鸡主要组织相容性复合体Ⅰ(BF2和β2m)二级结构与同源模建

为了推进鸡主要组织相容性复合体(MHC)Ⅰ类分子(BF2,β2m)空间结构的研究,克隆、表达了鸡BF2和β2m基因,采用圆二色谱(CD)测定了其重组蛋白的二级结构,并同源模建了其三级结构.首先,将BF2和β2m基因分别插入原核表达载体进行了可溶性表达.对表达的融合蛋白进行纯化、蛋白酶切割并对切割后的蛋白进行分离和纯化,获得了麦芽糖结合蛋白(MBP)-BF2,β2m蛋白以及MBP单体.随后,测定了BF2和β2m的CD值.CD表明BF2蛋白呈典型的α螺旋;其中,α螺旋、β折叠、转角和随机蜷曲分别为72,102,70和90个氨基酸.β2m重组蛋白呈典型的β折叠,α螺旋、β折叠、转角和随机蜷曲分别为0,46,30和22个氨基酸.同源模建显示鸡BF2和β2m蛋白与人HLA-A2和小鼠H2的3D结构类似.结果显示了BF2和β2m蛋白在二维和三维上的分子特征及其与抗原多肽结合氨基酸的空间分布,为以后进一步构建鸡BF2-β2m复合物体外鉴定病毒抗原肽系统奠定了基础.     

鸡复等位基因BF2与 β2m的结构解析

为了阐明鸡主要组织相容性复合体I(BF)和β2微球蛋白(β2m)不同复等位基因的分子结构，利用pMAL-p2X/E.coli TB1系统表达了5类不同复等位基因BF2的胞外区和一类新的β2m，并采用纯化、蛋白酶切和Western blot进行了鉴定.最后，采用圆二色谱(CD) 测定了各重组蛋白的二级结构以及同源模建了其三级结构. 5类不同复等位基因的BF2蛋白分子中的α螺旋、β片层、转角和随机卷曲的氨基酸长度分别为69—73,67—72,35—37和94—98. 5类不同复等位基因BF2和一类新的β2m蛋白分子的同源模建揭示了其结构与人和鼠的MHC I类分子类似，但各有其特征性的结构；研究获得了正确折叠、不同复等位基因的BF2和β2m蛋白分子，并为进一步形成BF2-β2m复合体、鉴定抗原表位提供了依据.     

冻藏对面筋蛋白二级结构的影响

采用圆二色谱法表征了不同冻藏模式和冻藏时间对小麦面筋蛋白二级结构的影响.结果表明:在SDS溶液中,未经冻藏的面筋蛋白二级结构主要由β折叠和无规则卷曲组成;当冻藏时间小于60天时,两种冻藏模式对小麦面筋蛋白的二级结构影响不大;恒温冻藏模式中面筋蛋白二级结构在冻藏90天时变化最显著,易溶部分中α螺旋转化为β折叠和β转角,难溶部分中β折叠和β转角转化为α螺旋和无规则卷曲;冻融冻藏模式中面筋蛋白二级结构在冻藏60天时变化最显著,易溶部分中α螺旋转化为β折叠和无规则卷曲,难溶部分中β折叠和β转角转化为α螺旋和无规则卷曲.这说明,在恒温冻藏模式下,只有当冻藏时间达到或超过90天的时候,才对面筋蛋白的二级结构产生影响,而在冻融模式下,冻藏时间仅为60天时便可对面筋蛋白的二级结构产生影响.     

hNDR2、mNDR2基因及其蛋白质结构分析研究

基于Internet服务器上的工具软件包对hNDR2和mNDR2两个基因结构进行了分析 ,并对其蛋白质结构进行了预测。结果表明 :hNDR2和mNDR2氨基酸序列具有 91.9%的相似性 ,hNDR2蛋白质二级结构有 9个α螺旋和 11个 β叠片 ,属于α/β折叠类蛋白 ;mNDR2蛋白质二级结构有 9个α螺旋和 12个 β叠片 ,属于α/β折叠类蛋白 ;两者都有一个跨膜螺旋结构     

