TGGE法对白洋淀底泥细菌种群多样性及动态变化的研究

本文应用PCR-TGGE指纹图谱技术对8个地点、8个月份的白洋淀底泥细菌种群的动态变化及多样性进行了研究。研究结果表明白洋淀底泥细菌的16S rDNA的PCR扩增结果约为230bp,为16S rDNA V3区特异片断。8个地点的白洋淀样品的TGGE条带数目和位置表现出明显差异;同一地点、不同时间的样品TGGE图谱差异不大。     

SBR系统驯化过程的微生物群落结构变化

采用三角瓶摇床振荡培养,模拟序列间歇式活性污泥法(SBR)处理经微电解预作用后的皮革废水,考察驯化过程中微生物群落结构的变化情况.提取驯化过程中4个不同阶段混合菌群总DNA,采用降落式聚合酶链式反应和变性梯度凝胶电泳技术,对细菌16S rDNA V3区进行扩增和产物分离,并比较驯化过程中的微生物群落结构.结果表明,微生物群落结构和种群数量在驯化过程中存在明显的演替过程,不同微生物种群通过协同和竞争作用,最终形成一种具有新功能,性质稳定的群落结构.     

PCR-DGGE在真菌群落研究中的应用解析

论述了变性梯度凝胶电泳(DGGE)在真菌群落结构研究中的技术应用的主要步骤:从样品中直接提取真菌DNA,选取5′端含GC夹的特异性引物对18S rDNA或IST序列等的部分片段进行扩增,得到合适的目的DNA片段,并在变性梯度的聚丙烯酰胺凝胶中进行电泳,使不同来源的真菌DNA片段有效分离,再进行各种分类分析。     

灰黄霉素高产变株与出发菌株18S rRNA基因序列的比较分析

根据真菌18S rDNA的保守序列设计引物,对灰黄霉素高产突变菌Penicillium griseofulvum F208与出发菌株Penicillium griseofulvum 3.5190的18S rRNA进行克隆测序及对比分析,并登录GenBank(序列号为EF608151和EF607282).依据18S rDNA建立的系统进化树表明突变株F208与出发菌株3.5190的遗传距离较远,而与Penicillium urticae亲缘关系最近.出发菌株3.5190与Penicillium commune亲缘关系最近.18SrDNA作为分子标记可有效地鉴别灰黄霉素产生菌(Penicillium griseofulvum)高产与低产菌株.     

两株银杉根际土壤真菌的分离与分子鉴定

对银杉根际土壤中的真菌进行培养分离,得到了形态上很相似的两株真菌F-1和F-2.在基于形态特征鉴定困难的情况之下,对真菌F-1和F-2的rDNA ITS区进行PCR扩增和测序.真菌F-1和F-2的ITS序列与来自于10个属30个种的不同真菌的ITS序列进行序列比较和系统发育分析,结果表明:真菌F-1属于木霉属(Trichoderma),真菌F-2属于被孢霉属(Mortierella).结果表明,基于分子水平的鉴定方法具有快速、准确、简便、高效等特点,在真菌鉴定分类研究中起着重要作用.     

不同培养基对土壤细菌可培养性的影响

采用不同培养基培养土壤微生物,以提高土壤细菌可培养性.以番茄大田和温室土壤为材料,采用4种培养基进行细菌的分离培养,经16S rDNA分子生物学鉴定,明确不同培养基获得细菌的种群差异.结果表明:在细菌数量方面,2种土样分别在各种培养基上生长的细菌数量未达到显著性差异,但培养基间细菌数量差异较大,LB培养基分离的细菌数量...     

PCR-DGGE技术在农村户用沼气发酵微生物研究中的初步应用

通过PCR-DGGE技术,对北京郊区一运行良好的农村户用沼气池的细菌多样性分析,分别在1、3、4、5月份采集沼气池的厌氧活性污泥样品,提取厌氧活性污泥微生物总DNA,对其16S rDNA基因的V3可变区进行扩增,结合DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术,跟踪检测微生物的动态变化,并利用软件对DGGE图像进行聚类分析.测定了厌氧活性污泥DGGE胶上优势和差异条带16S rDNAV3区片段序列,通过与NCBI数据库中的序列基因库比对,初步确定细菌的种属.结果表明:农村户用沼气池中发酵微生物种类较为丰富,但有明显的优势种群,随着气温变化,微生物多样性基本稳定,但种群丰度有明显变化,DGGE图谱中的优势条带16S rDNA基因序列经比对后都属于未培养的细菌.     

