舟山带鱼线粒体COI基因SNP位点分析

为探讨舟山带鱼种质状况,本研究利用直接测序法对舟山带鱼线粒体COI基因进行SNP挖掘分析,获得长度一致的985 bp基因片段,检测到22个SNP位点,对SNP位点在样品中分布情况分析,发现部分SNP位点分布情况类似甚至完全相同,推测基于线粒体COI基因片段不同位点突变可能存在关联性。     

拉布拉多犬神经类型相关基因SNP的分析

目的检测拉布拉多犬基因组DNA中与神经类型密切相关的4个基因中的6个SNP位点,以期为拉布拉多犬神经类型的早期鉴定提供分子遗传学鉴定指标。方法依据中国导盲犬大连培训基地成熟的导盲犬神经类型行为学评估标准,选取典型的安静、活泼、胆小型(弱型)三种神经类型的犬各4只为研究对象,采取静脉血,提取血细胞的基因组DNA样本,采用PCR/测序方法和PCR-RFLP分析法对12个样本4个基因的6个SNP位点:COMT(G482A)、MOAB(T199C)、ABCB1(A985T、T3442C、377-378 ins C)、GNB1L(961-962 ins G)进行变异型检测,并统计分析SNP位点的变异型与神经类型的关联度。结果 COMT基因G482A SNP位点的G/A型在胆小型犬中所占比例显著高于其在活泼型和安静型中所占比例(P=0.014;P=0.014),A/A型在活泼型犬中所占比例显著高于安静型和胆小型中所占比例(P=0.025;P=0.025);MAOB基因T199C SNP位点的T/C型在安静型犬中所占比例显著高于其在活泼和胆小型犬中所占比例(P=0.025;P=0.025);ABCB1基因A985T SNP位点的T/A型在活泼型犬中所占比例显著低于其在安静和胆小犬中所占比例(P=0.014;P=0.014);ABCB1基因T3442C SNP位点的T/C型在胆小型犬中所占比例显著高于其在活泼和安静型犬中所占比例(P=0.025;P=0.025);ABCB1基因的377-378 ins C和GNB1L基因的961-962 ins G均没有发现显著性差异(P0.05)。结论 COMT基因G482A SNP位点的G/A型和A/A型,MAOB基因T199C SNP位点的T/C型,ABCB1基因A985T SNP位点的T/A和ABCB1基因T3442C SNP位点的T/C型与拉布拉多犬神经类型具有显著相关性,可做为拉布拉多犬神经类型早期鉴定的分子遗传诊断指标,但尚需大样本确认。     

基于RAD-seq技术的鹅掌楸基因组SNP标记开发

【目的】开发大量可靠的SNP标记,为鹅掌楸高密度遗传连锁图谱的构建和基于基因组的林木选择育种提供分子基础。【方法】从北美鹅掌楸NK基因型为母本、鹅掌楸LS基因型为父本的F1代杂交群体中,选取198株个体为作图群体。用限制性内切酶EcoR I对包括2个亲本和198个子代在内的200个单株的基因组DNA进行酶切,构建RAD(restriction-site associated DNA)文库并进行RAD-seq测序。采用读长为91 bp的双末端测序。2个亲本的平均测序深度为2×,198个子代的平均测序深度为0.8×,平均产量为1.94 Gb,共获得约387.21 Gb数据。用Stacks软件将每个样品的RAD-reads作生物信息学分析,对候选位点进行卡方检验和缺失率检验,再将符合孟德尔遗传的标记及与之相对应的RAD-tag序列和鹅掌楸参考基因组序列进行比对。最后,从本研究开发的SNP标记中选取27个候选SNP位点,设计引物,对随机挑选的16个F1代进行PCR扩增并将结果进行测序,同时验证SNP的有效性。【结果】从候选群体中共鉴定到22 019个SNP位点,符合孟德尔遗传规律的标记为4 233个,最终获得3 501个候选SNP标记。SNP验证中,共有293个SNP标记完成测序并能判读结果,所有位点都为SNP位点,共有194(66.2%)个SNP变异类型得到了验证。 【结论】基于RAD-seq技术和鹅掌楸参考基因组序列为基础的策略,能够作为一种快速有效的手段,实现大规模的分子标记开发,可用于鹅掌楸等林木的高密度遗传图谱的构建。     