拟穴青蟹细丝蛋白C的生物信息学分析及重组表达

为了探讨抗原表位与细丝蛋白C（filamin C,FLN c）结构之间的构效关系，对FLN c进行生物信息学分析及分段重组表达。生物信息学分析结果表明，FLN c二级结构以β折叠及无规则卷曲为主，确定其具有9个结构域，三级结构呈免疫球蛋白样折叠，具有典型的细丝蛋白家族特征。基于生物信息学分析，将拟穴青蟹（Scylla paramamosain）FLN c通过分段原核表达，纯化出带有麦芽糖结合蛋白（maltose binding protein，MBP）标签的重组表达蛋白rFLN c1（AA:1-335）、rFLN c2（AA:336-531）、rFLN c3（AA:532-847）。血清学分析结果显示，rFLN c2与蟹类过敏患者血清IgE结合能力最强，推测此区域含有大部分抗原表位。因此，定位拟穴青蟹FLN c氨基酸336-531结构域为抗原表位优势区，rFLN c2可用于FLN c的晶体学研究。     

圆二色光谱研究Ni^2＋诱导血清白蛋白构象变化

在生理条件(pH7.43)下,采用时间扫描圆二色光谱(CD)研究了Ni2 诱导人血清白蛋白(HSA)或牛血清白蛋白(BSA)产生的构象变化.拟合计算远紫外CD光谱.结果表明,血清白蛋白在结合Ni2 过程中产生了鲜见的N→R态和R→T态两步构象变化.在结合的最初几分钟,血清白蛋白中的部分α-螺旋结构分别转变为了β-折叠、β-转角和无规卷曲,其含量从66%(N态)降低到约64%(R态).随后发生了相反的变化,达到结合平衡时,α-螺旋结构含量上升到68.7%(T态).近紫外CD光谱结果表明,血清白蛋白在结合Ni2 的过程中,二硫键及芳香氨基酸残基附近的微环境发生了缓慢扰动.CD光谱观察到该构象变化持续约3 h才达到平衡.对Ni2 诱导血清白蛋白产生两步构象变化的生理意义做了讨论,推测该构象变化能暴露结合位点,提供合适的立体配位空间.有助于血清白蛋白结合Ni2 .     

虎纹捕鸟蛛神经毒素Huwentoxin-Ⅰ的二级结构研究

Huwentoxin-Ⅰ是一种小分子量的多肽类毒素,它能阻断脊椎动物的神经肌肉接头传递。该毒素分子内含33个氨基酸残基,有三对二硫键。本文报道用圆二色性光谱分析法对该毒素二级结构的测定和分析,并用Creenfield等介绍的方法计算其二级结构中各种成分的含量。结果表明,此多肽分子中,α螺旋约占22—28％,β折叠约占22—35％,而β转角和无规卷曲约占41—49％。实验还表明,此毒素在不同pH条件下的二级结构均比较稳定,将它加热到80℃保温20分钟后再测定其CD光谱,其二级结构成分变化不大。用各种不同的方法对其二级结构进行了预测,结果表明该分子一级结构序列N-末端有一小段β折叠,C-末端有一段α螺旋,分子中部的大部分残基为β转角和无规卷曲构象。     

猪胰蛋白酶及其自溶活性产物的圆二色性研究

用圆二色性谱(CD谱)研究了猪胰蛋白酶及其自溶活性产物在溶液中的构象,并观察了在十二烷基硫酸钠(SDS)溶液中酶分子构象的变化。 猪胰蛋白酶的CD谱显示有相当量的α-螺旋成份及少量β-折叠成份,它在190nm附近的[θ]值远大于牛胰蛋白酶。其自溶活性产物的CD谱显示α-螺旋的成份减少5—6％,β-折叠成份上升3—6％,而有序部分所占比例基本不变,提示自溶后α-螺旋转化为β-折叠。 在SDS溶液中,α-螺旋和β-折叠在胰蛋白酶分子中所占的比例提高,而α-螺旋成份增加更为明显,表明酶分子的有序度提高。 参照Chou与Fasman以及Chen,Yang与Martinez等人的方法,预测猪胰蛋白酶有36％的氨基酸残基可以形成α-螺旋,由实测CD谱计算,亦在37％左右,两者相符。     

低能N^＋离子注入对超氧化物歧化酶分子二级结构及其活性的影响

超氧化物歧化酶经低能N 离子注入,应用圆二色光谱分析不同剂量低能N 离子注入对超氧化物歧化酶二级结构的影响,并分析了酶蛋白的二级结构变化对酶活性的影响.结果表明,在1×1015～10×1015ions/cm2范围,N 离子注入对超氧化物歧化酶二级结构产生影响,且不同剂量N 离子注入对超氧化物歧化酶的α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规卷曲二级结构单元相对含量的影响程度不同.低能N 离子注入使超氧化物歧化酶的活性增加,酶活性增加与其α-螺旋结构的变化具有较好的关联性.     