广西红菇子实体及分离株的rDNA ITS序列分析

为了研究广西食用红菇rDNA ITS片段遗传多样性,鉴别红菇组织分离株的真伪,用一对通用引物对采自广西浦北县、容县和上思县的18个红菇子实体样本及3个组织分离株的rDNA ITS片段进行PCR扩增,扩增产物纯化后测序,运用相关序列分析软件对ITS区全序列进行分析,并和GenBank／EMBL／DDBJ三大核酸序列数据库进行同源性检索。结果获得12个红菇子实体和3个分离株的ITS和5．8S rDNA区段的完整序列,3个分离株的ITs序列全长明显小于子实体样本的ITS序列全长;3个组织分离株与红菇属真菌的遗传距离大;除2个采自浦北龙门的子实体与其它子实体的同源性小于0．95外,来自不同区域的其余子实体样本间rDNA ITS序列同源性都达到0．98以上;12个子实体的ITS区段与GenBank中已知的红菇属真菌的相似率都不大于0．90。由此推断3个组织分离株均不是红菇的分离株而可能是子实体的寄生菌或污染菌;广西浦北县、容县和上思的食用红菇样本没有地理类群差异,但在浦北产区可能存在多种食用红菇共同生长。     

一株碳酸钙矿化菌的分离与鉴定

基于微生物诱导碳酸钙沉积的岩土工程加固技术是一种环境友好的新技术.碳酸钙矿化菌是该技术应用的前提.为获得具有诱导碳酸钙沉积能力的菌株,采用选择性富集培养、平板分离方法从土壤中分离得到了一株具有尿素分解能力的菌株,细菌诱导产生的沉积物检测结果表明该菌株具有诱导碳酸钙沉积能力.通过形态学、革兰氏染色和16S rDNA序列同源性分析鉴定该菌株为巴斯德芽孢杆菌.     

极端干旱区包气带异养微生物16S rDNA的多样性

在黑河流域下游河谷550 cm深的包气带中采集了10个土壤样品,相应地对各个样品中的土壤含水量、总氮、土壤有机质和pH值进行了采样分析,并进行了微生物计数和培养.通过培养,从不同的培养基和不同土壤层,共挑选出120个菌落,然后使用革兰氏染色反应、常规生理生化和内切酶分析,再选出不同的15个菌落进行16S rDNA扩增和序列测定,共发现15种细菌,并建立了可培养微生物的系统进化树.这15个种分别属于蛋白细菌门的α-(2种),γ-(2种)和β-(2种)组,高G C的革兰氏阳性菌(5种),低G C的革兰氏阳性菌(2种)和Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides细菌(2种),这些种群全部属于棒状或段棒状,表现出明显的多样性.结果表明:地下土壤的物理和地球化学特征的不同影响地下微生物的种群数量,该研究为极端干旱区地下微生物生态学和水文地质以及相互作用提供了一个非常有意义的窗口.     

一株耐高温纤维素降解菌的分离筛选及鉴定

为了分离筛选耐高温的纤维素高效降解菌,从鸡粪蘑菇渣高温堆肥中取样,采用滤纸富集培养基进行富集培养、刚果红纤维素培养基进行分离纯化培养、滤纸条培养基和刚果红纤维素培养基进行初筛培养、液体发酵测定纤维素酶活法进行复筛培养,利用形态特征观察、生理生化特征检测和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析法进行初步鉴定,结果分离筛选到1株耐高温纤维素降解菌XD-3.该菌株在50 ℃生长良好、羧甲基纤维素酶(CMCase)活力达6.14±0.37 U/mL.综合形态特征、生理生化特性、基于16S rRNA基因序列的系统发育分析,菌株XD-3初步鉴定为解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）.     

