寄生虫生物信息学研究

介绍生物信息学的含义及寄生虫生物信息学研究概况,对如何充分利用生物信息学技术来进行寄生虫学研究作了综述.     

生物信息学研究现状

随着后基因时代的到来,生物信息学将成为一个热门的研究领域;越来越多的数学家、计算机学家、生物信息学家都投身到生物信息学的研究中来,本文仅对生物信息学的研究现状做一个简单介绍,包括生物信息学的发展,生物信息学的一般研究方法。     

生物信息学中的MicroRNA预测研究

为microRNA预测的研究提供参考,讨论了生物信息学中有关MicroRNA预测研究的若干问题.根据最新的研究成果,由MicroRNA预测的特征信息和数据源,从结构序列分析方法、比较基因组方法和机器学习方法等方面对MicroRNA预测的生物信息学方法做了回顾和展望,指出了该领域研究的趋势.通过对3类方法的比较结果表明,采用机器学习方法的效果更优越,能较精确地预测出MicroRNA.     

数据库技术在生物信息学中的应用

阐述了生物信息学研究中重要的数据库及其应用,并对其发展进行了展望.     

生命科学领域的前沿科学:生物信息学

从生物信息学兴起的历史条件,常用的生物信息数据库,生物信息学的基本分析方法,生物信息学和计算机的关系,生物信息学的主要研究内容等方面介绍了生物信息学,阐述了生物信息学的发展前景和亟待解决的问题.     

面肩肱肌营养不良区基因FRG1的生物信息学研究

利用生物信息学数据库和分析工具,对人面肩肱肌营养不良相关基因FRG1和蛋白质(FRG1P)进行了较全面的分析,探讨生物信息学在人类疾病和健康相关基因研究中的作用.以人类基因数据库为基础,利用BioEdit,DNAMAN,Vector NTI等工具软件以及SMART,InterProScan,CPHmodels等在线工具,对FRG1P进行了基本性质分析、分子进化分析、三维结构建模、相互作用蛋白预测.生物信息学分析结合文献查询,对FRG1P的分子生物学给予较全面的评述,FRG1P是研究分子进化的很好的材料.     

我国现有《生物信息学》教材和网络资源的分析

分析了目前我国出版的14种《生物信息学》教材和有关生物信息学网络资源的特点,探讨了目前我国出版发行的《生物信息学》教材存在的问题,提出应该尽快编写出版系统完整的生物信息学实验操作教材和具有我国原创性的生物信息学教材.     

Internet上的生物信息学资源

生物信息学是 2 1世纪科学与技术领域重点发展的学科之一 .生命科学的所有信息均可由计算机和Internet来进行储存、传输和分析 .Internet能够为我们提供大量的有关生物大分子序列、结构和功能的数据、软件、工具、文章及相关的资源 .对于化学家、物理学家、数学家、医生、生物学家等那些关注生命现象分子机理的科学家 ,生物信息学的网上资源对他们来说是必需的给养和研究手段 .在此 ,我们介绍了一些生物信息学研究的方法 ,并列出了许多相关的网站     

面向生物信息学计算的网格工作流系统

针对生物信息学网格计算需求,提出了一种网格工作流管理系统模型,系统以Web方式为用户提供服务,通过与软件模块的交互实现良好的可定制的人机交互界面,使得不熟悉网格计算和工作流系统的人也可以快捷直观地操作使用.该系统能够自动地对工作流任务进行调度,然后通过网格中间件进行执行,并对任务进行监控和管理.论述了该系统的框架和实现原理,通过一个生物信息学计算实例说明工作流的定义、描述和使用流程;并且,通过与中国教育科研网格公共支撑平台CGSP工作流系统的对比,说明了该系统在可视化、便捷性上更符合生物信息学计算需求的特点.     

生物信息数据库通用数据字典标准化研究

本文首先描述了生物信息学数据库的基本概念,详细分析了生物信息学数据库的产生背景、国内外现状,发展趋势和特点以及标准化的需求,阐述了生物信息数据库通用数据字典的一般内容、结构,功能和编制方法。并且通过对生物信息学的代表性数据库进行详细分析,提出了生物信息学数据库通用数据字典标准化研究的建议和方向。     

浅谈生物信息学课程教学

生物信息学是生物学中一门新兴的前沿学科,针对目前国内生物信息学教学现状,结合生物信息学课程特点,对本科生物信息学课程教学中的教材、教学内容、教学模式、考核办法等进行了初步的探索．     

拟南芥叶色突变体ems3的基因定位

ems3是经甲基磺酸乙酯(EMS)诱变筛选得到的一拟南芥叶色突变体.通过背景纯化与遗传分析,发现ems3突变体是单基因隐性控制.利用图位克隆的方法对叶色基因EMS3进行了定位,结果表明:EMS3位于第5条染色体分子标记MHF15和MHF152之间55kb的区间内.生物信息预测,该区间包括有16个基因.这些结果为该基因的克隆及叶绿体发育过程中的功能研究奠定了基础.     