利用二代测序数据判定SNP基因型

通过将二代测序数据与连接酶检测反应(ligase detection reaction,LDR)对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)基因分型的结果进行比对,确定二代测序数据判定SNP基因型的经验性阈值.利用多重聚合酶链式反应(multiplex polymerase chain reaction,multiplex PCR)对91个样本进行19个SNP位点的扩增,扩增的产物混匀纯化后在Ion torrent PGM仪器上进行二代测序.利用LDR技术对相应的SNP位点进行检测,将其分型结果作为二代测序数据判定SNP基因型的标准,确定了二代测序数据判定SNP基因型的阈值:测序深度≥6X,等位基因比率在15%~85%的位点为杂合子,在范围之外的为纯合子,该阈值准确度达到99.6%;针对等位基因频率分布在阈值边缘的数据,结合聚类分析可将正确率提升至100%.研究结果为利用二代测序数据判定SNP基因型提供了一个准确、快捷和经验性的阈值与方案.     

拉布拉多犬髋关节发育不良相关基因的SNP位点的检测

目的检测拉布拉多犬基因组DNA中与髋关节发育不良密切相关的5个基因中的6个SNP位点,以期为拉布拉多犬的选育提供有效的遗传学诊断方法。方法经影像学诊断,筛选出典型的6只髋关节发育不良和11只正常拉布拉多犬作为实验对象,采取静脉血,提取血细胞的基因组DNA样本,采用PCR/测序方法对17个样本的5个基因中的6个SNP位点:LAMA2(CFA1:70997779),LRR1(CFA8:29247021),SCR(CFA24:28944481),COL6A3(CFA25:51031100,51040259)和FN1(CFA37:25095511)进行变异型检测,并统计分析SNP位点的变异型与髋关节发育不良犬关联度。结果 LAMA2(CFA1:70997779),LRR1(CFA8:29247021),SCR(CFA24:28944481),COL6A3(CFA25:51031100)和FN1(CFA37:25095511)SNP位点的变异型与拉布拉多犬的髋关节发育不良没有显著相关性(P0.05)。COL6A3(CFA25:51040259)SNP位点的A/A型与拉布拉多犬的髋关节发育不良存在极显著相关性(P=0.007)。结论 COL6A3(CFA25:51040259)SNP位点的A/A型可能成为拉布拉多犬髋关节发育不良的实用性遗传学诊断指标,但尚需大样本确认。     

应用 COMT 基因 SNP 位点鉴别拉布拉多和金毛猎犬胆量行为的研究

摘要:目的 检测拉布拉多和金毛猎犬儿茶酚-O-甲基转移酶( Catechol-O-methyltransferase,COMT)基因 SNP 位点的多态性,并统计分析 SNP 位点的基因型及单倍型与犬胆量行为间的关联性,以期为工作犬培训的前期筛选提供有效的遗传学分子标记。 方法 选取 91 只拉布拉多和 27 只金毛猎犬,共计 118 只,采用犬胆量评估( dog courage assessment,DCA)测试方法对犬的胆量行为进行评估,用高分辨率熔解曲线法( high resolution melting,HRM) 对该118 只犬的 COMT 基因的 4 个 SNP 位点:-1 666 bp C>G、c. 39 A>G、c. 216 G>A 和 c. 482 G>A 进行基因型鉴定,应用SPSS 19. 0 和 PHASE 2. 1 软件统计分析 4 个 SNP 位点的基因型和单倍型与犬胆量行为之间的相关性。 结果 拉布拉多和金毛猎犬的品种、性别和年龄与犬的胆量行为之间没有显著关联性( P>0. 05) 。 COMT 基因的 4 个 SNP 位点的基因型与拉布拉多和金毛猎犬的胆量行为之间存在显著相关性( P< 0. 01) 。 COMT 基因 4 个 SNP 位点的单倍型与拉布拉多和金毛猎犬的胆小性情显著相关( P<0. 01) ,并且 c. 216 G>A 和 c. 482 G>A 位点的 A 等位基因在犬的胆小行为上起主导作用。 结论 COMT 基因的 4 个 SNP 位点的基因型和单倍型与拉布拉多和金毛猎犬的胆量行为之间存在显著相关性,提示 COMT 基因对犬的胆量行为具有显著的影响,可作为胆小犬早期鉴定的有效遗传学分子标记。     

