转基因油菜籽多重PCR-DNA芯片联用检测方法的研究

根据转基因油菜中所转入的外源基因，选择CaMV35S启动子、FMV35S，PAT基因和目的基因mCP4-EP-SPS，BAR，MS8，RF3以及内源PEP基因设计特异性引物，采用多重PCR法对待测样品进行扩增，通过缺口平移法合成DIG-dUTP标记杂交探针，并制备基因芯片，在对PCR反应和扩增产物与芯片杂交条件进行优化的同时，比较了芯片检测的特异性和重复性，并对检测的灵敏度进行测试，结果表明，该方法具有较好的特异性和重复性，检测灵敏度可达0．1％，由于采用了多重PCR技术一次可同时检测多个基因，提高了检测的准确性和效率．     

RT-aPCR:有效检出低丰度mRNA的方法

在现代分子生物学实验中,用RT-PCR技术检测转录水平基因表达情况扮演着越来越重要的角色.RT-aPCR(RT-asymmetric-PCR)是一种以不对称PCR扩增为核心环节的PCR扩增改进技术.本系统有效地改善了低丰度表达基因的检出率.检测大鼠肝核因子4α表达的实验验证了该改进方法的应用价值.     

一种DNA侧翼序列分离技术--TAIL-PCR

在分子生物学研究中，基因克隆和分子杂交的探针制备等操作常需分离与已知DNA序列邻近的未知序列，热不对称交错PCR(简称TAIL—PCR)反应技术能够较好地解决上述难题。该技术通过3个嵌套的特异性引物分别和简并引物组合进行连续的PCR循环，利用不同的退火温度选择性地扩增目标片段，所获得的片段可以直接用做探针标记和测序模板。TAIL—PCR技术简单易行，反应高效灵敏，产物的特异性高，重复性好，能够在较短的时间内获得目标片段，已经成为分子生物学研究中的一种实用技术。笔综述了TAIL-PCR反应的原理、引物设计、反应条件设置及产物分析。     

Tm值差异型不对称PCR方法的建立及其在分子诊断中的应用

多数分子诊断方法对靶基因的检测都是以单链DNA为基础的,如何获得大量和高质量的单链靶DNA分子一直是研究热点.以包含BRCA1基因上3个单核苷酸多态性(SNP)的DNA片段为研究对象,通过调整不对称扩增引物碱基序列组成(5′-端引入错配或加入锁核苷酸(locked nucleic acid,LNA)),使用相差10倍浓度来增加不对称引物间Tm值差异,改进扩增条件(添加增强剂的扩增缓冲液,不同退火温度的二阶循环扩增程序)后,进行不对称扩增来产生大量单链靶DNA产物.结果表明Tm差异型不对称PCR(Tm difference asymmetric PCR,TDA-PCR)可有效提高单链DNA分子产率,降低引物设计难度,也扩大了模板序列的适用范围.此外,还针对禽流感病毒H5N1的血凝素(haemagglutinin)HA基因保守序列进行不对称扩增,用获得的单链DNA为模板进行焦磷酸测序检测,所得结果与参考序列一致且无明显干扰信号.因此,采用Tm值差异型不对称PCR可使焦磷酸测序等分子诊断流程更为简便,成本更低,效率更高,具有很好的通用性和实用性.     

利用衍生DNA研制定量检测基因芯片

 为了建立基因芯片定量检测技术体系,在同一张芯片上完成不同浓度DNA的梯度测定,本研究以检测探针序列为基础,合成不同的衍生DNA作为标准曲线测定的探针序列.由于衍生序列与检测探针序列之间不改变碱基配对关系,同时具有相同的PCR扩增序列,使得标准品的浓度与测定值之间具有较好的相关性,从而解决了基因芯片定量测定中的标准曲线制作问题.结果显示,用衍生DNA序列作为标准DNA,其基因芯片测定值与浓度之间的相关性系数达到0.995以上,用此方法建立定量基因芯片测定的浓度与实际浓度一致.本研究为研制定量检测基因芯片提出了新的思路.     

实验动物金黄色葡萄球菌LAMP法快速检测

目的建立一种灵敏、高效,可用于实验动物金黄色葡萄球菌检测的环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)。方法针对金黄色葡萄球菌nuc基因(V01281.1)参考设计4条LAMP扩增引物,并选取常见实验动物致病菌进行引物特异性检测;通过优化LAMP反应体系中Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度及LAMP反应时间,确立LAMP反应最佳条件;本文采用LAMP法和PCR法对不同浓度梯度的金黄色葡萄球菌以及用不同浓度金黄色葡萄球菌人工感染的粪样进行检测,比较两种方法的检测灵敏度。结果通过条件优化,本实验建立的LAMP法检测实验动物金黄色葡萄球菌的最佳反应温度为60℃,反应时间为50 min,优化后的LAMP反应体系为dNTP浓度2.0 mmol/L、Mg~(2+)浓度8.0 mmol/L、引物对FIP/BIP浓度1.6μmol/L、引物对F3/B3浓度0.2μmol/L,且与其它常见实验动物致病菌无交叉反应;对金葡菌纯培养物进行检测,LAMP法检测灵敏度为9CFU/反应管(9×10~3CFU/mL),PCR法检测灵敏度为9×10~1CFU/反应管(9×10~4CFU/mL),对人工接种金黄色葡萄球菌的SD大鼠粪样进行检测,LAMP法检测灵敏度为4.49×10~4CFU/0.1 g粪样,PCR法检测灵敏度为4.49×10~5CFU/0.1 g粪样。结论本实验建立的实验动物金黄色葡萄球菌LAMP检测方法,与PCR法,免疫学法和传统检测方法比较,具有特异性强、灵敏度高、操作简单等特点,可应用于实验动物金黄色葡萄球菌的快速检测。     

