote oncogenesis through the phosphatidylinositol-3-OH kinase/AKT pathway. Furthermore, the E17K substitution decreases the sensitivity to an allosteric kinase inhibitor, so this mutation may have important clinical utility for AKT drug development.     

眼皮肤白化病患者的TYR基因突变类型初步研究

目的:对临床诊断为眼皮肤白化病(OCA)患者的TYR基因进行突变筛查,以了解我国大陆OCA患者TYR基因突变类型。方法:应用PCR技术扩增患者及其父母的TYR基因外显子、外显子-内含子交界区及启动子区,以DNA序列测定技术进行突变筛查与鉴定。结果:在8名患者的16个TYR等位基因内,查明9种突变;其中错义突变4种(R77Q、E294K、R299H和W 400L),无义突变2种(R116X和R278X),插入突变2种(929 insC和232 insGGG),剪切位点突变1种(IVS1-3 C>G)。结论:W 400L、R299H分别占本研究所检出全部OCA1突变等位基因的31.3%(5/16)和18.8%(3/16),可能为中国大陆人群中较常见的TYR基因突变类型。     

An rpoB gene-based PCR-DGGE method for simultaneous detection of multiple Vibrio species

Using PCR-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) targeting the RNA polymerase beta subunit (rpoB) gene, a simultaneous detection method for Vibrio species was established. rpoB gene-based PCR-DGGE was carried out with eight Vibrio Reference strains (each from different species), mixed sample (including these Vibrio Reference strains),two non Vibrio strains, four environmental Vibrio strains, and three unidentified environmental strains. For comparison, 16S rRNA gene-based PCR-DGGE of the eight Vibrio Reference strains was performed with universal primers. In addition, three unidentified strains were identified by 16S rRNA and gyrB gene sequencing and API20E system in order to confirm the accuracy of rpoB gene-based PCR-DGGE detection. Results revealed that rpoB-based PCR-DGGE could well discriminate eight Vibrio Reference strains and could not discriminate different strains within the same species. The bands derived from two non Vibrio strains could not match with any bands in Reference marker. Meanwhile, 16S rRNA gene-based DGGE failed to distinguish these Reference strains. Furthermore, four out of eight Vibrio species exhibited heterogenous bands in 16S rRNA gene-based DGGE. Sequencing and API 20E identification of unidentified strains coincided with the detection by rpoB gene-based PCR-DGGE. The results demonstrated that rpoB-based PCR-DGGE provided a rapid and efficient method for simultaneous detection of multiple Vibrio species, which can avoid the limitations inherent in 16S rRNA gene-based PCR-DGGE.     

High frequency of p53 intronic point mutations in laryngeal squamous cell carcinoma

Intronic point mutations are rare and totally unknown for human laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC). To explore the relationship of p53 gene intronic mutation to the development of human LSCC, DNA was extracted from both tumor tissues and matched normal tissues of 55 patients with LSCC in northeast of China. Polymerase chain reaction amplification-single strand conformational polymorphism (PCR-SSCP) combined with silver staining and DNA direct sequencing were used to detect mutations in exons 7～8 (p53E7 and p53E8) and introns 7～8 (p53I7 and p53I8) of p53 gene. The p53E7 mutation was detected in 17 out of 55 patients, and the p53I7 mutation in 21 patients. No mutation was found at p53E8 or p53I8 site. The difference between tumor group and paired normal group on the rates of both p53E7 and p53I7 mutations was statistically significant. The rate of p53I7 mutations in tumor tissue was higher than that of normal tissue, and so was that of p53E7. Sequence analysis revealed that most p53I7 mutations were at the nucleotides in the branch point sequence or the polypyrimidine tract in the 3′-splice acceptor site of the intron 7. The high incidence of p53 gene intronic mutation in LSCC indicates that genetic changes within the noncoding region of the p53 gene may serve as an alternative mechanism of activating the pathogenesis of human laryngeal squamous cell carcinoma. Mutations in the noncoding region of this gene should be further studied.     