利用养殖垫料、蘑菇渣土制备育苗基质的研究

为利用养殖垫料、蘑菇渣土替代泥炭基质栽培蔬菜，试验了不同比例的养殖垫料、蘑菇渣土与沙土混合制成的育苗基质对蕹菜生长的影响。结果表明，采用蘑菇渣土：沙土（V／V）=1：9、养殖垫料：沙土（v／v）=1：3的基质配方，蕹菜长势较好，在壮苗指数、整株鲜重等接近于泥炭基质对照组。     

芦笋老茎培养料对姬松茸产量、多糖含量和抗氧化性的影响

设计了以芦笋老茎为主料,棉籽壳、玉米芯、干牛粪和杂木屑为辅料的4种培养料栽培姬松茸,玉米秸秆培养料作为对照.结果表明姬松茸在芦笋老茎和玉米秸秆培养料上的产量没有明显差异(P＜0.05);添加棉籽壳或干牛粪的芦笋老茎培养料其姬松茸产量明显高于添加杂木屑或玉米芯的芦笋老茎培养料(P＜0.05).芦笋老茎培养料上栽培得到的姬松茸子实体的抗氧化性明显高于对照培养料上栽培得到的子实体的抗氧化性(P＜0.05),但多糖含量却明显低于对照(P＜0.05);4种辅料对姬松茸子实体的多糖含量和抗氧化性有一定的影响.     

酒糟和马粪质量对栽培双孢蘑菇的影响

研究了用酒糟栽培双孢蘑菇的可行性，当酒糟单独堆制发酵或与稻草一起发酵后都不能得到符合质量要求的培养料，证明酒糟不适合用来栽培双孢蘑菇．然而用酒糟作为主要饲料的马粪(简称2型马粪)则是一种效果很好的栽培原料．栽培实验结果表明：由2型马粪和稻草组成的培养料中的粪草比例(干重比)与双孢蘑菇产量之间呈极显著的负相关性(r=-0．9714)，而由1型马粪(即以秸秆作为主要饲料的马粪)和稻草组成的培养料中的的粪草比例与双孢蘑菇产量之间则呈极显著的正相关性(r=0．9438)，通过测定培养料中的菌丝胞外漆酶活性，证明马粪质量对双孢蘑菇产量的影响作用主要是靠影响菌丝生长实现的。     

四川乐山大佛地衣与苔藓群落中的微生物多样性

为了探究生物侵蚀微生物的种类,通过高通量测序手段对乐山大佛地衣(lichen,LI)和苔藓样本进行了微生物(细菌、古菌和真菌)多样性分析.结果发现:地衣、活苔藓(living moss,LM)和苔藓残体(dead moss residue,DM)样本中的细菌和真菌组成在组内样本之间能进行聚类,组间差异也能良好区分;在细菌群落中,地衣与活苔藓样本中的细菌组成较为相似,两个样本的优势细菌均为蓝细菌(Cyanobacteria)和醋酸菌(Acetobacteraceae);在真菌群落中,地衣样本的优势真菌是煤炱目(Capnodiales),但其在活苔藓样本中含量较少,活苔藓样本的优势真菌是子囊菌门(Ascomycota),且其在地衣和苔藓残体样本中也有一定含量(7.47%～52.6%);古菌群落的组内差异较大,其中与氮转化相关的泉古菌(soil Crenarchaeotic group,SCG)总体丰度占比较高,并发现了较多未归类古菌(unclassified-k-norank).     