一种快速的重组农杆菌PCR鉴定方法

建立一种快速的重组农杆菌PCR扩增鉴定方法,采用煮沸法处理重组农杆菌,使农杆菌高温裂解,释放质粒DNA,直接进行PCR扩增反应,检测目的基因片段.结果表明,重组质粒PCR扩增效果较好,目标条带较为明显.通过煮沸重组农杆菌,进行PCR扩增反应鉴定质粒DNA,不仅实验操作简单安全,缩短实验时间,并且避免了酚、氯仿试剂在提取质粒DNA过程中的残留对后续分子鉴定质量的影响.     

石油微生物16SrRNA基因PCR扩增研究

掌握石油微生物的16SrRNA基因保守区的扩增方法是先进分子水平鉴定微生物种类一种有效的实验方法。通过研究利用分子生物技术提高对石油微生物的了解,进行未来对石油的开采,摸索出石油微生物的DNA提取方法,16SrRNA基因的PCR扩增反应条件的研究进而初步鉴定菌种类型。本文是以大庆采油三厂分离纯化的石油微生物为实验材料,摸索合适的石油微生物基因组DNA的提取方法及合适的PCR扩增条件和反应体系,在本实验室后续开展石油微生物在分子水平方面的实践指导中有重要意义。     

分子生物学技术在水产养殖动物细菌性病原检测中的应用

回顾了核酸杂交、基因芯片、PCR等分子生物学技术在水产养殖动物细菌性病原检测中的应用,并对水产养殖细菌性疾病诊断技术的发展方向作了展望。     

检测AKT1基因E17K突变的高分辨率熔解曲线法（HRM）的建立及应用

建立并优化HRM方法检测AKT1基因的E17K(49G>A)突变,并在85例非小细胞肺癌中应用该法检测AKT1基因的E17K突变.设计、合成针对AKT1基因的E17K突变的引物、探针,优化不对称PCR条件及高分辨率熔解曲线(HRM)基因突变分析方法.对85例非小细胞肺癌标本提取的基因组DNA,应用HRM基因突变分析方法和直接测序的方法检测了AKT1基因的E17K突变情况.经优化后,设计的引物在不对称PCR反应条件下可扩增出良好的条带.检测探针与野生型模板的扩增产物杂交后,其解链温度要高于与突变型产物杂交的解链温度.野生型和突变型的质粒模板所产生的熔解曲线可见显著差异,相应的Tm值相差约 3.5℃.经HRM基因突变分析方法和直接测序法检测,在85例非小细胞肺癌标本检测到1例AKT1基因的E17K位点为杂合突变型,其余均为野生型.本研究建立的对AKT1 E47K突变检测的HRM方法是一种灵敏、准确、快速的方法.另外,本研究仅在非小细胞肺癌患者中发现频率极低的AKT1 E47K突变.     

科尔沁细毛羊“猝死症”的PCR快速检测

对科尔沁细毛羊猝死症的病原菌使用多联PCR扩增技术进行鉴定,确诊病原菌为A型魏氏梭菌.     

中华鳖病原菌菌种的分离鉴定及多重PCR的初步建立

对患病中华鳖心脏、肝脏、肠道中分离得到的疑似致病菌株进行常规生理生化鉴定,同时采用分子生物学鉴定方法,设计细菌16srDNA保守区通用引物,进行基因扩增及序列比对,建立并优化多重PCR反应条件.分离鉴定出4种病原菌:迟钝爱德华氏菌(Edwardsiella tarda,Et)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila,Ah)、维氏气单胞菌(Aeromonas veronii,Av)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii,Cf).多重PCR检测体系敏感性与特异性良好,证明多重PCR是一种能快速准确鉴定多种中华鳖致病菌的方法,且操作简单、灵敏度高、稳定性和重复性好.     

一种基因芯片检测仪样机的研制及可靠性分析

根据核酸扩增基因芯片杂交检测的原理设计了一个能够集扩增、杂交、检测于一体的新型检测仪的主体结构.利用大型仿真软件ADAMS对检测仪的主体机器人虚拟样机进行了运动学仿真,得到基因芯片的位移-时间和速度-时间曲线.应用机构运动可靠性原理对主体机器人的运动可靠性进行了分析,计算了主体机器人的运动精度.结果表明,无论考虑横向误差还是纵向误差,检测仪都具有良好的运动精度,从而证明了样机的可行性.     