基于快速傅里叶变换的剪接特征提取

挖掘剪接特征是剪接位点识别算法的基础,在频域空间挖掘对位点识别有帮助的特征至关重要.利用基于快速傅里叶变换的剪接特征提取方法对其进行特征提取,该方法能够将时域信息转化到频域中,以此来构建所需的频域特征,为了比较还构建了位置特征与统计特征. 实验结果表明将频域特征加入剪接位点识别中能够有效地提高识别精度,这也表明将信号处理方法应用于生物信息学领域是可行有效的.      

生物信息学社区数据空间的设计与实现

针对现有网格系统缺乏专有文件系统,导致数据在终端与网格间的传递以及数据在网格环境中的迁移、共享与管理比较困难的问题,利用清华云计算平台,以其中的分布式文件系统Carrier为底层、Corsair为存储管理软件,为用户设计了数据空间.系统的共享机制分为3个层次:为每个用户分配一定数目的个人私有空间;为每个组分配相应的存储空间;为生物信息学领域的热点资源建立全局共享的存储空间.设计的数据空间实现了层次化的数据共享与管理,为类似问题的解决提供了一种思路.     

国外生物信息学发展动态分析

生物信息学是生命科学倡导的学科发展方向之一，生物信息学的发展涉及多个学科。生物信息学在基因发展、疾病基因诊断、蛋白质结构预测、基于结构的药物设计、药物合成和制药工业中起着极其重要的作用。生物信息的应用大大加快了药物的研究开发进程。国外生物信息学在网络数据库资源建设、软件开发、机构、人才培养、学会和会议、专著、期刊出版等方面均呈现出快速发展的态势。     

基于校园网格的多学科计算及协同可视化

针对浙江大学各高性能计算资源过于分散、无法充分利用的问题,提出一种校园网格的架构.通过使用Globus Toolkit和Sun Grid Engine两种网格中间件,部署层次化结构的校园网格,并在此基础上提供科学计算、生物信息、流体力学等服务.通过在不同节点数的网格中的应用程序运行情况的测试,表明校园网格能够提供高效、稳定的计算能力.提供了在校园网格环境下本地绘制和服务器绘制两种可视化服务,用户可以针对不同的数据和计算环境,选择不同的可视化方法;用户可对可视化结果进行协同操作,便于联合研究和分析.     

基于XML的生物信息数据模型

各大研究机构之间生物信息数据是异地、异构和高度自治的，并且信息之间的存放是分散无序的．这给生物信息数据的交换和利用带来了很多困难．因此生物信息检索挖掘更着重于过程中相关信息有序的提取和集成，本文提出了一种新的基于xml表达的有序的层次分形数据模型，更有利于生物信息数据的集成和融合．     

鲈鱼cxcr4 cDNA克隆和序列分析

趋化因子受体(cxcr4)是一类重要的免疫调节因子受体,对原始生殖细胞的迁移和存活具有十分重要的作用。在对脊椎动物cxcr4进行初步生物信息学分析基础上设计引物,采用RT-PCR和RACE相结合的方法从鲈鱼卵巢克隆了cxcr4a全长和4b部分cDNAs序列,并预测其编码的氨基酸序列。结果表明,由于鱼类基因组经历一次特有的复制,cxcr4在鱼类存在两个复制基因。鲈鱼cxcr4a cDNA全长为1432 bp,编码311个氨基酸;cxcr4b部分cDNA片段长为905 bp,编码285个氨基酸。将鲈鱼cxcr4序列与所有已克隆的硬骨鱼类进行同源性比较,结果显示硬骨鱼类保守性较高,所有已经克隆的cxcr4按照进化地位的不同成簇聚类,表现出了较高的同源性。     

生物信息学研究的军事应用前景

叙述了生物信息学的研究现状及生物信息学在未来军事领域的应用前景.指出大规模基因测序中的信息分析、新基因识别、蛋白质结构预测、"数字化基因"获取、非编码区分析、完整基因组比较、基因功能表达谱分析等都是生物信息学应用于未来军事领域的重要研究内容.