桑葚转录组SNP/Indel位点的挖掘及功能注释

单核苷酸多态性(SNP)/插入缺失(Indel)作为基因组中最丰富的变异位点,已成为农作物中最重要的辅助育种标记。桑葚是一种营养价值较高的水果,目前果桑品种选育方法仍然以传统育种方法为主,缺乏足够的SNP/Indel标记。本研究对3个时期"安葚"果实进行转录组测序,鉴定并分析桑葚转录组序列中SNP/Indel位点的特征,将含有SNP/Indel位点的Unigene通过GO、KOG/COG、KEGG数据库进行比对。结果表明:转换类型为SNP的主要类型。绿果期与黑果期转换类型中以A/G型最多,颠换类型中以A/T型最多。红果期转换类型以C/T型最多,颠换类型中以A/T型最多。Indel片段的长度以1、2、3 bp为主,大于10 bp的缺失突变数量远大于插入突变数量。分别有28 345、6 299、5 737条序列的功能在GO、KOG/COG、KEGG数据库得到注释。从KEGG注释结果中筛选出122个与花青素、黄酮类合成相关且含有SNP/Indel标记的基因。果桑SNP/Indel标记数据库将在品种的选育、鉴定方面展现良好的应用前景。     

树鼩脂肪转录组SNP 位点发掘及其功能注释

摘要: 从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP 分子标记。检测了6 只动物共计274 278 568 条unigene( 总长度43 138 417 bp) 序列信息后,在262 980 条unigene( 5. 75%) 中发现SNP 位点263 071 个,SNP 发生频率为1 /164 bp,其中转换( transition) 177 562 个,颠换( transversion) 85 509 个。在所有变异类型中,A/G 和C/T 发生频率最高,分别达33. 85%和33. 66%。将包含SNP 位点的262 980 条unigene 通过参比序列进行注释,并对其进行GO分类、COG 分类注释和代谢通路注释( KEGGpathway) ,结合已有研究,分别筛选到1 187 个有GO 注释、77 个有COG注释和1 080 条个有KEGG 通路注释的脂肪转录组中的可能与脂肪形成和代谢有关的SNP 标记。     

基于多重长PCR靶向捕获测序技术的高同源SNP鉴定

为建立一种高同源区段的单核苷酸多态性(SNP)基因分型技术,通过构建本地Blast对SNP所在的200和400 bp区段进行同源性评估,并筛选出高同源区段的SNP。利用第一轮多重长PCR(polymerase chain reaction)捕获329个样本的9个高同源区段SNP所在的长片段,使用纯化后的第一轮PCR产物作为模板进行扩增子建库测序,检测样本共得2 928个SNP位点信息,测序成功率高达98.885 6%。利用Hardy-Weinberg(HWE)法则计算试验研究的9个高同源区段SNP位点的基因频率(p值均大于0.05,符合HWE法则),并与NCBI(national center for biotechnology information)中千人基因组数据库中获取的基因频率相比对,发现二者单碱基基因频率一致(误差限<0.15)。研究表明,利用多重长PCR靶向捕获技术结合二代测序技术为高同源区段的SNP分型提供一个准确、快速、大样本检测方案。     