巢式PCR检测献血者HTLV-IDNA方法的建立与应用研究

该成果应用巢式PCR对献血者HTLV-IDNA进行了检测，开发了检测试剂。为血站系统、医院临床提供了灵敏、实用的检测HTLV-I方法奠定了基础，在HTLV-DNA的快速提取、引物设计、PCR反应体系的组成、PCR扩增条件参数优化等方面均有独创性。该技术的建立及检测试剂的开发，     

适用于空间环境的核酸杂交芯片技术研究

核酸杂交芯片是一种目前已经被广泛应用的核酸分析技术手段.在空间微重力条件下,利用小型化低功耗的检测设备,实现核酸杂交芯片功能,获得准确可信的核酸杂交检测结果,是一项非常具有挑战性的课题.本文对核酸杂交芯片在空间条件下的应用方法进行了探索,采用新型核酸杂交芯片结构、改变核酸杂交芯片反应条件、串联核酸PCR芯片系统等手段,开发出一套小型化低功耗的空间核酸杂交分析芯片,芯片系统整体功耗小于25 W,实现了对目标核酸序列的快速检测(检测周期90 min),并初步实现与空间聚合酶链式反应(PCR)等技术的联合应用,提高了核酸杂交芯片检测技术的检测灵敏度.     

单壁碳纳米管对长片段聚合酶链式反应(PCR)增效机理的初步研究

为了开发新型基因扩增技术,采用两步PCR(two-step PCR)和rpsL保真度实验等方法,对单壁碳纳米管(single-wall carbon nanotube,SWCNT)在长片段PCR反应中的增效机理进行研究.结果表明:在长片段PCR反应中,单壁碳纳米管最适工作质量浓度为0.8,mg/mL;单壁碳纳米管可以在较短的延伸时间增加扩增产物产量,提高DNA聚合酶的反应效率;通过rpsL保真度实验显示,对照组PCR产物的错误率为5.32×10–6,而实验组的错误率仅为2.39×10–6.     

猪多杀性巴氏杆菌(PM)PCR诊断技术的建立

参照文献报道的猪多杀性巴氏杆菌（PM）基因组的部分序列,设计合成引物,建立了PM的PCR诊断技术,并对各反应条件进行优化.本实验建立的PM的PCR扩增片段大小为457 bp.以建立的PCR方法对临床送检的可疑病猪的肺部病料进行了特异性检测和敏感性试验及生化鉴定.结果表明PCR检测阳性结果与猪多杀性巴氏杆菌的形态染色、培养特性和生化鉴定结果一致,该PCR方法在临床诊断中具有应用价值.     

地高辛标记cDNA探针检测植物谷胱甘肽过氧化物酶基因表达及方法研究

本文利用RT-PCR和PCR技术制备地高辛标记的谷胱甘肽过氧化物酶(ATGPX3)cDNA探针,分别进行DNA和RNA斑点和印迹杂交分析.通过调整杂交液组分的浓度和增加10%硫酸葡聚糖的方法,改进杂交反应.实验结果表明,改良的方法不仅提高了杂交效率,而且明显检测到RNA杂交印迹反应.另外,利用地高辛标记cDNA探针技术也检测到了植物激素ABA诱导的ATGPX3基因的表达,同时证明了该方法可以用来检测植物基因的表达.     

奶样无乳链球菌PCR检测方法敏感性研究

意义无乳链球菌是引起牛临床或亚临床乳腺炎主要病原菌,研究PCR奶样检测方法的敏感性,对探索病原无乳链球菌的简易、快速诊断具有重要意义.目的通过对含细菌数不同奶样的PCR扩增试验的观察和比较研究,探索其检测方法的敏感度.方法常规检测方法初选奶样,然后对其病原菌奶样进行培养、增菌和生化鉴定,筛选出牛无乳链球菌.将得到的无乳链球菌按10个稀释度奶样进行稀释,以标准该菌株作为阳性对照,分别进行PCR扩增、电泳.结果基于编码16S rRNA亚基的编码基因序列设计引物的PCR方法具有独特敏感性,可以检测到1ml生奶样中的一个细菌.     

检测克氏原螯虾白斑综合征病毒(WSSV)的巢式PCR方法的建立与初步应用

根据GenBank中已发表的3株WSSV的VP28基因序列,设计了4条特异性引物．通过筛选最佳反应条件和试剂工作浓度,建立了检测克氏原螯虾WSSV的巢式PCR方法．该方法第一轮扩增的敏感性是36ng,第二轮扩增的敏感性是36Pg．在对9份克氏原螯虾临床病料的巢式PCR检测中,用引物W1和W2做第一轮扩增,未检测到阳性病例;用引物S1和S2做第二轮扩增,检测到一例WSSV阳性病例．以上结果表明：对于检测克氏原螯虾WSSV,巢式PCR较一步PCR具有更高的检测灵敏度和应用前景．