铅锌矿区土壤真菌响应重金属污染的群落组成变化

为研究土壤真菌适应不同程度重金属污染的群落组成变化,以云南省勐糯铅锌矿区土壤样品为研究对象,通过对其重金属含量和理化性质聚类分析,选取5个重金属高污染和4个低污染样品为代表,提取土壤样品总DNA,利用Illumina Mi Seq测序技术对其进行测序分析,并在门、纲、目、科、属、种水平上,分析比较真菌的群落组成变化。研究结果表明,在高浓度重金属污染样品中,未被分类真菌占绝对优势,其次是Aspergillus,Un--s-Clavulinaceae sp.及Un--s-fungal sp.ARIZ L453等。污染低的样品中未被分类真菌也含有较高丰度,但低于高污染样品,其次是Geastrum,Aspergillus和Mortierella等。利用代表性差异分析技术(RDA)分析重金属对土壤真菌多样性的影响,发现Pb含量对微生物群落结构具有极显著影响。研究结果可为寻找表征重金属污染程度的"核心微生物"奠定一定的理论及实验基础。     

内蒙古农牧交错区沙蒿根围AM真菌物种多样性

2009年4月、7月和10月分别在内蒙古农牧交错区元上都、黑城子和大河乡样地采集沙蒿(Artemisia sphaerocephala)根围土壤样品,利用形态学和微形态学特征分离鉴定沙蒿根围AM真菌种类,研究了AM真菌物种多样性.共分离鉴定出AM真菌3属20种,其中盾巨孢囊霉属(Scutellospora)2种,无梗囊霉属(Acaulospora)4种,球囊霉属(Glomus)14种.3属AM真菌在3个样地均有分布.3个样地共同优势种是黑球囊霉(G.melanosporum)和网状球囊霉(G.reticulatum).AM真菌物种丰度、香浓-威纳指数和均匀度在时间上表现为4月<7月<10月,空间上表现为元上都<黑城子<大河乡.扫描电镜下不同属种孢子表面纹饰特征差异明显,可作为AM真菌分类的参考依据.     

Bioaccumulation of heavy metal in wild growing mushrooms from Liangshan Yi nationality autonomous prefecture,China

The heavy metal bioaccumulation levels of 13 species of mushrooms were studied. 13 different species of wild mushrooms growing in China were analyzed for Cu, Zn, Pb, Cd, and As. Contents of Cu, Zn, Cd and Pb in mushroom and Cu, Zn in Soil were tested by atomic absorption spectrometer （AAS）, and As in samples by atomic fluorescent light （AFL）. Contents of Cd and Pb in soil were analyzed by graphite furnace AAS. The results showed that contents of Cu, Pb, Cd, and As in Termitomyces microcarpus were the highest in the tested mushroom samples, which were 135.00, 13.28, 65.30, and 1.60 mg·kg^-1 （dry biomass） respectively, and the corresponding bioconcentration factor （BCF） for Cu and Cd was 57 and 1 674 separately, which was the highest data in 13 mushroom species. The capability ofBoletus griseus for Cd accumulation was very strong with BCF of 300. when people consume the wild edible mushrooms, contents of Cd and Pb should be greatly considered.     

MTHFR基因C677T点突变的PCR-TGGE检测技术的建立

目的 :建立检测MTHFRC6 77T点突变的PCR -TGGE技术 .方法 :以中国人群外周血基因组DNA为模板 ,用聚合酶链反应扩增该基因外显子 4 ,用温度梯度凝胶电泳 (TGGE)分析检测PCR产物 ,对电泳结果异常者进行DNA测序 .结果 :垂直型TGGE与平行型TGGE均发现该外显子存在杂合性突变 ,经DNA测序证实为C6 77T点突变 .结论 :该技术具有快速、分辨能力高和重复性好的特点 ,是一种有效的检测核酸序列变异和点突变的技术 .     

西藏林芝和昌都地区不同植被下大型真菌生态分布

西藏地处青藏高原西南部,属极端气候类型,大型真菌资源尤其是特有种类资源丰富。为了揭示西藏不同植被类型与大型真菌分布的相关性,对西藏林芝地区和昌都地区4种植被类型的7个样点进行标本采集,共获得标本139份,其中已完成鉴定103份,分属于26科37属85种,包含16种有毒真菌,51种可食用真菌,20种药用真菌以及13种西藏新纪录种。大型真菌资源最为丰富的是海拔2 500～4 000 m的高山松林及云冷杉林; 海拔4 000～5 000 m的高山草场依然有大型真菌分布,但种类急剧减少,且以土腐菌为主。