肝癌染色体高频缺失区肿瘤相关基因cSNP在HBV患者和正常人群中的多态分布研究

从定位于肝癌高频缺失区的肿瘤相关基因入手,查询单核苷酸多态性(SNP)数据库信息,获得编码区SNP(cSNP)序列,设计引物,根据SNP位点设计寡核苷酸探针,构建SNP芯片．分别从正常人和HBV患者血样中提取基因组DNA,PCR扩增标记含SNP位点的序列,将地高辛标记的PCR产物与SNP芯片杂交．结果表明,正常人基因组与HBV患者基因组肿瘤相关基因SNP之间存在差异,检测到EGFL3(rs947 345),Gas- pase9(rs2 308 950),E2F2(rs3 218 171)三个cSNP位点的基因频率在两组人群中差异显著．HBV患者中存在的高频多态位点可能与其肝癌易感性相关．     

An SNP map of human chromosome 22

The human genome sequence will provide a reference for measuring DNA sequence variation in human populations. Sequence variants are responsible for the genetic component of individuality, including complex characteristics such as disease susceptibility and drug response. Most sequence variants are single nucleotide polymorphisms (SNPs), where two alternate bases occur at one position. Comparison of any two genomes reveals around 1 SNP per kilobase. A sufficiently dense map of SNPs would allow the detection of sequence variants responsible for particular characteristics on the basis that they are associated with a specific SNP allele. Here we have evaluated large-scale sequencing approaches to obtaining SNPs, and have constructed a map of 2,730 SNPs on human chromosome 22. Most of the SNPs are within 25 kilobases of a transcribed exon, and are valuable for association studies. We have scaled up the process, detecting over 65,000 SNPs in the genome as part of The SNP Consortium programme, which is on target to build a map of 1 SNP every 5 kilobases that is integrated with the human genome sequence and that is freely available in the public domain.     

单核苷酸多态性及其在作物遗传育种中的应用

单核苷酸多态性（simple nucleotide polym orphism,SNP）是等位基因间序列差异最为普遍的类型,可以作为一种高通量的分子标记.本文主要介绍SNP的定义、几种植物学中常用的检测SNP方法及SNP标记在作物遗传育种中的应用.     

An SNP map of the human genome generated by reduced representation shotgun sequencing

Most genomic variation is attributable to single nucleotide polymorphisms (SNPs), which therefore offer the highest resolution for tracking disease genes and population history. It has been proposed that a dense map of 30,000-500,000 SNPs can be used to scan the human genome for haplotypes associated with common diseases. Here we describe a simple but powerful method, called reduced representation shotgun (RRS) sequencing, for creating SNP maps. RRS re-samples specific subsets of the genome from several individuals, and compares the resulting sequences using a highly accurate SNP detection algorithm. The method can be extended by alignment to available genome sequence, increasing the yield of SNPs and providing map positions. These methods are being used by The SNP Consortium, an international collaboration of academic centres, pharmaceutical companies and a private foundation, to discover and release at least 300,000 human SNPs. We have discovered 47,172 human SNPs by RRS, and in total the Consortium has identified 148,459 SNPs. More broadly, RRS facilitates the rapid, inexpensive construction of SNP maps in biomedically and agriculturally important species. SNPs discovered by RRS also offer unique advantages for large-scale genotyping.     

外源一氧化氮供体硝普钠对盐胁迫下椒样薄荷不定根

椒样薄荷幼苗在含有0.5%(w/v) NaCl的Hoagland营养液中生长72 h后,不定根的伸长量约为对照组一半。分别向含有0.5%(w/v) NaCl的营养液中,加入不同浓度(50、100、200、300 μmol/L)的SNP,用于培养椒样薄荷幼苗,72 h后观测根系生长状况。当SNP浓度为100 μmol/L时,不定根的伸长量、根毛密度、根毛总长度与未添加SNP的对照组相比均有明显增加。通过组织染色观察到,NO能够缓解NaCl对根尖顶端分生组织的脂质过氧化作用及对质膜完整性的损伤,并正向调节内源ROS水平。     