ANLL中转录因子GATA—2基因点突变

了解转录因子ＧＡＴＡ－２基因在ＡＮＬＬ中的表达和突变情况,方法：采用ＲＴ－ＰＣＲ检测８５例ＡＮＬＬ病人外周血单个核细胞中ＧＡＴＡ－２基因的表达情况,ＰＣＲ产物进一步经单链构象多态性（ＳＳＣＰ）分析以了解基因突变情况。结果：绝大多数ＡＮＬＬ都表达了ＧＡＴＡ－２基因（８９．４％）,ＳＳＣＰ分析发现一例Ｍ２型的ＰＣＲ产物出现异常迁移带,核苷序列分析显示在ＧＡＴＡ－２基因第８９２位的核苷酸出现点突变,即第     

The Impacts of Human Resource Management Practices on the Performance of Enterprises in Abidjan (Cote d''''Ivoire)

In this paper, we theorize about the impacts of human resource management ( HRM ) practices on enterprises' performance in Abidjan (Cote d'Ivoire). Specifically, we emphasize the correlation between HRM practices and the perceived enterprise performance. A factor analysis of different HRM practices was utilized. The exploratory factor analysis on the HRM practices for managerial employees revealed three HRM dimensions: employee development, feedback systems, and pay/ organization. A separate factor analysis for HRM practices for non-managerial employees led to the same conclusions. These three factors resemble those obtained in previous empirical study and discussed in the theoretical HRM literature. Therefore, the relationship among these three HRM dimensions and their relationship with enterprise performance was examined in the present study to facilitate comparison between managerial and non-managerial employees in the Ivorian context.     

大肠杆菌O96 O-抗原基因簇的破译和特异基因的鉴定

大肠杆菌O96血清型的大肠杆菌近年来频繁地出现于分离到的致病菌株中，在发展中国家和发达国家均有发现，有造成爆发性流行的可能．本文利用鸟枪法对大肠杆菌O960～抗原基因族进行测序，序列全长9415bp，用生物信息学的方法进行序列分析，共发现7个基因，分别是：吡喃型UDP-半乳糖变位酶基因(glf)，O-抗原转运酶基因(wzx)，O-抗原聚合酶基因(wzy)和糖基转移酶基因(4个)．本文分析了大肠杆菌O96和K12(016)的O-抗原基因族中吡喃型UDP-半乳糖变位酶基因和O-抗原转运酶基因的进化关系，确定了吡喃型UDP-半乳糖变位酶的基序；用PCR的方法筛选出了2个针对大肠杆菌O96的特异基因，可以用于基因芯片或PCR方法快速检测大肠杆菌O96。     

宁夏牛源克雷伯菌和大肠埃希菌分离株产超广谱β-内酰胺酶基因型检测

为了解宁夏牛源产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumonia）和大肠埃希菌（Esche-richia coli）的耐药性和基因型分布,采用美国临床实验室标准化研究所（CLSI）2008年推荐的双纸片确证试验,对宁夏地区100株克雷伯菌和大肠埃希菌进行产ESBLs确定,并采用PCR扩增法和克隆测序法对产ESBLs菌株进行基因分型.结果显示,宁夏地区有42株产ESBLs菌株,阳性率为42%;其中31株菌扩增呈阳性,产TEM型菌17株,产SHV型菌14株,产CTX型菌15株;同时产3种基因型菌1株,同时产2种基因型菌13株,产单一基因型菌17株,分别占产ESBLs菌株的2.38%,30.95%,40.48%;多表现为多重耐药.     

黑白花奶牛“白细胞粘附缺陷症”（LAD）的分子生物学分析与诊断

从一患白细胞粘附缺陷症（ＬＡＤ）的黑白花奶牛犊的核苷酸顺序分析中，发现牛的抗原分子分化群１８（ＣＤ１８）的基因密码有二处发生了点突变；一处在第３８３核苷酸上，在此处原有的腺瞟吟已被鸟嘌呤取代；另一处在第７７５核苷酸上，在此处原有的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代了。在第７７５核苷酸的突变是静止的，因为它并没有使其相应的氨基酸顺序发生改变。在第３８３核苷酸的突变，使其在相应的氨基酸顺序中第１２８位氨基酸位置上的天门冬氨酸被甘氨酸（Ｄ１２８Ｇ）所替代。一种用于牛的Ｄ１２８Ｇ等位基因的快速筛选诊断方法已作了说明。在美国，在黑白花奶牛中Ｄ１２８Ｇ等位基因的携带率在公牛中占１４．１％，在母牛中占５．８％。这一突变基因已流行于世界各地的黑白花奶牛之中。     

基于必需基因数据库的微生物必需基因的分析

维持某种生物细胞生长所必需的基因被称为是这个物种的必需基因．这些基因组成了该物种生存所需要的最小基因集合．本文构建了必需基因数据库（DEG）以及探索必需基因数据库的可能应用，应用Z曲线方法分析了枯草杆菌（Bacillus subtilis）中必需基因和非必需基因的核苷酸分布，并且通过蛋白质序列比对的方法对大肠杆菌（E．coli K12）的必需基因进行理论预测，同时分析了大肠杆菌基因组当中必需基因的功能分类，探讨了通过序列比对的方法确定微生物必需基因的可行性．