Kex2p在甲醇酵母中的分泌表达

通过PCR方法得到去除C端201个氨基酸残基（胞浆区，跨膜区和Ser/Thr丰富区）的Kex2p的DNA片段，并将该片段装载到质粒pPICZ-C中构建成表达质粒pPICZ-C-KEX2ΔCP。经过大肠杆菌（DH5α）的扩增，表达质粒被转入甲醇酵母（GS115）中，并得以分泌表达。发酵上清液中存在切割肽链中双碱性氨基酸C端的酶活力，SDS－PAGE电泳的结果证实了Kex2p的分泌表达，以及Kex2p在溶液中的自降解。     

不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析

在传统的Chou-Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息,计算了200个蛋白(49种全α结构蛋白,69种全β结构蛋白,38种仅α β结构蛋白,44种α/β结构蛋白)中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构(α：螺旋,β：折叠,C：卷曲)的偏向性参数．通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息．这些新的信息量对于指导蛋白质设计以及提高蛋白质二级结构预测的准确率有着一定的作用．     

4种竹子木质素合成酶PAL的基因克隆和序列分析

苯丙氨酸解氨酶（Phenylalanine Ammonia—Lyase,PAL;EC4．3。1．5）是木质素生物合成过程的关键酶和限速酶。应用RACE（Rapid—Amplification of cDNA Ends）方法,获得了白哺鸡竹（Phyllostachys dulcis）、高节竹（Phyllostachys prominens）、龙鳞竹（Phyllostachys pubescens heterocycla）、丽水苦竹（Fveioblastus maculosoides Wen）等4种竹子PAL基因的全长序列,并进行了生物信息学分析。结果表明,PAL基因的开放读码框长度为2136bp,共编码712个氨基酸,具有2个外显子和1个内含子。其中高节竹、龙鳞竹、丽水苦竹PAL基因内含子长度为121bp,白哺鸡竹朋L基因内含子长度为84bp。推测其氨基酸序列,并分析PAL蛋白单体的三维结构,结果显示PAL蛋白均含有大量的α螺旋和β折叠结构。基于邻接法的进化树对31个物种的PAL基因的氨基酸序列分析表明。竹类植物PAL基因的保守性较高,与禾本科植物玉米、甘蔗的亲缘关系较近,与双子叶植物辣椒等的亲缘关系较远。     

背角无齿蚌酸性磷酸酶的部分性质及功能基团研究

作者在对背角无齿蚌外套膜中分离提纯到的一种酸性磷酸酶（ACPase）的部分酶学性质进行研究的基础上，测定了该酶的亚基分子量为61，800D，等电点（pI）为6.12(25℃），并对其氨基酸组成进行了分析，对ACPase的二级结构的圆二色谱（CD）分析显示，酶分子中α－螺旋占31.8%，β-折叠占42.6%，β－转角17.9%，对ACPase进行了化学修饰研究，初步认为组氨酸、丝氨酸、色氨酸和半胱氨酸有可能是该酶的功能基团，二硫键也对维持酶的活性中心构象极为重要。     

重金属Hg^2＋对NBS修饰前后血清蛋白圆二色谱的影响

为了探明重金属Hg^2＋进入体内，对血清蛋白固有结构和功能的影响，我们用Hg^2＋对NBS修饰前后血清蛋白HSA和BSA进行处理，然后分析血清蛋白的圆二色谱特性，结果表明，近紫外区未修饰的HSA和BSA均具有典型的α螺旋构象；Hg^2＋处理或NBS修饰BSA溶液，均引起α-螺旋含量减少和三级结构构象的改变．Hg^2＋处理HSA，α-螺旋含量略有增加，构象也有变化．而NBS修饰导致α簇结构的严重破坏，蛋白构象无序化程度加深．修饰对BSA、HSA光谱特性的影响不同，可能与这两种蛋白的结构差异有关．     

六品系猪SLA-2多肽结合区分子结构差异研究

为研究我国饲养的不同品系猪sLA_2抗原多肽结合区分子结构差异,设计引物,克隆了六品系猪SLA-2基因cDNA全长序列,用分子生物学软件分析其基因特征,比较各品系猪SLA-2分子结构差异,并通过同源模建显示变异住点的空间位置．结果表明,六品系猪SLA-2cDNA全长为1119bp,其中3-1097为编码区,共编码364个氨基酸,分别在第125,188,227,283位置出现半胱氨酸残基,含有2对链内二硫键．六品系猪SLA-2胞外区氨基酸差异主要集中在α1区的62-70及77-82和口2区的143-156．同源模建显示,这些变异位点均位于SLA-2多肽结合区的口螺旋结构上,推测可能与动物的抗病毒免疫特性有关．可为猪品系的改良及抗病毒免疫研究提供参考．     