应用SNaPshot技术对桉树SNP的检测

【目的】SNaPshot是一种单核苷酸多态性(SNP)检测的多重分析技术,具有检测速度快、准确性高、成本低廉等特点。利用多重PCR技术,结合SNaPshot分型方法,在桉树中构建SNP复合分型检测体系,促进SNP技术在桉树遗传图谱构建和无性系鉴定的应用。【方法】利用桉树已有的EST序列设计引物,通过PCR产物直接测序进行SNP标记位点的开发,利用多重PCR技术和SNaPshot分型方法建立SNP复合分型检测体系,并在尾叶桉和细叶桉作图群体的两亲本和6个F₁子代,以及16个国内常用的桉树无性系中进行分型检测。【结果】共设计合成12对SNP引物,分为3组(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)建立了SNP复合分型检测体系,SNP分型情况与测序结果一致。对桉树作图群体的两个亲本和6个F₁子代的分型结果进行统计,发现12个SNP标记在6个子代中均发生了分离; 对桉树无性系进行多态性的分析,期望杂合度(H_e)为0.11～0.51、观测杂合度(H_o)为0.11～0.56,多态性信息含量(PIC)为0.10～0.37,表现为中度或低度多态性。【结论】利用多重PCR和SNaPshot技术可以快速地对桉树进行基因分型,其结果准确可靠,可以用于桉树遗传图谱的构建以及桉树无性系的鉴定等方面研究。     

基于SNP分子标记的华东地区松材线虫种群遗传分化研究

【目的】华东地区的苏浙皖鲁是中国松材线虫病发生最早的4个省区,华东地区也是松材线虫最适生长区,研究该区域松材线虫种群的遗传分化情况,可为建立我国松材线虫病的疫源追溯体系提供重要的基础信息。【方法】收集华东地区安徽(AH)、福建(FJ)、江苏(JS)、江西(JX)、山东(SD)和浙江(ZJ)6个省份的60个县级行政区松材线虫病疫木样本,经过分离纯化获得虫株,提取虫株DNA并进行高通量全基因组重测序,运用生物信息学软件分析各区域松材线虫虫株的SNP位点数量和种类,依此遗传标记采用聚类分析方法比较各区域不同虫株间的遗传分化情况,后采用Treemix分析群体间的基因渗入路线。【结果】共分离收集到华东地区松材线虫虫株67个,对所有虫株进行全基因组测序。经序列比对分析,67个虫株中共有SNP基因型12种,其中A→G、C→G、C→T、G→A、G→C、T→C这6种基因型出现的频率明显高于其他6种基因型。从67个虫株中共获得6 531 684个SNP位点,不同虫株间的SNP位点数量存在差异。不同地理区域松材线虫的SNP总数、纯合子数量、缺失SNP数量以及特有SNP数量在省际均未表现显著差异,与入侵时间也无特别显著的相关性。主成分分析结果表明,67个虫株可以分为3个类群,各类群与地理来源存在着一定的相关性。大多数虫株属于类群1,它包括了所有的浙江虫株和江西虫株,以及其他4个省份的大多数虫株;类群2涉及江苏、安徽、山东和福建的14个虫株;类群3仅涉及安徽、福建和山东的7个虫株。通过Treemix检测得到2条基因迁移路线,分别为类群2的江苏(2-JS)向类群1的安徽(1-AH)迁移、类群3的山东(3-SD)向类群2的安徽(2-AH)迁移。【结论】华东地区松材线虫虫株存在较为丰富的SNP位点,不同虫株间SNP特征存在较大差异,SNP多样性变化与入侵时间没有呈现明显规律性。总体上华东地区松材线虫虫株可以分为3个类群,不同类群与地理区域间呈现一定的相关性,在1-AH和2-AH所在区域可能存在被其他区域的其他类群虫株再次入侵的情况。     

基于SNP标记的紫薇遗传多样性分析

利用SNP标记对85份紫薇种质资源进行聚类分析,探究其遗传多样性,为紫薇品种选育和品种鉴定提供理论支持。