DNA编码序列的关联特性

用ＤＮＡ行走方法和信息剩余度方法研究了核酸编码序列中的碱基关联，指出了这种关联的短程性．讨论了碱基组成漂变导致的表现关联效应和各种关联模的涨落限．对最近的有关文献作了评述．     

核苷酸序列的关联谱

由于中性突变，核酸序列中包含了大量噪声，研究了如何从噪声背景中提取有用信息的问题。定义了关联函数和关联谱，得到了一些关联谱的定理。发现了每一序列的关联谱中存在很多共振峰，类似于原子分子的线状光谱。这些谱线具有标识核苷酸序列的意义。编码序列有强的１／３共振，内含子则没有这条谱线。碱基插入如缺失也会对谱线产生明显影响。     

编码序列相关特性分析

对编码序列之间的相关特性进行了分析研究，将一般的相关概念进行推广，推导出全相关不变定理，揭示了编码序列之间的内在相关机制，更深入地描述了序列之间的相关特性，指出线性变换前后两序列的全相关值恒为1．为探讨序列之间的相关关系提供了一有力工具，尤其是有助于Turbo码中删截矩阵的选取。也为编译码的理论研究和实际应用提供了一个新的方法。     

基因组中基因间的关联

根据基因中核苷关联短程为主性（Ｄ２为主）的概念,通过比较基因间的Ｄ２,定义基因组中的基因关联Ｆ,Ｆ取值的主要范围为０和１间,Ｆ￣１ 强关联,Ｆ￣０表示关联是无规的,以酵母基因组为例,研究了酵母各条染色体上的基因关联,发现Ｆ的最可几值一般在０．８￣０．９,证明了基因间存在较强的关联,比较编码区和非编码区,发现非编码区间的关联,非编区和编码区的关联编码区间的磁联为弱,Ｆ值低１０％左右。     

人类核糖体蛋白加工假基因与其同源基因的序列信息差异

引入信息参数——非均匀指数和紧邻碱基关联,对核糖体蛋白加工假基因与对应核糖体蛋白基因编码序列之间进行了对比分析,发现绝大多数(约占89％)假基因的非均匀性明显弱于对应功能基因编码序列,绝大多数(约占88％)假基因的紧邻碱基关联强于对应基因编码序列.     

核酸非编码序列信息指标的进一步分析

从信息论角度入手,进一步对13类、约1200个核酸非编码序列进行研究。对信息指标作了长度修正,找到了一些非编码区的特殊结构。得到非编码区遵守与编码区一样的进化规律,非编码区进化水平低于编码区的结论。     

The Statistical Correlation of Nucleotides in DNA Sequence and Its Biological Meaning

评述了ＤＮＡ序列碱基关联的统计研究，着重分析了编码区关联的短程为主性及有关信息参数的进化相关性，讨论了碱基关联的生物学应用．     

DNA序列的核苷统计关联及其生物学意义

评述了ＤＮＡ序列碱基关联的统计研究，着重分析了编码区关联的短程为主性及有关信息参数的进化相关性，讨论了碱基关联的生物学应用。     

核酸序列碱基关联的进一步研究

本文对核酸序列中碱基关联性质作了进一步研究,对2341个编码区进行分析的结果表明,2/3以上的序列关联长度≤2,(其中6.7％关联长度为0),10％的序列具有3倍周期的关联(其中包括少量9倍周期),其余具有长程的非周期关联。     

遗传语言中的偏好模与读码框架

评述了ＤＮＡ核苷酸关联的几种研究途径。重点研究了偏好模分析方法，讨论了它与信息参数的联系，发现了编码区偏好用Ｓ－Ｗ（强弱键）语言，而非编码区偏好用Ｒ－Ｙ（嘌呤嘧啶）语言，解释了这种区分的意义，找到了编码区常用模（＊ＷＳ）的规律性，指出这种偏好性可能与ｔ－ＲＮＡ丰度有关。研究了如何寻找读码框架及非编码区中是否存在隐蔽框架的问题。     

一类新的二元序列集及其相关分布（英文）

对于奇整数m≥5,构造了一类新的周期为2m-1的二元序列集,并完全确定了衡量新序列集性能的一个重要指m+3标——相关分布.新序列集的最大相关值为22+1,集合容量为22m+2m+1,和著名的Rothaus序列具有类似的相关性质,能适用于无线通信系统如CDMA通信系统.     