虎纹捕鸟蛛神经毒素Huwentoxin—I的二级结构研究

Ｈｕｗｅｎｔｏｘｉｎ－Ｉ是一种小分子量的多肽类毒素，它能阻断脊椎动物的神经肌肉接头接头传递。该毒素分子内含３３个氨基酸残基，有三对二硫键。本文报道用圆二色性光谱分析法对该毒素二级结构的测定和分析，并用Ｃｒｅｅｎｆｉｅｌｄ等介绍了方法计算其二级结构中各种成分的含量。结果表明，此多肽分子中，α螺旋约占２２－２８％，β折叠约占２２－３５％，而β转角和无规卷曲约占４１－４９％。实验还表明，此毒素砂同ｐＨ条     

金鱼蛋白磷酸酶2A—B＂家族Alpha和Gamma调节基因的cDNA克隆及mRNA表达

以金鱼卵巢组织作为材料,运用RTPCR和cDNA末端快速扩增（RACE）技术克隆得到蛋白磷酸酶2A（PP2A）调节亚基B＂家族中γ基因（GSPR）cDNA全序列和α基因（PR130）cDNA部分序列．结果显示γ基因cDNA全长1885bp,编码一个含457个氨基酸的蛋白质．而α基因cDNA长1781bp,编码的多肽共含426个氨基酸,系v亚基的部分蛋白序列．它们与已知其他物种对应的B＂家族蛋白质均有着很高的同源性．结构预测分析发现,α和γ两条多肽均存在PP2A调节亚基B＂家族成员共有的两个EFHAND结构域．用RT—PCR的方法检测了这两个基因在金鱼不同组织和胚胎发育不同时期的mRNA表达水平．结果表明,γ亚基在金鱼多种组织和各个胚胎发育时期中均有较高表达且表达量比较平均,仅在卵巢和精巢组织中最为丰富．与γ亚基表达模式相比,α亚基表达呈现明显的组织和胚胎发育阶段差异性,在卵巢和肌肉组织中最高,在肾脏和鳃中最低,在原肠胚、神经胚、脑泡分化和体色素等胚胎发育时期的表达较弱,而在其他时期中的表达较强．据此,推测α、γ两调节亚基可能在金鱼不同组织和胚胎发育过程中起着特定的作用．此外,进一步的分析发现,α基因除参与PP2A全酶功能外还可能具有独立的功能．     

不同折叠类型蛋白编码基因的密码子使用

对195个编码不同折叠类型蛋白（50种全α结构蛋白，66种全β结构蛋白，37种α β结构蛋白，42种α/β结构蛋白）基因的密码子使用偏性的方差分析研究表明，不同折叠类型蛋白的密码子使用偏性有着显著的区别，特定折叠类型的蛋白有着特定的编码基因的密码子使用模式，这一结果表明，在蛋白质折叠类型和蛋白质二级结构的预测过程中，编码基因的密码子使用偏性可以作为蛋白质一级结构以外的一项重要的预测标准。     

Ca_3(PO_4)_2对牛血清白蛋白二级结构的影响

本文利用ＦＴＩＲ光谱研究了溶解部分的Ｃａ３（ＰＯ４）２（或Ｃａ２＋、ＰＯ４３－）对牛血清白蛋白二级结构的影响。结果表明，Ｃａ２＋和ＰＯ４３－的作用使牛血清白蛋白的α－螺旋和β－折叠结构的含量增加，蛋白结构更趋有序化。     

人SEPT9蛋白同源建模和活性位点分析

利用生物信息学在线软件预测了人SETP 9蛋白质的二级结构和模体信息,同时对其三级结构进行同源建模和模建结果质量评价,其次预测了该蛋白质的活性位点信息,旨在从蛋白质序列特征和分子结构水平理解其在人类生理病理过程中的作用.结果表明,模建的SEPT 9蛋白结构品质较高,具有7段α-螺旋和2组β-折叠结构,是一个典型的α/β类蛋白,表面呈弱正电势分布;人SEPT 9蛋白具有8个不同模体,可能参与不同生化反应或执行不同的功能.搜寻获得了人SEPT 9蛋白配基结合位点有10个,其中位点1可能是该蛋白的活性位点.这些研究结果对理解人SEPT 9蛋白功能以及配基结合位点定位非常重要,也为针对SEPT 9蛋白的分子对接和药物从头设计提供了理论基础.