非平衡2n-周期二元序列的5-错误序列

线性复杂度和k-错线性复杂度是密钥流序列随机性检测及其稳定性度量的2项重要指标,对衡量密钥流序列密码强度具有极其重要的意义.计算序列k-错线性复杂度的一个行之有效的方法是,分析研究汉明重量最小的错误序列.在此基础之上,给出了5-错线性复杂度不大于2^n－3、等于2^n－2－2m和2^n－2－2m+x时错误序列的计数公式,并通过计算机编程进行了验证.     

基于有限状态混沌映射的扩频序列

基于skew tent映射，提出了一类离散化的有限状态混沌映射，它允许精确的数值计算，没有舍入误差。通过选择合适的参数，该映射能产生全周期长度的序列。实验表明，归一化的序列平均周期对计算机精度不敏感，生成的二进制序列具有良好的相关性能，是扩频码的良好选择。     

P元GMW序列

本文将二元GMW序列推广到P元{0,1,…,P—1},P为素数,并证明了P元GMW序列的周期自相关函数为理想自相关,即自相关旁瓣恒为-1。同时给出了每个序列的等效线性长度,计算了序列的平衡特性和给定结构序列的非平移等价类的个数。最后提出了这种P元序列的实现方案。     

不同基因组中同义密码子重复序列的分析与比较

以闪烁古生球菌、枯草杆菌、大肠杆菌、酵母、线虫和拟南芥基因组中所有ORF序列为样本,对编码序列中同义密码子重复序列和对应氨基酸重复序列的有关性质进行了分析.结果显示同义密码子重复序列中密码子的使用与全部编码序列的密码子使用有明显的差别,部分密码子的使用随着重复长度的增加,偏置增大.相同密码子2联体在同义密码子4和5联体中的位置明显偏好两端.同时给出了各密码子的联体能力,讨论了联体能力的大小与密码子碱基构成的关系.对于氨基酸重复序列,氨基酸重复片段数的对数随重复长度分布呈对数下降.重复序列中氨基酸的含量与全序列氨基酸的含量有显著差别,有些氨基酸随着重复长度的增加其含量偏置增大.亲水、小体积和非极性氨基酸容易形成长的联体,疏水、极性和大体积氨基酸形成的最大联体长度较短.最后,对6种模式生物进行了比较,讨论了上述结果与生物进化的关系.     

脯氨酸顺式肽键与氨基酸序列关联的统计分析

通过对蛋白质空间结构样板库SLCTBASE中包含顺式脯氨酸的序列进行统计分析,发现了顺式肽键脯氨酸与其序列周围氨基酸存在较强的关联。根据单个氨基酸与构象的关联信息,构造了含脯氨酸序列的顺式构象势函数,利用这个构象势可将顺式脯氨酸信噪比由5．4％提高至30％以上。     

算子Fredholm序列的性质

讨论算子Fredholm序列的性质，并且得到一致收敛的有界线性算子序列为算子（上半，下半）Fredholm序列的等价条件，这也是单个（半）Fredholm算子情形的推广．     

蕴含3Cl可图序列

设σ（３Ｃｌ，ｎ）是具有下述性质的最小正偶数，每个项和至少为σ（３Ｃｌ，ｎ）的ｎ项可图序列π都有一个实现含有长为３，４，…，ｌ的圈．本文首先给出了σ（３Ｃｌ，ｎ）的下界，并确定了当４ｌ６且ｎｌ时σ（３Ｃｌ，ｎ）的值．     

M—调和插值序列

设{Zv}Cn中单位球B内的一个点列,P（Z,）是泊松核,其中Z∈B,∈S。如果点Zv是分离的,而且它们的分布具有某些规律,那么本文给出了点列{Zv}成为M—调和插值序列的充分必要条件。